1939年底，吴佩孚暴死。北平的日本占领军和汉奸政权重重祭奠了这位不肯屈就的大人物，甚至连日军侵华最高司令官也参加了公祭仪式，而华北沦陷区的各省市三日之内均下半旗志哀。
对吴佩孚之死，北伐中打败了吴佩孚的蒋介石亲致唁电给北平什锦花园吴公馆：“先生托志春秋，精忠许国，比岁以还，处境弥艰，劲节弥厉，虽暴敌肆其诱胁，群奸竭其簧鼓，迄后屹立如山，不移不屈，大义炳耀，海宇崇钦。先生之身虽逝，而其坚贞之气，实足以作励兆民，流芳万古。”国民党元老吴稚晖是这样评价吴佩孚的，“子玉先生的品格，不论你政见如何，都是应该表示钦佩的。 ”中共元老董必武说：“吴佩孚虽然也是一个军阀，但有两点却和其他的军阀截然不同，第一，他生平崇拜我国历史上伟大的人物是关、岳，他在失败时，也不出洋，不居租界自失 ……他在失势时还能自践前言，这是许多人都称道他的事实。第二，吴氏做官数十年统治过几省的地盘，带领过几十万大兵，没有私蓄，也没置田产，有清廉名，比较他同时的那些军阀腰缠千百万，总算难能可贵。 ”国民政府与最高国防委员会还分别决议，追赠吴佩孚为一级上将。陪都的报纸上，更誉吴为“中国军人的典范”。
北洋政府时期数以百计的大小军阀，大多数出身行伍，唯吴佩孚以“秀才”著称。海外史家则称他是“学者军阀”和“至死都是儒家制度与价值观的一位颇具口才的辩护士”。如前所说，他是承前启后的军人，他的迂腐、僵化、愚忠使得他不及之前的曾、左、李一代将帅，又不及后来的蒋介石等新兴军人，儒家文化或说我们的传统文明封闭太久，被强行打开后，见光死去，或如木乃伊因风而散，封闭中的文明大墓中站着的数百个军阀们在不可知的命运之手牵引下打打杀杀，中间只是出了吴佩孚这样在外人眼里还像有个人样的人。可以说为儒家文化殉道者是如此稀罕可怜，令人欷?#91;感叹！
