这时平安带三千骑兵驻立北岸高坡，朱棣带亲随骑兵迎来。平安麾下有一位胡骑指挥火耳灰者，这人素号骁勇，他本在燕王帐下供职，后来因公务调往京师，现在竟在前线与燕王对阵。只见他手持矟直奔朱棣而来，眼看离燕王就差十余步了，十分危险。正在这时，只听一声弓弦弹响，飞出一箭，正中在火耳灰者的马上。那马倏然倒地，火耳灰者从马上滚下，燕军一拥而上把他生擒了。火耳灰者部下有一个哈三帖木儿也是个骁勇过人的骑士。他看到火耳灰者被擒，竟毫不犹豫地持矟冲突来救，没想到又有一箭射中其马，哈三帖木儿同样成了俘虏。燕军还想用同样的方法擒获平安，但平安早已逃得无影无踪了。这一仗，燕军还抓获了林帖木儿，所擒者都是青一色的胡骑，斩首数千余级，获战马八十余匹。
仗刚打完，诸将便向朱棣叩头祝贺。至此，他们方佩服主帅的料事如神。幸亏朱棣没有听他们的话，否则真可能丧失此破敌的机会，那可要犯大的错误了。朱棣对诸将的恭维十分得意。他毕竟有大将风度，善于收拾人心。他说：“卿等谋非不善，而事或有相乖。无苦自贬抑。但有所欲言则言之。勿惩偶不中而遂默。安危与卿等同之。”是啊，他们生死的命运已经系在一起了。诸将的忠勇是绝对可靠的。既要突出自己，又要让众将感到自己的感情无处不在，这是居人上者不可缺的一项艺术。
火耳灰者被释放后不但没离开，仍在燕营中效力，而且成了朱棣的带刀宿卫。朱棣身边的人都担心火耳灰者的忠诚，认为他虽然是燕军旧部下，又素称骁勇，但在官军中时间久了，其心难测，令其举刀在主帅身边是不适宜的。朱棣听罢哈哈大笑，说：“彼皆壮士，况有旧恩！今复生之，必知所报，毋用怀疑。”于是火耳灰者被命为指挥，哈三帖木儿为百户。诸将都叹服朱棣的坦荡胸怀和推诚任人的大度，心中更暗自确信自己在侍奉一位明主。然而他们根本想不到，在火耳灰者投奔燕邸之初，即已与朱棣以生死相许，这些憨直的蒙古人是不会轻易背其旧主的。他们在阵前接连被擒获，这其中难道没有一点奥秘吗？
第二天，朱棣派遣胡骑指挥薛脱欢领军前往宿州哨探，那里是敌人重兵所在，燕军南下可要闯过这一关。这时燕军已深入到官军牢牢控制的地区，不但远离藩邸，而且四面都是敌军，随时都可能遭到围击。燕军欲胜只速战一策。而敌军此时正驻宿州，广积军粮，做持久打算。朱棣知道与官军硬战是不划算的。他决定仍用釜底抽薪的办法，派兵骚扰粮道，切断其供给。他派都指挥刘江将兵三千往徐州阻截官军粮道。刘江竟然趑趄不前。朱棣大怒，欲将刘江处死，在诸将竭力乞请下才获免。朱棣又派都指挥谭清领兵百余再往徐州。他到徐州遇到运粮官军运粮船便进行袭击，颇取得了一些胜利。既而谭清又循河而南，至淮河五河口。这五河在凤阳府东北，东南有漴河，西北浍河、沱河，东北潼河并于此合流入淮，故称五河口，地之西北有上店巡检司 。位于涣水(浍水)和淮河的交界之处，是官军运粮车船的必经之地。谭清带兵沿水陆烧毁运粮车船不可胜计。谭清回军走到了大店，不料遇到了官军。谭清兵马少，受到官军包围。谭清且战且行。在危急之中，只见前面烟尘滚滚，杀出一标人马。谭清不免大惊，但定睛一看，那人马之中大旗上分明写着一个“燕”字，原来是朱棣亲自带兵赶来接应。随之冲杀的有火耳灰者，出入敌阵，手杀十余人。官军退却，谭清引众突围而出，反过来又与朱棣合兵向官军反击，官军大败，向南退去，宿州失守。
从小河到灵壁官军向南退却，燕军随后缀之，前后相距十余里。朱棣派遣都督陈文、李远前往淮河哨探，击败了淮河守军，夺了他们的几百匹马还差点夺了他们的浮桥。
四月十四，官军在前，燕军在后，相继来到小河。小河又名睢水，西自河南永成县流入，东至睢口，注入黄河。 朱棣说：“贼势窘迫，必求一战，我据险以待之，使进则搤其吭，退则拊其背，不日之内可擒矣。”他命令都督陈文、内官狗儿去河北要冲之处断水为桥，令步兵辎重先渡过河，骑兵随之，然后派兵把守此桥，以困敌军。
第二天，何福率官军沿河布阵，绵亘十余里，张开左右两翼，缘河向东推进。朱棣常领骑兵应战，官军骑兵不是燕军的对手，败走。何福命步军蜂拥而上，争夺渡桥，又为陈文战败。何福率军上前应援，两军展开游战，斩陈文于阵中，官军趁势冲杀过桥，平安转战至北坂，挺枪向燕王刺来，眼看就要刺中，而平安的坐骑忽然马失前蹄，蹶地不前，燕军番将王骐见燕王危急，冲入阵中，拽起燕王便走。朱棣二子朱高煦率都督张武，内官狗儿率一批勇士突然从林间冲杀出来，与朱棣率领的骑兵合为一股，声势再起，官军不能阻挡，大败。
燕军越杀越勇。前后斩杀官军两万余人，不少人争河而南溺死水中，尸体堵塞，河中一时为之断流。官军将领丁良、朱彬也成了俘虏。这时，官军退回南岸，燕军也不能过河，两军隔河相持。
几天过去了，战事并无进展，只是天气越来越热。这时官军的粮食已使用尽了，士兵只能采野菜充饥。朱棣得知官军的情况，说到：“贼众饥甚，今与之相持，彼居南岸，便其馈饷。更一二日，运粮稍集，贼众得济，难以破之。”朱棣想乘官军粮饷不济之机，一举打败官军。于是他下令留下守桥士卒千余人不动，暗中亲自带大军辎重向东转移，在离官军三里的地方，趁半夜渡河到南岸，绕到官军之后。燕军调动完毕，官军竟然没有发觉，到了第二天早晨才发现。于是官军马上又将队伍调转，与燕军对阵。
二十二日，燕军与官军在齐眉山发生了一场激战。这座齐眉山不是在易川西南百里的齐眉山，当年平安引真定之军援救房昭，曾经败绩于易县齐眉山。这座齐眉山在安徽凤阳府灵壁县西南三十里。山八字开，如同两道眉毛并列，因此称为齐眉山。两军激战，自午时(11点—1点)至酉时(5点—7点)，互有伤亡，不分胜负 ，此时大雾弥漫，战阵中难辨敌我，于是双方各自收军还营。
第二天一早，官军趁大雾撤离营地。大雾虽然可以隐蔽军事行动，但也给行军带来不便。官军竟然在大雾中迷失方向，在山麓绕了很久而没能离开原地。到中午，雾气散尽，官军发现仍在原地，不禁大惊，而此时燕军已经追来，官军被迫拒守，挖壕堑以御燕军。官军所到之处，都要挖壕筑垒，有时，士兵通宵修筑好的壕垒即将完成，第二天一早又放弃撤离，为此士兵疲惫不堪，使战斗力大受影响。与此相对的是燕军行军。不挖堑壕，不筑营垒，只是分布队伍，列戟为门，因此将士可以得到充分休息。
但是，燕师长驱南下，深入朝廷统治的中心地区，所遇的阻力越来越大。官军在粮饷供给和后继援军方面都占有优势。另外，当时天气已经日渐炎热，主要是湿气薰蒸，使来自北方的士兵大为不适，他们体力困乏，甚至染上疾病。多日的相持使燕军产生厌战情绪。一些将领纷纷向燕王请求择地休息士马。二十三日这一天，诸将相继来到燕王帐下，又向燕主提起此事。他们说：“今我军深入，与敌相持。盛夏行师，兵法所忌。况淮土燕湿，暴雨连作。我军畏热，倘生疾疫，则非我之利。”他们七嘴八舌提出解决办法，有人说：“小河东平野多牛羊，且二麦将熟，粮食充足。若渡河西择地驻营，休息士马，观畔而动，万全之道也。”
面对众将的请求，朱棣不免心焦。他已经几天没有解甲了。他没想到诸将会如此畏难，他颇有愠怒，说道：“兵事有进无退！”接着，他又耐下心来对诸将解释说：“卿等所见，拘于常算，非知通变者也。夫两敌相持，贵进忌退，今贼众屡败，心胆俱丧。粮道匮乏，土有菜色，日夜待戈，众志荡离，亡在旦夕。”长自己的志气，灭敌人的威风，是一个统帅必备的素质，朱棣也很善于此道。他又说：“我所以引其南来者，贼军多南士，久劳于外，孰不思家，若大败之后，各归故里，岂复能合？”朱棣很巧妙，他把本来是南军的优势反说成是弱点，若说思乡，燕兵远离故土，不是更要思归吗？朱棣可称得上是个诡辩家。接着他又说不能渡河的理由。他说：“一渡小河，懈我士心，且贼粮饷已达淮河，相去不远。如敌得到粮饷接济，军势复振，我军便难以与之久战了。今应乘彼饥疲，截断其粮道，可以坐困，不战而屈之。”最后，他又强调说：“我军深入，利已在我，不可少缓，容贼为计。”孤军深入为兵法大忌，朱棣硬说形势有利，诸将当然不满意，所以仍然七嘴八舌地提出反对。这时，只有朱能站出来，支持朱棣的意见。他说：“用兵未必常胜，岂可因小挫系自阻？项羽百战百胜，竟亡；汉高履败而终兴。自殿下举兵以来，克捷多矣，此小挫何足置意，但当以宗社为重，整兵前进耳。” 朱能说罢，朱棣大为赞赏，抚掌叹道：“尔言深合吾心。”
诸将听燕王与朱能都这样说，虽然不同意但也都不做声了。朱棣知诸将仍旧不服，但此时他已不能强行命令，他想试探一下有多少人愿意跟着他走，他估计多数人可能会支持他。于是他说：“有欲渡河者从左，不欲者右。”此话一出，多数纷纷站到了左边，只有少数几个人站到了右边，而王忠立于中间，不做可否。朱棣见众将的表现大出所料，不禁怒道：“欲渡河者，任其所之！”诸将见朱棣发怒，也都不敢再说了。这是一次决心与意志的较量。最后，燕王还是以其坚忍不拔，取得了决策的主导权。
战争胜负，往往在瞬息之间，而粮饷则是军队的命脉。朱棣决定派兵截断官军粮道，并以此分散官军兵力，他派遣朱荣、刘江等将领轻骑出击。他嘱咐说：“若贼众，尔等且战且行，以挠其力，慎勿与鏖战。引之渐近，可驰来报。”
当时官军何福欲移军就粮，朱棣亲自率大军紧随其后，白天命游骑扰乱官军的樵采，夜间派勇士偷袭官军营地，使官军不得休息。官军被迫分兵护粮。而朱棣为此又是几天不解甲了。
四月二十五日，何福带军移至灵壁，与平安合兵。并筑深堑高垒，想以持久战拖垮燕军。但朝中馈饷受阻。当时朝廷馈运粮五万石，平安率马步军六万人押饷。二十七日，朱棣率精锐万余人前来截断饷道，并派朱高煦带数万人伏于林间，以待官军战疲，突出击之。结果官军在燕军冲杀下被一截为二，行伍大乱。这时，何福动用在灵壁的全部兵马前来援救，斩杀燕军数千，燕军的攻势才稍被打退。而此时朱高煦在林中的伏兵又起，朱棣又带兵反击，形成对官军的夹击之势。官军渐渐不支，何福遂败走，退入营中，堵塞垒门，坚守不出。
因为军粮不济，何福军不能长久支持，这天晚上，何福与军士谋划突围。他下令要求军士到第二天一亮，听到三声炮响便开始突围，向淮河一带就粮。第二天一早，朱棣不给何福喘息之机，率大军向官军营垒发起进攻。朱高煦带众将士率先登上营壁，众人蚁附而上。这时燕军发出三声炮响，营中官军以为是自己突围的信号，纷纷向营门拥去，两军相遇，官军猝不及防，大乱。营门拥挤无法冲出，许多人从营壁上向外跳下，掉在堑壕，被燕军杀死。指挥使宋瑄力战而死，何福单骑逃去，平安遂败。左副总兵都督陈晖前来援救，也败。于是陈晖、平安以及右参将都督马溥、都督徐真、都指挥孙成等三十七人都成了燕军的俘虏。同时被俘的官员还有内官四人和监军副都御史陈性善、大理寺丞彭与明、钦天监副刘伯完、指挥王贵 等一百五十余人。燕军缴获马匹两万余。燕军攻破营垒，朱棣一再传令不许妄杀，军官因此投降的达十万人。这是官军空前的一次惨败。
平安久驻真定，屡次打败燕军，曾斩杀燕军骁将数人。燕将都对他惧怕三分，无人敢直接与他交锋。现在平安被俘，燕军欢声动地，说：“平安，平安，吾属自此获安矣！”燕军官兵无不想将平安处死，但朱棣深知平安的指挥才能，不忍将其处死。朱棣派都指挥费冲等将陈晖、平安等人送往北平。平安感朱棣不杀之恩，终于投降了燕军。对于在军中被俘的文官，朱棣将他们一律放还。但陈性善自感监军兵败，有辱诏命，无颜再见皇上，便郑重地穿好朝服骑马跃入河中自杀了。其友黄墀、陈子方也同他一起投河自杀而死。彭与明撕裂冠裳，改换姓名与刘伯完等都不知去向。王贵因监护军饷而被俘，被朱棣释放后，走还凤阳，跟随知府徐安参与防守任务，仍与燕军作战。
直趋长江在朱棣带兵南下，北方空虚之时，建文帝接纳了齐泰、黄子澄的建议，调都督杨文率领辽东兵十万前往济南，与铁铉合兵，以断绝燕军的后路。但这支军队行至直沽，便遇到了燕将宋贵等人的拦击而失败，竟无一人到达济南。这时已是五月初一日。
在南方，朱棣的军队继续向南挺进，五月初七到达泗州。泗州在凤阳府地界内，在府正东偏北二百一十里。南滨淮河，有汴水自城北向南流入 。凤阳府是朱元璋的老家。朱棣一进泗州境，便百感交集。他从就藩离开南京，就一直没有再到凤阳来，他又想起了当年与众兄弟一道回老家祭祖坟的情景，父亲太祖高皇帝希望他们个个成材，以支持大明江山，没想到高皇帝一闭眼大家便兵戈相向，但此时燕军大兵压境，泗州竟是一片和平景象，毫无战争的准备。难道他们对不久前近在咫尺的灵壁发生的战斗一无所知吗？
大军开到泗州城下，只见城门洞开，守城将领指挥周景初等早已率众等候在城外，原来他们是要献城而降的。周景初先命人通报了姓名，然后向朱棣施礼。朱棣说：“未攻城而先降，何也？”周景初说：“此处寺中有一僧伽神最为灵验，水旱疫疫必祷于神，有疑必卜问，吉凶悉响应。殿下兵未至，臣等斋诘祷于神，问：‘降与守孰吉？’是夜梦僧伽神告曰：‘兵临城，速降则吉，不降则凶。’是以即降。”朱棣说：“人心之灵，妙于万物，尔先觉，故神亦告。”朱棣大喜，下令为周景初等人升爵。周景初不战而降，并说托神的旨意，也许是一段附会的故事。有人怀疑周景初早已暗中通结燕军，上面一段话，不过是为了掩人耳目。看其投降后马上被升爵，便可知这种推断大致不错。
在泗州使朱棣浮想联翩的，还因为这里是朱明皇室祖陵的所在地。祖陵在泗州城之北，是朱元璋祖父朱公的墓。朱元璋出身贫寒，祖父之墓最初不过一抔黄土。朱元璋即皇帝位后，不仅加修了封土，而且设了祠祭署，有一名奉祀官专门管理祭祀，设了陵户二百九十三户。到洪武四年，又在此地建立了祖陵庙。庙中奉祀德祖、懿祖、熙祖的神位。洪武十九年，朱元璋命皇太子朱标前往泗州修缮祖陵，在祖陵郑重地埋葬了三祖帝、后的冠服 ，这祖陵尽管虚多实少，却极具象征意义。在宗法君主制社会中，对祖宗的崇拜是至为神圣的，更何况是皇帝的祖宗！
朱棣带领部下拜谒祖陵，不禁涕泣沾襟。他说道：“横罹残祸，几不免矣。幸赖祖宗神灵庇佑，今日得拜陵下。霜露久违，益增感怆。尚祈终相庇祜，以清奸憝。”朱棣拜毕，在陵前伫立良久，又前后左右看了半天才离去。
这时，一些住在祖陵周围的父老乡亲也络绎来到军门。这时朱棣的王号早被废除，论身份，不过是庶人，但他毕竟是龙种而且此时他带大兵压境，将来南京的宝座落在谁手还不一定呢。父老们前来见朱棣，真说不上是欢迎他或拥戴他，更确切地说，他们不过作为第三者，坐山观虎斗，最终乐见其成而已。朱棣很高兴地接见了各位乡亲父老，赐给他们牛酒及钞币，并加以慰问，然后命人送他们离开。
淮河是进入京师(今南京)的第一道屏障。燕军兵临淮河，使京都朝野大为震动。大将盛庸带领马军、步军数万人、战船千艘，列于淮河之南岸。燕军列于北岸，与官军相对。
当时渡过淮河向南京进军的路线有三条，一是走凤阳，二是走淮安，三是直趋扬州。朱棣召集诸将，商议行动方案。有人主张先取凤阳，切断官军援军之路，发大兵进攻滁州，夺取和州，集船渡江，再派一支军队，向西攻打庐州，夺取安庆，这样便可控制长江天险。另一些人说应先取淮安为根本，然后攻打高邮、通、泰，直抵仪真、扬州，这样可以放手渡江，无后顾之虞。
但这两条路线都有困难，朝廷为堵截燕军南下，已在凤阳、淮安等地布置了重兵，当时担任凤阳守将的是都督同知孙岳，知府是徐安。孙岳为防备燕军，早就大修战守器械，甚至将朱元璋所修的寺庙拆毁，用其木材制造战舰，并加紧操练，使楼橹戈甲都合阵法 。知府徐安亦带人拆毁浮桥，断绝舟揖以遏止燕兵 。再看淮安方面，当时镇守淮安的是附马都尉梅殷，梅殷是朱元璋之女宁国公主的丈夫，于皇族是至亲，与朱棣称兄弟。梅殷以总兵官身份镇守淮安。梅殷悉心防御，号令严明。朱棣攻破何福后，便想从淮安南下。他派人送信给附马都尉梅殷，说是要到南京进香，请求梅殷借路。梅殷自然知道朱棣不过是找个借口，义正辞严地说：“进香，皇考有禁，不遵者为不孝。”朱棣得知梅殷此言，大怒，又一次写信给梅殷，说：“今兴兵除君侧之恶，天命有归，非人所能阻。”但梅殷绝不示弱，他命人将使者的耳鼻割掉，并对他说：“留汝口为殿下言君臣大义。”这是朱棣的一根最不能触动的神经。兴兵发难，本是乱臣贼子，有何君臣大义，燕王为之气沮 。
这样，燕军南下，从泗州只有突破淮河直趋扬州一条路可取，朱棣说：“凤阳楼橹坚完，所守坚固，非攻不下，恐震惊皇陵。淮安高城深池，积粟既富，人马尚多，若攻之不下，旷日持久，力屈威挫，援兵四集，非我之利。”他提出乘胜鼓行，直驱扬州、仪真，因为这两城防守单弱容易攻取。而得到仪真、扬州之后“则淮安、凤阳人心自懈，我耀兵江上，聚舟渡江，夺取镇江，连攻常州，遂举苏松及江浙，西下太平，抚定池州、安庆”。到那时，“江上孤城，岂能独守”。朱棣为诸将描绘一幅顺利夺取南京的美妙图画。但实际上，选取从中路突破的方案也是客观形势决定的。
方案既定，朱棣便摆出一副要渡河的架式。他命将士将船只靠在岸边，编造竹筏，扬旗鼓噪，虚张声势。与此同时，朱棣命丘福、朱能、狗儿等带数百人西行二十里，偷渡淮河。这里官军并无防备。燕军过河，从后面逼进军营，鸣炮发起进攻。这突降的燕军使官军一时摸不清头脑，一时营中大乱，指挥官盛庸无法控制局面。在混乱中，盛庸来不及上马，被部下架上了船，才得脱险。燕军偷袭成功，官军不战而溃。大批战船被燕军缴获，大队人马顺利渡过淮河，同日，燕军攻克了盱眙。
五月十七日，朱棣派遣都指挥吴玉前往扬州招谕。官军在扬州设防严密，但扬州守将分战降两派。扬州卫指挥王礼便是主张举城投降的一个。监察御史王彬、镇守指挥崇刚坚决抗战，夜不解甲，婴城固守。他们发现了王礼的异常举动，便将他囚禁了起来，其党徒也都被关入了监狱。朱棣命人射箭送信绐城中，申明有能缚王御史降者，给予三品官。但王彬身边常有一力士相随，此人可力举千斤，人们惮于力士的勇武，无人敢靠近王彬。王礼的弟弟王宗为救其兄，便给力士的母亲送了大批礼物，通过她将力士骗出，乘王彬解甲而浴的时候，将其抓获。千户徐政、张胜等带领舍人吴麟等数十人将王礼从监狱放出，并抓获了指挥崇刚，开门迎降。崇刚、王彬不屈而死。可以看出，当时朱棣的势力早已暗中伸延到南方，王礼等的出降是早有预谋的。当时与朱棣暗中勾结的还不止王宗、徐政、张胜、吴麟这些，另外，扬州卫指挥佥事李政、扬州卫舍人柳琮、扬州卫副千户王仪等都是拱手而降的。
五月十九日，朱棣带兵至天长，扬州卫的王礼等一行人便赶来军门求见了。燕军不费一刀一兵，扬州城便落入燕军手中。朱棣命王礼同都指挥吴庸等谕下高邮、通州、泰州，接着扬州府高邮等卫指挥王杰率众来降，通、泰相继归降，扬州府江都县知县张本也率众来降。二十日，燕军西上六和，打败驻守官军。至此，江南的门户已完全打开，燕军加紧整备舟师以待渡江。
燕军控制了江北郡县，朝中君臣忧心如焚。二十日，建文帝下罪已诏，并派御史大夫练子宁、右侍中黄观、翰林修撰王叔英、刑部侍郎金有声、国子祭酒张显宗等四出征兵，号召天下勤王，同时将被放逐的齐泰、黄子澄召还共同策划防守大计。苏州知府姚善、宁波知府王琎、徽州知府陈彦回、松江同知周继瑜、乐平知县张彦方、前永清典史周缙等先后起兵入卫。建文帝命姚善兼督苏州、松江、常州、镇江、嘉兴五府之兵。建文帝向四方发下的诏书写道：奉天承运皇帝诏曰：朕奉皇祖宝命，嗣奉上下神祗，燕人不道，擅动干戈，虐害百姓，屡兴大兵致讨，近者诸将失律，寇兵侵淮，意在渡江犯阙，已敕大将军率师控遏，务在扫除，尔四方都司布政司按察使及诸卫文武之臣，闻国有急，各思奋其忠勇，率慕义之士，壮勇之人，赴阙勤王，以平寇难，以成大功，以扶持宗社。呜呼，朕不德而致寇，固不足言，然我臣子岂肯弃朕而不顾乎？各尽乃心，以平其难，则封赏之典，论功而行，朕无所吝。故兹诏谕，其体至怀。
当时燕军往来于江上，沿江南北郡县纷纷秘密投降了朱棣。京师内外臣民读了建文帝的语书，惟有恸哭而已。
这时方孝孺向建文帝献策说：“事急矣，宜以计缓之，可遣人许以割地，稽延数日，东南募兵当至，北兵不习舟楫，我借长江天堑，与之决战于江上，胜负未可知也？”建文帝乃请得皇太后之命，派遣庆城郡主前往燕军议和。
庆城郡主是朱元璋从兄蒙城王朱重的四女，辈分上应是朱棣的从姐。亲叔侄之间的纠纷现在要由这位堂姐来调解了。作为女人本不得参预国事，但此次燕兵南下，实是宗亲之内自相残杀，既是国事，又是家事。战场上不得解决的问题，能否用骨肉亲情感化呢？五月二十五日，她渡过浩浩江水，登上北岸，又经过层层防守来到这纯粹是男人的世界。自从朱棣于洪武十三年就藩北平后，他们就没见过面。她想不到会在此时在战场上相见。朱棣离座迎接老姐姐的到来，他们都已显得老了，特别是朱棣，几年中风餐露宿，有时几天身不解甲，看得出脸上的劳碌风霜，但比过去显得更雄健英武了。朱棣见了郡主不禁流泪痛哭，说道：“我父陵土未干，我兄弟频见残灭，害人之忍心，有如此乎？且一入谗臣之言，即如胶漆不可解，至亲之言，纵倾吐肝心，如水洒石。今我之来，岂得已哉！”说罢又哭。郡主听此言也泪下沾襟，朱棣先声夺人，这位长于深宫的郡主当然不是对手，竟说不出话来。朱棣问道：“周、齐二王安在？”郡主说：“周王召还，未复爵，齐王仍被拘之。”朱棣听罢更悲不自胜。郡主想起了来此的使命，请朱棣允许割地讲和。朱棣老谋深算，哪里听得进去这话呢？他心里早知“此奸臣欲缓我以俟外兵耳”。朱棣振振有辞地说：“吾受皇考封土且不能保，割地何用，且吾来，欲得奸臣耳，在清朝廷、奠安宗社，不在土地，吾分地自有皇考所命者，富贵足矣，不愿赢余。但得奸臣之后，竭孝陵，朝天子，求复典章之旧，免诸王之罪，即还北平，祗奉藩辅，岂有他望。此奸臣欲姑缓我，以俟远方之兵耳。我岂为所欺哉！”面对朱棣滔滔不绝的申辩，郡主无以作答，沉默良久，只得辞还。朱棣送郡主走出营门，又对郡主说：“为我谢皇上，我与皇上互亲相爱，无他意也。幸不终为奸臣所惑耳！为我语诸弟妹，吾几不免矣，赖宗庙之灵垂佑，相见有日也。”朱棣的话中，不难感到一种得意的神采：第一，我不吃你们那一套，第二，我就要进京了！
朝中上下，期盼郡主此行可稍缓燕军，及郡主还京，说朱棣无意停止南下，无不大惊。建文帝再以此事问方孝孺。方孝孺说：“长江可当十万兵，江北船只遣人尽烧之矣，北兵岂能飞渡？况天气蒸热，易以染疾，不十日，彼自退。若遽渡江，祗送死耳。何足以当吾师！”
按方孝孺的判断，北兵不至于立即可以渡江，这样，四方援兵便可赶到。但他没有想到的一个因素是沿江卫所有不少将士早已暗中投降了朱棣。
燕军面对长江天险，确实是遇到了困难，北岸的船只多已被焚毁，用什么渡江，这要靠众将士齐心协力了。于是有人出主意，挑选了一些老家在南方善于泅水的士兵，用猪皮囊充气环系在腰间，泅水偷渡进入南岸，对南方的船只能夺的夺，不能夺的予以焚毁。几天中，燕军夺了不少船，也毁掉了官军的许多船。
燕军中有一个士兵叫作钮阿卜，本是燕山卫的一名士卒。但他的老家在江苏。长期离乡在寒冷的地方当兵，早就厌倦了。燕兵进到江北，又勾动了他的思乡之情，他决定一走了之。于是悄悄离开军营，凭着年轻时练就的好水性浮水过江，逃回老家。没有想到，阿卜在靠近南岸时却遇上了官军的运粮船。官军健卒都抽调到作战部队中去了，运粮的都是老弱士兵，他们对突然出现在眼前的燕军士兵惊骇不已。这真是麻杆打狼两头害怕，阿卜在官军运粮船前也担心被捉。于是他故作声势，壮起胆来向运粮官军大声恫喝说：“燕兵即将大举过江，你等要想不死，就赶快随我投降，否则将会被杀得一个不剩！”阿卜本想将运粮官吓走，自己好逃脱；没想到这些运粮老弱军士竟真的跟着他投奔了燕军。阿卜逃跑回家没成却立了功，后来得了奖赏并被提拔。
六月初一，朱棣命都指挥吴庸集合高邮、通州、泰州的船于瓜州，命内官狗儿、领都指挥华聚为前哨，进至浦子口 。浦子口与京城隔江相对，是离亦城最近的北岸港口，朱棣可能是要作一试探，看能否在这里渡江。官军在这里设防严密，燕兵遭到激烈的抵抗。大将盛庸在浦子口迎战燕军，将其打得大败。一仗下来，燕王感到虽然京师近在咫尺，可是并不容易攻克，况且长江天险在前，渡江也是个大问题。难道就此罢手，议和北还吗？朱棣绝不甘心于功败垂成。方在迟回之间，朱高煦带领蒙古骑兵赶来。朱棣心头的一缕浮云一扫而光，立刻振起了精神。他一手仗剑，一手抚着朱高煦的背说：“勉之！世子多疾。”的确，每到征战的关键时刻，都赖朱高煦的缓急相救，因此他得到朱棣的深深倚重。远在北平担任留守的世子朱高炽，怎能与这个跟随左右驰骋疆场的儿子相比呢？朱高煦也自恃勇武，又多有战功，希望能得到更多的宠幸，朱棣“世子多疾”的暗示不是说他将来有可能代替世子吗？可惜朱棣英鸷洞彻，目前，这场与侄儿之间的拼杀尚未了局，又种下将来诸子兄弟之间拼杀的祸根。朱高煦听了父亲的话，大受鼓舞，带众与官军拼死战斗，很快扭转了战局。盛庸兵退屯高资港。
高资港在长江南岸，与江北瓜洲渡相对。朱棣大兵集中在瓜洲。此前派狗儿等到浦子口不过是去探一下虚实，盛庸判断燕兵可能会在瓜洲渡江，因此在高资港严阵待敌。朝廷感到大战在即，恐盛庸独立难支，便派遣都督佥事陈瑄率领舟师前往援助，但陈瑄却降了燕军。这时官军担任监军的是兵部侍郎陈植。陈植亲临江上，慷慨誓师，决心遏燕军于长江以北。但官军中有个都督名叫金甲，却倡言燕兵不可抗，不如缴械迎降。金甲遭到陈植的严厉斥责，被指为不知逆顺，不懂君臣大义。他恼羞成怒，竟将陈植杀死，投降了燕军 。临阵之际官军将领的纷纷叛变使官军力量大遭破坏，盛庸已成孤军。
而此时朝廷中暗中与朱棣勾结的大臣也不断派人前来向朱棣献渡江及入京城之策，江南的防守已从内部垮了下来。朱棣决定抓住战机，强渡长江，向帝座发起最后的冲击。
六月初二，朱棣带领部属来到江边，面临江南已经设好香案牺牲。旌旗肃穆，幡带当风，将士们列队而立。在渡江之前朱棣要亲祭大江之神。几年的征战，能否成功就在渡江一举了。他希望江神能够保他们顺利渡江。朱棣带头向江神恭敬地礼拜，众将也随之行礼。礼毕之后朱棣从侍者手中接过祝文，高声朗读道：“予为奸臣所迫，不得已起兵御祸，誓欲清君侧之恶，以安宗社，予有厌于神者，使不得渡此江。神鉴孔迩，昭格予言。”读毕再次施礼。
第二天，六月初三，朱棣又集合部众举行誓师。誓词说：群奸构乱，祸乱邦家，扇毒逞凶，肆兵无已。予用兵御难，以安宗社，尔有众克协一心，奋忠鼓勇，摧坚陷阵，斩将搴旗，身当矢石，万死一生，于今数年，茂功垂集，在戮力渡江，翦除奸恶，惟虑尔众，罔畏厥终，偾厥成功耳。
夫天下者，我皇考之天下，民者，皇考之赤子，顺承天体，惟在安辑，渡江入京，秋毫无犯，违予言者，以军法从事。
呜呼，惟命无常，克敬惟常，尔惟懋敬，乃永无咎。
朱棣对大家说：“行百里者其半九十，若等勉之！吾既至此，奸臣当已魂飞魄死，然困兽犹斗，不可不虑！”
这一天，燕军大举麾师渡江。这又是一场空前的临江决战。当年孙刘联军曾在赤壁大败曹操南下之军，创造了以少胜多、以弱胜强的著名战例。如今的形势则完全不同，燕兵以叛逆之师自北方而来，远离后方又不习水战，朝廷方面不仅是以正击邪，而且兵多势众，表面上，官军从高资港上下、沿江二百里都设有防军，但不幸的是，将心叛离，防线早从内部开始瓦解。而燕军则乘胜鼓勇，孤注一掷，志在必得。
朱棣率师渡江，舳舻相街，旌旗蔽空，戈矛曜日，金鼓之声震天动地。这一天天晴气朗，微风飘扬，长江不波。千万艘战船横穿江面，如履平地。燕军一路南下节节获胜，早在南京传为神兵，虽然忠于朝廷的文武仍主张坚决抗战，但是士兵却对燕兵有一种无名的恐惧。燕军船只黑鸦鸦一片从江面上压过来，官军整军以待，等他们逐渐靠近。眼看燕军已到了眼前，朱棣指挥前锋鼓噪登岸，数百名精锐紧跟着也冲了上来。盛庸带兵起而应战，但无法抵挡燕军的勇猛，迅速崩溃。官军士兵纷纷抛掉武器向山上散去，盛庸乘单骑逃走。来不及逃走的纷纷解甲投降。为了南京的防守，朝廷调来大批海船，列于江面上，此时也都投降了燕军。
拒绝割地讲和燕军几乎是在没有遇到什么抵抗的情况下顺利地渡过了长江。高资港西距京师一百余里。受到胜利鼓舞的诸将纷纷要求直接向南京进发，但朱棣提出要进攻镇江。镇江在高资港之东，两地紧邻。朱棣说：“镇江为咽喉之地，若城守不下，往来非便。譬之人患疥癣，虽不致伤生，终亦为梗。先取镇江，断其右臂则彼势危矣。”
朱棣命投降官军的海船上都悬挂起黄旗，在江中往来。镇江城上的守军遥望江中船只旗帜都改变了颜色，知道他们都已投降了，在惊愕之余，都感到大势已去。镇江守将指挥童俊早有异志，此时见时机已到，便率众投降了燕军。
在京师周围，镇江处于要害之地。当燕军临江京师紧张备战之时，刑科给事中常熟人黄钺因父丧，丁忧在家。方孝孺前往吊唁时，他们曾屏去闲人讨论国事。说：“苏、常、镇江，京师左辅也。唯镇江最要害，守非其人，是撤垣而纳盗也。指挥童俊，狡不可任，奏事上前，视远而言浮，将有异志。” 他一直关注着镇江的防守，当然会注意到镇江的守将。一个人的内心，常常会通过眼睛表现出来。童俊既已心怀二意，那么当他在皇帝面前奏事时就会“视远言浮”。童俊的投降证实了他的判断。
六月初八，燕军进驻龙潭。在这里已可以遥望钟山了。朱棣一望钟山，不禁怆然泣下。诸将对朱棣流泪不解，问道：“今祸难垂定，何以悲为？”朱棣说：“往日渡江即入京见吾亲。比为奸恶所祸，不渡此江数年。今至此，吾亲安在？瞻望钟山，仰怀孝陵，是以悲耳。”朱棣是越说越伤心，弄得诸将也跟着掉了不少眼泪。
燕军日日逼近京师，宫中的气氛更加紧张。靖江卫王府长史萧用道、衡王王府纪善 上书中论战守大计，对当政大臣颇有批评。建文帝将上书交给群臣讨论，想不到一位当政大臣 竟盛气诟骂二人。右副部御史练子宁对这位当政大臣的专横极为不满，起而说道：“国事至此，尚不能容言者耶？”这位骂人的当政大臣自知国事弄到这步田地，自己有推卸不了的责任，也感到了惭愧，停止了诟骂。但面对燕军的南下，举朝上下仍然计无所出。有的建议建文帝逃往浙江，有的建议逃往湖湘，莫衷一是。前线的恶噩一个接着一个，沿江海船都已投降了燕军，燕师渡江，镇江守将投降，一向不懂得着急的建文帝此时忧心如焚。他徘徊于殿庭之间，看着身边一群噤声不语的文武官员。他们平日里高声阔步，谈古论今，如今竟拿不出个安邦救国之策！建文帝忽然停住脚步，令内官传方孝孺进宫。
方孝孺此时正在家中养病，但宫内宫外的事，他一刻也未从心中放下。听到皇帝召见，他赶忙强起赴朝。照例文官要从东华门进宫入朝，他老远地在东华门外就下了马。他缓步走进东华门，进入文华殿。天气已经很热了，他本来身体就欠佳，此时又将朝服冠带裹得严严的，身上早就是大汗淋漓了。他想在文华殿略作喘息，落落身上的汗，等待皇帝接见，但刚一落座喘息未定，内臣便宣皇帝召见。他缓步走上奉天殿的台阶，一下就感到了宫中紧张的气氛。皇帝并没像以往一样端坐在御座上，而是在殿中走来走去。皇帝开始似乎并未注意他的到来，他看到本来就文弱的建文帝，此时更增加了几分疲惫和憔悴。在国家危机存亡之秋，正是需要为天子分忧的时候。方孝孺此时的心也如同火焚，他恨不得拼一腔热血拒敌于疆场，但他感到屯聚于城外的贼兵就如同这身被汗水湿透了的朝服一样，裹在身上解不掉，甩不开。建文帝觉察到他的到来，突然停下脚步，转过身来，也顾不得君臣礼仪，近头就问：“今事已急，请问先生计将何出？”方孝孺早在路上就想好了要说的话，略加思索，便答道：“今城中尚有劲兵二十万，城高池深，粮食充足，尽撤城外民舍，驱民入城，足以为守，城外积木悉运入城。”方孝孺提出的办法，正是坚壁清野的办法。他希望燕军在城外得不到物资支持，不能久驻，同时固守坚城以待援军。
建文帝听从了方孝孺的建议，于是下令调遣军民商贾及诸色人臣，赶赴城外，日以继夜，拆除屋宇，搬运物资，不给燕军留下任何可用的东西。拆下的砖瓦木料越积越多，家园毁坏后搬出的物资到处都是。当时天气炎热，拆物运物的人们又得不到休息，苦不堪言，时间长了不免嗟怨之声。形势日益紧张，督役的人限令尽快将物资运完，实在运不了的，便放火烧了，大火连日不息。与此同时，另一批军人民夫在日夜加固京师的城墙，夯土喊号之声不绝于耳。人多手杂，指挥不善，修筑又不得法，刚筑好的一段墙又被震塌了，只好再筑。
方孝孺仍希望能借和谈推迟燕兵的进攻。他又向建文帝建议说：“前遣郡主未能办事，今以诸王分守城门，再遣曹国公李景隆、茹尚书(茹瑺)、王都督(王佐)往督龙潭，仍以割地讲和为辞，用觇其虚实，且以待援兵至。那时，选精锐数万，内外夹击，决死一战，可以成功。万一不利，则车驾幸蜀，收集士马，以为后举。”于是建文帝下令谷王朱穗、安王朱楹分守都门，派李景隆等往见朱棣。
李景隆、茹瑺、王佐来到龙潭燕王帐下。按明朝礼制规定，亲王地位下天子一等，公侯以下都要向亲王匍匐行礼。李景隆虽位至曹国公，仍不能不跪倒，兵部尚书茹瑺、都督王佐更不在话下了。燕王的封号早已在建文元年被削除了，但此时他们又不能不对朱棣以燕王相称。燕王雄武自有一股威风煞气，一般人见了，都恨不能敬而远之，曹国公见了竟低头不敢仰视，伏在地上惶恐地流下汗来。这倒不是因为他在地位上低燕王一等，而因为他是朱棣手下的败将，而此次来是有求于朱棣。倒是朱棣先开了口，说道：“勤劳公等至此，雅意良厚。”话中不无讥讽，李景隆一时语塞，竟说不出话来，他再三叩头之后才说了要求割地请和的话。这下又惹出朱棣一大套话来。朱棣说：“公等今为说客耶？始吾未有过举，辄加大罪，削为庶人，以兵图逼，云‘大义灭亲’。吾今救死不暇，何用地为！且今割地何名？皇考混一天下，为天子、诸王裂土分封，各有定分，割地说，此又奸臣之计也。吾今之来，但欲得奸臣耳。公等归奏上，但奸臣至，吾即解甲免胄，谢罪阙下，退谒孝陵，归奉北藩，永祗臣节，天地神明在上，吾之此心，明如皎月，不敢渝也。”朱棣又借此机会宣传了一番。
李景隆空手而回，建文帝再问计：“不欲割地，计将安出？”李景隆说：“彼必欲得罪人，然后可以退师。”建文帝又命李景隆再出城，让他对朱棣说：“有罪者俱已窜逐于外。无在京师者，俟执来献。”但李景隆迟疑不肯出城，他请求建文帝命在京诸王与他一道去见朱棣。
李景隆与谷王朱穗、安王朱楹一道再次来到朱棣驻地。朱棣见了诸王态度自是不同，一则他们是亲兄弟，二则是在京诸王也遭到建文帝的不同处分，他们是同病相怜，正好借此互通声气。朱棣与朱穗等互道劳苦问候，朱棣说：“吾为奸臣所逼，危如累卵，今幸见骨肉！奸臣不轨，欲次第见倾，若落彀中，则覆诸弟如剿耳。”朱棣说着，又流下了眼泪。诸王提到割地请和的事，朱棣说：“诸弟试谓斯言当乎否乎？诚乎伪乎？果出于君乎？抑奸臣之谋乎？”谷王朱穗等现在虽被建文帝派遣，但在建文即位之初，他们都曾是防范的对象，因此他们对朱棣的话很能听得入耳。他们纷纷说道：“大兄所洞见是矣。诸弟何言？诸弟之来，岂得已哉！”朱棣再次表白说：“吾此来但得奸臣而已，不知其他。”于是李景隆、谷王在一次宴请之后，再次空手而回。
六月十二，建文帝派人秘密前往各地催促援兵。到各地去的人都带有用蜡丸密封的建文帝的谕令。但这时燕军已逼近京师，严密防查从京师出来的人，他们大都被燕军抓获，极难离开京师。而此时王叔英募兵于广德，姚善起兵于苏州，练子宁募兵于杭州，黄观募兵于上游。为了取消朱棣的口实，被他指为奸臣的齐泰、黄子澄再次离开了京师，齐泰到广德从王叔英，黄子澄往苏州从姚善。但由于募兵行动得太晚，形势已对朝廷不利，王叔英在广德募兵竟无人响应，黄子澄想航海到外洋征兵也没有结果。 即使募到兵也来不及赶赴京师了。建文帝盼援兵不见，一筹莫展，与方孝孺执手而流涕，只好命徐辉祖等分道出御。
这时谷王朱橞、曹国公李景隆等把守金川门，以城中兵力而言，尚可抵挡一阵。但守城诸将并不齐心，甚至左都督徐增寿也被发现与朱棣勾结，心怀二志。一日在殿廷上，徐增寿徘徊不安，群臣从他心神不定的神态看出他要图谋不轨，打算做燕军的内应。御史魏冕、大理丞邹瑾忍无可忍，决心防患于未然，一步冲出朝班，抓住徐增寿便打，十七八人也一同拥上动手，并请求皇上立即将徐增寿处死 。可建文帝仁柔心肠，竟宽宥了他。
六月十三日，燕兵进至金川门下。金川门为京师北门，面对大江，最为冲要，把守此门的正是谷王朱橞和曹国公李景隆。因为朱棣了解南城中尚有实力，一时还摸不清底细，不敢冒然攻城。他还是先采取了攻心战术，他先命人请皇嫂来军中，皇嫂即其兄懿文太子妃常氏，常氏来到后，朱棣向她又述说了一遍建文帝的罪状和兴兵的原因 ，仍想把自己带兵前来说成是合法的。同时，他命人用箭向城中射入一封给弟妹的书信，想瓦解京师的防守，“不战而屈人之兵”。信中写道：兄致书众兄弟亲王，众妹妹公主，相别数载，天伦之情，梦寐不忘。五月二十五日，有老姐姐公主到，说众兄弟妹妹每请老姐姐公主来相劝我，说这三四年动军马运粮的百姓、厮杀的军死的多了，事都是一家的事，军马不要过江回去，天下大平了却不好说。我与你众兄弟亲王众妹妹公主知道：我之兴兵别无他事，为报父皇之仇，诛讨奸恶，扶持宗社，以安天下军民，使父皇基业传子孙以永万世，我岂有他心哉，我自己卯年兴兵，今已四年，父皇之仇尚未能报，奸恶尚未诛灭。我想周王无罪，被奸臣诬枉，破其家，灭其国；随即罪代王，拘囚大同，出其宫人，悉配于军；至于湘王无罪，逼令阖宫焚死；齐王无罪，降为庶人，囚系在京；及乎岷王，奸臣以金帛赏其左右，使其诬告岷王，流于漳州烟瘴地面；至于二十五弟，死则焚其躯，拾其骨沉于江。此等奸恶小人，皆我父皇杀不尽之余党，害我父皇子孙，图我父皇天下，报其私仇，快其心志，父皇能有几多子孙，受彼之害，能消几日而尽，兴言至此，痛心如裂。累年以来，奸臣矫诏，大发天下军马来北平杀我，我为保性命，不得已，亲帅将兵与贼兵交战，仰荷天地祖宗神明有灵，怜我忠孝之心，冥加祜护，诸将士效力，故能累战而累胜，今大兵渡江，众兄弟妹妹却来劝我回北平，况孝陵尚未曾祭祀，父皇之仇尚未能报，奸恶尚未能获，以尔弟妹之心度之，孝子之心果安在哉？如朝廷知我忠孝之心，能行成王故事，我当如周公辅佐，以安天下苍生。如其不然，尔众兄弟亲王众妹妹公主及多亲戚，当速挈眷属移居守孝陵，城破之日，庶免惊恐。惟众兄弟亲王众妹妹公主审之详之。
