十月初四，燕军回到北平。自四月出师以来，燕军在白沟河力克强敌，且一路乘胜直下德州。此次虽受挫于济南，但从总体上看还是有了进展。朱棣下令整顿兵马，升赏有功将士：都督佥事陈亨升后军都督府都督同知；指挥同知张信，房宽升北平都司都指挥佥事；都指挥佥事张玉、丘福、朱能、徐忠、李彬、陈文、谭渊、何寿、郑亨、朱荣、李浚、陈旭、孟善、景福、端亮、李远、张安、刘才、徐理、沈旺、张远、徐祥、赵彝、徐亮俱升为北平都司都指挥同知；济南卫指挥陆荣、济阳卫指挥使纪清、燕山中护卫指挥使火真，指挥佥事王友、王总俱升北平都指挥佥事；都督佥事顾成升后军都督府都督同知；其余将士各升一级。
朱棣还遣官祭祀阵亡将士及死于战阵的官军，并派北平知府唐靖祭雄县山川及白沟河之神。
这时，官军仍在北进。平安率军抵达定州，败燕兵于铧山。燕将陈亨重受创，被抬回了北平，不久死去。官军气势正盛。朱棣不愿坐以待毙，他决定以攻为守，率师南进。然而，朱棣并不明言南下，只说去攻打辽东，这南下出击的计划只有他一人知道。
大军离开北平东行。这一天正是十月十六日。时值初冬，干爽的寒气弥漫大地。一阵北风吹过，抚动枯草，卷起落叶。那树上残留的最后一批树叶，也不情愿地告别树枝，随风飘零。田地里的庄稼早已收割完毕，裸露的地面上留着一排一排的庄稼的茬头。只是偶尔还有一些没有玉米的玉米杆，掐掉穗头的高粱，还寂寞地站在那里。运河的水一碧见底，在晴空朗日下闪着白光。水缓缓地流着，有点懒散。它显得无所事事。自从元顺帝北遁后，运河上便不见了当年帆樯如林、漕船结队的景象。但洪武几十年之间，为了支持北边的军饷，仍须调运大量漕粮。如今南北开战，交通阻断，运河也失去了它昔日的光彩。
东进的燕军也像运河流水一样打不起精神，将士们都不乐有此辽东之行。他们弄不清为什么在官军北上时要离城远征，他们担心会失掉北平。大军行至通州，张玉、朱能不免发问：“今密迩贼境，出师远征，况辽北蚤寒，士卒难堪，此行恐非利也。”朱棣闻听此语，不禁一笑。这时他不能不向这两位近臣解释此行的目的。他说：“今贼将吴杰、平安守定州，盛庸守德州，徐凯、陶铭筑沧州，欲为犄角之势。德州城壁坚牢，贼众所聚；定州修筑以完，城守粗备，沧州土城，伐圯日久，天寒地冻，雨雪泥淖，修之未易便茸。我乘其未备，出其不意，假道以攻之，贼有土崩之势。今佯言往征辽东不为南伐之意，以怠其心。因其懈怠，偃旗卷甲，由间道直捣城下，破之必矣。夫今不取，他日城守完备，难于为力。且机事贵密，故难与议，惟尔知之。”张玉、朱能闻言，如茅塞顿开，他们既深感朱棣的莫测高深，又羞于自己的愚钝，慌忙叩头称善。
师过夏店，朱棣密令都指挥陈旭、徐理等驾船先往直沽，造浮桥以济师。大军旋即回通州，循河面南 。
诸将对大军反折南下，迷惑不解。行伍中不免议论纷纷，而朱棣仍不愿明言，他编造了这样一套神话。他说，夜间他见到天上有白气两道，自东北指向西南。根据占书，“执本者胜”，如今只利于南伐而不利于东征。天象既然如此显示，那是不能违背的。朱棣指天划地顺口道来，就好像是真的得了天命，诸将士谁敢不信。
而朱棣此行，确收到了声东击西之效。驻守沧州的徐凯等早就谍知朱棣率军东征去了。他们为加强防备，派军士四出伐木，昼夜督工修筑城垣，根本未料到燕军会折道南下。燕军越过直沽，避开官军设防的青县、长芦、走砖垛儿、灶儿坡，直指沧州城下。燕军二更起程，一昼夜行三百里竟不为官军所觉。第二天黎明，燕军行至盐仓，与官军的数百哨骑相遇，尽行斩杀。燕军奄至城下。徐凯并不知晓，仍督军士筑城如故，及至发觉燕军已兵临城下才部署军士仓皇应战，许多士兵甚至来不及披甲执兵。张玉率壮士从东北攀薄登城，并派军截断官军退路。经过一场激烈肉搏，沧州城很快便被攻克了，主帅都督徐凯、程暹，都指挥俞琪、赵浒、胡原 、李英、张杰等均被擒获。官军万余人被斩首。战马九千尽为燕军所得。数千人做为俘虏。一场夺城之战就这样结束了。
朱棣下令遣散战俘，日暮犹有三千人待遣，这些人竟在夜间全部被谭渊所坑杀。谭渊的暴行，遭到朱棣的训斥。谭渊辩解说：“此皆各处精选壮士，今放回，明当复来杀。我尽力以获之，复纵归，以资敌，为害不已，故臣计不如坑之。”而朱棣仅数其不仁而已。
朱棣将直沽的船只调往长芦装载，所得辎重、器械及降将顺流而北运回北平，同时亲自率师继续南征。朱棣担心驻守德州的官军可能出来邀截，便挥师从长卢渡河，循河而南，经过景州，来到德州城下。朱棣派人到城下招盛庸来战，盛庸坚守不出。燕军大队过后，朱棣自将数十骑殿后，城中官军侦知，派出数百骑兵前来袭击，朱棣回兵败敌，生擒千户苏某，斩杀百余人，其余皆降。
十一月十二日，燕军进驻临清，两天后移军馆陶，遣轻骑哨至大名，尽得官军粮船，取粮焚舟。朱棣的目的在于切断南北饷道，并诱其出战。燕军继从馆陶渡河，先后到冠县、莘县、东阿、东平、汶上，并派出游骑到了济宁。
燕军从抓到的盛庸军中的两个运粮百户口中得知，盛庸军已离开德州进驻东昌，其先锋孙霖带兵五千在滑口扎营。滑口在山东平阴县西南三十里，是南北大路上的一个军事要地，从来为兵家所必争。朱棣命都指挥朱荣、刘江、内官狗儿 率精骑三千余，袭破其营，斩杀数千人，获马三千匹，生擒都指挥唐礼等四人，孙霖仅以身免。十二月二十五日，燕军继进东昌，与盛庸军主力相遇。
盛庸与铁铉闻燕军将至，杀羊宰牛宴犒将士，且誓师励众，简阅精锐，背城而镇，布列火器，毒驽以待敌军。数月前，官军有济南、德州之胜，目前，虽滑口小败而士气犹盛。燕军此次南下，夺沧州、袭滑口，士气也正值高涨，如此必有一番激战。
朱棣甚为得意，他认为此次盛庸由济南南下，是由于粮道被切断从而缺饷所致，而所驻的东昌又素无积蓄，因而庸军将决一死战。破庸军只能以计。庸欲速战，燕则不战，庸欲不战，燕则扰之。他决定自领精骑绕出敌后，选择弱点，从而击之。若袭击一旦得手，大军便鼓噪前进，造成庸军腹背受敌之势，必可得胜。若袭击不便下手，也要骚扰其营以骇其心。
而庸军则想以逸待劳，控制形势，持重而不欲战。朱棣于是亲率精骑冲击庸军之左翼，庸军不为动，再绕出敌阵，冲击其中军。庸军开阵故纵其入，迅即将其团团围住。再说燕军大队人马见主帅出阵，士气风发，个个跃踊，都说见敌不杀更复何待！他们不等朱棣袭击敌后便纷纷冲上敌阵。而庸军中火器齐发，燕军尽为所伤，不得不败下阵来。这时平安又率军赶到，与庸军相合，麾兵大战，燕王陷入重围而不得出。朱能、周长率番骑奋击东北角，盛庸等撤西南之兵前往抵御，燕王之围稍解，朱能冲入敌阵，奋力死战掩护燕王突围 。大将张玉不知朱棣已经突围，拨马冲入敌阵解救燕王，连连击杀数十人，终于被创而殁。盛庸乘势猛攻，擒斩万余人，燕军大败。
时天已大黑，张玉战殁，主力败北，朱棣竟然不知，犹力战不已。待抓到两个敌兵，才得知燕军步军已退。朱棣也仓皇退兵。
第二天，两军又战，兵败如山倒，燕军再大败。败退的燕军便向北撤去，散乱的军伍辎重迤逦数十里之遥，烟尘滚滚，旌旗披靡。朱棣以百余骑殿后，官军步步紧逼。朱棣按辔搭弓，射其先锋，且战且退。及至高煦领华聚等来援，击退官军，朱棣方得逃脱 。燕军西北上馆陶，亟回北平。这时，盛庸已将军情驰报真定，吴杰、平安遣官军四出邀劫溃退的燕军。战争是残酷的，燕兵为官军所获，往往有被披面、决目、刳心、剖腹者，就在一个多月前，燕军夺了沧州城，不是在一夜之间就坑杀了三千官军吗？弱肉强食，夫复何言！
燕军退至馆陶已是腊月二十七日，后有追兵，前有拦截，从馆陶到威县数十里之路燕军竟然走了两天。到达威县已是正月初一。驰骋沙场，马革囊尸，方显出军人之壮勇，而值此辞旧迎新之时，燕军却无此豪情。这时离北平还有近千里之遥，他们必须冲过强敌的防线，才能获得生的希望。燕军退至威县，正遇上真定的官军两万兵马前来拦截。这时燕军已从仓皇混乱的溃退中稍稍缓了过来，溃散的军士大多回到自己的营阵，各级指挥系统也渐渐地恢复，朱棣又可以施展其指挥才能了，他将数千精骑埋伏于沿路，自率十余骑逼近敌军，装作是走投无路的样子。他勒住战马，对敌军喊：“我常获尔众，即释之。我数骑暂容过，无相厄也。”敌兵声称：“放尔是纵蝎。”他们不知是计，拍马而前，准备捉拿这个穷蹙的叛贼首逆。朱棣且斗且退，将追兵引入伏中，围而歼之，燕军方得夺路北上。
正月初五，燕军在深州再次击破平安、吴杰率领官兵的拦截。终于在正月十六日回到平北。东昌之役，燕军精锐丧失几尽。朱棣起兵三年来，兵败未有如此之惨者。此战之后，盛庸军声大振，建文帝亲自为之享庙告捷。据说，东昌之捷实为王度所谋划。王度，归善人，字子中，少力学，工文辞，以朋德荐为山东道监察御史。王度有智计，盛庸代景隆将军北伐时，王度便向盛庸密陈便宜，终于有东昌之捷。其后，景隆还朝，建文帝赦其罪而不诛，反而予以重用。李景隆竟为忌功而谗间盛庸，王度亦因而见疏， 终至事不可为，那都是后话了。
夹河之役正当前线东昌取得大捷，壮士们奋勇围追堵截叛贼朱棣的时候，建文帝正在为“凝命神宝”的告成举朝庆贺，“凝命神宝”是一块两尺见方的青玉大印。相传建文帝为皇太子孙时，曾梦见神人传达天帝之命，授以重宝。建文帝刚一即位，有位使者从西方而还，献上从雪山上得到的一方青玉。这青玉两尺见方，质理温栗，实为世所罕见。建文帝后来宿斋宫又梦见天神送宝的事，突然惊醒。于是他便命工匠将此玉琢为大玺，精刻细镂。从建文二年正月至今费时一年，始克完成。其印文是建文帝亲定，为“天命明德，表正四方，精一执中，宇宙永昌”十六字。自洪武建国以来，朝廷各宝玺大多四字，如皇帝之宝、皇帝行宝、皇帝信宝、天子之宝、天子行宝、天子信宝等，其他敬宗庙用“皇帝尊亲之宝”，赐守令用“敬天勤民之宝”，求经籍用“表章经史之宝”，已为异数。此凝命神宝之作，实为特例。但十六字之宝却也并非建文朝的发明，宋徽宗政和八年所做的“定命宝”，其文“范围天地，幽赞神明，保合太和，万寿无疆”，亦十六字。然而宣和年间，蔡京用事，有此夸张之举不为奇怪 ，而不久有靖康之祸。如今方孝孺号称正学，黄子澄等忠勤为国，竟在遍地烽火、国事难卜之际有此虚妄之举，实令人有所未安。
建文三年正月初一日 ，建文帝率领群臣告天地宗庙，御奉天殿受百官朝贺。奉天门内外，旌旗蔽天，仪仗林立，鞭炮、鼓乐齐鸣，百官俯伏跪拜，万岁山呼之声上干云霄 。建文君臣们仿佛如此一来，便真的受了天命，从此之后便会宇宙永昌了。不过，果真不久前线便传来了东昌大捷的消息，君臣上下又免不了一通祭享天庙，告东昌之捷的庆贺典礼。与此同时，既然强敌败北，朱棣旋师，原为缓其师而罢免的齐泰、黄子澄，当然要公开恢复官职了。一时朝廷上下一派喜气洋洋。
再说燕军兵败回到北平，自然要对东昌之役做一番检讨。诸将以东昌无功，纷纷免冠顿首请罪。面对俯伏在地的大小将校，朱棣深为他们的忠诚所感。他请大家都戴上帽子起立还坐。他说：“其失在予，非尔等所致。”然而他并不是分析东昌之役中指挥上的得失得非，却指出其失在于督责不严，骄纵过甚。他说：“予以尔等皆心膂之士，骁勇善战，爱惜才难，每有小过，略而不问，驯至违律，废弃前功。譬如父母养子，骄爱过之，纵其所为，久则不听父母之命，此岂子之罪哉？胜负兵家常事，尔等但勉图后功，若复踵前辙，虽欲私宥，公法难原，天地神明，亦所不容矣。”慈爱中有威严，督责中有激励，诸将不觉惶恐自责。朱棣知道该怎样在失败中保锐气，更懂得如何收拢人心，使其为之效死。他说：“胜负固兵家常事，今胜负亦相当，未至大失。所恨者失张玉耳。艰难之际，丧此良辅，吾至今寝不贴席，食不咽也。”朱棣说到此不禁动了真情，流泪不止，诸将也无不流涕，低头不敢仰视。
二月初七，朱棣命僧人修佛会祭奠阵亡将士，朱棣亲临，含泪宣读了自己写的祭文。祭毕他说：“奸恶集兵，横加戕害，图危宗祀。予不得已起兵救祸，尔等皆摅忠秉义，誓同死生，以报我皇考之恩。今尔等奋力战斗，为我而死，吾恨不与偕。然岂爱此生，所以犹存视息者，以奸恶未除，大仇未报故也。不忍使宗社陵夷。令尔等愤悒于地下，兴言痛悼，迫切予心。”说着，朱棣将身穿的袍子脱下，当众焚烧了，诸将马上上前劝阻，朱棣不听。他说：“将士于予，情意深厚，予岂能忘。吾焚此以示同生死。死者有知，鉴予此意。”朱棣焚罢，虽恸不已。诸将士也都悲哭不止。朱棣焚袍与曹操因坐骑踏麦田而割须一样是在故作姿态吗？即使是，其中也不乏痛切的自责，朱棣焚袍是与刘备在长坂坡摔阿斗一样而在作戏吗？即使是，其中也不无对将士的深情。观者无不感动，阵亡将士家属无不流泪。他们说：“人生百年，终必有死，而得人主哭祭如此，夫复何憾！我等当努力，上报国家，下为死者雪冤。”古人也并非都是奴性十足，他们要报效主人，但更愿为知己者、为尊重自己的人去死。死难将士的家属见朱棣如此，都纷纷请求从征自效。庄严肃穆的祭场上充溢着一派激越的壮志，朱棣已经把祭祀变成了一次誓师动员。
回想去年燕军师出北平，僧道衍来为之送行，曾满怀信心地说，此次“师行必克，但费两日耳”，如今众将士败还，不少人都要看他怎样自圆其说。想不到他说：“两日，昌也，自此全胜矣！”道衍不愧是个老谋深算、圆滑机变的和尚。他与朱棣一样，知道士气可鼓不可泄。朱棣说“胜负相当，未为大失”，道衍说“自此全胜”。他们非常清楚，此役只可胜，不可败。胜则龙飞，败则必死。他们决定再次南征，一雪东昌之耻。
他们进一步激劝将吏，招募勇敢，以图进取。二月十六，朱棣率师南出。行军之中，他把诸将士召到帐中，对他们说：“尔等怀忠奋勇，协心同力，临阵斩敌，百战百胜。比者，东昌才战即退；弃前累胜之功，可为深惜。夫惧死者必死，捐生者必生。若白沟河之战，南军先怯懦，见战即走，故得而杀之，所谓惧死者必死也。刀锯在前面不惧，鼎镬在后面不惧，临阵舍死，奋不顾身。故能出百死，全一生，所谓捐生者必生也。举此近事为喻，不必远鉴于古。此实尔等所知也。有惧死后退者，是自求死。尔等毋恃累胜之功，漫不加警。有违纪律者，必杀无赦。恪遵予言，始终无怠，则事可以建，功可以成矣，其懋之哉！”
二十日，燕军驻于保定。朱棣召集诸将商议作战计划。诸将分析说：“定州军民未集，城池未固，攻之可拔。”
朱棣说：“野战则易以成功，攻城则难以收效，况盛庸聚众德州，吴杰、平安颉颃真定，相为犄角。攻城未拔，顿师城下，必合众来援，坚城在前，强敌在后，胜负未可决也。今真定相距德州二百余里，我军出其中，贼必迎战，西来则先击其西，东来则先击其东。败贼尸军，余当破胆。”
诸将说：“二百里不为远，我军介两贼之间，彼合势齐进，我腹背受敌。”
朱棣说：“百里之外，势不相集。两阵相对，胜败在于呼吸之间，虽百步之内，不能相救，矧二百里耶！尔等无惮，试观吾破之。”
第二天，燕军移军于紫围八方 。时值二月下，虽已见春之消息，但早晚犹寒气袭人，空中水气往往结露为霜。燕军从保定移军东出，浩荡的大军在雾霭中穿行。刀枪铠甲袍服上都结了一层霜花。在一片青蓝之中朱棣穿的素红绒袍本就十分耀眼。这时他的战袍上也结了一层霜花，宛转盘绕，就像刺绣的一条银龙。众将士无不骇异。他们纷纷称颂这是个吉兆：“龙为君象，天命攸归，故有此嘉兆，必获大捷。”
朱棣说：“我与君等御难求生，诚非得己。且帝王之兴隆，历数有在，岂可必得。但冀幼冲悔祸，奸恶伏诛，宗社再安，吾得仍守藩封，尔等亦各安其所。今凶焰方盛，社稷几危，吾日夜深忧，乃不思自奋，而以此为异，是亡惊惧之心，而动安逸之萌也。吾恐蹈沦胥之患矣。”
众将士希望他们拥戴的是一条真龙天子。他们热切期盼自己制造的神话变为现实，而朱棣不得不表示出有所克制。的确，现在谈龙飞还为时尚早，前途并不平坦。他们首先是求生，一有不慎，便可能跌入深渊。
三月初一日，燕军缘滹沱河列营。这里正是官军往来之冲。燕军派出游骑，到定州、真定附近迷误官军，且借机寻战。十二日，朱棣听说盛庸已率军队来至单家桥，便率师由陈家渡渡河迎击，但未能与庸军相遇。朱棣担心盛庸与真定守军会合，往返渡河三四次，急欲与之交战。燕军没遇到敌军，倒在河侧遇到一只猛虎。那猛虎不知是被大军惊吓还是向大军示威，咆哮不止。但虎再凶猛，在数万大军面前也不在话下，壮士们刀剑齐加，不一刻，一只猛虎便毙命了。浩浩大军格杀一只猛虎，实在不足为奇，但朱棣把它看作是得胜的吉兆，军威为之一壮。
及至二十日，燕军才侦知盛庸军在夹河，于是挥军直驱夹河，逼近敌军。
燕军在离敌营四十里处扎营。朱棣根据自己的作战经验向诸将指授机宜。他说：“贼每列阵，精锐在前，罢弱在后。明日与战，以劲师当其前，摧其精锐，余自震慴。中军常去贼五六里列阵，严整待之。我以精骑先薄其阵，绕其背而击之，如掩扉之势，推之使前。贼行六里，气喘力乏，中军俟其奔过，随而击之，我蹑其后，乘势逐北，贼众必败。慎勿逆击之，贼必致死以期生也。”
朱棣非常重视这场战斗，务求此役必胜。他将自己的意图反复向诸将解说，犹恐大家不理解，于是，顺手抽出一支箭，在地上给诸将画了一幅军阵图，再指图详说。诸将围在朱棣周围，仔细聆听。为了更形象明白，朱棣又命军中的军官单独组成一队，逐一教授，反复申令约束，至为详备。
二十二日，朱棣带领诸将列阵前进，中午时分到达夹河。这时盛庸也列阵以待。朱棣先派出三骑到敌方侦察。他们见到官军阵前摆放着火车、火器、强弩、战车。官军发现这三骑兵从阵前掠过，立即派兵来追。朱棣一直在阵中注意看前方的动静。这时，他勒马搭弓，待追骑将近，只听弓箭一响，追兵中一人应声而倒，追兵戛然而止。已而追兵继续追赶，又被朱棣射倒一人。如此连中三人，追兵不敢再追前。于是朱棣命令骑兵一万兼载步卒五千，向敌阵推进。即将交锋时，步从翻身下马，攻官军左掖，官军拥盾层叠自蔽，燕军无法攻入。未战之先，朱棣便派人做了一批木欑，其长六七尺，末端横贯铁钉，钉末有钩。作战时，投向敌方。欑穿入楯中，一时难以拔出，动则牵连，使楯失去防卫作用，士兵再乘其隙而攻之。燕军投掷木欑，官军纷纷弃楯而走，仓促中，所发火器也难以命中，有时反倒烧到自己阵中。官军乱了阵脚，燕军骑兵乘势冲入敌阵，直捣中军。在燕军的冲击下，官军开始溃退。这时，燕中军将谭渊见敌阵尘烟腾起，知是敌军败退，便带军迎击。但败师如潮，势不可遏，谭渊竞在鏖战中被都指挥庄得杀死。时天已向暮，朱能、张武 等率大军并进。朱棣也乘昏黑亲率劲骑掩出敌背，与朱能等合军，双方展开一场激烈的混战，死伤甚众，官军都指挥庄得、骁将楚智、皂旗张等皆殁于阵。庄得本为皂隶，因功而擢为军官，在怀来之战中，官军失败，只有庄得一支军完整无损。楚智曾经从冯胜、蓝玉、出塞征讨，后率军随李景隆讨伐燕军，每战必奋勇，燕兵只要远望见他的旗帜，便吓得发抖，到此时，因为坐骑陷落，被执而死。皂旗张，不知道叫什么名字，可力挽千斤，海战辄挥皂旗先驱，故名皂旗张。死时犹执旗不仆 。这一仗，直打到天色昏黑，才各自敛军还营。
四野一片漆黑，一弯如钩的下弦月只在天上露了一面便向西落去。满天繁星默默地眨着眼睛，它们无法看清这遥远的大地上到底发生了什么。在白天激战的土地上不时传来断续的呻吟。
朱棣和他的几十个亲从骑兵，找个就便的地方宿营了。他们已经习惯于这种东征西战的军伍生活。午前半天的行军，午后半天的激战，已经使他们筋疲力尽了。他们倒头便睡，把一切都交给来日了。
红日渐渐露出了地平线。平原上的日出，壮美绚丽，散乱的旌旗、横躺竖卧的士兵、战马、帐篷都染上了鲜红的轮廓。朱棣睁开双眼，原地坐起，他看到亲从们还在酣睡，实在不忍心叫醒他们。他伸了伸胳膊向远处望去，不好，怎么四周全是敌兵？原来昨晚在混敌中，他们竟在敌人阵中扎了营。他急忙叫醒了亲从。他们都说赶快撤离，不然将无法逃脱，朱棣看了看四周布满的敌兵，认为如此仓皇逃离，肯定会被敌人发觉而拦劫。这几十个人是无论如何也难以逃脱的。他让大家不要害怕，只有如此这般才有可能安全离开这里。
他下令亲兵们整装上马，镇定自若，引马鸣角，大模大样地穿营而出。官军看到一骠人马穿营而过，而为首的一人气度不凡，正是首逆朱棣。他们怎么竟会在自己的身边？在惊愕中，官军士兵们还没弄清是怎么回事，朱棣他们早已穿营而出，待想起追赶，已经晚了 。
第二天，朱棣与众将军总结战争失利的原因。他说：“昨日谭渊见贼走，逆击太早，不能成功。兵法所谓‘穷寇无遏’。我先止渊，令其整兵以待，俟贼奔过，顺其势而击之，为是故也。然贼虽少挫，其锋尚锐，必致死来斗。大抵临敌，贵于审机变，识进退，须以计破之。今日贼来，尔等与战，我以精骑往来阵间。贼有可乘之处，即突入击之。两阵相当，将勇者胜，此光武所以破王寻也。”
朱棣整顿军伍，准备再战。两军摆开阵势，燕军在东北，官军在西南，好一场拼杀，朱棣临阵督战，张奇兵出入阵间，随机应变，一见燕军受敌，即驰赴之。诸将遥见燕王旗帜，辄欢呼震地，军士无不踊跃争进，自辰(早八点到十点)至未(十四点到十六点)，屡进屡退，胜负未决。双方将士皆已疲惫不堪，各自坐地而息。已而复起再战，相持不退，又用弓矢交相射杀。忽然，东北风大起，尘埃涨天，沙砾击面。官军逆风畔目，咫尺不见。燕师顺风大呼，纵左右翼横击之，钲鼓之声震地。官军大败，纷纷弃兵而走，燕军追至滹沱河，践溺而死者不可胜计。燕军遣散降兵，尽获官军器械辎重。盛庸退保德州。
朱棣战罢回营，尘埃满面，将士无从辨认。等到听见说话声音，大家才知道是朱棣，诸将趋前来见，相视大笑。
此役之初，盛庸颇有骄意，认为此举必摧灭燕军无疑。诸将随身携带了金银器皿及锦绣衣服，准备攻破北平时大举宴会，及至战败，所带物品尽为燕军所得。反观东昌之役，燕军惨败，且折大将，众将士无不欲复仇血耻，故人人奋励。官军之败，还有一个原因，就是与盛庸互为犄角的吴杰等未能发挥作用。吴杰、平安拥十万之众，本欲与盛庸合兵，但军行至离盛庸八十里，听说盛庸已败，便退回了真定。双方激战时，如吴杰、平安能率众助战，胜负实未可知。即使庸军战败之后，吴杰等赴援，以久蓄精锐之师出击争战疲惫之旅，转败为胜，也是可能的。至于交战之中狂风骤起，而燕军恰值顺风，就非人力所能逆料了。燕军之胜，只可说是险胜。
藁城之役二十三日，朱棣遣使向北平报捷，不料官军万余驻扎于滹沱河南岸单家桥，道路不通。信使当晚回朱棣军中报告。朱棣自不能容忍。第二天，他率兵北上，往击其营，一战而溃之。
这一天，燕军移驻楼子营。根据朱棣分析，驻在真定的吴杰与平安没能与盛庸合军，是因为吴杰等忌功。盛庸战败，正是吴杰要高兴的。这时该轮到他一显身手，独占其功。朱棣说：“吴杰等若婴城固守，则为上策。若军出即归，避我不战，则为中策，若来求战，则为下策。今其必出，破之必矣。”
诸将说：“彼闻盛庸已败，必不敢出。”
朱棣说：“不然。吴杰、平安拥众十万，不得与盛庸合者，以我军居中，隔离其势。今逗而不出，有旷期失律老师费财之责。”他指出平安必出无疑。针对这种形势，他制定了一套策略，令诸军伪装解散，托言四出取粮，给敌人造成空虚的假象。敌人得到消息，必然乘虚而来。而燕军一出便回，严师待敌。平安一定会落入圈套。
燕军依计行事，军士解散，四出取粮。又有一些校尉荷担抱婴儿，假作避兵的百姓，奔入真定城，宣传燕军四出取粮，营中无备的谣言。真定守军听说此情，果然决定出师欲袭其不备。
闰三月七日，派出到真定刺探情报的都指挥郑亨、李远等报告，吴杰军现驻滹沱河北，离燕军七十里。朱棣暗想，吴杰出城果不出所料。他对诸将说：“贼不量力揣智，妄欲求战，譬犹乳犬之犯虎，伏雌之搏猩也。虽有斗，必死随之矣。且盛庸既败，今复来，此天意所欲两败之也。”
朱棣命诸军渡河。时天色已晚，诸将请求明早再渡。都指挥陆荣甚至说：“今日十恶大败，兵家所忌，不可济师。”
朱棣非常坚决，他说：“吾千里求战，忧贼不出，百计诱之。今其在外，是贼送死之秋。夫时不再得，机惟易失。今时机如此，岂可缓也！借使缓之，贼退真定，城坚粮足，攻之不克，欲战不应，欲退不能，是坐受其蔽。若拘小忌，终误大谋。”说着，朱棣便策马首先渡河。
朱棣相信天命，故常以天吓之，甚至攻打沧州时伪造天象诱说将士，如今陆荣以阴阳家说阻止进军，他反而说不要拘小忌以误大谋。朱棣是一个明决的统帅，他懂得时机对战争常常起到决定作用，他虽不免迷信天命，但似更相信人谋。朱棣的决心，使诸将除了服从没有回旋的余地。
朱棣策马渡河，刘才执辔而从。刘才发现河水较深，骑兵可以渡过，步军、辎重可能会被河水淹没。朱棣立即决定，骑兵从上流渡，步军、辎重从下流渡。成千上万的骑兵穿河而行，流水为之所逼，下游水浅，辎重等得以安全过河。朱棣率三千骑兵，循河西进，走了二十里，果然与官军相遇，于是便在藁城扎营。这一天天色已晚，双方只是略作交锋便各自收兵还营了。但朱棣唯恐官军退回城内，便亲率数十骑逼近敌营而宿，以牵制敌军。燕兵犷悍，利于野战，故唯恐官军闭城不出，出又担心其复入。惜乎官军中无人识此机窍。不然，只需坚壁清野，燕军真的会陷入“攻之不克，欲战不应，欲退不能”的局面。用兵不仅在于人众兵强，还在于审时度势，敌已知彼。如此，则先有胜算在握。
初十，双方交战。吴杰军列方阵于西南。朱棣一见不觉失笑。他向诸将指说：“方阵四面受敌，岂能取胜？我以精骑攻其一隅，一隅败，则其余自溃。于是朱棣派兵牵制敌阵三面，而倾尽全部精锐攻其东北隅。双方展开了一场激烈的混战。
朱棣本人带骁骑数百人，循滹沱河绕出敌后，突入敌阵，大呼奋击。平安军中，树有用木头绑缚的望楼，有好几丈高。激战中，平安登楼了望，指挥官军发强弩射杀燕军。万箭如雨向朱棣射来，朱棣的旗帜上箭集如同猬毛，燕军死伤甚众。忽然大风从天而降，飞屋拔树，声震如雷。平安无法再在木楼上指挥。燕军乘势四面冲杀，官军大乱，都指挥邓戬、陈鹏被燕军擒获。吴杰、平安军退入真定城中。
这一仗，官军损失六万余，军资器械也多为燕军所得。然而燕军虽胜，也颇为不易。第二天，朱棣派人把那面箭如猬毛的军旗送还北平，并写信告诉世子，要谨慎收藏，留给后世子孙看，让他们知道今日御祸艰难。都督顾成是位久经沙场的老将，他从小便随朱元璋起兵，见过各种激战。此时他因被俘已投入燕军，辅世子在北平居守。他看到这面战旗，不禁感动得潸然泪下，他对太子说：“臣自幼从军，多历战，今老矣，未尝见此战也。”所可异者，白沟河、夹河、藁城三战，燕军皆得风助，实为侥幸。
燕军乘胜南下，走顺德、广平、至大名，河北郡县多降附，形势急转直下。
使命往还朝廷听说盛庸在夹河败兵，并未能拿出高策对局势有所挽回，而是再次宣布贬逐齐泰、黄子澄，以取消朱棣兴兵的口实。上次，齐、黄被罢，朱棣不予理睬，此次齐、黄被贬，更显见朝廷的无能。朱棣知道朝廷是不会就此认输的，朝廷也知道朱棣更不会就此罢兵。朝廷将齐、黄明为窜逐，实派出募兵，朱棣则就此抓住时机，上书朝廷申诉冤屈，争取舆论，暗中秣马励兵以图再战。
窃惟二帝三王之治天下，无他术也，用建皇极而已。皇极者，大中至正之道也。以大中至正之道治天下，天下岂有不治者乎？大中至正之道非人为之，盖天理之所固有，为人君者特守而行之，则佞人必远，贤人不近而自近，九族不睦而自睦，百姓不均而自均，无所往而不当矣。《洪范》曰：“无偏无党，王道平平，岂非大中至正之道也欤？”
若其为君者蔽其聪明，不亲政事，近佞臣，远贤人，离九族，扰百姓。彰过失于天下；为臣者逞奸邪，图不轨，以危社稷，孰能举二帝三王治天下之大经大法以陈于前哉！
尝观汉唐以来大有为之君，亦不出于二帝三王之道，故能长久者也。今昧帝王大中至正之道，日以诛灭亲王为心，父皇太祖高皇帝宾天，未及一月，听流言而罪周王，破其家，灭其国，不旋踵而罪代王，湘王无罪，令其阖宫自焚，齐王亦无罪，降为庶人，拘囚京师，岷王削爵，流于漳州，至于二十五弟病不与药，死即焚之，弃骸于江。呜呼，彼奸臣者，其毒甚于狼虎。我父皇子孙几何，能消几日而尽害之至此，痛切于心。
岂意祸机日兴月盛，我守国奉藩，遵礼畏义，本无一毫之犯，又结构恶少，彼来屠我，动天下之兵，骚四方之众，直欲必灭而后已。
夫兵，不祥之器也，圣人不得已用之。本为保生民，诛讨奸恶，以报大仇。上荷天地祖宗神明冥加佑护，凡战必胜，实非善用兵也。独念兵甲不息，天下生灵涂炭，何日而已，为民父母，能不惕然而恤之哉！我之将士日望宽恩以遂其生，已尝具奏，冀回好生之心，以免无罪而死于白刃之下者，上不能允。岂期奸臣进兵不已，屡战屡败。生灵何辜？遭此荼毒，肝脑涂地！我虽战胜，哀悯之心，宁有已乎？
迩者侧闻诸奸恶已见窜逐，虽未伏铁钺之诛，然亦可少谢天人之怒。於此可见审之明而断之果，可以复太祖之仇，可以全骨肉之恩，可以保天下於几危，可以措社稷于悠久，故闻之不胜踊跃。诚如是，则非特我之幸，实社稷之幸，天下之幸也。
惟日夜冀休兵之旨，其罪恶盖已了然明白，曲直之情，虽三尺之童，不待言而知之。是兵可解，冤可刷，而恩可推也。何故执持不改，外示窜逐奸恶之名，而中实主屠害宗藩之志。
往者自念无罪，而茅土见削，子孙不保，受屈万世，宁俯首蒙耻，甘受芟夷，不顾宗庙子孙乎？见兵四集，心震胆悼，不知所为，左右彷徨求贳死于旦夕，遂以兵自救。诚知以区区一隅之人，当天下之众，鲜有不摧灭者，徒以须臾喘息，延缓岁月，冀或有回旋之日也。身亲行阵於今三年，赖天地眷佑，父皇母后圣灵保佑予躬，战胜攻克。每见锋镝之下，死亡者众，痛伤于心，故恒戒将士曰：“天下军民皆父皇赤子，驱迫战斗，彼何罪焉？其毋杀之。吾畏死所以救死，彼之畏死，其情盖同，由是降者悉释之，全活者不知几千万人矣。”
往者，耿炳文以兵三十万欲加戕灭，败之於真定，既而李景隆两动天下之兵，号百万之众，直来见杀。李景隆盖赵括之流也，手握重兵，骄肆无谋，视我如囊中物，可探而有，曾无毫发警惧之意。夫战，孔子所慎，而李景隆易之。白面小儿，岂足以当大事！惟解饮酒挟妓，酣呼歌舞而已。故首败之于郑村坝，继败之于白沟河，追奔至于济南，百万之众，两战沦没，可谓极矣。於此之时，冀或有开悟之萌，下责己之诏，引领南望。重增欷歔。
未几，盛庸以三十万之众复来见逼，庸本鄙夫，何足算也。夹河才战，一败冰释。吴杰、平安以十万继进，战略藁城，遂尔奔北。
前后大小之战莫知其几，然无一不败之者何也？盖属众有必死之心，而无求生之望故也。臣每战胜，愈加忧畏，恐鹬蚌相持，渔人得利。
窃惟奸臣已逐，左右必皆忠良之臣，识负胜之机，或虑及此，必开心见诚，惩难悔祸，以解兵衅，休军息民，保全骨肉。因循至今，而德州之兵日集，是必欲加屠害而后已。
臣忝居叔父，肺腑至亲，何苦见困如此？今天下之兵，数战已尽，复闻召募民间子弟为兵，驱此白徒，以冒死地。又况馈运供需，百费劳弊。倘此一战不胜，则势危矣。诚不忍至此，伏望回心易虑，起春育之仁，隆亲亲之义，复诸王之爵，休息兵马，销锋镝为农器，以安天下之军民，使各遂其生，其恩莫大也。我父皇在天之灵，亦安宁慰悦矣。如不允所言，一旦社稷落奸臣之手，则贻笑万世矣。
夫大厦之倾，岂一木所能独支？鹍鹏扶摇，非一翼所能独运。自古帝王建万世之基者，莫不以敦睦九族，崇重藩屏之所致也。且弃履道旁，尚或收之，而至亲哀穷，宁无怜恻之者乎？故犹不敢自绝，披露腹心，献书阙下，恭望下哀痛之诏，布旷荡之恩，使得老死藩屏，报效朝廷，则基业有万年之安，子孙亦享万年之福矣。二帝三王大中至正之道，岂有加於此哉！冒渎威严，幸惟垂察。
朱棣起兵，说是朝廷中出了奸臣，因而称自己的造反为“靖难”。现在“奸臣”已经放逐，朱棣起兵便失去了口实。但根本问题并不在于有否奸臣，皇位的诱惑力越来越强。如果说朱棣起兵之初对这次“靖难”胜利与否尚无把握的话，那么，现在经过了两年多的较量，朱棣已为自己打出了一个新的局面。固然，朱棣曾在白沟河被困，在济南受挫，在东昌败北，但总的来说，朱棣毕竟已经打出了北平一隅之地。北平、大宁、保定一带，均已在朱棣的掌握之中，如今更迫使朝廷放逐了它的两位肱股重臣，哪怕是名义上的放逐。时至今日，朱棣能够善罢甘休吗？他能够为朝廷的拙劣策划所欺骗吗？绝对不能。但朱棣懂得，要获得真正的胜利还有一段艰苦的路要走。而且，他十分懂得舆论的力量。如果说，在起兵之时他指斥奸臣乱政，朝廷加罪还会得到一些不明真相的人的同情的话。那么，如今朝廷不计其谋叛之罪，主动放逐所指奸臣，朱棣再不撤兵甚至仍无所表示便于理难容了。然而朱棣绝不会按朝廷划出的道走。他首先要申明“是非曲直”，向天下宣告自己是无罪受罪，继而，他尖锐地指出如今朝廷不过是“外示窜逐之名，而中实主屠害宗藩之志”，朝廷的既定方针并没有改变。君不见“德州之兵日集”，“复闻召募民间子弟为兵”！他以“叔父”、“至亲”的名义要求朱允炆“下哀痛之诏，布旷荡之恩”，既要承认错误又要实际撤兵，不如此，这场战争将继续打下去。按朱棣的说法，曲在朝廷，而且朝廷应该首先撤兵，至于自己则是在被迫自救。球又踢回到朝廷一边。
却说朝廷虽表面窜逐齐、黄而仍用其谋，且实遣其出四处募兵。这时，方孝孺成为朝中的主要谋臣。此人虽博学方正，但缺少机变，不善权谋，与朱棣、姚广孝之老谋深算，适成对照。
朱棣的上书送到南京，方孝孺认为这正是缓滞燕兵的机会。他向建文帝提议对朱棣的上书给予回答，可以用来松懈燕兵的斗志。书信往还至少也需一两个月时间。燕军久驻大名，又将值暑热淫雨季节，不战自罢，这期间，官军各路兵马已逐渐集中，只待远路的云南军队来到，便可对燕军展开大战。方孝孺还建议，调辽东军马攻永平，调德州军马扰北平，其根本之地受敌，必然撤兵归援，那时，大军齐集，追蹑其后，定可一举而破燕兵。方孝孺敦促说：“事已垂成，机不可失。”
建文帝听了方孝孺的议论，觉得他的主意不错，决定派遣大理少卿薛岩等宣诏到燕军宣布休兵。建文帝令方孝孺草诏，大致说：赦免燕王父子及诸将士之罪，使归本国，勿预兵政，仍复王爵，永为藩辅。
四月十六日 ，薛岩宣诏北上燕军，他随身还携带了数千张用小黄纸印的宣谕，到燕军秘密散发，以使燕军将士都知道朝廷的钦令，不要再追随叛贼。
薛岩宣天子诏，来到燕军。朱棣读罢诏书，冷笑说：“帝王之道，自有弘度，发号施令，昭大信于天下，岂可挟诈，以祖宗基业为戏耶！”岩等俯伏惶恐久之。朱棣说：“诏语如是，尔承命之言何如？”岩曰：“但欲殿下释兵，来谢孝陵，则兵可息。”朱棣曰：“宗藩阽危，祸难不已，社稷深忧，必执奸丑献俘太祖，以谢孝陵，我之愿也。所典之兵，受之皇考，以为护卫，用备不虞。制度已定，难以更改。今欲释兵，是以徒手待缚，此奸臣谬计，欲以欺人，虽三尺童子不为所罔矣。” 朱棣说着手指怒目金刚般的侍卫将士说：“有丈夫者！”薛岩惶恐不能回答。诸将士持刀按剑，喧哗不已，要求杀死薛岩。朱棣自然也不相信诏书中关于撤军的许诺，或者说他自己根本不愿接受朝廷提出的条件。然而他知道现在朝廷既然放逐齐、黄，既然派来命使，他也不能表现得气量过于狭窄。现在是他争取天下舆论的时候。他拦住愤怒的将士说：“奸臣不过数人，(薛)岩天子命使，毋妄言！”
在众怒目环顾之中，薛岩战栗不已，流汗被体。他倒不一定是怕死，他自己也感到不解的是在这个场合本当慷慨陈辞，舌战群儒，而如今为什么说不出话来，这样岂不有辱使命了吗？朱棣的话虽为他解了围，但他的心并不因此而安。朱棣对诸将说：“吾见薛岩等言媚而视远，此来觇我虚实，非求和也。宜耀武以示之。” 于是，他传令各军集合列队，请朝使检阅。薛岩整理衣冠，振作精神，根据朱棣的安排阅视燕军。官军在前线失利，这是举国都知道的事实，但数十万官军为什么竟会与燕军不能相敌呢？薛岩也真想看看燕军究竟如何。薛岩随燕军中官登高阅视，只见燕军营寨相连，一望无边，据说绵亘百余里。营间戈甲旌旗照耀原野，将士驰射操练，钲鼓宣呼，震天动地。薛岩本一介书生，虽身为大理少卿，但未尝亲军旅，如此阵势，他还是第一次见到。燕军如此强大威武的军容，不禁令薛岩暗中咂舌。作为天子命使，薜岩受到款待，在燕军中一连停留数日。他对燕军的更进一步了解，使得他对这场战争还能否打下去产生了怀疑。他来这里，本来是为了传布钦命，劝说燕王，想不到却几乎成了燕王的精神俘虏。
朱棣派中使送薛岩出境。临行，朱棣对薛岩说：“归，为老臣谢天子。天子于臣至亲，臣父，天子大父。天子父，臣同产兄。臣为藩王，富贵已极，复何望，天子素厚爱臣，一旦为权奸谗构，以至于死。臣不得已，为救死耳。幸蒙诏罢兵，臣一家不胜感戴。但奸臣尚在，大军未还，臣将士心存狐疑，未肯遽散。望皇上诛权奸，散天下兵，臣父子单骑归阙下，惟陛下命之。”
