因此，龚自珍始终只做了内阁中书、宗人府主事、礼部主事这样一些闲散的小官职，而且还不断受到主流士绅们的嘲笑、打击。他在当时士大夫中被视为“言多奇僻”的“狂士”，甚至称他为“龚呆子”。他那些猛烈抨击制度弊端的言论，就连他的一些知交都为他担心。如魏源在给他的一封信中就说：“吾与足下相爱不啻骨肉，常恨足下有不择言之病 ……若不择而施，则于明哲保身之义恐有悖。”他的外祖父段玉裁虽然十分欣赏他的才华，然而也写信给他，希望他“努力为名儒、为名臣，勿愿为名士”。
但这个天才命中注定做不了力挽狂澜的名儒名臣。虽然他关心国家大事，做好了做名儒名臣的准备。他提倡经世致用，精研西北历史地理。在诗中自道“九边烂熟等雕虫”。九边，原指从辽东到甘肃的九个边防重镇。九边烂熟，就是深谙边情之意。又有诗道：“掌故罗胸是国恩，小胥脱腕万言存。”他和当时一批有志之士如魏源、林则徐过从甚密，林则徐曾对他禁烟和杜绝白银外流的建议做了回复，信中说“责难陈义之高，博识宏远者不能言，非关切深注者不肯言。”他自觉地使学术研究与现实政治社会联系，使学术研究不流于空谈，而能实际有用，研究的课题也更多更广，所谓“为天地东西南北之学”，而特别致力于当代的典章制度和边疆民族地理，因而对现实政治社会问题提出了积极的建议——《西域置行省议》和《东南罢番舶议》，这一建议对抵抗外国资本主义侵略和巩固西北边疆是有重大的现实意义和历史意义的。后来的李鸿章对龚自珍也推许说，“古今雄伟非常之端，往往创于书生忧患之所得。龚氏自珍议西域置行省于道光朝，而卒大设于今日。”
这个天才几乎是徒托空言地自我设计。在防止外国势力侵入方面，龚自珍提出了严禁鸦片、限定通商口岸和商品种类、巩固边防等等主张。而在内政方面，他早年曾提出了“平均”的主张。他认为，要达到社会的“平均”，主要要整顿“人心世俗”，使人人都有“平均”的思想。“人心者，世俗之本也；世俗者，王运之本也。”而要使“人心”平，则首先要“王心”平。只要“王心”平，那就会物产丰盛，百僚受福，人民安乐。在《农宗》篇中，他还主张按宗法制度立大宗、小宗、群宗和闲民四类。大宗（有继承权的长子）继承父田一百亩，小宗（次子）和群宗（三子、四子）分田二十五亩，闲民（兄弟中最末者）则为佃户。他想得太细了，而由于时代的局限，所有这些改革主张都是在所谓“古方”名义下提出来的药方。他有一首诗说：“何敢自矜医国手，药方只贩古时丹。”其次，对于改革，他也只期望于逐步的改良，说什么“可以虑，可以更，不可以骤。”他知道英国，却不了解当时的天下文明之外的欧洲文明发生过的革命。
