◎最后的晚餐
孔宋两个高官被打倒之后，傅斯年身心俱疲，心脏不堪重负，无力坚持工作，同时也为躲避孔宋集团可能失去理性的血腥报复，在友人故旧一再劝说下，只好让年轻有为的夏鼐代理史语所所长一职，自己于1947年6月携夫人与儿子傅仁轨前往美国波士顿伯利罕医院医疗，期间与胡适等人一起参与并操纵了国内院士选举活动。翌年夏天，傅氏归国并重新执掌史语所所务，只把儿子仁轨留在美国一个亲友家继续读书。
1948年9月23日至24日，中央研究院第一届院士暨纪念中央研究院成立20周年大会在南京北极阁举行。为表示对科学与知识分子的尊重，蒋介石撇下前线十万火急的战事，亲自出席会议并作了讲话，场面极其隆重热烈——这是国民党统治时期中国知识分子群体在苦难中深受瞩目和倍感荣光的绝响。未久，选出的81名院士便在战争硝烟炮火中被迫分道扬镳，"两处茫茫皆不见"了。据石璋如回忆："当时在研究院办了很热闹的庆祝活动。上午开会，晚上就请吃饭，从总办事处到地质研究所前头的空旷处，桌子一路排开，放上酒跟点心，夜里灯火通明，称作游园会。刚开始的时候人很多，爱去哪桌吃、喝酒都可以，可是天气不巧，打了响雷下起阵雨，大家就集中到总办事处的演讲大厅去了。"【40】石璋如没有继续描述此后诸位的心境，可以想像的是，众人或许都已清楚地意识到那串不期而至的惊雷，将是"主大凶"的卜相预兆——这是上帝为蒋家王朝在大陆的统治敲响的最后的丧钟。
前线传来了国民党军一个又一个战败覆亡的凶讯：
1948年9月12日，中共将领林彪指挥的东北野战军在辽宁省西部和沈阳、长春地区，对国民党军卫立煌部发起攻势，史称辽沈战役。此役东北野战军以伤亡6.9万人的代价，歼灭并俘获国民党兵力47万余人，并缴获了大批美制武器装备。国军元气大伤，彻底踏上了衰亡败退之路。
11月6日，中共华东、中原野战军与地方武装共60余万人在以徐州为中心，东起海州，西至商丘，北至临城，南达淮河的广大区域内，向集结在这一地区的70万国民党军发起强大攻势，是为淮海战役（南按：国民党称之为徐蚌会战）。解放军攻势凌厉，兵锋所至，所向披靡，国民党政府首都南京岌岌可危。
11月13日，号称一代"文胆"的蒋介石侍从室二处主任、总统府国策顾问、首席秘书陈布雷，看到国民党政权日暮途穷，灭亡在即，自己回天乏术，更无力解党国之危难，于痛苦悲愤中自杀身亡，以"尸谏"的古老形式表达了他对蒋介石的忠诚，以及对国民党政府前途命运的绝望。
此前，陈曾多次向蒋苦谏，谓"同共产党举行谈判，早日结束内战，国民党或许还能坐半个江山"。蒋答之曰："即使谈判也保不住半壁江山，只有背水一战，成败在天了。"【41】
面对山河崩裂，天地改色以及摇摇欲坠的国民党政府，蒋介石困兽犹斗，在决心背水一战的同时，没有听天由命，而是采纳了历史地理学家出身的著名策士张其昀的建议，决定着手经营台湾，作为日后退身之所和反攻大陆的基地。
在国民党军队大举败退台湾之前，根据蒋介石密令，除把约价值10亿美元的黄金和银元秘密运台外，科学教育界能搬迁的人、财、物尽量搬迁，先以台湾大学为基地，尔后慢慢站稳脚跟，以达到求生存、图发展之目的。因台湾大学原校长庄长恭履任半年便携眷悄然离职开溜，国民政府决定由傅斯年接任台大校长，着力经营关乎科学教育这一立国之本的重要基地。经朱家骅和傅斯年多次晤谈，傅勉强表示从命，欲"跳这一个火坑"（傅斯年语）。
1948年11月底，朱家骅奉命召开"中央研究院在京人员谈话会"，分别召集在京的七个研究所的负责人及相关人员参加，出席会议的有傅斯年、李济、陶孟和、姜立夫、陈省身、张钰哲、俞建章、罗宗洛、赵九章等，紧急商定了几条应对措施：
立即停止各所的基建、扩建工程，原备木料全部制成木箱以备搬迁之需；各所尽快征询同人意见，作好迁台准备。眷属可自行疏散，或于十日内迁往上海，可能出国者尽量助其成；南京地区文物、图书、仪器、文卷等先行集中上海，由安全小组封存，伺机再南运台湾等。
会议之后，各所组织人员携公私物资陆续向上海撤退，以"静观待变"。
与此同时，根据蒋介石和时任国民政府行政院院长翁文灏的指令（南按：翁接替宋子文任该职，本年11月26日辞职，做逃跑准备），在南京的故宫博物院、中央博物院筹备处、中央图书馆、中央研究院历史语言研究所等四家机构所藏的珍贵文物、图书和历史档案，全部装箱运往台湾。由教育部次长、中央博物院筹备处主任杭立武全权指挥。待一切准备就绪后，海军司令部派来"中鼎号"运输舰与一个连的官兵协助装运。此船共装运四家机构运来的古物和历史档案、标本、仪器等772箱，由李济担任押运官，全程负责运输、装卸事宜。
