12月 29日，十七省代表在南京举行临时大总统选举，孙中山以十六票当选。1912年元旦，孙中山宣誓就任南京临时政府大总统。有人认为宋教仁权利欲重，对他意见很大，甚至多把他看作一个威胁。孙中山提名宋教仁为国务院九部之一的内务总长的建议也没有通过，只给了他一个“法制院总裁”的头衔。宋并不介意，积极投入到临时约法的制订工作中，并以充任民主政权的叔孙通自勉。有人为他抱不平，他坦然说：“总长不总长，无关宏旨，我素主张内阁制，一个总长不做也罢。”
孙中山的临时大总统让位于袁世凯，为限制袁世凯专权，在南京公布了《中华民国临时约法》，将总统制改为内阁制。据此，袁世凯任命唐绍仪为第一任总理，宋教仁为农林总长。但强势人物非一内阁所能制约，袁世凯根本不愿受《临时约法》的约束，不到三个月，唐绍仪内阁即宣告垮台。面对袁世凯的坐大，同盟会已无力量抗衡，同盟会内部人心涣散，章太炎甚至宣扬：“革命功成，革命党消。”孙中山也有心转向建设铁路一类的实务。为保卫革命果实，宋教仁大力倡导“政党政治”和“责任内阁”，与政治专制倾向进行斗争。
1912年 8月 25日，他征得孙中山、黄兴同意，将同盟会与统一共和党、国民公党、国民共进会、共和促进会合并，正式成立国民党，取服务国民之意，孙中山任理事长，宋教仁当选为理事，嗣又被孙中山委任为代理理事长。宋教仁在湖北国民党支部欢迎会上所作的演讲中指出：“以前，我们是革命党，现在，我们是革命的政党。以前，我们是秘密的组织，现在，我们是公开的组织。以前，是旧的破坏的时期，现在，是新的建设的时期。以前，对于敌人，是拿出铁血的精神，同他们奋斗，现在，对于敌党，是拿出政治的见解，同他们奋斗 ……我们要在国会里，获得过半数以上的议席，进而在朝，就可以组成一党内阁，退而在野，也可以严密监督政府，使它有所惮而不敢妄为，该为的，也使它有所惮而不敢不为 ……如不能达成政党内阁，宁甘退让，如可改组政党内阁，虽他党出任总理，亦赞助之。”
这个年仅三十岁的革命者在关键时刻将革命党向执政党、议会党的功能大大推进了一步。由于他的努力，总统专裁的政治格局再次变为龙虎风云际会的政坛热闹。合并后的国民党在国会占了优势，宋教仁以为，只要控制了议会，就可以成立政党内阁和制定民主宪法。不仅他这样看，就是爱看戏的中国人也如此看待当时的政治。从 1913年元月开始，宋教仁在长沙、武汉、黄冈、九江、上海、杭州、南京等地发表竞选演说，作政治鼓动，批评袁世凯政府一年来的政策，言论风采，倾动一时。历史学家唐德刚如此写道：“他少年气盛，精力过人，心比天高，自命不凡，又生个倔强的个性和毫无顾忌的大嘴巴。做起演说来，听众掌声如潮，欢声雷动，使政敌听来，就真以为他是拔毛成兵的齐天大圣了。其实宋教仁不是袁世凯、蒋介石那一流的人物。在聚义堂中坐第一把交椅的不是八十万禁军教头的林冲，更不是力能打虎的武松，而是能调和一百单八条好汉的‘及时雨’宋江。虽然宋教仁也曾被他的政敌叫成梁山盗魁，但是渔父（宋的别号）是个直来直去的革命者，毕竟不是宋江。”
