青海问题解决以后,清政府就把目光转移到西藏问题上来,西藏地处祖国西南边陲,和新疆、青海四川、云南等省相邻,境内佛教势力很大,各种教派纷呈。早在南宋淳化四年,西藏佛教派别中势力最大的萨迦派,俗称花教,教主萨迦班智达前往凉州 (今甘肃武威)觐见窝阔台的皇子阔端,议定西藏地方归顺蒙古大汗的条件及缴纳贡赋的品种与数量,从此,西藏就正式隶属于中国版图。萨迦班智达逝世后,其侄八思巴于元至元六年,被元世祖忽必烈封为“大宝法王”,即萨迦政权的创始人“第一任萨迦法王”,至此, 西藏历史上第一次出现了以“僧人统国”为特点的政教合一的地方政权。后来,元明统治者也都曾对西藏进行过有效的管辖。明末,固始汗派兵进入西藏,实际上控制了西藏地方政权。清初, 皇太极曾和西藏汗及佛教大喇嘛有书信往来,固始汗也曾派人专程抵达盛京,觐见太宗, 太宗优以厚礼。顺治帝时,达赖喇嘛与清朝的关系又有新的进展。 顺治九年,十二月十五日,达赖喇嘛及班禅、固始汗代表至京拜谒顺治帝。顺治十年二月,达赖辞归。四月,顺治封达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”, 赐满汉 藏三种金册、金印,封固始汗为“遵行文义敏慧固始汗”,赐满、汉、藏三种金册、金印。这样,正式确立了西藏地方政权对清中央政权的隶属关系。在西藏形成了政教分治、蒙藏统治者联合掌权的局面,清朝对西藏统治进一步加强了。
雍正即位后,于元年把留守驻藏的部队撤回内地只有四川的察木多(今西藏自治区昌都)留少量军队驻守,放宽了对西藏的控制。雍正五年,遂发生了阿尔布巴叛乱。
雍正初年,执政西藏的五噶伦内部矛盾逐渐尖锐起来,五名噶伦中,一派是后藏贵族康济鼐和颇罗鼐另一派是前藏贵族阿尔布巴、隆布鼐和扎尔鼐,七世达赖喇嘛的父亲索南达结则站在前藏贵族一边。两派势力中,前藏贵族势力较大,开始因管理前藏政务的康济鼐一直在阿里驻扎,防范准噶尔部,双方共事机会不多,盾遂被掩饰起来。平定罗卜藏丹津叛乱以后,清政府令康济鼐,遵旨于招地方,阿里地方两处来往,若康济鼐往阿里地方,其招地方事务,“即著贝子阿尔布巴总领办理”, 实际上把阿尔布巴置于康济鼐之下,这对于贵族地位较康济鼐高,实力比康济鼐强 又得到七世达赖喇嘛之父索南达结在暗中支持的阿尔布巴来说,是难以容忍的 。
雍正二年,冬,阿尔巴布策动西藏少数反动农奴主想夺取康济鼐之权,出兵杀害了康济鼐,企图投靠准噶尔叛乱势力。雍正命令将军查郎阿率川、陕、滇兵 万人进讨,清兵还未到达拉萨,颇罗鼐已带领后藏和阿里的讨叛军队 人截断了叛乱部队的归路。六年五月,颇罗鼐的军队攻到前藏,进入拉萨,派军队包围了布达拉宫等地,安抚前藏僧俗人民,于是各庙的喇嘛纷纷起来,擒获叛乱首恶分子阿尔布巴、隆布奈扎尔鼐等。西藏这次叛乱在西藏上下僧俗人民的共同努力下迅速平定,充分说明分裂国家统一的叛乱是如何不得人心,颇罗鼐把阿尔布巴等叛乱首恶拘禁起来,然后见了清驻藏大臣马喇、僧格,表示自己既已平叛抓获了仇人,即欲回后藏防守隘口。六年十二月,雍正以平定西藏有功封颇罗鼐为贝子,赏其兵丁银万两,为了吸取过去西藏动乱不断的教训,雍正决定派遣驻藏大臣长期驻西藏,代表中央政府管理政务驻藏大臣有正、副两人,率领川陕兵 分驻前、后藏,颇罗鼐受雍正谕旨总理藏政,遇有重大政务,必须向驻藏大臣陈述,不得专擅。从此以后,西藏处于中央政府代表的直接管理之下。