回想去年燕军师出北平，僧道衍来为之送行，曾满怀信心地说，此次“师行必克，但费两日耳”，如今众将士败还，不少人都要看他怎样自圆其说。想不到他说：“两日，昌也，自此全胜矣！”道衍不愧是个老谋深算、圆滑机变的和尚。他与朱棣一样，知道士气可鼓不可泄。朱棣说“胜负相当，未为大失”，道衍说“自此全胜”。他们非常清楚，此役只可胜，不可败。胜则龙飞，败则必死。他们决定再次南征，一雪东昌之耻。
他们进一步激劝将吏，招募勇敢，以图进取。二月十六，朱棣率师南出。行军之中，他把诸将士召到帐中，对他们说：“尔等怀忠奋勇，协心同力，临阵斩敌，百战百胜。比者，东昌才战即退；弃前累胜之功，可为深惜。夫惧死者必死，捐生者必生。若白沟河之战，南军先怯懦，见战即走，故得而杀之，所谓惧死者必死也。刀锯在前面不惧，鼎镬在后面不惧，临阵舍死，奋不顾身。故能出百死，全一生，所谓捐生者必生也。举此近事为喻，不必远鉴于古。此实尔等所知也。有惧死后退者，是自求死。尔等毋恃累胜之功，漫不加警。有违纪律者，必杀无赦。恪遵予言，始终无怠，则事可以建，功可以成矣，其懋之哉！”
二十日，燕军驻于保定。朱棣召集诸将商议作战计划。诸将分析说：“定州军民未集，城池未固，攻之可拔。”
朱棣说：“野战则易以成功，攻城则难以收效，况盛庸聚众德州，吴杰、平安颉颃真定，相为犄角。攻城未拔，顿师城下，必合众来援，坚城在前，强敌在后，胜负未可决也。今真定相距德州二百余里，我军出其中，贼必迎战，西来则先击其西，东来则先击其东。败贼尸军，余当破胆。”
诸将说：“二百里不为远，我军介两贼之间，彼合势齐进，我腹背受敌。”
朱棣说：“百里之外，势不相集。两阵相对，胜败在于呼吸之间，虽百步之内，不能相救，矧二百里耶！尔等无惮，试观吾破之。”
第二天，燕军移军于紫围八方 。时值二月下，虽已见春之消息，但早晚犹寒气袭人，空中水气往往结露为霜。燕军从保定移军东出，浩荡的大军在雾霭中穿行。刀枪铠甲袍服上都结了一层霜花。在一片青蓝之中朱棣穿的素红绒袍本就十分耀眼。这时他的战袍上也结了一层霜花，宛转盘绕，就像刺绣的一条银龙。众将士无不骇异。他们纷纷称颂这是个吉兆：“龙为君象，天命攸归，故有此嘉兆，必获大捷。”
朱棣说：“我与君等御难求生，诚非得己。且帝王之兴隆，历数有在，岂可必得。但冀幼冲悔祸，奸恶伏诛，宗社再安，吾得仍守藩封，尔等亦各安其所。今凶焰方盛，社稷几危，吾日夜深忧，乃不思自奋，而以此为异，是亡惊惧之心，而动安逸之萌也。吾恐蹈沦胥之患矣。”
众将士希望他们拥戴的是一条真龙天子。他们热切期盼自己制造的神话变为现实，而朱棣不得不表示出有所克制。的确，现在谈龙飞还为时尚早，前途并不平坦。他们首先是求生，一有不慎，便可能跌入深渊。
三月初一日，燕军缘滹沱河列营。这里正是官军往来之冲。燕军派出游骑，到定州、真定附近迷误官军，且借机寻战。十二日，朱棣听说盛庸已率军队来至单家桥，便率师由陈家渡渡河迎击，但未能与庸军相遇。朱棣担心盛庸与真定守军会合，往返渡河三四次，急欲与之交战。燕军没遇到敌军，倒在河侧遇到一只猛虎。那猛虎不知是被大军惊吓还是向大军示威，咆哮不止。但虎再凶猛，在数万大军面前也不在话下，壮士们刀剑齐加，不一刻，一只猛虎便毙命了。浩浩大军格杀一只猛虎，实在不足为奇，但朱棣把它看作是得胜的吉兆，军威为之一壮。
及至二十日，燕军才侦知盛庸军在夹河，于是挥军直驱夹河，逼近敌军。
燕军在离敌营四十里处扎营。朱棣根据自己的作战经验向诸将指授机宜。他说：“贼每列阵，精锐在前，罢弱在后。明日与战，以劲师当其前，摧其精锐，余自震慴。中军常去贼五六里列阵，严整待之。我以精骑先薄其阵，绕其背而击之，如掩扉之势，推之使前。贼行六里，气喘力乏，中军俟其奔过，随而击之，我蹑其后，乘势逐北，贼众必败。慎勿逆击之，贼必致死以期生也。”
朱棣非常重视这场战斗，务求此役必胜。他将自己的意图反复向诸将解说，犹恐大家不理解，于是，顺手抽出一支箭，在地上给诸将画了一幅军阵图，再指图详说。诸将围在朱棣周围，仔细聆听。为了更形象明白，朱棣又命军中的军官单独组成一队，逐一教授，反复申令约束，至为详备。
二十二日，朱棣带领诸将列阵前进，中午时分到达夹河。这时盛庸也列阵以待。朱棣先派出三骑到敌方侦察。他们见到官军阵前摆放着火车、火器、强弩、战■。官军发现这三骑兵从阵前掠过，立即派兵来追。朱棣一直在阵中注意看前方的动静。这时，他勒马搭弓，待追骑将近，只听弓箭一响，追兵中一人应声而倒，追兵戛然而止。已而追兵继续追赶，又被朱棣射倒一人。如此连中三人，追兵不敢再追前。于是朱棣命令骑兵一万兼载步卒五千，向敌阵推进。即将交锋时，步从翻身下马，攻官军左掖，官军拥盾层叠自蔽，燕军无法攻入。未战之先，朱棣便派人做了一批木■，其长六七尺，末端横贯铁钉，钉末有钩。作战时，投向敌方。欑穿入楯中，一时难以拔出，动则牵连，使楯失去防卫作用，士兵再乘其隙而攻之。燕军投掷木欑，官军纷纷弃楯而走，仓促中，所发火器也难以命中，有时反倒烧到自己阵中。官军乱了阵脚，燕军骑兵乘势冲入敌阵，直捣中军。在燕军的冲击下，官军开始溃退。这时，燕中军将谭渊见敌阵尘烟腾起，知是敌军败退，便带军迎击。但败师如潮，势不可遏，谭渊竞在鏖战中被都指挥庄得杀死。时天已向暮，朱能、张武 等率大军并进。朱棣也乘昏黑亲率劲骑掩出敌背，与朱能等合军，双方展开一场激烈的混战，死伤甚众，官军都指挥庄得、骁将楚智、皂旗张等皆殁于阵。庄得本为皂隶，因功而擢为军官，在怀来之战中，官军失败，只有庄得一支军完整无损。楚智曾经从冯胜、蓝玉、出塞征讨，后率军随李景隆讨伐燕军，每战必奋勇，燕兵只要远望见他的旗帜，便吓得发抖，到此时，因为坐骑陷落，被执而死。皂旗张，不知道叫什么名字，可力挽千斤，海战辄挥皂旗先驱，故名皂旗张。死时犹执旗不仆 。这一仗，直打到天色昏黑，才各自敛军还营。
四野一片漆黑，一弯如钩的下弦月只在天上露了一面便向西落去。满天繁星默默地眨着眼睛，它们无法看清这遥远的大地上到底发生了什么。在白天激战的土地上不时传来断续的呻吟。
朱棣和他的几十个亲从骑兵，找个就便的地方宿营了。他们已经习惯于这种东征西战的军伍生活。午前半天的行军，午后半天的激战，已经使他们筋疲力尽了。他们倒头便睡，把一切都交给来日了。
红日渐渐露出了地平线。平原上的日出，壮美绚丽，散乱的旌旗、横躺竖卧的士兵、战马、帐篷都染上了鲜红的轮廓。朱棣睁开双眼，原地坐起，他看到亲从们还在酣睡，实在不忍心叫醒他们。他伸了伸胳膊向远处望去，不好，怎么四周全是敌兵？原来昨晚在混敌中，他们竟在敌人阵中扎了营。他急忙叫醒了亲从。他们都说赶快撤离，不然将无法逃脱，朱棣看了看四周布满的敌兵，认为如此仓皇逃离，肯定会被敌人发觉而拦劫。这几十个人是无论如何也难以逃脱的。他让大家不要害怕，只有如此这般才有可能安全离开这里。
他下令亲兵们整装上马，镇定自若，引马鸣角，大模大样地穿营而出。官军看到一骠人马穿营而过，而为首的一人气度不凡，正是首逆朱棣。他们怎么竟会在自己的身边？在惊愕中，官军士兵们还没弄清是怎么回事，朱棣他们早已穿营而出，待想起追赶，已经晚了 。
第二天，朱棣与众将军总结战争失利的原因。他说：“昨日谭渊见贼走，逆击太早，不能成功。兵法所谓‘穷寇无遏’。我先止渊，令其整兵以待，俟贼奔过，顺其势而击之，为是故也。然贼虽少挫，其锋尚锐，必致死来斗。大抵临敌，贵于审机变，识进退，须以计破之。今日贼来，尔等与战，我以精骑往来阵间。贼有可乘之处，即突入击之。两阵相当，将勇者胜，此光武所以破王寻也。”
朱棣整顿军伍，准备再战。两军摆开阵势，燕军在东北，官军在西南，好一场拼杀，朱棣临阵督战，张奇兵出入阵间，随机应变，一见燕军受敌，即驰赴之。诸将遥见燕王旗帜，辄欢呼震地，军士无不踊跃争进，自辰(早八点到十点)至未(十四点到十六点)，屡进屡退，胜负未决。双方将士皆已疲惫不堪，各自坐地而息。已而复起再战，相持不退，又用弓矢交相射杀。忽然，东北风大起，尘埃涨天，沙砾击面。官军逆风畔目，咫尺不见。燕师顺风大呼，纵左右翼横击之，钲鼓之声震地。官军大败，纷纷弃兵而走，燕军追至滹沱河，践溺而死者不可胜计。燕军遣散降兵，尽获官军器械辎重。盛庸退保德州。
朱棣战罢回营，尘埃满面，将士无从辨认。等到听见说话声音，大家才知道是朱棣，诸将趋前来见，相视大笑。
此役之初，盛庸颇有骄意，认为此举必摧灭燕军无疑。诸将随身携带了金银器皿及锦绣衣服，准备攻破北平时大举宴会，及至战败，所带物品尽为燕军所得。反观东昌之役，燕军惨败，且折大将，众将士无不欲复仇血耻，故人人奋励。官军之败，还有一个原因，就是与盛庸互为犄角的吴杰等未能发挥作用。吴杰、平安拥十万之众，本欲与盛庸合兵，但军行至离盛庸八十里，听说盛庸已败，便退回了真定。双方激战时，如吴杰、平安能率众助战，胜负实未可知。即使庸军战败之后，吴杰等赴援，以久蓄精锐之师出击争战疲惫之旅，转败为胜，也是可能的。至于交战之中狂风骤起，而燕军恰值顺风，就非人力所能逆料了。燕军之胜，只可说是险胜。
藁城之役
二十三日，朱棣遣使向北平报捷，不料官军万余驻扎于滹沱河南岸单家桥，道路不通。信使当晚回朱棣军中报告。朱棣自不能容忍。第二天，他率兵北上，往击其营，一战而溃之。
这一天，燕军移驻楼子营。根据朱棣分析，驻在真定的吴杰与平安没能与盛庸合军，是因为吴杰等忌功。盛庸战败，正是吴杰要高兴的。这时该轮到他一显身手，独占其功。朱棣说：“吴杰等若婴城固守，则为上策。若军出即归，避我不战，则为中策，若来求战，则为下策。今其必出，破之必矣。”
诸将说：“彼闻盛庸已败，必不敢出。”
朱棣说：“不然。吴杰、平安拥众十万，不得与盛庸合者，以我军居中，隔离其势。今逗而不出，有旷期失律老师费财之责。”他指出平安必出无疑。针对这种形势，他制定了一套策略，令诸军伪装解散，托言四出取粮，给敌人造成空虚的假象。敌人得到消息，必然乘虚而来。而燕军一出便回，严师待敌。平安一定会落入圈套。
燕军依计行事，军士解散，四出取粮。又有一些校尉荷担抱婴儿，假作避兵的百姓，奔入真定城，宣传燕军四出取粮，营中无备的谣言。真定守军听说此情，果然决定出师欲袭其不备。
闰三月七日，派出到真定刺探情报的都指挥郑亨、李远等报告，吴杰军现驻滹沱河北，离燕军七十里。朱棣暗想，吴杰出城果不出所料。他对诸将说：“贼不量力揣智，妄欲求战，譬犹乳犬之犯虎，伏雌之搏猩也。虽有斗，必死随之矣。且盛庸既败，今复来，此天意所欲两败之也。”
朱棣命诸军渡河。时天色已晚，诸将请求明早再渡。都指挥陆荣甚至说：“今日十恶大败，兵家所忌，不可济师。”
朱棣非常坚决，他说：“吾千里求战，忧贼不出，百计诱之。今其在外，是贼送死之秋。夫时不再得，机惟易失。今时机如此，岂可缓也！借使缓之，贼退真定，城坚粮足，攻之不克，欲战不应，欲退不能，是坐受其蔽。若拘小忌，终误大谋。”说着，朱棣便策马首先渡河。
朱棣相信天命，故常以天吓之，甚至攻打沧州时伪造天象诱说将士，如今陆荣以阴阳家说阻止进军，他反而说不要拘小忌以误大谋。朱棣是一个明决的统帅，他懂得时机对战争常常起到决定作用，他虽不免迷信天命，但似更相信人谋。朱棣的决心，使诸将除了服从没有回旋的余地。
朱棣策马渡河，刘才执辔而从。刘才发现河水较深，骑兵可以渡过，步军、辎重可能会被河水淹没。朱棣立即决定，骑兵从上流渡，步军、辎重从下流渡。成千上万的骑兵穿河而行，流水为之所逼，下游水浅，辎重等得以安全过河。朱棣率三千骑兵，循河西进，走了二十里，果然与官军相遇，于是便在藁城扎营。这一天天色已晚，双方只是略作交锋便各自收兵还营了。但朱棣唯恐官军退回城内，便亲率数十骑逼近敌营而宿，以牵制敌军。燕兵犷悍，利于野战，故唯恐官军闭城不出，出又担心其复入。惜乎官军中无人识此机窍。不然，只需坚壁清野，燕军真的会陷入“攻之不克，欲战不应，欲退不能”的局面。用兵不仅在于人众兵强，还在于审时度势，敌已知彼。如此，则先有胜算在握。
初十，双方交战。吴杰军列方阵于西南。朱棣一见不觉失笑。他向诸将指说：“方阵四面受敌，岂能取胜？我以精骑攻其一隅，一隅败，则其余自溃。于是朱棣派兵牵制敌阵三面，而倾尽全部精锐攻其东北隅。双方展开了一场激烈的混战。
朱棣本人带骁骑数百人，循滹沱河绕出敌后，突入敌阵，大呼奋击。平安军中，树有用木头绑缚的望楼，有好几丈高。激战中，平安登楼了望，指挥官军发强弩射杀燕军。万箭如雨向朱棣射来，朱棣的旗帜上箭集如同猬毛，燕军死伤甚众。忽然大风从天而降，飞屋拔树，声震如雷。平安无法再在木楼上指挥。燕军乘势四面冲杀，官军大乱，都指挥邓戬、陈鹏被燕军擒获。吴杰、平安军退入真定城中。
这一仗，官军损失六万余，军资器械也多为燕军所得。然而燕军虽胜，也颇为不易。第二天，朱棣派人把那面箭如猬毛的军旗送还北平，并写信告诉世子，要谨慎收藏，留给后世子孙看，让他们知道今日御祸艰难。都督顾成是位久经沙场的老将，他从小便随朱元璋起兵，见过各种激战。此时他因被俘已投入燕军，辅世子在北平居守。他看到这面战旗，不禁感动得潸然泪下，他对太子说：“臣自幼从军，多历战，今老矣，未尝见此战也。”所可异者，白沟河、夹河、藁城三战，燕军皆得风助，实为侥幸。
燕军乘胜南下，走顺德、广平、至大名，河北郡县多降附，形势急转直下。
使命往还
朝廷听说盛庸在夹河败兵，并未能拿出高策对局势有所挽回，而是再次宣布贬逐齐泰、黄子澄，以取消朱棣兴兵的口实。上次，齐、黄被罢，朱棣不予理睬，此次齐、黄被贬，更显见朝廷的无能。朱棣知道朝廷是不会就此认输的，朝廷也知道朱棣更不会就此罢兵。朝廷将齐、黄明为窜逐，实派出募兵，朱棣则就此抓住时机，上书朝廷申诉冤屈，争取舆论，暗中秣马励兵以图再战。
窃惟二帝三王之治天下，无他术也，用建皇极而已。皇极者，大中至正之道也。以大中至正之道治天下，天下岂有不治者乎？大中至正之道非人为之，盖天理之所固有，为人君者特守而行之，则佞人必远，贤人不近而自近，九族不睦而自睦，百姓不均而自均，无所往而不当矣。《洪范》曰：“无偏无党，王道平平，岂非大中至正之道也欤？”
若其为君者蔽其聪明，不亲政事，近佞臣，远贤人，离九族，扰百姓。彰过失于天下；为臣者逞奸邪，图不轨，以危社稷，孰能举二帝三王治天下之大经大法以陈于前哉！
尝观汉唐以来大有为之君，亦不出于二帝三王之道，故能长久者也。今昧帝王大中至正之道，日以诛灭亲王为心，父皇太祖高皇帝宾天，未及一月，听流言而罪周王，破其家，灭其国，不旋踵而罪代王，湘王无罪，令其阖宫自焚，齐王亦无罪，降为庶人，拘囚京师，岷王削爵，流于漳州，至于二十五弟病不与药，死即焚之，弃骸于江。呜呼，彼奸臣者，其毒甚于狼虎。我父皇子孙几何，能消几日而尽害之至此，痛切于心。
岂意祸机日兴月盛，我守国奉藩，遵礼畏义，本无一毫之犯，又结构恶少，彼来屠我，动天下之兵，骚四方之众，直欲必灭而后已。
夫兵，不祥之器也，圣人不得已用之。本为保生民，诛讨奸恶，以报大仇。上荷天地祖宗神明冥加佑护，凡战必胜，实非善用兵也。独念兵甲不息，天下生灵涂炭，何日而已，为民父母，能不惕然而恤之哉！我之将士日望宽恩以遂其生，已尝具奏，冀回好生之心，以免无罪而死于白刃之下者，上不能允。岂期奸臣进兵不已，屡战屡败。生灵何辜？遭此荼毒，肝脑涂地！我虽战胜，哀悯之心，宁有已乎？
迩者侧闻诸奸恶已见窜逐，虽未伏铁钺之诛，然亦可少谢天人之怒。於此可见审之明而断之果，可以复太祖之仇，可以全骨肉之恩，可以保天下於几危，可以措社稷于悠久，故闻之不胜踊跃。诚如是，则非特我之幸，实社稷之幸，天下之幸也。
惟日夜冀休兵之旨，其罪恶盖已了然明白，曲直之情，虽三尺之童，不待言而知之。是兵可解，冤可刷，而恩可推也。何故执持不改，外示窜逐奸恶之名，而中实主屠害宗藩之志。
往者自念无罪，而茅土见削，子孙不保，受屈万世，宁俯首蒙耻，甘受芟夷，不顾宗庙子孙乎？见兵四集，心震胆悼，不知所为，左右彷徨求贳死于旦夕，遂以兵自救。诚知以区区一隅之人，当天下之众，鲜有不摧灭者，徒以须臾喘息，延缓岁月，冀或有回旋之日也。身亲行阵於今三年，赖天地眷佑，父皇母后圣灵保佑予躬，战胜攻克。每见锋镝之下，死亡者众，痛伤于心，故恒戒将士曰：“天下军民皆父皇赤子，驱迫战斗，彼何罪焉？其毋杀之。吾畏死所以救死，彼之畏死，其情盖同，由是降者悉释之，全活者不知几千万人矣。”
往者，耿炳文以兵三十万欲加戕灭，败之於真定，既而李景隆两动天下之兵，号百万之众，直来见杀。李景隆盖赵括之流也，手握重兵，骄肆无谋，视我如囊中物，可探而有，曾无毫发警惧之意。夫战，孔子所慎，而李景隆易之。白面小儿，岂足以当大事！惟解饮酒挟妓，酣呼歌舞而已。故首败之于郑村坝，继败之于白沟河，追奔至于济南，百万之众，两战沦没，可谓极矣。於此之时，冀或有开悟之萌，下责己之诏，引领南望。重增欷歔。
未几，盛庸以三十万之众复来见逼，庸本鄙夫，何足算也。夹河才战，一败冰释。吴杰、平安以十万继进，战略藁城，遂尔奔北。
前后大小之战莫知其几，然无一不败之者何也？盖属众有必死之心，而无求生之望故也。臣每战胜，愈加忧畏，恐鹬蚌相持，渔人得利。
窃惟奸臣已逐，左右必皆忠良之臣，识负胜之机，或虑及此，必开心见诚，惩难悔祸，以解兵衅，休军息民，保全骨肉。因循至今，而德州之兵日集，是必欲加屠害而后已。
臣忝居叔父，肺腑至亲，何苦见困如此？今天下之兵，数战已尽，复闻召募民间子弟为兵，驱此白徒，以冒死地。又况馈运供需，百费劳弊。倘此一战不胜，则势危矣。诚不忍至此，伏望回心易虑，起春育之仁，隆亲亲之义，复诸王之爵，休息兵马，销锋镝为农器，以安天下之军民，使各遂其生，其恩莫大也。我父皇在天之灵，亦安宁慰悦矣。如不允所言，一旦社稷落奸臣之手，则贻笑万世矣。
夫大厦之倾，岂一木所能独支？鹍鹏扶摇，非一翼所能独运。自古帝王建万世之基者，莫不以敦睦九族，崇重藩屏之所致也。且弃履道旁，尚或收之，而至亲哀穷，宁无怜恻之者乎？故犹不敢自绝，披露腹心，献书阙下，恭望下哀痛之诏，布旷荡之恩，使得老死藩屏，报效朝廷，则基业有万年之安，子孙亦享万年之福矣。二帝三王大中至正之道，岂有加於此哉！冒渎威严，幸惟垂察。
朱棣起兵，说是朝廷中出了奸臣，因而称自己的造反为“靖难”。现在“奸臣”已经放逐，朱棣起兵便失去了口实。但根本问题并不在于有否奸臣，皇位的诱惑力越来越强。如果说朱棣起兵之初对这次“靖难”胜利与否尚无把握的话，那么，现在经过了两年多的较量，朱棣已为自己打出了一个新的局面。固然，朱棣曾在白沟河被困，在济南受挫，在东昌败北，但总的来说，朱棣毕竟已经打出了北平一隅之地。北平、大宁、保定一带，均已在朱棣的掌握之中，如今更迫使朝廷放逐了它的两位肱股重臣，哪怕是名义上的放逐。时至今日，朱棣能够善罢甘休吗？他能够为朝廷的拙劣策划所欺骗吗？绝对不能。但朱棣懂得，要获得真正的胜利还有一段艰苦的路要走。而且，他十分懂得舆论的力量。如果说，在起兵之时他指斥奸臣乱政，朝廷加罪还会得到一些不明真相的人的同情的话。那么，如今朝廷不计其谋叛之罪，主动放逐所指奸臣，朱棣再不撤兵甚至仍无所表示便于理难容了。然而朱棣绝不会按朝廷划出的道走。他首先要申明“是非曲直”，向天下宣告自己是无罪受罪，继而，他尖锐地指出如今朝廷不过是“外示窜逐之名，而中实主屠害宗藩之志”，朝廷的既定方针并没有改变。君不见“德州之兵日集”，“复闻召募民间子弟为兵”！他以“叔父”、“至亲”的名义要求朱允炆“下哀痛之诏，布旷荡之恩”，既要承认错误又要实际撤兵，不如此，这场战争将继续打下去。按朱棣的说法，曲在朝廷，而且朝廷应该首先撤兵，至于自己则是在被迫自救。球又踢回到朝廷一边。
却说朝廷虽表面窜逐齐、黄而仍用其谋，且实遣其出四处募兵。这时，方孝孺成为朝中的主要谋臣。此人虽博学方正，但缺少机变，不善权谋，与朱棣、姚广孝之老谋深算，适成对照。
朱棣的上书送到南京，方孝孺认为这正是缓滞燕兵的机会。他向建文帝提议对朱棣的上书给予回答，可以用来松懈燕兵的斗志。书信往还至少也需一两个月时间。燕军久驻大名，又将值暑热淫雨季节，不战自罢，这期间，官军各路兵马已逐渐集中，只待远路的云南军队来到，便可对燕军展开大战。方孝孺还建议，调辽东军马攻永平，调德州军马扰北平，其根本之地受敌，必然撤兵归援，那时，大军齐集，追蹑其后，定可一举而破燕兵。方孝孺敦促说：“事已垂成，机不可失。”
建文帝听了方孝孺的议论，觉得他的主意不错，决定派遣大理少卿薛岩等■诏到燕军宣布休兵。建文帝令方孝孺草诏，大致说：赦免燕王父子及诸将士之罪，使归本国，勿预兵政，仍复王爵，永为藩辅。
四月十六日 ，薛岩■诏北上燕军，他随身还携带了数千张用小黄纸印的宣谕，到燕军秘密散发，以使燕军将士都知道朝廷的钦令，不要再追随叛贼。
薛岩■天子诏，来到燕军。朱棣读罢诏书，冷笑说：“帝王之道，自有弘度，发号施令，昭大信于天下，岂可挟诈，以祖宗基业为戏耶！”岩等俯伏惶恐久之。朱棣说：“诏语如是，尔承命之言何如？”岩曰：“但欲殿下释兵，来谢孝陵，则兵可息。”朱棣曰：“宗藩阽危，祸难不已，社稷深忧，必执奸丑献俘太祖，以谢孝陵，我之愿也。所典之兵，受之皇考，以为护卫，用备不虞。制度已定，难以更改。今欲释兵，是以徒手待缚，此奸臣谬计，欲以欺人，虽三尺童子不为所罔矣。” 朱棣说着手指怒目金刚般的侍卫将士说：“有丈夫者！”薛岩惶恐不能回答。诸将士持刀按剑，喧哗不已，要求杀死薛岩。朱棣自然也不相信诏书中关于撤军的许诺，或者说他自己根本不愿接受朝廷提出的条件。然而他知道现在朝廷既然放逐齐、黄，既然派来命使，他也不能表现得气量过于狭窄。现在是他争取天下舆论的时候。他拦住愤怒的将士说：“奸臣不过数人，(薛)岩天子命使，毋妄言！”
在众怒目环顾之中，薛岩战栗不已，流汗被体。他倒不一定是怕死，他自己也感到不解的是在这个场合本当慷慨陈辞，舌战群儒，而如今为什么说不出话来，这样岂不有辱使命了吗？朱棣的话虽为他解了围，但他的心并不因此而安。朱棣对诸将说：“吾见薛岩等言媚而视远，此来觇我虚实，非求和也。宜耀武以示之。” 于是，他传令各军集合列队，请朝使检阅。薛岩整理衣冠，振作精神，根据朱棣的安排阅视燕军。官军在前线失利，这是举国都知道的事实，但数十万官军为什么竟会与燕军不能相敌呢？薛岩也真想看看燕军究竟如何。薛岩随燕军中官登高阅视，只见燕军营寨相连，一望无边，据说绵亘百余里。营间戈甲旌旗照耀原野，将士驰射操练，钲鼓宣呼，震天动地。薛岩本一介书生，虽身为大理少卿，但未尝亲军旅，如此阵势，他还是第一次见到。燕军如此强大威武的军容，不禁令薛岩暗中咂舌。作为天子命使，薜岩受到款待，在燕军中一连停留数日。他对燕军的更进一步了解，使得他对这场战争还能否打下去产生了怀疑。他来这里，本来是为了传布钦命，劝说燕王，想不到却几乎成了燕王的精神俘虏。
朱棣派中使送薛岩出境。临行，朱棣对薛岩说：“归，为老臣谢天子。天子于臣至亲，臣父，天子大父。天子父，臣同产兄。臣为藩王，富贵已极，复何望，天子素厚爱臣，一旦为权奸谗构，以至于死。臣不得已，为救死耳。幸蒙诏罢兵，臣一家不胜感戴。但奸臣尚在，大军未还，臣将士心存狐疑，未肯遽散。望皇上诛权奸，散天下兵，臣父子单骑归阙下，惟陛下命之。”
朝廷不相信朱棣会就此罢兵。朱棣也不相信朝廷会真的遵守诺言。双方都在故作姿态，要求对方做出实质让步。
薛岩回到南京，向建文君臣报告此次燕军之行。他带回来一个信息，燕军军容整肃，上下一心，战场上既不好对付，用计谋也难于使其上当。
在使命往还之时，燕军与官军之间的较量并未停止，双方都在做出新的布置，勿宁说在酝酿着一场新的大战。
薛岩出使燕军是在四月十六日，就在五天以后的二十日，总兵官盛庸便令驿马传书吴杰、平安，领兵会合德州以图北进。薛岩离开燕营后不到十天，彰德各处及德州的兵马便袭击了燕军的运粮兵，杀死数百人，活捉了指挥张彬。五月十五日，官军再袭击燕军饷道。官军的行动令朱棣不能容忍，总兵官调兵的驿书，又被燕军截获。这些，都成了朱棣拥重为逆的新的口实。为博得舆论的同情，说明曲在朝廷，朱棣于十五日派指挥武胜再次上书朝廷，质问朝廷“遣使息兵”是诚是伪。并表示如此下去，绝不息兵。上书说：
张设机阱，以相掩陷，令人岂能自安？且欲令释兵，可乎，不可乎？德州、真定之兵朝散，我夕即敛师归国，今兵势四集，纲罗四方，不能无畏，是兵绝不可离，离则为人所祸。此不待明者而后知也。
朱棣进一步蛮横狡辩，说自己拥兵是奉了“皇父明训”，他指的是朱元璋在世时曾命他节制北平、辽东、大宁、宣府的军马，既然受命于太祖，那么“岂可委捐”？十分明显，这种狡辩是不合逻辑的。朝廷要朱棣撤兵，可以说与朱元璋命他节制诸军毫无关系。朱棣说，如果朝廷真的“以社稷为重，宗藩为心，宣大信于天下”的话，就不会计较燕军所控制的蕞尔之地了。这就更加无理了。“普天之下，莫非王土，率土之宾，莫非王臣”。如果任何一位亲王都可以凭借武力，随意占领“蕞尔之地”，那将置朝廷于何地？最后，他又摆出一副只有他才是祖业维护者的架子。并企图用“亲亲之义”打动建文帝，而其核心要求是朝廷撤兵：
思维父皇创业艰难，子孙不保，如此之际宁不寒心。今兵连祸结，天下频年旱蝗，民不聊生。强凌弱，众暴寡，饥民逢聚，号肃山林，相扇为盗，官府不能禁制。其势滋蔓，势有可畏。祖宗基业将见危殆，所谓寒心者此也。抑未知虑至此否乎？
夫天下，神器也，得之甚难，而失之甚易。伏望戒谨於所易失，而持守於所难得，体上帝好生之德，全骨肉亲亲之义。我弟周王久羁绝缴瘴疠之地，恐一旦忧郁成疾。脱有不讳，则上拂父皇母后钟爱之心，下负残杀叔父之名，贻笑于万载矣。昔汉文帝称为贤君。“尺布斗粟”之谣，有损盛德，至今人得议焉。诚愿采择所言，矜其恳切，早得息兵安民，以保宗祧，恩莫大焉。”
然而建文帝不为所动，将武胜逮入锦衣卫监狱。
望不到尽头的战争
朱棣得知武胜已被逮入狱，知道使节战就到此为止了。它无异于朝廷决定与燕军再次开战的宣言。
朱棣说：“今武胜既执，则志不可转。自古敌国往来，理无执使，但执使，即为挑衅。其所以若此是必欲见灭我矣。岂能匏系于此，为人所制乎？”
朱棣分析官军形势，认为其精锐皆集中于德州，其资粮皆须经过徐、沛。他决定调轻骑数千，烧其粮船。如此，则德州之饷必不给，众必瓦解。然后严师待之，以逸击劳，以饱击饥，可以必胜。于是，朱棣派遣都指挥李远等率六千骑，扰官军饷道。
为了靠近官军，使之不疑。李远等人换上官军的甲胄，但又恐两军临阵，彼此不分，便约定临战时每个战士都要在身后插上一把柳枝。李远等人直驱东南，渐入官军控制的地区。他们一路来到济宁谷亭、沛县 ，敌人竟未发觉。李远将军兴以来官军在此的全部积储付之一炬，粮船数万艘、粮数百万尽行焚毁，军资器械俱为煨烬。河水尽热，鱼鳖皆浮死，漕运军士惊骇而散。这一仗不仅使德州驻军的粮饷难以为继，而且震动了京师。盛庸听说官军粮饷被焚，派裨将袁宇领步军三万，邀劫其归路。李远知袁军迫近，便在村中设伏兵，而以少数骑兵将敌兵诱入埋伏。官军大败，战死万余人，损失战马三千匹。
朱棣驻军大名，在派兵赴沛县前后，分兵骚扰彰德。彰德在河南，由都督赵靖率师把守。府东北有尾尖寨，为晋以来所置古堡。地当要冲，路经险隘。官军在此也驻有军队，并动员当地百姓共同把守。以阻挡燕军饷道，与彰德相犄角。朱棣设计，派骑兵数人每日往来于彰德城下，扰其樵采。守军来追则引去。城中乏薪，不将已，往往拆屋为炊。这时朱棣说：“贼窘迫，遥见人少，必来追，吾必擒贼，使其闭门，不复敢出。”于是，派入伏兵于城旁山麓，另派几名骑兵到城下诱敌。官军果出城来追，正中埋伏，仓皇奔入城中，从此不敢出城。继而，朱棣派兵进攻尾尖寨。通向尾尖寨的路十分狭窄，只容一人通过。元末大乱，乡民聚众自保，虽仅数百人，但数万兵攻之不能破。朱棣观此形势，认为硬攻不易得手，只会白白死伤士卒。他决定暂缓进攻，待敌人稍有麻痹，再以计攻之。不久，燕军出钱觅得一个熟悉路的人为向导。命都指挥张礼带兵千余，乘月夜往攻尾尖寨。这天傍晚，下着小雨，张礼屯兵寨下。他挑选了勇士十余人偷偷攀登近寨，杀死守关者，留其一人引路直抵寨门。燕军突然举炮，守军惊乱。张礼向寨中大呼：“我先锋也，大军已驻寨下，尔等速降则生，不降，其大军且至，即破关，欲降无及矣。”
守寨军民以为其寨不可守，纷纷投降。既而林县守军也率众举城而降。
尾尖寨既下，朱棣派人前去招降赵清。使人入彰德，说明来意，赵清令其传话给朱棣：“殿下至京城日，但以二指许帖召臣，臣不敢不至。今未敢也。”使者回报朱棣，朱棣甚喜。他想到了攻下南京之日，天下传檄而定，谁敢不从。于是便放松对彰德的进攻 。
燕军逐渐南进，离北平日远。南进既不能速决，北平则颇有后顾之忧。这时，驻守真定的平安料定北平空虚，便率兵北上进攻北平。官军营于平村，离城五十里，扰其耕牧。燕世子朱高炽督众固守，遣人急驰南下燕王军中告急。朱棣正担心德州的官军可能会乘虚北进，却没想到平安军会进攻北平。燕军急还师至真定 。接到世子送来消息，说是北平被围，朱棣召都指挥刘江商议对策。刘江慷慨请行，并表示正在考虑如何对付。这时朱高煦也请求与刘江一同先行北上。刘江说，就这样走不行，如此疲于奔命，徒为敌人耻笑。过了一会儿，刘江计上心来，对朱棣说：“臣策成矣！”朱棣十分高兴，招呼备酒送行。刘江与朱棣约定：“臣至北平，以炮响为号。二次炮响则决围，三次炮响则进城。若不闻第三炮则臣战死矣。臣若入城中，既闻外间救至，则守城军士勇气自倍。宜令军士人带十炮，为殿者放炮常不绝声。则远近皆谓大军既来，平保儿必骇散矣。”保儿是平安的小名。朱棣大喜。决定就照刘江说的办。于是，他派都指挥刘江率千余人回北平。令其一路要虚张声势，造成大军回师的假象。他还嘱咐说：“汝引兵渡滹沱河，由间道而行，张军声，多设间谍。若遇贼少，可击则击之。若贼众我寡，便昼为疑兵，多引旌旗，相屑不绝；夜多张火炬，使钲鼓相应。贼必谓大军回，惧而不进。汝急趋入北平。若贼来侵境，会守城军兵共击之。”
但是虚张的声势，并没有使官军放弃袭击北平的行动。刘江回到北平，会北平守军出击官军，平安才败走，还师真定。
这时这场打了两年有余的战争已经渐入胶滞状态。朱棣大军徘徊转战于北平河南之间，难于向南推进，官军阻止了朱棣的攻势，但却无法从根本上扼制燕军，而燕军骚扰饷道，又给官军带来了很大困难。交战双方都想要摆脱这种局面，都在寻找新的机会。
朱棣一共有四个儿子，长子朱高炽为世子，此时正坚守北平，但朱棣并不十分喜欢他，而更喜欢狡黠聪慧的朱高煦、朱高燧。朱高煦随朱棣靖难军中勇武善战，不仅多次立有战功，而且曾救朱棣于危难，因而最受朱棣钟爱。朱高煦本人当然也觉得凭自己的本领，不该屈居人下。他也明白，如今随父王靖难，目的在于夺取皇位，而朱棣一旦做了皇帝，那世子就会成为太子，成为当然的皇储。这似乎不太公平。如此出生入死，岂能为他人做嫁衣裳！燕府宦官中有位黄俨，与朱高燧甚为要好。他知道朱高燧的心思，也了解朱棣的偏爱。他与朱高燧共谋排陷朱高炽，同样意在取而代之。
陕西布政使司佥事林嘉猷，是方孝孺的学生，与方孝孺同为宁海人。这位佥事在洪武年间以儒士身份赴四川校文，建文初年入史馆为编修。他曾因事到过燕王府中，知道朱棣、朱高燧与朱高炽之间的矛盾。这事他曾对方孝孺说过。 此时，南北战争相持不下，方孝孺认为这将是个可乘之机。他向建文帝建议利用这一矛盾，使朱棣、朱高炽父子互生嫌疑，迫使朱棣撤兵安定后方。于是，建文帝命方孝孺给朱高炽写信。派锦衣卫千户张安暗中带往北平，送给朱高炽。
朱棣带众兄弟南征北战，朱高炽留守北平，为自身计，当然也会竭尽全力。他知道朱棣并不喜欢他，而朱高燧又处处与之为难，自感处境艰难，因而时刻惕励，事父王兄弟惟恐不谨。这时突然见到朝廷送来密信，不禁大惊。南北兵戈相见，实为寇仇。虽然交战双方信使往还并不逾常情，但既为天子命使，为何不光明正大地送来而要派人潜身密行。其中必有奸计。一封密信已经将朱高炽置于尴尬之中。且不论信中所言何事，只要朱高炽接了，便会在朱棣面前落得个与朝廷私相往来的罪名，若不接此信，也无法向朱棣解释为何朝廷来人与自己联系。朱高炽不免犯难。
朝中来人传书世子早在北平弄得满城风雨，朱高燧、黄俨自然完全知道。他们认为这件事正好为他们提供了打击世子的机会，因而一听到消息，便抢先派人驰赴军中向朱棣报告。
朱棣六军在外，时刻惦念家中，听说北平来人便急忙传进，原来是朱高燧寄信来，说是朝廷与世子通密谋，命其归顺，许封王爵。朱棣不禁大惊。朱棣最担心的是后方不稳，归路截断，朱高燧的话绝非子虚乌有，不敢深信而又不能不信。朱棣与世子之间嫌隙已非一日，他乘朱棣率师在外而与朝廷联手也并非没有可能。朱棣问这时侍立在旁的朱高煦，高煦自然不会站在世子一边，他说，世子从来便与皇太孙朱允炆相友善，高燧所报绝不会错。朱棣怀疑渐重，且渐生怒火。已经在盘算如何除去此心腹之患。正在此时，帐外忽报世子信使到。原来，朱高炽与谋臣商议，终决定对朝廷的信不启封，将其连同送信人张安，一同送往朱棣军中，以此表明心迹。朱棣先读世子来信，又拆读朝廷给世子的信，不觉出了一身冷汗，遽然喊道：“嗟乎！几杀吾子！”他下令将张安囚禁。一场风波总算平息。
朝廷仍在继续组织力量以对付燕军。盛庸传檄大同守将房昭引兵南下，房昭由紫禁关东进，袭击保定及周围诸县。房昭动员当地民众上山结寨，其首领授以指挥，千百户之名，房昭带兵驻守易州西水寨 。西水寨在万山丛中，房昭打算凭险久据于此，并进而窥伺北平。果能如此，将会对燕军造成威胁。朱棣说：“保定肱股郡，保定失，即北平危矣，岂可不援。”遂下令班师。
八月，燕师北渡滹沱河，至完县，凡各处结寨自守者，悉击破之，朱棣令孟善镇守保定，同时调集兵力，待机破房昭军。这时，谍报探得吴杰遣都指挥韦谅正在率兵万余为房昭转饷。朱棣便决定用切断敌军饷道的老办法，以瓦解房昭军。他说：“昭据西水寨，寨所乏粮耳。使真定■饷入，昭得固守，未易拔也。”他亲率精骑三万，击破韦谅，又令朱荣等以兵五千围定州。朱棣之意以为：房昭军被围，真定守军必来援救，但是不久前吴杰等被燕军战败，惊魂未定，其援兵所进必不锐猛。如果朱棣本人率一支轻骑袭击定州，故意给敌军留出空隙，真定守军必定会乘虚迅速来援。他令燕军据险以待，一旦援军到，朱棣便回师合击，必胜无疑。援军败，寨可不攻而下。
房昭寨久被围困，天已渐寒。而官军多南人，衣单不胜霜月。朱棣令习吴歌者近寨唱歌，以动军士思乡之念。万山丛中夜夜吴歌四起，官军闻之往往泪下，斗志尽解，甚而有偷偷下寨投降者。
燕军依计而行。九月中旬，朱棣分兵赴定州。官军果然出真定，迅速北援。十月初一，由都指挥花英率领的援兵果然来到易县西南百里的峨嵋山 下。朱棣率轻骑五千宵行，是日平明，亦赶来与围寨军合兵。官军都指挥华英 、郑琦以马步军三万余列阵待敌，朱棣纵兵击之。朱棣作战的老手法是善抄敌后，这时又令勇士执旗登山，潜出敌后，待占领敌后山头，便大张旗帜。官军见身后已布满敌兵，无不惊骇，斗志全消，纷纷溃败。官军被斩首者万余级，坠崖死者甚众。都指挥华英、郑琦、王恭、指挥詹忠等相继被俘，惟房昭、韦谅走脱。
西水寨既破，朱棣率师返回北平。在此前后，驻守辽东的官军也在向西推进，守将杨文带兵包围了永平，并以游兵万余抄掠蓟州、遵化诸郡县，对北平造成威胁。驻守永平的燕军主将郭亮飞报北平。朱棣立即命都指挥刘江带兵往援。刘江临行，朱棣向其面授机宜。朱棣料定官军闻知北平援军至，一定会退回山海关。他要求刘江“慎勿追之”，然后如此如此，必能打败官军。
刘江到永平，杨文等果然退回。按朱棣的策划，刘江在永平驻守一段时间，然后大张旗鼓地整饬队伍撤出永平，说是要回北平。刘江带大队人马缓行出城不过一二程之遥，复又收卷旗帜暗持甲兵乘夜趋回永平城中。官军只知刘江撤出，却不知其撤而复归，杨文等又卷土重来，袭击昌黎。这一形势完全不出朱棣所料。刘江出其不意，大败官军，斩杀数千人，擒获将领王雄等人。
