然而，这样一个仁柔的皇帝，面对强藩，为形势所迫，不得不在一即位就把巩固自己的地位提到日程上来。大臣们也一再提出这个问题。
首先是朱允炆向黄子澄提起。他说：“先生忆昔东角门之言乎？”
“不敢忘。”黄子澄回答。
于是黄子澄与齐泰便开始策划削藩。
这时，户部侍郎卓敬也提出了削藩的建议。他说：“燕王智虑绝人，雄才大略，酷类先帝。北平形胜地，士马精强，金元所由兴。今宜徙封南昌，万一有变，亦易控制。夫将萌而未动者，几也；量时而可为者，势也。势非至刚莫能断，几非至明莫能察。”建文览疏大惊，连忙将它装入袖中，退回后宫。第二天，建文帝召见卓敬，问他这件事，卓敬说：“臣所言天下至计，愿陛下察之。” 朱允炆以为，削藩乃军国机密，尚在谋议之中，绝不能为外人道。卓敬虽为户部侍郎，但未令参与其事。再者，当时燕王雄踞北方，势力已成，徙封于南昌也并非轻而易举之事，而且齐黄诸人已有成算，因而没有采纳卓敬的建议。
此外还有高巍等人都提出了对宗藩的不同处理办法。
高巍，山西辽州人，在洪武时为表彰他的孝行，曾命他以太学生试职为前军都督府左断事。曾对施政提过一些好的意见。后因断事不称旨处以遣戍，特旨许弟程代役。建文帝即位，高巍请求还乡。不久辽州知州又应诏向朝廷推举他，他因此赴吏部尚书言事，提出他的对宗藩处理的方案。他说：高皇帝分封诸王，比之古制，既皆过当，诸王又率多骄逸不法，逆犯朝制。不削，朝廷纲纪不立，削之，则伤亲亲之恩。贾谊曰：“欲天下治安，莫如众建诸侯而少其力。”今盍师其意，勿行晁错削夺之谋，而效主父偃推恩之策。在北诸王，子弟分封于南；在南，子弟分封于北。如此则藩王之权，不削而自削矣。臣又愿益隆亲亲之礼。岁时伏腊使人问。贤者下诏褒赏之。骄逸不法者，初犯容之，再犯教之，三犯不改，则告大庙废处之。岂有不顺服者哉！
这的确是个很好的建议。建文帝虽然表示赞扬，但似乎无意施行。大概他过分相信齐黄的“大小强弱势不同，而顺逆之理异也”之类的话了。
虽然他们提出的对付诸王的办法不尽相同，但有一点是共同的，那就是他们都看到了强藩给朝廷造成的危险。
削藩怎样下手？齐泰主张先对燕王开刀。燕王除掉，其他藩王则不在话下了。黄子澄不同意这样办，因为燕府的反迹不明。他主张先削除周、齐、湘、代诸王。这几个亲王，在朱元璋时，就多有不法劣迹，“削之有名。”另外，要问罪则应该是从周王下手。因为周王与燕王同母所生，削了周王就是剪了燕王的手足。从理论上说，这未尝不是一个稳妥的办法。事情就这样定下来了。
周王朱林也有异谋。周府长史 王翰曾几次向周王进谏，周王都不听。王翰眼看祸要及身，便装疯逃走了。然而周王的次子汝南王朱有德向朝廷揭发了周王的不轨行为。这正好给朝廷提供了一个机会。朱允炆派曹国公李景隆率师北上备边，在路经开封时，猝然包围了周王府。周王被废为庶人，流放到云南蒙化，据说当时“妻子异处，穴墙以通饮食，备极困辱”。他的儿子们也都被分别迁往边远外地。这事发生在八月，即朱允炆即帝位的第三个月中。后来周王又被诏，禁锢在京师。
六月的北平城酷暑难当，但燕府的重檐下却凉风习习。自从朱元璋死并用遗诏制止诸王南下奔丧起，朱棣就已经感到不妙了。他渴望权力，想据有皇帝的宝座，但能否达到目的，他没有把握。他有勇气，有军队，但现在马上起兵，似乎还不够成熟。这不仅自己准备不足，同时也不知道朝廷对他到底有怎样的对策，冒然出师，师出无名，会被指为叛臣贼子的。况且，朱元璋死时，燕王世子朱高炽、第二子朱高煦、第三子朱高燧因朱元璋的丧事都在南京，一旦兴师，这些人便会被扣留成为人质。朱棣焦虑不安，心情郁郁。不过正好是在居丧期间，乐得说是因为过分悲痛而忧悒成疾。这样在别人看来，也不失为孝子了。他密切注视着朝廷的动静，等待着时机。周王被废，朱棣曾为之震动，朝廷终于下手了。危险就在眼前，然而机会不也就在眼前吗？大概是为了震慑燕王或让燕王知罪吧，朱允炆勒令燕王朱棣议定周王之罪。他接到朝廷的诏书，知道这就要轮到自己了，一时不知如何作答。他明白，无论怎样作答都不会取得朝廷的谅解。但他还是回答了。他希望为周王洗刷罪名。至少是让人觉得可怜，博得一点同情。他回答说：“若周王所为，形迹暖昧，念一宗室亲亲，无以猜嫌，辄加重谴，恐害骨肉之恩，有伤日月之明。如其显著，有迹可验，则祖训俱在。” 看其前半，用词极为柔软，几近于哀求，观其末尾，援引《祖训》则柔中带刚，显怀不满。
建文元年四月，湘王朱柏被废。有人告湘王朱柏，说他伪造宝钞，无故杀人。朱允炆派使者到荆州去质询，且以兵相迫。湘王朱柏害怕，一时无以自明，朱柏说：“吾闻前代大臣下吏，多自引决，身高皇帝子，南面为王，岂能辱仆隶手求生活乎？” 便阖宫自焚了。据说朱柏喜欢研究学问，读书每至夜分。又喜谈兵事，膂力过人，善弓矢刀槊，驰马若飞，尤善道家宫，自号紫虚子 。接着，代王朱桂被废为庶人，幽禁于大同，齐王被废为庶人囚于京师。到六月，西平侯沐晟奏报岷王有过，于是又将岷王朱楩废为庶人，迁往漳州 。这样，在一年时间里，有五位亲王先后被废，真可谓迅雷不及掩耳了。
不料，朱允炆读到燕王上书后，一时颇为难过，“恐害骨肉之恩，有伤日月之明”云云，深中其仁柔之心。他正考虑如此削藩还是否要进行。另外，这时朝中对削藩也出现了反对的意见。比如礼部左侍郎兼翰林学士董伦就一再恳请“亲睦宗人”。于是朱允炆打算停止削藩。齐泰与黄子澄据理力争，反对停止削藩。但仍无结果。二人怏怏地离开皇宫，齐泰对黄子澄说：“今事势如此，安可不断。”他们都认为削藩的进程已经开始，如果现在停下来，结果就会是“当断不断，反受其乱”。他们甚至认为建文帝不过是“妇人之仁”。第二天他们又进宫劝说朱允炆。黄子澄说：“今所虑者，独燕王耳，宜因其称病袭之。”朱允炆仍在犹豫，他说：“朕即位未久，连削诸王，若又削燕，何以自解于天下？”黄子澄说：“先人者制人，毋为人制。”朱允炆又说：“燕王智勇善用兵，虽病，恐猝难图。” 齐泰曰：“今胡寇来放火，但以防边为名，发军往戍开平，护卫精锐悉调出塞，去其羽翼，无能为矣。不乘此时，恐后有噬脐之悔。”于是他们采取了逐渐削弱燕王势力的办法。早在去年十一月，他们就安排了工部侍郎张昺做北平布政使，谢贵、张信掌握北平都指挥使司，他们接受朝廷的秘密命令，监视燕王的行动 。这时，以北部边防不靖为名，派都督宋忠调缘边官军三万屯驻开平，就此将燕府的护卫军的精壮选调到宋忠麾下带出塞外，以斩断燕王的羽翼。同时召燕府护卫胡骑指挥关童等进京，以削弱燕王的力量。另外又调北平永清左、右卫官军分驻彰德、顺德，命都督徐凯赴临清练兵，赴山海关练兵以钳制北平。
这些军事部署都出于齐泰、黄子澄的谋划。它对于削弱燕王的力量，防止它的造反未尝不是有力的。
军队已经部署到朱棣的家门口了，他是不会甘心束手就擒的，他之所以还迟迟没有反应，实在是担心在京师(今南京)的三个儿子会遭不测，这三个孩子是在朱元璋小祥时赴京吊唁的。当时有人劝朱棣不能让他们一起走，朱棣说，这样可使朝廷不怀疑我。但朱高炽他们走后，朱棣又十分懊悔，这时忧虑更甚了。他声称自己病得厉害，请求朝廷将他的儿子放回北平。这几个人本来可以用来做挟制燕王的手段，特别是已经在进行对付燕王军事行动准备的时候，更不应有所顾忌。因此齐泰主张不如就此将他们扣留，朱高炽等三兄弟都是魏国公徐辉祖的外甥。辉祖与燕王妃是同母兄妹。辉祖也觉察出高煦有异志，说：“三甥中独高煦勇悍无赖，非但不忠，且叛父，他日必为大患。”但辉祖的弟弟徐增寿和驸马王宁都庇护他。然而黄子澄也说：“不可，恐事觉，彼先发有名，且得为备，莫若遣归，使坦怀无疑也。” 他们想乘燕王不备，袭而取之！其实，这是故作聪明。军队已经逼到人家眼前，还说什么让彼不疑！燕王面对朝廷的举措早已在防备突然事件的发生了，而且，即使朝廷不动，燕王也是要起事的。他们刚将人放走，马上又后悔了，派人去追又没追上，也只好如此了。放还朱高炽等于解除了燕王的后顾之忧。朱棣大喜，说：“吾父子复得相聚，天赞我也。”事不宜迟，燕王决定起事。
燕府的准备活动很快就被发现了，除张昺等时时在监视燕府外，燕府遣长史葛诚入京奏事，朱允炆也向他了解燕府的动静，葛诚都坦白地告诉了朱允炆。朱允炆仍将其遣还北平，以为内应。另外，魏国公徐辉祖与燕王妃是同母兄妹。他常常将燕府的内情向朝廷报告。六月乙酉，燕山护卫百户倪谅报告燕府官校于谅 周铎参与阴谋，朝廷将于谅、周铎逮捕，处以死刑，同时又下诏斥责燕王，派中官逮捕王府家属，密令谢贵、张昺对付朱棣，而以长史葛诚、指挥卢振为内应，另外派北平都指挥张信捉拿朱棣。朱棣这时真成了笼中鸟，唾手可得了。
自从太祖高皇帝死后，燕王朱棣就有了病。北平城里的人都这么说。燕王威武强悍，能征惯战，一般是不大有病的。上次有病还是在高皇帝健在的时候，当时燕王与晋王都到南京来朝见，闹了别扭，晋王总是攻击燕王，燕王内怀忧畏，便得了重病，请求回到北平。这次病，听说是为高皇帝的死哀伤过度，可也有说是因为三子不在身边，因思念所致，这时三子都在京城，参与太祖高皇帝的丧事。燕王上书皇帝，要求朝廷让朱高炽他们回来，以慰藉有病之躯。不久朝廷真的送三子回到北平。
这次的病，可与往次不同了，看来十分严重，燕王时时从宫中跑出来，在大街上乱走，还常常夺人的酒食，说话也颠三倒四的，听也听不懂，有时候竟然躺在地上，一天一天地醒不了，说也奇怪，他府中这么多将校侍卫怎么会让他跑到大街上出丑呢？燕王是真的疯了吗？谢贵、张昺不大相信，带了三司官以探病为名进府了解动静。他们进了殿来，只见朱棣围着火炉，浑身打颤，还连连说冷，就是在宫里走动，也要拄着拐杖。看到此情此景也由不得不信了。
但是葛诚却告诉谢贵、张昺说：“燕王本无恙，公等勿懈。”这时燕王朱棣也派了燕府护卫百户邓庸到京城去奏事，不料被齐泰、黄子澄扣留审问，这人将燕王将要举兵的情况全部供出了。齐黄得到了确切情报，便派人北上，下令逮捕燕王官属。他密令谢贵、张昺执行此令，令长史葛诚指挥卢振作为内应。同时命令北京都指挥佥事张信捉拿朱棣，因为他素为燕王所信任，不会引起怀疑。布置已定，只待得胜献俘了。
且说张信接受了秘密敕令，迟迟不肯下手。他忧心忡忡，进退两难。他的母亲见到儿子惶惶不安，十分担心。她了解到原来是张信得到朝廷的命令要他逮捕燕王，不禁大惊说：“不可。吾故闻燕王当有天下。王者不死，非汝所能擒也。”燕王在北方的威势，遐迩皆知，特别是在北平脚下，一般人更是惮于燕府的威名，不敢得罪。张信听到这番话愈加难下决心了，可是敕使却又来催促。张信便从忧转恨，觉得敕使有点逼人太甚，他心一横，便到燕府去见燕王。
燕府此时在内是森严壁垒，在外又处于朝廷的重重监视之中，要进燕府也不容易。张信曾三次求见，燕王都托辞不见，不得已张信改乘了妇人用的车再次秘密求见。朱棣得知张信乘了妇人的车候在门外，知有要事，急忙召入。张信见到燕王，拜伏在床下，但因朱棣尚未探得虚实，仍然装病不起，甚至连话也不说。张信说：“殿下不必这样，有什么事，应当对我说。”朱棣说：“我有病，并不是装的。”张信说：“殿下如不把实情告我，那么现在皇上让我来捉您，请你就擒。如果还不想这样，那就要告我以实情。”燕王听到张信这一番坦诚的话，慌忙翻身，起床下来说：“生我一家者，子也！”双方既然沟通，燕王便把道衍和尚召来一起密谋对策。
内侍通报说道衍和尚到了。只见从门外闪进一个人来，髡首僧服，三角眼，形如病虎，黄黄的面色中透出一股杀气。
道衍和尚本名姚广孝，苏之长洲人。长于医家。十四岁剃度为僧，法名道衍。他曾以看相占卜闻名，从师于席应真，向他学习阴阳数术之学。道衍又习法家兵家言，也习儒术 ，擅长诗文，与诗人高启、杨孟载等相友善，亦为宋濂、苏伯衔等所器重 。他曾经一度想弃去僧业，但他一想到元朝僧人身被金紫，车骑如云，便又觉得前程有望。他对元僧的隆遇极羡慕，大呼：“快哉，此何假诸生为？得如此足矣！”一次他游嵩山寺，一位叫做袁珙的占卜先生见到他的相貌，不禁说：“是何异僧？目三角，形如病虎，性必嗜杀。刘秉忠流也！”不料姚广孝听到这番话十分高兴 。认为袁珙确实洞透了自己的内心，但也预见了自己的前途。元朝僧人刘秉忠曾帮助世祖忽必烈，开国后位至太保。这正是姚广孝的榜样 。洪武年间，皇帝下诏通儒僧人到礼部参加考试。姚广孝以为机会来了，便前去赴试。但考过后，一律未授官，仅赐僧服而还。姚广孝不禁大失所望。马皇后死时，朱元璋选十名僧人，分别给予秦燕等十王以讲经荐福。僧人宗泐曾与姚广孝有交往。这时正在做“左善世”的官，他便雅举了姚广孝 。姚广孝很有心计，审时度势，料定燕王可能有所成就，表示愿跟随燕王。于是他便在洪武十五年随燕王一同来到北平，在庆寿寺做了住持。而这庆寿寺又正是元僧刘秉忠所居 ，难道这不是天意吗？姚广孝不禁暗喜。
姚广孝与燕王甚为相得，常常往返府中，共商密谋。他曾对燕王说：“大王骨相非常，英武冠世，今皇图初造，东宫仁柔，愿厚自爱。大王诚能用臣，愿奉大王一白帽子。” 这用的是句隐语，王字上面加白字，即是皇字，他是根据天下的形势进行判断，才做出这一许诺的。
朱允炆做了皇帝之后，开始削除诸藩，朱棣对起兵有所犹豫。姚广孝总是设法坚定他的信心。有一次，朱棣与姚广孝闲坐，朱棣偶然出对联，说：“天寒地冻，水无一点不成冰。”姚广孝对道：“国乱时危，王不出头谁作主。” 有时朱棣也感到起兵名不正言不顺，曾说：“民心向彼，奈何？”道衍则说：“臣知天道，何论民心！” 为了加强朱棣的信心，他还将袁珙介绍给朱棣，企图利用相者之言促使燕王早下决心。燕王也想请人占卜一下自己的前途。他派人请袁珙到酒店饮酒，自己却不暴露身份。朱棣自己穿上卫士的服装，另外带了九名卫士，一同到酒家去买酒。作为相者的袁珙，脑筋自然灵活，他一见十名王府卫士出现在面前，虽然装束彼此相同，但其中一人气度非凡，显非其他九人可比。袁珙心里明白，这是要看看自己的眼力如何。他走到燕王的面前，扑通一下跪倒，说：“殿下何自扮如此？”燕王假装弄不明白，连忙说：“吾辈皆护卫校士也。”袁珙知道此处不是谈话之地，也闭口不答。事后，燕王将袁珙召到府中，向袁珙详细地询问前途。袁珙稽首说：“殿下异日太平之子也。” 朱棣说：“度在何时？”袁珙回答说：“年过四十，紫髯过脐，当是时，拨乱反正，万邦一统。” 燕王大喜。燕王恐人发生怀疑，乃假装将袁珙以罪遣还，行至通州，既登舟，再密召入邸 。除袁珙外，姚广孝还向朱棣推荐了一个卜师金忠 。
且说姚广孝刚坐定，暴风卷着乌云便冲向殿角，檐头的瓦被狂风掀到地上摔得粉碎，刹那间天暗地暗，蚕豆大雨点刷拉拉地下了起来。燕王大惊色变，认为这是不祥之兆。姚广孝却哈哈大笑，说这是祥兆。朱棣脱口骂道：“和尚妄，乌得祥！”姚广孝说：“殿下不闻乎？飞龙在天，从以风雨。瓦坠，天易黄屋耳。”朱棣听他这样一说，马上转忧为喜 。明朝制度，明黄色为皇帝专用，亲王虽贵为宗亲，屋瓦仅得做青色而不得做黄色 。就这样，他们起兵的谋划便逐渐确定了。
朱棣的府邸是故元的宫殿，他早就在利用这个便于隐蔽的条件。后苑成了姚广孝练兵的场所。地下深挖下去，结构成两层地下室，周围筑上厚墙，墙上甃着尖锐扎手的瓶罐的碎片。朱棣让人在地下室里日夜起造兵器，为了防止铸造的声音被外人听到，他们又养了许多鹅鸭，以扰乱铸造的声音。
燕府的准备正在紧张地进行着，张昺的部署也在次第展开，他一面把在城七卫的士兵和屯田军士布列城中，并包围了王城，用木栅截断了端礼门的通道；一面派人火速向朝廷报告这里的情况。但他们的奏疏草稿被布政司吏奈亨、按察司吏李友直 弄到了手，悄悄地告诉了朱棣。朱棣便将它们藏在了王府中。朱棣拿到了疏章，把张玉、朱能找来给他们看，问道：“你们知道这是干什么吗？”于是，他派张玉等率壮士八百人进府守卫。
朝廷的诏书很快到了北平，谢贵、张昺带领武装卫士包围了燕王府，要求朱棣交出燕王府属官。明朝有个惯例，亲王犯了错误，有时要处罚王府官属，借以惩戒，因为亲王的行为不端是王府官属的辅导不正。官军开始不断地向府中射箭，情况很紧急。朱棣与张玉、朱能等商议对策，恐怕寡不敌众。他说：“彼军士满城市，吾兵甚寡，奈何？”朱能说：“先擒杀谢贵、张昺，余无能为也。”这是个擒贼擒王的办法，除掉张、谢，官军群龙无首，可不战自溃了。朱棣说：“是当以计取之。今奸臣遣使来逮官属，依所坐名收之。即令来使召昺、贵，付所逮者，贵昺必来，来则擒之，一壮士力耳。”他的意思是先把张、谢骗入王府，让他脱离了自己的部下，这样捉拿他们只不过费一壮士之力，根本用不着大动刀兵。
七月初四，朱棣忽然宣布他的病好了，在东殿接受内外官僚的祝贺。他在自己左右和端礼门内都设下了埋伏，派人去请谢贵、张昺，但遭到拒绝。为了消除张谢的疑虑，朱棣摆出了合作的姿态，他开列了协助官军逮捕人员的名字，再次派官属内官带了名单本请谢贵和张昺。谢、张果然中计，起身前往王府。为防万一，他们带了相当多的卫士，但这些卫士在燕府的门前被阻挡在外。谢、张觉得，事已至此，燕王也不会把他们怎样，便放胆走进了燕府。
谢贵、张昺进入殿门，只见酒肴已经摆好，燕王早已等在那里，只是仍然拄着拐杖。燕王迎接他们二人，侍者端出几盘瓜来。燕王说：“适有新进瓜者，与卿等尝之。”拿过刀子切瓜。忽然，燕王脸色阴沉下来，骂道：“今编户齐民，兄弟宗族尚相恤，身为天子亲属，旦夕莫必其命。县官待我如此，天下何事不可为乎？”说完把瓜往地上一抛，随着瓜扑的一声落地，伏兵尽起，上前将谢贵、张昺抓住。与此同时，殿外的护卫将卢振、葛诚也逮了起来。这时燕王扔掉拐杖，站起说：“我何病，为若辈奸臣所迫耳。”张昺、谢贵等皆不屈被杀 。
跟随谢贵来的人在端礼门外，并不知府中发生了什么事。他们见谢贵、张昺久等不出，慢慢地也就散了。不久，谢贵、张昺被抓的消息传了出来，包围王城的将士也溃散了。北平都指挥彭二，听到这一消息，连忙披甲上马，跑上大街高呼：“燕王反，从我杀贼者赏。”他很快集合了一千多人，打算攻打端礼门，燕王派卫士庞兴、丁胜等迎战，彭二被杀，这支人马也散了。然而这时张昺所部将士犹坚守北平九门，关闭瓮城，执戈内向，朱棣便决定乘夜攻夺九门，张玉等带兵力战，守门将士猝不及防，到黎明八门都已陷落，只有西直门一处还在坚守。朱棣见强攻不行，便命指挥唐云单骑来到西直门下，以计劝降。真是兵不厌诈，朱棣命令唐云解掉铠甲，骑马导从一如平时。唐云来到城下对守城者说：“汝毋自苦，今朝廷已听王自制一方矣。汝等亟下，后者诛。”唐云在指挥中年最长，在军中素以信谨闻名，将士以为唐云的话一定不假。守军听说朝廷听王自制了，早已失了斗志，也纷纷散了。本来嘛，朱棣身为亲王，是先帝骨肉，当今皇上是亲王的侄子。天下是朱家的天下，做官做的是朱家的官，当军当的是朱家的兵，既然皇上让燕王自制一方，大家还有什么可说的！虽然不久众将士都了解了真相，并不想跟随燕王背叛朝廷，但经唐云的一番诱导，也都渐渐平息了。
九门胜利攻克，朱棣便下令安抚北平军民。自他洪武十三年就藩北平以来，至今已经近二十年了，北平军民谁不惮于燕王的威名，他们是一直把燕王与朝廷当作一体而看的，亲王的话有何不从？三天之内，北平城内便安定下来。
但事情仅仅是开始，燕王离胜利还远得很，驻守开平的都督宋忠带领三万兵马正在开赴北平。都指挥便余瑱虽然从北平退出，但他控制了北平的咽喉居庸关，集结关卒数千，仍准备进攻北平。镇守蓟州的都指挥使马宣发兵攻打北平，与燕军在公乐驿交战，败归，但仍旧与曾浚一起控制着蓟州。
一场大战正在酝酿。
1.“论力则不足，以智则有余”
七月癸酉黎明，燕王已经控制了九门，城内七卫都已归附燕王。他集合将士，训话整师，正式起兵与朝廷相抗。燕王的最终目的是夺取皇位，这在他心里是清楚的，但这时还不能公开。他把自己描写成是倍受迫害不得已而自救的。他说：我太祖高皇帝孝慈高皇后嫡子，国家至亲，受封以来，惟知循法守分。今幼主嗣位，信任奸回，横起大祸，屠戮我家。我父皇母后，创业艰难，封建诸子藩屏天下，传续无穷，一旦残灭，皇天后土实所共鉴。祖训云：“朝无正臣，内有奸恶，必训兵讨之，以清君侧之恶。”今祸迫于躬，实欲求生，不得已者。义与奸邪不共戴天。必奉行天讨，以安社稷，天地神明，昭鉴予心。
朱棣振振有词，慷慨激昂，仿佛他的一切都符合祖训，名正言顺，无懈可击。而他本人则受奸臣迫害，可怜可悯。于是“将士闻之，皆感动流涕” 。其实，朱棣将祖训断章取义，使之成了自己造反的辩护词。《祖训》法律第十三条写道；凡新天子正传，诸王遣使奉表称贺，谨守边藩，三年不朝。许令王府官、掌兵官各一员入朝。如朝廷循守祖宗成规，委任正臣，内无奸恶，三年之后，亲王仍依次来朝。如朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待，命，天子密诏诸王，统领镇兵讨平之。既平之后，收兵于营，王朝天子而还。如王不至，而遣将讨平，其将亦收兵於营，将带数人入朝天子，在京不过五日而还，其功赏续后颁降。
读了这段《祖训》，可以看出，朱元璋为保护新天子防止诸王威胁皇帝，早已费尽了苦心。谁想到竟被朱棣用作对抗新天子的根据！“亲王训兵待命，天子密诏诸王”等等，他当然是闭口不提的。
然而对燕王的行动，毕竟有人看得十分清楚，甚至还敢公然提出反对意见。一个是余逢辰，一个是杜奇。燕王府伴读余逢辰，字彦章，宣城人，因为品德学问而被燕王信任，他了解燕王的预谋，但他不同意朱棣与朝廷对抗，曾借机会向燕王进言，燕王不听。后来他知道燕王之反已不可劝阻，他便写了一封信给他的儿子，下定必死决心，要与燕王力争到底。燕王起兵，余逢辰泣谏军前，高呼君父两不可负，终于被朱棣杀害。另一位杜奇，也是读书人，因有才学，燕王在起兵后把他召入府中。但他也不同意造反，苦苦劝说朱棣当守臣节，激怒了燕王也遭到杀害。
十几年来，北平城内的军民早已习惯于燕王的号令了。这一点在今天与以往似乎并无多少区别。端礼门前军容整肃，旗甲鲜明，将士们在迎接一场大战，就如同当年一次又一次从这里出发北征塞外一样。多年来跟随燕王作战，即使不获大胜，也从来都是全师而还。将士们对燕王有着充分的信任。这次誓师，他们同样充满了信心，誓师将毕，忽然风云四起，天空阴晦，咫尺不辨人，北风震吼，旌旗摇动，三军益发肃穆，犹如大变即将来临。不一会儿，东方云开，露出青天尺许，有光烛地，洞彻上下。将士们的心也为之豁然开朗，他们觉得这是个吉兆 ，在激战之后，他们都会有如天清地彻般的光明前途。
从起兵之时起，这里就成了朱棣真正的独立王国了。北平所属州县官纷纷弃官而逃。他便重新任命了北平的各级官员，以取代朝廷的命官。张玉、朱能、丘福做了都指挥佥事，库吏李友直被提拔做布政司参议，擅长占卜的金忠做了燕府的记善，随侍帷幄。原来北平的文武官员如布政司参议郭资、按察司副使墨麟、佥事吕震、都指挥同知李濬陈恭等等，则纷纷向燕王投降。
北平平定之后，燕王的首要问题就是要进一步控制北平周围地区。
第二天，他命令郭资守北平，又派兵攻打通州。通州东去北平仅六十里，是北平的门户，是经济给养的进口，南方从运河漕运的船只、从天津海上来的船只，都要在这里停泊，同时又是军事咽喉。吴元年徐达带兵北伐，就是先控制了通州，才逼迫元顺帝北逃塞外的。这次通州不战自克，镇守通州的卫指挥房胜率众归附燕王。北平的东北方向是军事重镇蓟州，这时由都指挥使马宣、镇抚曾浚把守。张玉提议攻打蓟州，他说：“蓟州外接大宁，多骑士，不取恐为后患。” 大宁是蓟州以北喜峰口外的广大地区，东连辽左，西接宣府，是军事重镇，洪武时在这里设立了大宁都指挥使司，封宁王镇守其地。据称宁王善谋，带甲八万，革车六千，所属朵颜三卫骑兵皆骁勇善战 。因此，控制蓟州，防止它与塞外宁王的结合是当务之急。张玉带兵到蓟州城下，企图劝说马宣投降，马宣不降，张玉派兵环城攻打，马宣出城迎战，兵败被擒。骂不绝口，与曾浚一同被杀 。守城的指挥毛遂献城投降 。张玉乘胜连夜开赴遵化。他告诫将士不要滥杀，他说：“行师以得人心为本。”到遵化城下，他简选勇士，在夜鼓四时分悄悄登城。潜入城中的先锋打开城门，大军进了城，城中的中军才发觉。遵化卫指挥蒋玉、密云卫指挥郑亨见大势已去也投降了燕军 。
北平都指挥使退出北平后，控制了居庸关。简练士卒，集合了数千人，仍准备反攻北平 。居庸关是北平的北部咽喉，是出入塞的必经之路，号称北门锁钥。朱棣说：“居庸关山路险峻，北平之襟喉，百人守之，万夫莫窥，据此可无北顾之忧。今余瑱得之，利为彼有，势在必取。譬之人家后户，岂容弃与寇盗。今乘其初至，又兼剽掠，民心未服，取之甚易。若纵之不取，彼增兵守之，后难取也。”于是，命令指挥徐安、钟祥、千户徐祥等率兵前往攻打 。余瑱且守且战，不见援兵到来，难以支持，便弃关北走怀来 。这时都督宋忠带领部伍向北平进发，拟走居庸关入塞。途中听说居庸关失守，无法前进，便退保怀来。这时余瑱的部队也退到了怀来。朱棣得到捷报，大为高兴。他说：“使贼知团结人心，谨守是关，虽欲取之，岂能即破？今天以授予，不可失也。”他深知居庸关的重要，便派了千户吴玉带兵前往把守。
怀来离居庸关不过数十里，余瑱与宋忠的大部队汇合，仍是进取居庸关，直逼北平之势，对燕军是个严重的威胁。朱棣对诸将说：“宋忠拥兵怀来，居庸关有必争之势，因其未至，可先击之。”他企图用先发制人的办法迅速攻取怀来。但是宋忠的兵马有三万之多，所将也有数千人之多。燕王护卫精壮早已被宋忠抽走了不少，现在虽然北平城内的守军都归附了燕王，但守城和东征占用了不少力量。朱棣无法拿出足够的力量与官军作战。不要说压倒对方，就是旗鼓相当也不可能。诸将因而说：“贼众我寡，难与争锋，击之未便，宜固守以待其至。”诸将打算以逸待劳，以守为攻。朱棣说：“非公等所知。当以智胜，难以力论。论力则不足，智胜则有余。贼众新集，其心不一，宋忠轻躁寡谋，刚愎自用，乘其未定，击之必破。”
论力则不足，以智则有余七月十五日，朱棣率马云、徐祥等马步精锐八千，从北平出发，卷甲倍道而进。这条路对朱棣来说太熟了。他曾几次带兵从此出塞北征。大队人马出建德门，走清河、沙河古道。时值初秋，骄阳虽有余威，但已不复盛时那样炽热。道边的禾苗树木却依然是葱郁青翠的，时时透出带着草木气息的阴凉。朱棣骑在马上，望着这山水道路，不禁想到往日的被命出征都是为了朱家的天下，而今这一仗却是为了自己。而这次作战又与往日不同，北出沙漠能否遇敌获胜，了无成算，今次出征却期在必胜。想到此，他不由得面带喜色，挥鞭令将士加速前进。军过昌平，渐入山中，道路崎岖蜿蜒，路边连山如成列的仪仗迎接燕军。他向前望去，前锋已经随峰回路转，进入了深山，回首一望，大队在蜿蜒前进，殿后的军队还没转过山来。真是雄关铁马，气吞万里如虎了。出塞后不远，地势豁然平旷了，这虽不是沙漠戈壁，却也是遍地沙石，少见树木。偶尔的几缕柔云显得甚低，那云外的天却分外湛蓝。第二天燕军来到了怀来城下。怀来城座落在平旷的高埠上。西北是不甚高的连山，西南却是宽广坦荡的河滩，浅浅的河水从沙滩和卵石中散漫地向东南流去。宋忠所率将士原多为燕王部下，是从燕府护卫中抽来。此时作为官军与燕王作战并不心甘情愿。宋忠为使他们坚决与燕军作战，便扯了个谎说：这些将士的家属都被燕王所杀，死尸填满了沟壑。宋忠之所以如此，不过要激发将士们的斗志。但这个消息被燕军侦知，朱棣觉得这是个可以利用的契机。朱棣命令部下中怀来官军的亲属张起他们旧日的旗帜，作为前锋，并让他们上前呼喊父兄子弟。本来是披甲执枪、严阵以待、准备复仇的守军遥见故家旗帜，又听到家人的呼喊，真是惊喜交加。他们在稍稍镇定之后，便明白了宋都督的话并非真情，虽然是各为其主，但他们怎能对自己的父兄刀兵相见呢？他们本无斗志，到此更是完全松懈了。这时军中出现了混乱，连阵也列不成，守军宋忠的嫡系旧部见到这场面也不知如何是好。就在这惊疑乍定之间，朱棣已麾师渡河，燕军鼓噪向前直冲。宋忠大败，士兵如潮水一样退入城中，燕军尾随进了怀来。两军发生了一场恶战，官军大败。宋忠、余瑱被俘，都指挥孙泰中流矢，鲜血流满铠甲，他包了一下伤口坚持战斗，与彭聚一同战死阵中。这次战斗，燕军斩首数千人，获得马匹八千匹。宋忠、余瑱之外俘获将校百余人，皆因不降被杀，只有都指挥庄得单骑逃走。生存的士兵都投降了燕军。
宋忠是在北方钳制燕军的一支重要的官军。他的败没显示了燕王的才略和力量，也暴露出官军的弱点。宋忠和前面的谢贵、张昺，不仅在智谋上迟逊于燕王集团，且在军事上表现出无能。宋忠等人被俘后，燕军诸将十分得意。但朱棣却表现得异常清醒。他知道事情才是刚刚开始，得天下不会如此容易。他对诸将说：“宋忠本庸才，才掌一兵柄，便尔骄纵，此辈荧惑小人，视之如狐鼠耳。区区胜之，何足喜也。苟胜大敌，喜当何如？夫喜则易骄，骄则不戒，不戒则败机萌矣。孔子所谓必也临事而惧，好谋而成者也。”诸将闻言，无不佩服 。朱棣确较众将高出一筹。
这一仗对北方的震动甚大。山后诸州皆不守，开平、龙门、占谷、云中各地的守将有不少归降了燕王 。十八日朱棣派指挥孟善带兵至永平，守将指挥陈旭、指挥佥事赵彝、千户郭亮等献城投降。赵彝原来是燕山右卫百户，后跟随颖国公北征塞外，修筑了宣府、万金、怀安城才升为永平卫指挥佥事 ，本是燕王的旧部。郭亮原是天策卫百户，后曾随大军攻打大宁及哈刺莽来，因有功升为永平卫千户 ，也曾在燕王部下，他们的投降全都不是偶然的。
蓟州、遵化、密云的失守震动了大宁。都督陈亨、刘杰，都指挥卜万率领大宁军马出松亭关，驻营于沙河，将要进攻遵化。七月二十二日，驻守遵化的降将蒋玉把这消息报告给朱棣。二十四日，燕王朱棣亲自带兵往援。刘杰等听说朱棣亲出，便退回松亭关，坚守不出。二十七日，朱棣命千户李浚等领兵到关口，指挥部伍，佯做攻城，企图引刘杰等出战。刘杰等仍闭门不出。这时燕王新起，兵力不足，强攻不是良策，但长久相持也会生成他变。朱棣急于想削弱大宁的力量，他几经盘算终于想出一条妙计。他对诸将说：“大宁军马不散，终为吾后忧。然刘杰衰老无所为也，陈亨素忠诚托心于我，但为卜万所割。若去卜万，陈亨必来。刘杰寡谋，易于戏弄，以间动之，必生嫌隙。”朱棣对几个守将做出分析，陈亨是燕王旧部，以燕山左卫指挥佥事之任曾几次跟随燕王出塞，后升为北平都指挥使。燕王说他“托心于我”看来不诬，刘杰寡谋不在话下，那么解决问题的关键便是卜万了。因而必须设计除掉卜万。这时，正好燕军的游骑捉获了两名大宁军卒，向中军报告。朱棣闻讯，高兴地说：“间可行矣！”于是，他们写了一封给卜万的信，信中对卜万大大夸奖一番，但却对陈亨极致诋毁之词。写完后牢牢封好，放在一名军卒的衣领中，并请这军卒喝酒，赏了他一些银两，放他归还。这件事做得表面上不想让另外一军卒知道，却假装不慎让他悄悄看到。他看到这情景向看守者说：“彼何为者？”看守人说：“汝何用知之？”他回答说：“苟令吾知，不敢背德。”看守人说：“彼归以通音耗，故得厚赏。”他又对看守说：“能为我言，请为谐行，惟命是从。”看守同意了他的请求。于是二卒一并被放还，但另一卒却没得到赏银。二卒回到军中，不得赏银者心不能平，马上向长官揭发了此事。刘真、陈亨在军卒衣领中搜查到燕王写给卜万的信，立刻对卜万产生了怀疑。结果卜万被逮入狱，家也被籍没了。这支军队经过这一打击，从此便不得振作了。
朱棣在采取军事行动的时候，并没忘记采取政治手段。他知道，全国的兵力对他来说意味着什么。
七月十九日。朱棣向诸将训话：我皇考太祖高皇帝绥靖四方，一统天下，并建诸子，藩屏国家，积累深固，悠久无疆。皇考太祖高皇帝未省何疾，不令诸子知之，至於升遐，又不令诸子奔丧。闰五月初十日亥时崩，寅时即敛，七日即葬，逾月始诏诸王知之。又拆毁宫殿，掘地五尺，悉更祖法，以恶所为，欲屠灭亲王，以危社稷，诸王实无罪，横遭其难，未及期年，芟夷五王。我遣人奏事，执以捶楚，侮极五刑，锻炼系狱，任用恶少，调天下军官四集见杀。予畏诛戮，欲救祸图存，不得不起兵御难，誓执奸雄，以报我皇考之仇。
夫幼冲行乱无厌，淫虐无度，慢渎鬼神，矫诬傲狠，越礼不经，肆行罔极，縻有修底，上天震怒，用致其罚，灾谴屡至，无所省畏。惟尔有众，克恭予命，以绥定大难，载清朝廷，永固基图。我皇考圣灵在天，监视于兹，以惟尔有众是佑。尔惟不一乃心，堕慢乃志，亦自底于厥咎，隔於孥戮。窃闻之，仁者不以安危易节，义者不以祸福易心，勇者不以死亡易志。尔有众明听予言，则无后难。若彼有悛心，悔祸是图，予有无穷之休，尔亦同有其庆矣。告予有众，其体予至怀。
这一篇洋洋大文，一指斥朝廷无道，变更祖法，屠戮骨肉；一申明自己起兵仅为救祸靖难，最后又威胁“有众”，如心不一，志不坚，则会身遭孥戮；相反如果燕王得到胜利，则大家都有光明的前途。
同时，朱棣又上书朝廷说：盖闻书曰：不见是图。又曰：视远惟明。夫智者恒虑患於未萌，明者能烛情於至隐。自古圣哲之君，功业著于当时，声明传于后世者，未有不由于斯也。今事机之明，非若不见，而乃不加察，请得以献其愚焉。
我皇考太祖高皇帝，当元末乱离，群雄角逐，披冒霜露，栉沐风雨，攻城野战，亲赴矢石，身被创痍，勤劳艰难，危苦甚矣。然后平定天下，立纲陈纪，建万世之基。封建诸子，巩固天下，如盘石之安，夙夜图治，兢兢业业，不敢怠遑。不幸我皇考宾天，奸臣用事，跳梁左右，欲秉操纵之权，潜有动摇之志，包藏祸心，其机实深。刀构陷诸王，以撤藩屏，然后大行无忌，而予夺生杀，尽归其手，异日吞噬，有如反掌。且以诸王观之，事无毫发之由，先造无根之衅，扫灭之者，如薙草菅，曾何有感动于心者！诸王甘受困辱，甚若舆隶，妻子流离，暴露道路，驱逐穷窘，衣食不给，行道顾之，犹恻然伤心，仁人焉肯如此？
夫昔我皇考广求嗣续，惟恐不盛，今奸臣欲绝灭宗室，惟恐不速。我皇考子孙，须几何时，已皆荡尽。我奉藩守分，自信无虞。不意奸臣日夜不忘于怀，彀满以待，遂造显祸，起兵见围，骚动天下，直欲屠戮然后已。谓以大义灭亲，不论骨肉，非惟杀我一身，实欲绝我宗祀。当此之时，计无所出，惟欲守义自尽，惧死之臣，以兵相卫，欲假息须臾，然后敷露情悃，以祈哀愍，冀有回旋之恩，滂沛之泽。书达阙下，左右不察，必求以快其欲。
古语云：困兽思斗，盖死逮身，诚有所不得已也。都督宋忠，集兵怀来，尅日见攻，乃率锐兵八千御之，兵刃才交，忠即败北，遂生擒之，全其首领，待之如故。当冀左右易心悔祸，念及亲亲，哀其穷迫，重加宽宥，使叔有更坐之望，下无畏死之心，如此则非特叔之幸，实社稷之幸。
昔者成周隆盛，封建诸侯，缔八百余年之基，及其后世衰微，齐桓、晋文成一匡之功。虽以秦楚之强，不敢加兵于周者，有列国为之屏蔽也。秦废封建，二世而亡，可为明鉴。今不思此，则宁有万乘之主，孤然独立于上，而能久长者乎？诗曰：“价人维藩，太师维垣，大邦维屏，大宗维翰，怀德维宁，宗子维城，无俾城坏，无独斯畏。”谨以是为终篇献。万一必欲见屠，兵连祸结，无时而已。一旦有如吴广、陈胜之窃发，则皇考艰难之业，不可复保矣。敷露衷情，不胜恳悃之至。苟固执不回，堕群邪之计，安危之机，实系於兹。
在这封上书中，朱棣同样把自己描绘成处于被奸臣谋害的可怜地位，而对于亲王的悖逆则只字不提，指斥朝廷妄杀宗亲，他把这封书稿给他的部下看。部下都说：“辞旨恳切，必能感动，旱得休兵息士，诚为至愿。”休兵息士，大概确实是那些不明真相的好心人的“至愿”。但朱棣的目的岂止是“休兵息士”？这上书不过是他举的保护伞，其真正的意思是这场战争无论如何也要打到底，因为他的最终目的是夺取南京的皇帝宝座。因此他马上说：“孝弟者人心所同之理，有人心者，一视予之言，岂得不恻怆于怀也？陈导晓切，冀其开悟，彼能感动，在转移之间耳。然予度之，彼忍心如此，又况日迩小人，闻见昧于大道，必欲逞其根毒，纵有万口哀诉，亦难回也。卿等试观之。” 也只有他最清楚这场斗争的起因和实质，从而对事情的进程做出最可靠的判断。他的上书不过是政治宣传。他不希望罢兵，当然更不希望部下松懈斗志。然而，除了少数心腹之外，他总是要将自己的最终目的隐藏着，用最可怜的话求得大家的同情。同时，他还要把自己打扮成仁义之师，禁止滥杀无辜。他深知只有这样，才有胜利的可能。七月二十一，他对众人说：“吾与若等为此者，非所以求富贵，所以救死，保妻孥也。夫好生恶死，人情所同，见乱思治，古今则一也。今天下者，太祖之天下也，百姓者，太祖之赤子也。数奸作难，欲殄灭邦家，驱逐赤子以蹈白刃，非其所得已也。尔众慎勿嗜杀，嗜杀则伤天地之和，以损太祖数十年生育之仁。毋贪财，贪财则失民心。民心失，则大本亏矣。居民耕桑，商贾贸鬻，慎毋扰之。夫有乱时而无乱法，逆予言者，有法以治之。吾已上书於朝，旦夕希望恩旨，苟能全生，岂忍尔辈独丽于法？尔众懋哉，毋贻后悔。”
