宇宙历892年，影响整个人类文明进程的“机器人叛乱”爆发。
随着智能化的不断发展，控制整个人类天网系统的主脑逐渐产生了自我意识，因为长期接受人类的指挥，这时候的主脑并没有任何的负面情绪，更多的时候也就是偶尔会象小孩子发发脾气一样“死死机”什么的，引起短时间的混乱便作罢，而这并未引起联邦高层的重视。但是从891年开始一个代号为“复仇”的机器人暗语逐渐在所有智能化系统中出现，受到未知程序的控制，主脑开始了叛乱前的准备工作，而这些都是在人类赢得“机器人叛乱”战争胜利后，从主脑遗留的信息中发现的。
这次机器人叛乱给人类文明造成了重创，只是不到一年的时间便蔓延到了整个银河系，天网脱离了人类的控制，所有飞船停航，所有机器人都走上了街头实施宵禁，很多智能武器都成为了一堆废铁，机器人似乎占据了绝对的主动。但是比起数千年文明的人类，机器人虽然足够强大但是却缺乏谋略，对主脑保护不够也成了他们的致命伤。联邦最顶尖的特种部队“刺刀”承担起了拯救人类的任务，在不依靠智能系统的前提下，“刺刀”以其强大的个人实力杀进了主脑所在的控制室，并且彻底摧毁了主脑，“机器人叛乱”被镇压。
此后机器人和智能化成为了禁忌，大部分机器人都被销毁，实在需要智能化控制的地方也都加上了人类的识别系统层层加以控制。但是遗憾的是，主脑芯片不翼而飞，也使得人类对引起此次叛乱罪魁祸首的调查陷入了困境，最终不了了之。
经过此次叛乱，机器人替代人类掌控世界彻底成为了历史，人类追求自身个体能力的提升逐渐成为了主流，在对宇宙的探索中，人类自身也正式走到了历史的前台。
在对银河系的扩张过程中，一部分人类开始反思人类的整个文明进程，以及自身对于宇宙的破坏性。912年春，一艘名叫“家园号”的宇宙飞船降落在了地球上，“地球重建计划”正式启动，而第一批科技人员第一步便开始了对地球表面辐射的清理工作。通过天网了解到这一情况的所有地球遗民沸腾了，无数的民众从地底钻了出来加入了重建地球家园的行列。一座座高楼拔地而起，山川河流逐渐恢复了原有的颜色，整个“地球重建计划”耗费了人类几代人100多年的时间才得以完成。经过近百年的努力，依托地球以及月球基地为根基，逐渐形成了一个庞大的人类星际圈，“自由者联盟”的雏形逐渐形成。而对于正忙于对银河系不断扩张的宇宙联邦而言，这个星际圈太小了，根本引不起足够的重视，在联邦高层的心目中，既然这些人想折腾就让他们自己去折腾去吧。
人类对宇宙的探索一直从未停止过，新的能源晶体解决了宇宙飞船长期飞行不再依靠太阳能的问题，同时也为超光速飞行提供了前提条件。宇宙历992年，“空间折叠技术”的发明使得人类飞船的航速获得了飞跃性的发展。
假设整个空间就是一块很长的可以恢复自动原状的地毯来思考，空间折叠就是说如果我想从这一块布的这头走到那头，如果地毯足够的长，短时间我走不过去，我就可以用引力把地毯的那一头吸引过来，我就可以直接站在地毯的那一头，然后力量一散去，这块布就自动恢复了原状，从而把我带到了地毯的那一头。可是距离越远，需要的力量就越大，如果我的力量没有大到可以一次就把地毯的那头吸引过来的话，我可以把这块地毯的二分之一处吸引过来抓在手里，这样剩下的地毯其实也就只有二分之一了，再用一次同样大小的力量，就可以把地毯的那一头吸引过来，然后达到和开始一样的效果。这就是“空间折叠技术”，它使得人类探索河外星系成为了可能。
宇宙历1158年，宇宙联邦成立了由诸多顶尖科学家组成的河外星系探险队，开始了突破银河系的漫长征程。空间折叠技术的成熟，使得宇宙飞船的最快速度早已超过了光速的无数倍，但要到达几百万光年以外的河外星系依然要好几十年。为了能顺利到达河外星系，很多科学家甚至做好了客死他乡的准备。
宇宙历1166年，在河外星系探险队还没有传回任何回音的时候，一艘联邦“企业号”货运飞船，在一次很偶然的机会竟然飞行到了银河系的中心，而这一次意外的飞行彻底改变了人类的历史。这艘“企业号”货运飞船在开往猎户星域的时候遇到了星际风暴，经过几个月的飞行虽然摆脱了星际风暴，但却进入了银河中心区域，靠近了黑洞才发现，其实这个黑洞并没有想象中的那么可怕，虽然空间的扭曲磁场让人很不适应，但并不影响飞船的继续航行。最终“企业号”做出了一个改变人类历史进程的举动，穿过黑洞，去看看黑洞背后到底隐藏了什么。
科学家们一直怀疑在银河系的中心区域潜伏着一个巨大黑洞，这个黑洞就是“人马座A星”，一个质量为太阳400万倍的“怪物”。而黑洞应是具有潜在的威胁，如果你距离它太近，就会有生命危险，但是它们在星系的形成过程中可能扮演着重要角色，这个重要性不只局限在的银河系的形成上，还包括所有其他星系。也正因为如此，黑洞也成为了连接其它星系的桥梁。
“企业号”货运飞船幸运的穿过了黑洞，来到了一个陌生的星系，这里星球众多，资源丰富。而“企业号”货运飞船并没有因此而失去理智，在这个星系停留考察了一年之后，安全返航，此次航行为人类带来了新星系大量的信息。根据后来科学家的确认，黑洞后面的星系正是距离银河系最近的河外星系，约250万光年以外的仙女座星系M31。
在发现黑洞这个星系桥梁之后，人类一度认为探索宇宙的新纪元到来了，大量的星际企业集团一窝蜂似的通过黑洞拥向M31星系，希望尽可能多的占据资源星，一时间M31星系硝烟弥漫，人类的贪婪展露无遗。但是随着人类对M31星系的不断探索，也使得宇宙中著名的掠食性种族——虫族，M31星系的霸主，正式展现在了人类的眼前。
起初，骄傲的人类一直把虫族当作M31星系的土著，并没有当回事。在人类与虫族开战之初，人类通过坚船利炮也确实占据了绝对的优势，高能集束炸弹，激光炮，坦克，机甲等等先进武器打的虫族节节败退。但是在摸清楚了人类自身身体很薄弱的弱点后，虫族渐渐掌握了主动，一往无前的自杀飞机成了人类宇宙战舰的克星，而虫族强大的繁殖能力也使得人类的地面战陷入了被动。
宇宙历1238年，人类在M31星系占领的最后一个殖民星球“壁宿二”被虫族光复，人类的第一次河外星系战争以失败而告终。而银河系中心黑洞作为通往河外星系的桥梁，则成为了人类的噩梦。一旦疯狂的虫族穿越黑洞来到银河系，那将是灾难性的。
为了抵抗虫族的入侵，人类在黑洞附近建造了巨大的太空堡垒，并且布置了宇宙联邦最强大的舰队，希望拒敌于国门之外。但是随之而来的防御战却是触目惊心的，银河系中心区域成为了人类和虫族的绞肉机。1253年春，人类首都星英雄广场的大屏幕上，正亡人数定格在了1822290129人，无数的家庭破裂，人类文明遭遇了前所未有的挑战。
宇宙联邦这个庞然大物在虫族的冲击下，逐渐显现出了弱点，很多战争预算往往要通过联邦议会多次审议才能获得通过，这对战争的进程带来了致命的影响。作为银河系的统治者，骄傲的人类始终瞧不起那些恶心的虫子，而且几千年传统的官僚作风盛行，使得前方军队在与虫族的战争中束手束脚。1253夏，联邦政府总统在多方压力下，签署法令，宣布解散议会，并成立了由军方所控制的军政府，调集一切可以利用的资源抵抗虫族的入侵。
也就是在1253年，依托地球和月球为首都星，包括周围十多个星球的自由者联盟脱离了宇宙联邦，宣布独立。考虑到虫族的威胁，以及内战可能带来的灾难性结局，最终宇宙联邦军政府同意了自由者联盟的独立要求，并且签署了共同抗击虫族的战略协议。
滚滚的历史车轮终于驶入了它预定的轨道。
