文革开始后，众人皆批陈寅恪，但季羡林不愿违心出手，落井下石，虽经再三动员，晓以大义，他仍效金人三缄其口。季羡林晚年回忆：“我不愿意厚着面皮，充当事后的诸葛亮，我当时的认识也是十分模糊的。但是，我毕竟没有行动。现在时过境迁，在四十年之后，想到我没有出卖我的良心，差堪自慰，能够对得起老师在天之灵了。”
【游学】
陈寅恪游学欧美第一流学府，却不拿半个学位。对于留学生中那些仅仅是为了得学位、谋职位，以留洋给自己镀金的人，陈寅恪是极为不屑的。他说：从前读书人学八股，是为了功名富贵；如今留学生又一窝蜂地学工程技术，虽所学不同，然其“希慕富贵，不肯用力学问则一。鄙夷之情，溢于言表”。他的侄儿陈封雄曾问他：“您在国外留学十几年，为什么没有得个博士学位？”陈寅恪回答道：“考博士并不难，但两三年内被一个专题束缚住，就没有时间学其他知识了。只要能学到知识，有无学位并不重要。”后来，陈封雄半信半疑地向自己的姑夫俞大维（陈寅恪表弟、同学兼妹夫）提起此事，俞说：“他（寅恪）的想法是对的，所以是大学问家。我在哈佛得了博士学位，但我的学问不如他。”
关于陈寅恪的学位问题，他的受业弟子陈哲三是这样解释的：“因先生读书不在取得文凭或学位，知某大学有可以学习者，则往学焉，学成则又他往。故未得一张文凭。”另有一种说法是，陈寅恪曾得到一个学士学位。还有一种说法，是他的侄儿陈封怀在《回忆录》中提出来的，称陈寅恪曾得过三个学士学位：“在那时，我们叔侄二人经常谈论欧洲，特别是对英、德、法语言文字学术，有了深入的理解。他在这三个国家得了三个学士学位。”
【治学】
陈寅恪初到哈佛，就主张大购、多购、全购书籍。1919年8月18日《吴宓日记》载：“哈佛中国学生，读书最多者，当推陈君寅恪及其表弟俞君大维，两君读书多，而购书亦多。到此不及半载，而新购之书籍，已充橱盈笥，得数百卷。陈君及梅（南按：即梅光迪）君，皆屡劝宓购书。”
陈封雄回忆说，陈寅恪在游学欧洲期间两次回国，但“大部分时间都在家杂览经史古籍，对史学感到浓厚兴趣。他不但背诵了《十三经》，而且每字必求甚解，这也就奠定了他一生精考细推的治学方法。”
陈寅恪常说“读书必先识字”。陈寅恪幼年即对于《说文》与高邮王氏父子训诂之学都曾下过一番苦功。陈寅恪对“十三经”不但大部分流利背诵，而且对每字必求正解。因此《皇清经解》及《续皇清经解》就成为其经常诵读之书。据陈氏弟子蒋天枢说，陈寅恪在国外时，曾携有两部《经解》石印小字本，其中一部《续经解》直到陈氏去世后尚存于遗物中。另据俞大维透露，陈寅恪对于史书读得格外用力，特别注重各史中的志书，如《史记》中的《天官书》、《货殖列传》，《汉书·艺文志》，《晋书·天文志》等，即使德文原版的天文学也是他经常诵读的史书之一。
陈寅恪认为“读书先识字”，要研究历史学特别是东方学，必须要懂得东方的文字，包括历史上存在过，如今已死去的文字，只有如此才能揭示历史的源流和本真。因而他在德国留学期间对各种古代文字与考证下了极大的工夫。
陈寅恪后来谈到他学会多种外语的经验，只强调一个“诚”字。到清华执教时，虽然已经名满天下，可他并不满足。就在他任清华导师后，仍然坚持跟人学西夏文和蒙古文，每个星期进城学两天，向钢和泰学梵文。
陈寅恪在1920年代倡导，为人治学当有“独立之精神，自由之思想”。
民国时期，中国学术史上有一件着名的大事，就是8000麻袋15万斤清宫内阁大库档案的发现。1912年，国民政府在孔庙成立了“国立历史博物馆筹备处”，原清廷学部所藏档案与试卷全部归入历史博物馆筹备处，暂存于敬一亭中，总数约8000麻袋（据王国维说是9000麻袋）。
1921年，该博物馆筹备处一位旗人处长伙同几人，将8000麻袋、总重量为“十五万斤”的明清档案，当做废纸卖给了北京同懋增纸店，换得银元4000。幸得罗振玉偶然发现了一些流入市面的档案材料，找到同懋增纸店。当时同懋增纸店已经把档案当做废纸转卖出了约计1000麻袋，其余部分被老板差人运到了定兴与唐山两地的纸厂，准备化成纸浆制造“还魂钱”。罗振玉最后不惜倾家荡产以1.3万元的高价将剩余的档案全部购回，并分藏在北京和天津两地。此后，因罗振玉购买档案已罄尽全部财力，再无力承担整理重任，将7000麻袋档案以1.6万元的价格转让给了大收藏家，将另一小部分出售给北大国学研究所，另一小部分被伪满洲国购得，1936年又移交给了奉天图书馆。后李盛铎也因财力不济，准备出手。陈寅恪得知后，希望当时任中研院史语所所长的傅斯年能将这批档案买下，胡适也支持陈的建议。经过陈、胡二人的努力，傅斯年向中研院院长蔡元培申请拨款，此后，经陈寅恪与李宗侗共同出面几次与李盛铎协商周旋，总算将这批珍贵文献买下。1929年8月，在陈寅恪等人的积极努力下，这批珍贵档案运往北平北海静心斋，合计约6万公斤，其中2.5万公斤破烂不堪。
抗战时期，在繁忙的教学中，陈寅恪仍致力于学术研究，先后出版了《隋唐制度渊源论稿》、《唐代政治史论稿》两部着作，对隋唐史提出了许多新的见解，为后人研究隋唐史开辟了新的途径。
1946年10月，陈寅恪夫人及小女美延重返阔别九年的清华园，此时的陈寅恪已双目失明，但他决心静下来好好做一番学问，并把自己的书斋取名为“不见为净之室”。
1953年，中国科学院院长郭沫若函请陈寅恪任科学院哲学社会科学历史研究所第二所长。在他1953年12月1日的《对科学院的答复》里，提出就任所长的两个条件。第一条：“允许中古史研究所不宗奉马列主义，并不学习政治。”第二条：“请毛公或刘公给一允许证明书，以作挡箭牌。”并说：“其意是，毛公是政治上的最高当局，刘公是党的最高负责人。我认为最高当局也应和我有同样看法，应从我之说。否则，就谈不到学术研究。”遂不能就任。仍任教于中山大学。
郑天挺说：“陈寅恪为教授之教授，其授课多有学者、教授听讲。陈讲元白诗，第一课是《长恨歌》，首先讲的是杨玉环是否以处女入宫。时有着名话剧导演贺孟斧客居成都，久闻陈大名，想去听课，听说第一课讲处女问题，以为无聊，而罢听课之念，实不知陈以次带出唐朝婚礼制度，实极重要的事情。”
陈寅恪曾讲授元白诗证史课程，以诗证史。中山大学一名叫刘隆凯的学生，也曾听过陈寅恪的“元白诗证史”一课，他根据自己的课堂记录，把陈寅恪所讲的内容整理出来，于是世人得见陈寅恪“以诗证史”的研究方法。如陈寅恪曾考证唐代大诗人白居易《琵琶行》中“琵琶女”的年龄。诗中写道：“弟走从军阿姨死，暮去朝来颜色故。门前冷落车马稀，老大嫁作商人妇。”陈寅恪以此为据进行考证：“古代男子三十而娶，女子二十而嫁，已是男女婚娶的最后年龄了。过了这个界限，便是老大了。像崔莺莺，贞元十六年才十七岁，以后结婚也在二十岁之前；韦氏，在贞元十八年结婚时正是二十岁，若再不出阁，也就难了，她比崔氏大一岁。”诗中又云：“十三学得琵琶成，名属教坊第一部。曲罢常教善才服，妆成每被秋娘妒。”陈寅恪说：“看来，唐代女子与人应酬是在十三岁。杜牧《赠别》：婷婷袅袅十三余，豆蔻梢头二月初。春风十里扬州路，卷上珠帘总不如。——秋娘，是贞元十五年白氏中进士时长安最负盛名的倡女。白氏沦落江州，感念昔日之游，乃取于诗中。有人以为是杜牧诗里的杜秋娘，谬极。假定琵琶女贞元十五年是十三岁，那么，到元和十一年，她在浔阳江头应该是三十岁了。她嫁商人不会太久——商人重利轻别离，前月浮梁买茶去——茶商在长安领了专卖券，同时娶了琵琶女，再到产地买茶，蜜月里就离开了新妇。可以说，元和十年，琵琶女二十九岁时，弟走从军，不久，阿姨又死了；再过年余，她三十岁时才嫁，真可谓——老大——了。”陈寅恪还以此考证出这个三十岁才嫁的琵琶女是西胡种，与商人是同居关系，不是正式结发夫妻，等等。
文革中，一批曾听过陈寅恪元白诗证史课程的中山大学历史系学生，开始撰文向这位昔日的导师发难。其中一文也提到了关于“琵琶女”年龄地考证，文中说道：“陈本人从来不学习马列主义，也不相信马列思想，而是以资产阶级厚古薄今的治学态度，对封建阶级的史书古籍作了一些繁琐考证。他对一些鄙琐不堪的小事体和旧社会的达官贵人，王妃妓女特别感兴趣，如杨贵妃身体是胖是瘦，体重几何，入宫以前是不是处女，等等。他还特别考证出‘杨贵妃和安禄山之间究竟发生过关系没有，以及皇帝穿的龙袍是刺着五个爪的龙，大臣穿的蟒袍是刺着四个爪的龙等’。他还厚古薄今地讲一些陈词滥调，搞一些无聊的考证，如讲《莺莺传》时，莺莺是‘如何把淡妆短眉变为浓妆细眉’；讲到白居易的《琵琶行》时，居然考证出了那个在船头犹抱琵琶半遮面的商人妇，祖籍何处，什么人种，什么年月、什么岁数入的妓院，在长安属第几流妓女，何时退居二线，何时嫁与做何生意的商人，属于二房还是三房，是妇人还是妾身，等等。”从此文可以看出陈寅恪先生的博学和为学态度。
陈寅恪原攻比较语言学，通晓多种文学，为他从汉文以外搜罗史料以治史，提供了较大的方便，他继承了清代乾嘉学者治史中重证据、重事实的科学精神，又吸取西方的“历史演进法”（即从事物的演化和联系考察历史，探究史料），运用这种中西结合的考证比较方法，对一些资料穷本溯源，核订确切。并在这个基础上，注意对史实的综合分析，从许多事物的联系中考证出关键所在，用以解决一系列问题，求得历史面目的真相。他这种精密考证方法，其成就超过乾隆嘉庆时期的学者，发展了我国的历史考据学。
对藏学、突劂学研究，陈寅恪从不轻下断语，总以严谨的科学态度进行判别，不违驳事实。他是一位史识与史德统一的典范。他严谨处理“赞美”与“求真”的关系，实事求是地评价历史，至今仍然具有深远的教育意义。
陈寅恪双目失明之后，仍能锲而不舍，穷十年岁月，写出《论再生缘》《柳如是别传》这样的巨着。其毅力与精神，极富传奇色彩。而《别传》的写作缘起，又起因于抗战时在昆明得常熟白茆钱宅红豆一粒，晚年重萌相思，又极富浪漫色彩。
陈寅恪的助手黄萱曾感慨地说：“寅师以失明的晚年，不惮辛苦、经之营之，钧稽沉隐，以成此稿（即《柳如是别传》）。其坚毅之精神，真有惊天地、泣鬼神的气概”。
晚年的陈寅恪“体弱、多病、目盲、膑足”的，随着政治高压的加强，发表、出版自由都丧失了，还有时时刻刻红卫兵的迫害。在这种情况下，我们难以想象，他把《隋唐制度渊源论稿》、《唐代政治史述论稿》、《元白诗笺证稿》以外的旧文，编为《寒柳堂集》、《金明馆丛稿》，并写有85万字巨着《柳如是别传》，最后撰《寒柳堂记梦》。
【纯儒】
中国近现代文坛，能当“纯儒”两字的只有陈寅恪。陈先生一生只知治学，不愿为官，不关心政治，不参与党派之争；陈先生提携后进，但结党而不营私，从不搞门第之争；陈先生学贯中西，但始终以国学为自己的研究重心，他学西学只为更好地研究国学；陈先生一生以传道授业为已任，眼盲、膑足，仍坚持上课，进行研究。
陈寅恪夫人唐篔，是大清最后一任台湾巡抚唐景崧的孙女。清廷割让台湾给日本，台湾人悲愤之下，筹划成立台湾共和国，拟奉唐景崧为总统，参与此事的人中也有陈寅恪的族人。此事卒未成功。
在清华国学研究院中，与陈寅恪最能谈得来且引为知己者首推王国维，与陈寅恪七载同学的俞大维在晚年回忆时曾这样说过：“到了中、晚年，对他（陈寅恪）早年的观念稍有修正。主要原因，是受了两位大学者的影响。一是瑞典汉学大家高本汉先生。高氏对古文入声字的说法与假借字的用法，给他极大的影响。二是海宁王国维先生。王氏对寅恪先生的影响，是相得益彰的。对于殷墟文字，他受王氏的影响；对梵文及西域文字，则王氏也受他的影响。当时王国维居住在清华西院，陈寅恪经常到王氏住处论古话旧，说到伤心动情处相对而泣，几不能语。当王国维自沉后，陈氏的挽诗‘回思寒夜话明昌，相对南冠泣数行’，即指此段情谊。王国维遗体入殓之时，清华师生去给王遗体三鞠躬以敬礼。陈寅恪与众不同，他身着袍子马褂，跪在地下磕头，并三叩头。”
当王国维纪念碑在清华园落成后，陈寅恪再以悲天悯人的大情怀、大心愿，以明晰的哲理与深邃的思想，为其书写了光照千秋、永垂不朽的碑文：士之读书治学，盖将以脱心志于俗谛之桎梏，真理因得以发扬。思想而不自由，毋宁死耳。斯古今仁圣所同殉之精义，夫岂庸鄙之敢望。先生以一死见其独立自由之意志，非所论于一人之恩怨，一姓之兴亡。呜呼！树兹石于讲舍，系哀思而不忘。表哲人之奇节，诉真宰之茫茫。来世不可知者也，先生之着述，或有时而不章。先生之学说，或有时而可商。惟此独立之精神，自由之思想，历千万祀，与天壤而同久，共三光而永光。
陈寅恪恪守孔孟之道，他在国学院时，其学生到上海陈家去谒见其父散原先生，散原老人与一帮学生谈话，均坐，独陈寅恪站在一旁，并坚持到谈话完毕。
季羡林回忆：有时候，在校内林荫道上，在熙往攘来的学生人流中，有时会见到陈师去上课，身着长袍，朴素无华，肘下夹着一个布包，里面装满了讲课时用的书籍和资料。不认识他的人，恐怕大都把他看成是琉璃厂某一个书店的到清华来送书的老板，绝不会知道，他就是名扬海内外的大学者。他同当时清华留洋归来的大多数西装革履、发光鉴人的教授，迥乎不同，在这一方面，他也给我留下了毕生难忘的印象，令我受益无穷。
陈寅恪留学十六载，依旧乡音未改，装扮如故，与大多数归国留学生如罗家伦等辈一派西装革履大相径庭。陈寅恪夏秋总是一身长衫布履，冬春则棉袍加马褂。数九寒冬，就在脖间缠一条五尺围巾，头戴厚绒帽，裤脚扎一根布带，仅从外观上很难令人想到此人乃学贯中西的大师。
石泉的《甲午战争前后的中国政局》，是在导师陈寅恪的指导下开题的，这是陈寅恪唯一一次指导学生作中国近代史学位论文，在很多细节上对石泉有发蒙解惑之力。但陈同时对石泉说：“我可以指导你，其实我对晚清历史还是熟悉的，不过我不能做这方面的研究。认真做，就必然会动感情，这样一来，看问题就不客观了。”
对于古代诗词，陈寅恪最佩服陶杜，虽好李白及李义山诗，但不认为是上品。除宋代词人外，他对于清代词人经常提及龚自珍、朱祖谋及王国维三大家。
解放前夕，陈寅恪到广州，拒绝了国民党中央研究院历史语言研究所所长傅斯年要他去台湾、香港的邀聘，任教于广州岭南大学。院系调整，岭南大学合并于中山大学。遂移教于中山大学。
晚年失明膑足的陈寅恪在写《柳如是别传》时，曾提及少年时在南昌住居期间，一日偶随父亲三立夜逛书肆，购得尚有钱牧斋（谦益）序文之《吴梅村集》，寅恪读之竟至入迷，经年不忘。后来陈氏对文学兴趣大增，并致力于钱谦益与柳如是关系的研究，与少年偶遇的一幕有很大关系。
陈寅恪晚年治《柳如是别传》，视柳为千秋知己，尤其爱柳的《金明馆咏寒柳词》，遂为书斋命名“金明馆”和“寒柳堂”。
陈寅恪晚年因撰写《柳如是别传》，颇受不少学人讥讽。陈对吴宓说：“研究红妆之身世与着作，盖籍已察出当时夷夏之防与道德气节之真实情况，盖有深素存焉，绝非清闲风流之行事也。”
20世纪50年代，陈寅恪对自己的学生汪笺说：“你要把我的意见不多也不少的带到科学院。碑文你要带去给郭沫若看。郭沫若在日本曾看到我的王国维诗。碑是否还在，我不清楚。如果做得不好，可以打掉，请郭沫若来做，也许更好。郭沫若是甲骨文专家，是‘四堂’之一，也许更懂王国维的学说。那么我就做韩愈，郭沫若就是段文昌。如果有人再作诗，他就做李商隐也很好。我的碑文已经传出去，也不会湮没。”
1953年，中国科学院院长郭沫若函请陈寅恪任科学院哲学社会科学历史研究所第二所长。在他1953年12月1日的《对科学院的答复》里，提出就任所长的两个条件。第一条：“允许中古史研究所不宗奉马列主义，并不学习政治。”第二条：“请毛公或刘公给一允许证明书，以作挡箭牌。”并说：“其意是，毛公是政治上的最高当局，刘公是党的最高负责人。我认为最高当局也应和我有同样看法，应从我之说。否则，就谈不到学术研究。”遂不能就任。仍任教于中山大学。
【风采】
陈寅恪的外貌也很有个性，“寅恪先生身材瘦削，并且也不高大。加上具有神采的双目和高耸的鼻子，的确有些像‘甘地型’的人物。”据说，当年还真有人把他当成了甘地。
陈寅恪留给学生的印象，大都是他在课堂授课时的形象。学生许世瑛回忆：“北方的冬天酷寒，寅恪师不喜欢穿大衣，他总是在棉袍外再穿上一件皮袍子，有时候还在皮袍子外加上一件皮马褂，讲课时讲得兴奋而感到有些燥热，先脱去皮马褂，有时候更脱去皮袍子，等到下课又一件一件穿了上去。”
陈寅恪上课带的装资料的包，都是布包为主。而且很有意味的是，凡是与佛教有关的资料，他都一律用黄色的包装着。罗香林回忆说：“陈师每次上课，必携带要引用的书籍多种，以黄布包裹，拿到课室，放在讲台。遇须引证的重要文句，亦必写在黑板。陈师夏秋季常穿蓝布长衫，冬春季常穿长袍马褂。来校，常夹黄布书包，进入课室，就提出要讲的专题，逐层阐释，讲至入神的地方，往往闭目而谈，至下课铃响，还在讲解不停，真是诲语谆谆，从无倦容。”
劳干在《忆陈寅恪先生》写道：“此时方在初春，余寒未尽。陈寅恪先生穿的厚袍加上马褂，携着一大包书，用橙黄的包袱包着。清瘦的面庞夹着神情奕奕的目光，给人一个清晰的联想，想到这位盖世的奇才。”
学生许世瑛也有这样的记载：“他讲授佛经文学、禅宗文学的时候，一定用一块黄布包了许多那堂课所要用的参考书，而讲其他课程，则用黑布包了那些参考书，他很吃力的把那些书抱进教室，绝对不假手助教替他抱进来。下课时，同学们想替他抱进教员休息室，他也不肯。每逢讲课讲到要引证的时候，他就打开带来的参考书把资料抄在黑板上，写满一黑板，擦掉后再写。”
【传道】
在清华园内的课堂上，陈寅恪一上课即提出所讲之专题，然后逐层展开，每至入神之处，便闭目而谈，滔滔不绝，有时下课铃响起，依然沉浸在学海之中尽情地讲解。每堂课均以新资料印证旧闻，或于平常人人所见的史籍中发现新见解，以示后学。对于西洋学者之卓见，亦逐次引证。有时引用外文语种众多，学生不易弄懂辩明，陈寅恪便在黑板上把引证材料一一写出，读其音，叩其义，堂下弟子方知何为梵文，何为俄文等语言文字。因陈每次讲课不落俗套，每次必有新阐发，故学生听得津津有味，陈寅恪的名声越来越大，一些大学教授与外校师生也专程前来听讲。
据陈寅恪的受业弟子蓝孟博对陈哲三说：“陈先生演讲，同学显得程度很不够。他所会业已死了的文字，拉丁文不必讲，如梵文、巴利文、满文、蒙文、藏文、突厥文、西夏文及中波斯文非常之多，至于英、法、德、俄、日、希腊诸国文更不用说，甚至于连匈牙利的马扎儿文也懂。上课时我们常常听不懂，他一写，哦！才知哪是德文，哪是梵文，但要问其音叩其义方始完全了解。吴宓、朱自清都常来听讲。他的书房中各国各类书都有，处处是书，我们进去要先搬搬挪挪才能坐下。”又说：（陈寅恪）“平日讲书，字字是精金美玉，听讲之际，自恨自己语文修养太差，不配当他的学生。每到他家，身上总带几本小册子，佣人送上茶果，有时先生也教我们喝葡萄酒，我们便问其来历，他于是把葡萄原产何处，原名什么，最早出现何处，何时又传到何处，一变成为何名，如此这般，从各国文字演变之迹，看它传播之路径。这些话我们都记在小册子里。”
周一良先生在回忆文章中即谈到，30年代就读燕京研究院时，听同学盛赞陈寅恪先生魏晋隋唐史学方面的造诣，遂旁听陈先生课而感受深刻：“……陈先生讲课之所以使我们这些外校的学生特别倾服，应有其原因……陈先生谈问题总讲出个道理来，亦即不仅细致周密的考证出某事之‘然’，而且常常讲出其‘所以然’，听起来就有深度，说服力更强。”“陈先生善于因小见大，在魏晋南北朝史研究方面虽没有写出像《隋唐制度渊源略论稿》和《唐代政治史述论稿》那样综观全局、建立框架的论着，但除经济方面而外许多重要方面的大问题都接触到了”。
姜亮夫在清华时曾写了一篇批评容庚的文章，发表在《燕京学报》上，容庚把这篇文章送给陈寅恪看。陈寅恪对姜亮夫说：“你花这么大的精力批评别人，为什么不把精力集中在建立自己的研究工作上。”姜亮夫听了，大受震动，从此不太愿意写批评文章了。
1939年春，英国牛津大学敦聘陈寅恪为汉学教授，并授予英国皇家学会研究员职称。陈寅恪因不习惯昆明高原气候，时常生病，又心思与旅居香港的家人团聚，决定于夏天离开联大赴英国讲学。吴宓特意在昆明市的海棠春饯别，时值端阳，吴宓赠诗曰：国殇哀郢已千年，内美修能等弃捐。泽畔行吟犹楚地，云中飞祸尽胡天。朱颜明烛依依泪，乱世衰身渺渺缘。辽海传经非左计，蛰居愁与俗周旋。
在西南联大时，陈寅恪住在靛花巷青园学舍。每到上课，陈寅恪步行一里多路到学校。陈寅恪仍像在清华园一样，每次上课都是用一块花布或黑布，包着一大包书向教室匆匆走来，至时满头是汗，但从不迟到。有同学不忍见一只眼睛已盲的老师如此辛苦劳累，主动提议前去迎接，并帮助拿书，陈寅恪不允。一位学生回忆说：“陈先生上课一丝不苟，多数时候先抄了满满两黑板资料，然后再闭上眼睛讲。他讲课总是进入自我营造的学术语境或历史语境，似乎把世事都忘得一干二净。某日，第一只脚甫踏入门，距离黑板尚远，陈师即开始讲述，谓上次讲的……随即走近桌旁，放置包书之包袱，就座于面对黑板、背朝学生之扶手椅上。讲述久之，似发觉座位方向不对，始站起身搬转坐椅，而做微笑状。有时瞑目闭眼而谈，滔滔不绝。”
抗战胜利后，陈寅恪再次应聘去牛津大学任教，并顺便到伦敦治疗眼睛，经英医诊治开刀，不仅无效，目疾反而加剧，最后下了双目失明已成定局的诊断书。寅恪怀着失望的心情，辞去聘约，于是1949年返回祖国，任教于清华园，继续从事学术研究。
陈寅恪讲课时总是端坐而讲，所论者皆关宏旨，绝无游词；态度严肃，从不哗众取宠；认真负责，极少旷课，有人听他讲课四年，从未见过他请过假。讲课虽多平铺直叙，但听课者并不感到枯燥。
陈寅恪讲学还注意自然启发，着重新的发现。对学生只指导研究，从不点名，从无小考；就是大考，也只是依照学校的规章举行，没有不及格的。他常说：问答式的笔试，不是观察学生学问的最好办法，因此每次他都要求学生写短篇论文代替大考。但陈寅恪又强调：做论文要有新的资料或者新的见解，如果资料和见解都没有什么可取，则做论文也没有什么益处。
季羡林写《回忆陈寅恪先生》写道：我旁听了寅恪先生的“佛经翻译文学”。参考书用的是《六祖坛经》，我曾到城里一个大庙里去买过此书。寅恪师讲课，同他写文章一样，先把必要的材料写在黑板上，然后再根据材料进行解释、考证、分析、综合，对地名和人名更是特别注意。他的分析细入毫发，如剥蕉叶，愈剥愈细愈剥愈深，然而一本实事求是的精神，不武断，不夸大，不歪曲，不断章取义，他仿佛引导我们走在山阴道上，盘旋曲折，山重水复，柳暗花明，最终豁然开朗，把我们引上阳关大道。读他的文章，听他的课，简直是一种享受，无法比拟的享受。……寅恪师这种学风，影响了我的一生。
陈寅恪在清华授课时，不但清华的教授如朱自清、吴宓、刘文典与各系学生经常前来听课，远在城内的北大学生和年轻教员，也成群结队，走出古城，穿越西直门，跑到离城几十里的西北郊外清华园“偷听”陈寅恪讲课。据听过陈氏课的学生回忆，若从北平城内到清华园，宛如一次短途旅行，颇费一番周折。沿途几十里全是一片接一片的农田，秋天青纱帐起，尚有绿林人士拦路抢劫，甚至不惜铤而走险，杀人越货。前往听课的师生曾几次遇到过拦路劫财的强盗，多亏每次都靠人多势众，手里又各自拎着木棍铁器等防身家伙，对方不敢轻举妄动。即使如此，北大师生也愿冒险出城，亲自聆听陈寅恪上课时那如同天幕传来的梵音绝唱。相对城内北大的偏远，近在燕京大学的学生与教员，则得天时地利之便，一溜小跑即可到达清华讲堂，先是喘着粗气，接下来屏息静气，美美地享受一顿免费大餐。人云天下没有免费的午餐，但在陈寅恪这里却是例外。
在清华，陈寅恪是名教授。除了本校历史和中文系的学生听讲外，还有校外旁听生，“慕名而来，满载而归”。当时在燕京读书的周一良回忆道：“我从燕京到清华旁听（实际是偷听，因为不需办任何手续）陈先生的课，感到与以往所听的中外历史课大不相同，犹如目前猛放异彩，佩服不已。那时一起去听课的，有在当时的中央研究院历史研究所工作的余逊、俞大纲（都已经逝世）。我们这几个青年都很喜欢京剧，下课以后，常常讨论说：真过瘾！好像又听了一场杨小楼的拿手戏！”罗香林也回忆道：“陈师对学生的爱护，真是无微不至，不但在学术上的个别引导，使学生个个都走向专门研究，能渐渐有新的发现的境地，就是对学生的日常生活，乃至于毕业后的就业情形，也非常关心。”
1946年，陈寅恪从欧洲回到清华，此时他双目已盲。历史系主任雷海宗劝他休养一段时间，他不听，并要求在中文系也开一门课。雷海宗的助手王永兴劝他：“一门课已经够辛苦了，是否不要在中文系上课了？”他严肃地说：“我拿国家的薪水，怎能不干活？”送走雷海宗，陈寅恪立即吩咐当时在场的弟子王永兴，通知在历史系、中文系各开一门课，立即行动，不得有误。雷海宗不忍见到一位双目失明的老人来回奔波，于是想了一个折中的办法，让学生到陈宅上课，陈寅恪应允。许多年之后，王永兴对陈寅恪这一做法曾深情地回忆道：“使我感动的是他那朴实而坚定的语言，他没有说过作为一个教师应该如何如何的冠冕堂皇的话，但是，他的身教要比那许多话高明得多。今天，我作为一个教师，虽学识浅陋，但仍要每学期开两门课，是因为每每想起老师身教如此，不敢懈怠。”
对于上课的过程，王永兴曾回忆道：“当时上课是在寅恪先生家里，一般有二三十个学生，上课之前他指定我在黑板上写史料，然后，坐在一把藤椅上，问我写了些什么材料，我一一和他说。没有材料，他是从来不讲课的。两黑板的材料讲完了，我于是再写。讲课之后，他常常问我这样讲，学生能接受吗？他常要我征求学生们的意见，然后再修改讲课稿。陈先生讲课精湛，深入浅出，引人入胜，而在这背后的，是他备课的辛勤。他年年开课，年年都是这样备课讲课。”
陈寅恪在讲授历史研究的心得时，常说：“最重要的就是要根据史籍或其他资料以证明史实，认识史实，对该史实有新的理解，或新的看法，这就是史学与史识的表现。”他的学生曾经回忆道：“陈师在讲历史研究时，常说：凡前人对历史发展所留传下来的记载或追述，我们如果要证明它为‘有’，则比较容易，因为只要能够发现一二种别的记录，以作旁证，就可以证明它为‘有’了；如果要证明它为‘无’，则委实不易，千万要小心从事。因为如你只查了一二种有关的文籍而不见其‘有’，那是还不能说定了，因为资料是很难齐全的，现有的文籍虽全查过了，安知尚有地下未发现或将发现的资料仍可证明其非‘无’呢？”
【提携】
陈寅恪对学生很是爱护，对后辈极其关心，他从不要求回报，这些学生甚至在很多年以后才知道老师当年对他的提携。
季羡林在晚年回忆中，说陈寅恪是一位“平生不解掩人善，到处逢人说项斯（《唐诗纪事》载：“斯，字子迁，江东人。始，未为闻人。……谒杨敬之，杨苦爱之，赠诗云云。未几，诗达长安，明年擢上第。”《全唐诗》收项斯诗一卷，此外也未见有何突出成就，只是因为杨敬之的这首诗，他才为后人所知。）”的好好先生，对人宽容，又乐于助人。当年清华一硕士生考试，吴宓为一个微小问题否决了这位学生的及格，陈寅恪觉得不公，为这个学生据理力争。
陈寅恪在提携后进方面让季羡林感触最深。他说他本研究西洋文学，后改专攻梵文、巴利文故纸堆，是受在清华旁听陈寅恪“佛经翻译文学”的影响。1945年，季羡林留德已经十年，正准备回国，听说陈寅恪在伦敦治疗目疾，便写信向他汇报学习情况。陈寅恪本不了解季的学业，一听说季的指导老师瓦尔德施米特竟是自己的同学，且季的师祖便是自己的导师，他马上复长函鼓励季羡林，并热情把他推荐给胡适，致使季羡林一帆风顺地到北大当了教授。后来陈寅恪读了季羡林的论文《浮屠与佛》大加赞赏，推荐给《中央研究院史语所集刊》，使季羡林“一登龙门，身价百倍”。季羡林晚年追忆陈寅恪时深情地说：“如果没有他的影响的话，我不会走上现在走的这一条治学道路，也同样来不了北大。”
1949年流寓台湾的老门生劳干，早年毕业后即在中研院史语所工作。到台后，仍在“史语所”供职。傅斯年逝世以后，他参加傅斯年遗稿整理工作。一个偶然，他在傅斯年的一本书中看到陈寅恪给傅斯年的复函：“对我加以郑重推荐，这件事陈先生从未曾直接或间接表示过的，使我万分感动。”劳干从心底里佩服陈寅恪。
罗尔纲回忆他与陈寅恪的见面，抗战爆发后，陈寅恪南下途径长沙。在“圣经学院辽阔的广场上，每天都是人山人海地站在路旁无聊地观望。”陈寅恪当时也在广场。罗尔纲说：在我旁边忽然有人急促地叫道：“这是陈寅恪！这是陈寅恪！”我还没有见过陈先生的风采，正打算追去看，忽然想到这是没有礼貌的，便停止了。过了两个月，社会科学研究所派我回广西接洽迁桂林，住在环湖酒店。这是个寒冬之夜，约在7时半，听有人叩房门。开了门，原来是陈寅恪先生！陈寅恪先生光临我这个小小的助理研究员的住所，真是天外飞来的喜讯！我恭迎陈先生进来坐定。他说夜到旅馆访友，见住客牌知我住在这里，就来看望，不访朋友了。陈先生一坐下来，就说看过我许多考证，接着一篇篇加以评论。他一直坐到11时，旅馆要关门，服务员来通知，我送他出旅馆门口，他才依依不舍告别。这件事，距今57年，却如在眼前。我深感荣幸，也极感惊奇。陈先生是研究教导隋唐史和撰着文学考证的。我研究的太平天国和他距离那么远，我又不是他的学生，他为什么这样关心我的着作呢？我今天回想起来，使我豁然感到陈寅恪先生胸怀旷达，润物无边。……我一生最着力的着作是80年代以后10年对《水浒传》原本和着者的研究。罗贯中《水浒传原本》出版，我曾得到新华社的报道，中央电视台的广播，我想如果陈先生能见到，那该多好啊！
1990年清华大学纪念陈寅恪先生百年诞辰学术讨论会出版“纪念文集”，王永兴在查阅清华校史档案中，发现1947年陈寅恪致校长梅贻琦的信，信中意为希望解决王永兴的住房问题，其言辞恳切，语意感人：“思维再三，非将房屋问题解决不可”，否则“弟于心亦深觉不安”，又云“详情悉有内子面陈”。为了成全弟子，陈寅恪竟令夫人出面说项。王永兴拜读四十多年前这封信，“大梦初醒，悲感万分”。因为这件事陈寅恪与夫人都从来未向王永兴说过。王永兴特作《种花留与后来人》颂扬先生仁者之怀的厚德。
【言论】
据考证，陈寅恪可能是最早读德文原版《资本论》的中国人。抗战期间，陈寅恪对石泉谈到共产主义与共产党时说：“其实我并不怕共产主义，也不怕共产党，我只是怕俄国人。辛亥革命那年，我正在瑞士，从外国报上看到这个消息后，我立刻就去图书馆借阅《资本论》。因为要谈革命，最要注意的还是马克思和共产主义，这在欧洲是很明显的。我去过世界许多国家，欧美、日本都去过，唯独未去过俄国，只在欧美见过流亡的俄国人，还从书上看到不少描述俄国沙皇警探的，他们很厉害，很残暴，我觉得很可怕。”
陈寅恪在给清华学生授课时曾经说过：“日本旧谓其本国史为‘国史’，‘东洋史’以中国为中心。日本人常有小贡献，但不免累赘。东京帝大一派，西学略佳，中文太差；西京一派，看中国史料能力较佳。”
1953年11月，汪篯去广州劝陈寅恪北上，陈寅恪对他甚是反感，陈在《对科学院的答复》写道：“我决不反对现政权，在宣统三年时就在瑞士读过《资本论》的原文。但我认为不能先存马列主义的见解，再研究学术。我要请的人，要带的徒弟都要有自由思想、独立精神。不是这样，即不是我的学生。你以前的看法是否和我相同我不知道，但现在不同了，你已不是我的学生了，所有周一良也好，王永胜也好，从我之说即是我的学生，否则即不是。将来我要带徒弟，也是如此。”
【性情】
陈寅恪一直敬重胡适，在重庆选举中研院院长时，陈寅恪公开说“本人不远千里来重庆，只为了投胡先生一票”。
陈寅恪还有一个特点，就是从不批评别人。弟子姜亮夫在清华研究院读书时，一次写了篇批评容庚的文章，送到《燕京学报》，容庚又送给陈寅恪看。事后陈寅恪对姜说：“你花这么大的精力批评别人，为什么不把这精力集中在建立自己的研究工作上！”这件事对姜震动很大，从此专事研究，再不写批评文章。
蔡元培先生身故后，中央研究院院长的人选问题，又起了一场风波。陈寅恪也去重庆支持胡适。一日，蒋介石来参加评议员的集体宴会。这是陈寅恪首次与蒋谋面，因几日前传闻蒋介石亲自下条子指定院长，陈寅恪对蒋心存不满。宴会结束后，陈寅恪赋诗一首《重庆春暮夜宴归有作》：“颇恨平生未蜀游，无端乘兴到渝州。千年故垒英雄尽，万里长江日夜流。食蛤那知天下事，看花愁近最高楼。行都灯火春寒夕，一梦迷离更白头。”
这首诗陈寅恪曾抄一份赠给西南联大教授吴宓品评，吴宓收入《吴宓诗集续集》稿中，诗后写有附注：“寅恪赴渝，出席中央研究院会议，寓俞大维妹丈宅。已而蒋公宴请中央研究院到会诸先生。寅恪于座中初次见蒋公，深觉其人不足有为，有负厥职。故有此诗第六句”。
据金岳霖晚年回忆：“寅恪先生不只是学问渊博而已，而且也是坚持正义勇于斗争的人。清华那时有一个研究院，研究中国古史。院里主要人有王国维、梁启超、陈寅恪。也有一位年青人，李济之。前些时他还在台湾，现在是否也已作古，我不知道。看来当时校长曹云祥对梁启超有不正确的看法或想法，或不久要执行的办法。陈寅恪知道了。在一次教授会上，陈先生表示了他站在梁启超一边，反对曹云祥。他当面要求曹云祥辞职。曹不久也辞职了。好像外交部派校长的办法不久也改了。”
解放前，朱家骅派人将陈寅恪一家从香港接到广东，转至重庆，住在妹丈俞大维家。新中国成立前夕，国内物价疯涨，陈寅恪家穷得买煤取暖的钱也没有。季羡林知道后，将此事告诉胡适。胡适马上决定拟赠一笔数目可观的美金。陈寅恪不愿无功受禄，又迫于燃“煤”之急，决定以自己的藏书来“易”取。胡适责成季羡林承办，季羡林用胡适的小汽车从陈寅恪家拖走一车藏书，多为西文、佛教、中亚古代语言珍藏版书。陈寅恪当时只收了两千美元。而据市价，他的一部《圣彼得堡梵德大辞典》书值就超过此数。
此事蒋天枢在《陈寅恪先生编年事辑》中也有记载：“先生生活窘苦，不能生炉火。斥去所藏巴利文藏经及东方语文各书，如蒙古文蒙古图志、突厥文字典等等，卖与北京大学东方语文系，（此师昔年所告）用以购煤。闻仅一室装火炉而已。”
1953年，陈寅恪的学生汪籛，怀揣着中国科学院院长郭沫若和副院长李四光的亲笔信函来到广州，劝说陈寅恪“北上”出任科学院哲学社会科学部历史研究所第二所所长一职。汪籛师从陈寅恪研究隋唐史，有两年多时间与陈寅恪朝夕相处，吃住都在陈家。陈寅恪的学问、人品对汪影响尤深。但汪一头住进老师家中。汪本想叙师生之谊，再谈“正事”。不料，一开始两人就谈“崩”了，汪负气住到了招待所。据传汪是用了“党员的口吻”、“教育开导的口吻”与老师谈话，这才引起了陈寅恪的反感。次日，陈寅恪写了《对科学院的答复》（由唐筼执笔），信中说：“我绝不反对现在政权，我在宣统三年时就在瑞士读过《资本论》原文。但我认为不能先存马列主义的见解，再研究学术。我要请的人，要带的徒弟都要有自由思想、独立精神……”他提出两个条件：一、允许研究所不宗奉马列主义，并不学习政治；特别强调“不止我一人要如此，我要全部的人都如此”。二、请毛公或刘公给一允许证明书，以做挡箭牌。据传，当时冼玉清、黄萱在场，都劝陈寅恪不要这样提，陈却坚持说：“我对共产党不必说假话。”
1955年，广东文化厅厅长杜国庠向陈寅恪先生表达了全国政协拟请陈先生担任全国政协委员的意愿。陈先生说：“我眼睛看不见，耳朵还是能听得清的，那些个政协委员说的东西，尽是歌功颂德，不讲真话，没有什么意思，我听着听着都气得把收音机关掉！另外，我自己身体不好，患高血压，怕冷，不适应北京的寒冷。请你转告周先生，我还是不担任政协委员。”于是杜只好搬出周恩来来说服陈先生。陈先生为其父陈三立在杭州西湖边的墓因扩路而要被迫搬迁，曾去函周总理，希望得到帮助。周总理理解老一辈的道德准则，设身处地为陈先生考虑，让办公室通知杭州方面，不要移动陈三立的墓。后来杭州将路线作了少许改动，使陈先生的要求得到满足。于是杜国庠就恳切地向陈先生说：“邀请陈先生担任全国政协委员的正是周恩来先生。”并且说：“只要先生担任全国政协委员，凡是在冬春寒冷季节开的会，陈先生可以不去开会。当然，愿意去开，也一定会照顾好陈先生的。”话说到这儿，陈先生也就表示同意了。
