马寅初的堂侄女婿陈立受众人之托前去劝说马寅初进行检讨，马问：“这个检讨怎么写啊？”陈说：“你随便写几句，敷衍敷衍就可以了。”但马坚决不写。
面对批判的声浪，马寅初发表声明说：“我虽年近八十，明知寡不敌众，自当单枪匹马，出来应战，直到战死为止，决不向专以力压服不以理说服的那种批判者所投降！”
1959年12月到1960年1月，对马寅初的批判愈加剧烈，对此，马寅初一再声明：“我认为这不是一个政治问题，而是一个纯粹的学术问题。”他在一次批判会上对北大学生说：“同学们，我希望你们能够战胜我，但是要用科学，而不是大棒。”
马寅初坦然面对批判，拒不检讨，照常笑眯眯地出入北大燕南园住所，“圆圆一张脸像弥陀”。北大学生回忆：“马校长这块硬骨头实在难啃，让他屈服，没门；逼他自杀，妄想！”
被迫辞去北大校长后，马寅初说：“在北大政治上我是不能领导，可是，在学术上我是可以领导的吧！我的人口理论是纯粹的学术问题。可是有人硬把它扯成政治问题，我当然不服，现在北大的空气太沉闷了，学生谁也不敢发表意见，没有学术空气。”
马寅初并不因自己受到批判而颓唐，在孙子马思泽的记忆中，祖父每天都在精神饱满地读书看报、运动锻炼，晚上仍写作到很晚，每到周末便带着孩子们上公园或去郊区爬山，始终保持乐观的心态。
【昭明】
人口论争结束后，马寅初在沉默中度过了20年半隐居的生活。然而时间却告诉人们真理何在，1974年12月29日，毛泽东在审阅《关于1975年国民经济计划的报告》时批示：“人口非控制不行。”这句话，与十七年前马寅初《新人口论》中小标题完全一致。1979年，《光明日报》登载文章称：“错批一人，误增三亿！”
1979年7月中旬，中共中央统战部副部长李贵来到清净了20年的北京东总布胡同32号马寅初家中，对已经98岁的马寅初说：“今天我受党的委托通知马老：1958年以前和1959年年底以后这两次对您的批判是错误的。实践证明，您的节制生育的新人口论是正确的，组织上要为你彻底平反，恢复名誉。希望马老能精神愉快地度过晚年，还希望马老健康长寿。”马寅初高兴地回答说：“我很高兴。”“20多年前中国人口并不多，现在太多了。要尽快发展生产才行啊！”
1979年8月5日，《光明日报》发表《为马寅初先生的新人口论翻案》一文，率先为马寅初翻案。正文前面加了大段的《编者按》，对《光明日报》当年错误批判马寅初一事做了深刻检查。马寅初感慨道：“当年我曾说过《光明日报》不光明，《光明日报》发动那场突然袭击不光明磊落，今天《光明日报》带头呼吁为我和《新人口论》平反，把颠倒过去的理论再扳正过来，我还是很感激你们的。希望你们向广大读者转达我的谢意。”
1980年，98岁高龄的马寅初在病榻前接到了北大党委书记周林送来的“北大名誉校长”的聘书，周同时告诉马，北大将重新出版其《新人口论》。
马寅初的女婿徐汤莘写信告诉潘序伦，马寅初的《新人口论》最初由北大印1万册，顷刻售罄。之后人民出版社续印10万册，亦几天就销售一空。潘委托徐代购5册，但徐只寄来4册，并复信说，四处搜索，只得这四册，想来书店加印的10万册，也已售罄。
【农书】
早在民国年间，马寅初就致力于农村建设。马曾与好友朱孔阳商讨筹建“农村公社”类型的“新村”，以实现二人共同的“大同社会”理想。按他们设想，在“新村”里，农民自耕自给，无地主，无老板，自己推举管理人员，专司组织生产及内外交换商品之职，但又不脱离生产。二人经过一番努力，筹集到一批款项，在玉皇山下购得山地百余亩。筹备工作如火如荼进行之际，却因战争日迫及资金难以为继，不得不放弃此计划。
当时农村民众任意建坟，“死人占了活人田”，有碍农业，又乏人管理，常有饿狗扒食尸首，既碍卫生，传染疾病，又不人道。马寅初、朱孔阳商议后，经多方努力，以集股的方式，募得资金，在杭州郊区留下镇附近购得不能耕种的“僵土地”（又称“漏水地”）二百余亩，于1932年，正式开办了“杭州泉唐公墓”，由马寅初先生任董事长，马一浮、项兰生等为赞助人，朱孔阳任总经理。公墓专门辟了一地块做“义地”，埋葬乱坟堆被抛撒的尸骨以及死后无力安葬的穷人。“泉唐公墓”的建立，对杭州地区改革丧葬旧俗、保护耕地及保护环境，做出了重要贡献，为杭州市民所认同，得到舆论的支持和赞扬。
辞去北大校长之职后，年已八十的马寅初决心要写出一部分量不亚于历史上的《齐民要术》和《农政全书》的农业大书。他在日记中写道：“大江东流去，永远不回头！往事如烟云，奋力写新书。”1962年，他借着到浙江农村视察的机会，对农业问题进行专门的调查研究。
马寅初用墨笔将文章写在宣纸上，每写完一章，马寅初便把宣纸铺在地板上，等晾干后，将宣纸按顺序黏接起来，卷成一个纸卷，注明内容，放入一个藤箱里。藤箱放在干燥通风的地方，以便防潮防蛀。写累了，他便会沿着院中的水泥小径散步。
1965年，耗费三年光阴的《农书》初稿完成，全文共100多万字（一说150多万字）。完成后，马寅初又认真地从头到尾做了一次修改，修改一般用蓝笔，特别重要的用红笔。到1965年年底，他完成了第一次修改。
有一次，马寅初以前的秘书陈玉龙前去看望马，进屋时，马正在写《农书》，地上铺满了稿纸。马寅初见他进来，有些愤怒地说：“他们不给我发表，我自己看！”
1966年春节后的一天，马寅初召集全家人说：“请你们抽时间帮我把《农书》原稿照抄一遍。这部书现在虽然不能出版，但不等于永远不能出版。它是我十几年的心血啊！”
“文革”爆发后，虽受到周恩来的特殊保护，马寅初免于抄家之祸。但马家并不能置身于“文革”之外。马寅初的孙子马思泽回忆，“文革”开始后，马寅初被指为“反动学术权威”，8月，从浙江寄来厚厚的一封信，全是浙江各大学的批马传单，随后，同住总部胡同的张治中家被红卫兵冲击，李烛尘家中被查抄。在这样的气氛中，一日，马本初在客厅环视一周后，轻轻地对马寅初说：“爹，咱们家也收拾一下吧。”家中无人反对，大家便开始动手除下客厅墙上的条幅、字画（其中包括何香凝送给马寅初的一幅“下山虎”国画），拿出书房的马寅初与友人的来往信函、中外书籍、各种文献资料、手稿，包括两藤箱的农书手稿，投入炉火中。马寅初则静静地躺在竹躺椅上，看着他们收拾。
当时12岁的马思泽承担了焚烧工作，他自作主张保留了两件东西，一件是马寅初六十大寿时，周恩来、董必武、邓颖超联名送的寿联，他并不明白寿联的内容，更不清楚它的来历，只是因为知道署名的三个人都是没有被打倒的国家重要领导人，所以留下了，而同时被留下的还有同为马寅初六十寿辰时新华社所送的对联。
马寅初撰写《农书》时，往往写完后便将书稿卷好收起，没有向人谈及书稿之事，以至于无人知道《农书》的详细内容，给世人留下了永远的遗憾。
【公案】
鲁迅与马寅初是绍兴同乡，但二人交恶。不知何缘由，鲁迅对于比自己年轻一岁的绍兴同乡马寅初少有好感。1926年秋，马寅初应邀到厦门大学演讲，厦大全校“列队欢迎，大摆宴席”。因马是“北大人”，校长林文庆特地函邀“北大同人”鲁迅及沈兼士作陪。鲁迅收函后，拒绝前往，在公函上写了个“知”字，并说：“道不同不相与谋。”
《关于鲁迅的辩护词》的作者房向东分析，林文庆之所以对马寅初如此殷勤，主要是学校资金短缺，希望能从兼任浙江兴业银行顾问、中国银行总司券的马寅初这位财神爷身上捞到一点油水。而鲁迅正是看到了这一点，才拒绝与马接触。加上马寅初是当时中国财经界的名流，是个“红人”，而鲁迅向来不喜欢趋炎附势，因此对他不仅冷漠，而且热讽。
1928年1月28日，鲁迅以“楮冠”的笔名在《语丝》发表《拟豫言——一九二九年出现的琐事》一文中讽刺马寅初道：“有博士讲‘经济学精义’只用两句，云：‘铜板换角子，角子换大洋。’全世界敬服。”
另据宋运郊在《回忆我们的老校长——马寅初先生》一文中回忆，1956年秋天，北大文科同学为了纪念鲁迅逝世20周年，建议邀请许广平到北大介绍鲁迅事迹。时任北大校长的马寅初虽然同意了这件事情，却“碍于情感方面的因素”没有出面接待许广平。
【情谊】
1939年5月，马寅初在重庆首次与周恩来、王若飞见面，周对马十分尊敬，表达了对马主张抗战时期征收临时财产税的支持。这次会面改变了马寅初对共产党的看法，他后来多次说：“以前是不与共产党一起的，1939年以后逐渐靠拢中国共产党，走向革命了。”
马寅初被蒋介石幽禁后，周恩来一直积极营救。马被释放后，住在重庆歌乐山，蒋介石不许他教书、发表文章，断了他的经济来源。周恩来得知后，指示《新华日报》说：“马寅初是一位经得起考验的爱国主义者，有骨气，有正义感，我们必须给予支持。”此后，马寅初被《中央日报》退回来的稿子都由《新华日报》发表出来，并给予马最高标准的稿酬，马寅初深为感动。
1949年3月，在西郊机场欢迎毛泽东等中央领导人从西柏坡迁至北平的仪式上，马寅初竟不顾会场秩序，跑到周恩来乘坐的吉普车旁，大声对周说：“遵照你的指示，我已平安来到北平。”喜悦心情溢于言表。
无论在什么场合，马寅初只要一提起周恩来，总是情不自禁地说：“周总理是我的恩人，是我的好朋友。”赵其渊回忆，马有次评价周说：“总理之才、之美，人们共仰。”
人口论争过程中，周恩来恳切地劝说马寅初写一份检讨，马寅初拒绝了。但拒绝后，马觉得对周有所歉疚，于是他为《新建设》杂志撰文时，特意加上《对爱护我者说几句话并表示衷心的感谢》：“最后我还要对另一位好朋友表示感忱，并道歉意。我在重庆受难的时候，他千方百计来营救我；我1949年自香港北上参政，也是应他的电召而来。这些都使我感激不尽，如今还牢记在心。但是这次遇到了学术问题，我没有接受他的真心诚意的劝告，心中万分不愉快，因为我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术的尊严不能不维护，只得拒绝检讨。希望我这位朋友仍然虚怀若谷，不要把我的拒绝检讨视同抗命则幸甚。”
1960年年初，马寅初因《新人口论》被迫辞去北大校长职务后，周恩来出面，将马寅初安排到北京市政协东城区小组。
马本寅回忆，“文革”开始后的某天，辖区的一位派出所所长突然来到他家里，关照说：“根据周总理指示，你们的住宅是不允许任何人闯入、抄家的，如果有人进来可以及时通知我们。”原来，周恩来将马寅初列入民主人士的保护名单。在周恩来的保护下，马寅初平安度过了这场浩劫。
1972年，已是90岁高龄的马寅初开始便血，经诊断是直肠癌，家属要求手术，但医院认为马年纪太大，坚持化疗。马夫人为此请示国务院，周恩来说，应该尊重家属的意见，并且让医院以后向他本人汇报诊治情况。之后，卫生部专门为马寅初组织了一个专家会诊小组。经过两次手术，马寅初奇迹般转危为安。严仁赓去医院探望时，马闭目不语，只是喃喃不休地说：“总理救了我的命。”病愈后，马寅初常说：“周恩来是我的救命恩人，他两次救了我，一次是1942年，一次是1972年。”
周恩来逝世后，马寅初连续数日沉默不语。他不顾家人劝阻，坚持去北京医院参加周恩来遗体告别仪式。他一早起来，怕下午去吊唁时大小便失禁，所以水米未进，由孙儿陪同，前来向总理的遗体告别。进得吊唁大厅后，马寅初老泪纵横，默默地向周恩来遗体鞠躬行礼。随后，他坐着轮椅，随着吊唁的人群绕遗体一圈后，仍然不肯离去，孙儿们只能推着他再绕一圈。走出吊唁大厅后，他坚持要求孙儿们扶着他回来，向周总理的遗体再次鞠了三个躬。
【仁厚】
儿时，马寅初非常爱吃家乡的油条。他留学归国时，炸油条的朱师傅仍在卖油条，但因为资金有限，一次只能付3斤菜油、10斤面粉的钱，马很是同情朱，便为其向店家预付了一年的油钱和面粉钱，并嘱咐店家说，每次朱师傅来时，只能取3斤菜油、10斤面粉，也不准换现钱。因为他知道朱爱喝酒，怕朱拿去换酒喝。
抗战前，马寅初在杭州九溪结识了一个小菜馆的老汉，每次下山必到小菜馆饮龙井茶，与老汉闲谈。他还给小菜馆题款，挂在店前做市招。1950年，他任浙大校长时，老汉已去世，但他每次路过仍去喝茶，老汉的女婿照例为他备上龙井。
任重庆大学商学院院长时，马寅初能叫出全院学生的名字，并常查看他们的伙食，向学校当局提出增加“战区学生贷学金”，改善学生伙食。有位学生先后两次病重，马寅初组织学生赶紧将该学生送到医院，并写介绍信请医院加以救治，学生顺利痊愈。一次，训导长王克仁为了一件小事便决定开除两名学生，马寅初坚决反对，最后王不得不主动辞职，离开重大。
马寅初到重大不久，便倡议组织教师聚餐，增进交流。每到春节，他总是一早便到员工宿舍，挨家挨户给教职员拜年。
马寅初曾邀请潘序伦到重大讲演，每次都招待潘住在教员宿舍，亲自照料他的饮食起居，极为周到。抗战期间，潘序伦得了严重的斑疹伤寒，马寅初夫妇常到歌乐山医院看望他，知道他喜欢猫，还特地送来一只小花猫陪伴他。
1942年，上饶集中营向福建转移，被软禁中的马寅初则被转移到桂林。途中，马寅初看到许多逃亡大后方的青年学生衣衫褴褛、身无分文，境况十分狼狈。马不忍见他们身处绝境，便坚持腾出运载行李的卡车，带着这批学生一路同行。之后，这些学生和马寅初成了忘年交，常到歌乐山看望马寅初。
一次，杭州解放军慰劳总会的交际处处长马文车到马寅初处汇报工作时，滔滔不绝地品评当时的一些统战人物，词锋锐利，言语之间不免嘲伤他人。马寅初一直微笑不语，最后只是语重心长地说：“已所不欲，勿施于人。”
1953年，马寅初到杭州莫干山休养。一天，他的派克钢笔不见了，他轻轻说了一声，结果被工作人员听见，反映到疗养院保卫科。保卫科立即找到打扫房间的服务员谈话。马寅初知道后，极不高兴：“我只说钢笔不见了。不见，不等于说被人偷了。保卫科怎能这样胡乱怀疑这位服务员哩。”他立即让保卫科停止这种做法。之后，他在某件衣服的口袋中找到了钢笔，心中更加不安，一再对服务员道歉说：“都是我的错。”服务员感动得热泪盈眶。
1955年8月，北大一名睡在上铺的上海籍学生黄柏松半夜从上铺摔了下来，送到医院抢救无效死亡。两天之后，黄柏松的父母从上海赶来，校长马寅初亲自接待，安慰家长。同时，学校马上给双层床发绳子，让学生绑在床前，说是高教部紧急通知，必须为所有没有防护装置的双层床安装防护设备，先用绳子作为临时防护。宋运郊说，从一个学生的事故，到校长关怀，再到高教部的紧急通报，不过一两天的工夫。由此可见马寅初对学生的关怀。
北大学生莫述诚回忆，1956年，他得了风湿热，情况十分危急。同学将此事告诉马寅初后，马寅初立即到校医院看望莫。得知莫是浙江湖州人后，七十多岁的老人对十八九岁的少年说：“我们是老乡，兄弟是嵊县人。”离开时，他对莫说：“你的同学给我写了信我才知道，我来晚了！真对不起！”随后，他伸出三根手指说：“请不要着急，三天之后我一定让你住到好的医院去。”果然，第三天上午，救护车将莫送进了苏联红十字医院。莫述诚后来才知道，当时红十字医院的号已经预约完了，马寅初打电话请冯玉祥夫人、卫生部长李德全帮忙，这才挂到了号。
某年冬，北大的暖气用煤不够了，马寅初怕学生受凉，便驱车到煤炭部找部长要煤。煤炭部长深觉为难，因为各单位都缺煤，便让门卫挡驾，说“部长不在”。马回答说：“没关系，我就在门口等他回来。”将车停在煤炭部的大门前，摆开了坐等的架势。部长无奈，只能答应为北大供应煤炭。
马寅初到宿舍看望新生，不时翻开学生们的被褥看，当时已是9月，一些南方来的学生怕冷，马寅初便对随行的人员说：“请总务处的同志去城里租些被子来，给大家添被，千万不能冻着他们。”当天傍晚，棉被便送到了学生们手中。
某次，学生宋运郊正在食堂低头吃饭，菜是肉片白菜，忽然有人伸手接他的筷子，原来是马寅初。马接过筷子，从他的碗里挑出肉片，数了数肉片的数量，然后问宋道：“这是什么菜，多少钱？”宋告诉他是肉片炒白菜，两毛钱，他听了后微微点头说：“还可以嘛。”又一次，宋运郊在食堂吃山鸡，马寅初进门后，问道：“你吃的是什么？”宋答：“这是山鸡。”马寅初很不解：“山鸡是什么？”宋解释说：“山鸡就是南方人说的野鸡。”马又问：“那为什么不叫野鸡而叫山鸡？”宋运郊感到了一种童心，忙说：“北方人不兴说野鸡，因为那是妓女的别称。”马“哦哦”两声，问过价格之后又问口味如何，宋运郊说还可以。最后马又问道：“哪里来的这么多野鸡呀？”宋告诉他可能是北大荒开垦带来的，听说整车皮地进北京。他点头说：“这就很好，很好，不贵不贵。”然后缓缓地离开了食堂。
宋运郊还回忆，一次，他在小饭厅的南头吃饭，马寅初进来了，问同学们吃的什么，好吃吗？营养够不够。快考试了，吃这样的饭菜能够应付考试吗？不久，学校就统一发给每个同学一大张红纸的餐券，分30个小格，每格1角钱，作为考试期间的餐费补助。
北大学生诸天寅回忆，50年代，马寅初从国外带回一批搪瓷饭碗，指示学校免费发放给学生。诸天寅家生活困难，入学后的第一个冬天没有棉衣御寒。其表舅以浙江同乡的名义写信给马寅初，反应诸的情况。不久，诸便接到通知，学校决定补助他一套棉衣。后来诸天寅才知道，补助款是马寅初从校长专用经费中拨出的，而且得到补助款的学生不止诸天寅一人。
1956年，北大学生举办鲁迅逝世20周年活动，提议让鲁迅的夫人许广平到北大演讲。马寅初应允。但是，演讲当日，马并未出席会议。事后，学生都好奇马寅初为何失约。有人问到校长办公室主任高望之，不料得到的是当头棒喝：“你们还是北大的文科学生呢！”后来学生们才明白，30年代马寅初和鲁迅曾有过笔墨官司，故没有到会。但为了满足学生们的要求，他还是答应让许广平来北大进行演讲。
1958年，北大经济系的教授下放到京西山区斋堂村劳动锻炼，当时处于暴风骤雨中的马寅初不顾一路颠簸，前去看望他们。晚上，他本想和教授们一起住土炕，教授们只好以晚上他要洗冷水澡为由，劝他住到乡政府。次年，马寅初再次到斋堂看望第二批下放的北大教授，并坚持与他们同吃、同住、同劳动。七十七岁的马寅初还加入背粪的行列，和他们一起用背篓背粪。
新中国成立后，马寅初每一次回家乡考察，都要给乡间的儿童们带糖果。他所到之处，都被乡亲父老包围，遇见困难的老者，他常慷慨解囊接济。
马寅初的保姆马凤仙回忆，马寅初对家中的服务人员也很关心。一次，她听说马寅初要出去玩，也想同去，便让马寅初的孙子马思一去问马寅初是否可以带她去，马寅初立即同意。此后，马凤仙随着马寅初一家去过故宫、颐和园、十三陵等地，马寅初还充当导游，给他们讲解。每到过年，马寅初便邀请家中的服务人员一同吃饭，给他们敬酒，让他们觉得像在自己家中过年一样亲切。
马思泽和弟弟们在院子里玩，突然看见一窝蚂蚁正在搬家，几个小孩子顿时兴奋起来，手捻脚踩，开始“剿灭”蚂蚁。马寅初正好走出来散步，看见后，用手杖戳地，愤怒地对几个孙子说：“这也是生命啊！”
马寅初的外孙女马思奇回忆：“当他（马寅初）看到我们逗弄小昆虫、小动物时，他会一边急切地用拐杖敲着地一边阻止我们不要弄伤它们，让这些小家伙们能够自由自在地在大自然中漫步；他还时常提醒我们，按时去给从外面溜进院子里的小猫喂点食物，以免饿坏了那些无家可归的生灵。……他极为喜爱院中绿绿的树木和花草，嘱咐我们在玩耍时不要碰伤树上的嫩枝和地上的小草……”
【耿直】
马寅初在浙江省财政厅任职时，一日，友人到马家找马寅初，马不在家，来人便对在马家打杂的老潘说：“老兄，我是德清县来的，有桩事想请你帮帮忙，这三百块银洋给你吸烟，这一千块银洋是送给马先生喝茶的。小弟被提名为县长。报到省里已一个多月，至今尚未批下。马先生德高望重，又与批放县长的某君是莫逆之交，望老兄在马先生面前美言几句，请他帮我在某君处催一催。倘若事成，定当重谢。”话说完便告辞离去。马寅初回来，老潘如实禀报。不待他讲完，马寅初已眉头紧锁，大骂道：“真是无耻之极！这像蚊子叮菩萨——找错了人。这种人，今天用一千三百块银洋来打通关节，万一当上县长，一定也是一个贪官污吏。单凭这一点，他就没有资格当县长。老潘你千万牢记，今后决不能收这种臭钱，你马上把这笔钱如数还给他。”老潘只好将钱如数归还。
马寅初的侄孙马大成回忆，20世纪20年代，马寅初在任浙江省府委员时，嵊县县长为讨好马寅初，准备修建一条从县城到浦口镇马树记（马家酒坊）的马路。马寅初知道后，制止了此事。于是几十年来，乡人一提此事便说：“马寅初对家乡没有好处，马寅初是个‘经济’（按：嵊县人说某人经济，指其人小气）博士。”
孔祥熙五十大寿时，曾邀请马寅初参加寿宴。马带去的礼物是3斤挂面2斤肉。孔祥熙很会讲笑话，寿宴开始后，有人为了巴结孔，便提议讲笑话助兴。大家要求马寅初先讲。马说道：“我不会讲什么笑话，只会讲故事。现在讲一个故事为大家助兴。”大家拍手叫好。马寅初说：“从前有兄弟三人，老大叫年纪，老二叫学问，老三叫笑话。一天，父亲叫三兄弟一同上山砍柴，傍晚三兄弟回家，父亲看到‘年纪’砍一把，‘学问’一点都没有，只有‘笑话’砍了一担。”马以此讽刺孔祥熙“年纪一把，学问全无，笑话一担”。
马寅初长子马本寅在《马寅初传略》中记载，抗战期间，蒋介石曾请马寅初出使美国，马寅初认为国难当头，自己理应留守国内，婉辞。马寅初的长女马仰班得知此事后，力劝父亲就任此职，马寅初闻言对马仰班大加训斥。
叶元龙回忆，1939年，马寅初因当面责难孔祥熙引起蒋介石的不满，蒋对时任重庆大学校长的叶元龙怒气冲冲地说：“你好糊涂，怎么可以让马寅初当院长呢？你知道他在外面骂孔祥熙吗？骂孔祥熙就等于骂我。”又命令叶道：“下周四陪他到我这儿来，我要当面跟他谈谈。他是我的长辈，又是同乡，总要以大局为重！”叶回校后，怕碰钉子，便让马的学生叶沛婴去找马。马听后，火冒三丈：“叶元龙陪着我去见蒋介石，我不去！要我去，除非宪兵来请！”“委员长是军事长官，我是个文职，文职不去拜见军方！再说，我给委员长讲过课，他是我的学生。学生不来拜见老师，倒叫先生去拜见学生，岂有此理！假如真有话要说，叫他来找我！”叶无奈，只好对蒋说马寅初不敢来，蒋说：“我是想同他谈谈经济问题。你回去告诉他，以后有时间，随时都可以来找我。”但马寅初始终未去见蒋。
一段时间后，中央银行会计处的处长金国宝对叶元龙说：“奉孔院长之命，拟请马老担任财政部次长。”叶深知马寅初的为人，便对金说：“你万万不可以给马先生说这个话！”金不信，果然碰了钉子，马答复道：“你们想弄个官位把我嘴巴封住，办不到！”此后，蒋介石又几番派人上门游说，但都被马严词拒绝。
有人曾奉命劝说马寅初，说可以将北碚立法院的好房子让给他居住，想购买黄金，只要他提个数字，就可以照办，如果要去美国考察，不论长住或短期都可以，经费不成问题。对此，马寅初发表声明：“一、在此国难当头，我绝不离开重庆去美国考察；二、为了国家和民族的利益，我要保持说话的自由，国民党政府的立法院没有多大意思，我绝不去北碚居住，并要逐渐同立法院脱离关系；三、不搞投机生意，不买一两黄金、一元美钞。有人想要封住我的嘴，不让我说话，这办不到！”
1940年的一天，黄炎培宴请马寅初。饭毕，跑堂的递过来两只鼓鼓囊囊的信封，说是在门口站了半天的两位先生托他转交的。马寅初打开其中一封，一只派克金笔从中露出头来；随着又露出一张三寸宽的纸条，上写“请马老先生笔下留情”。一旁的黄炎培已明白了几分，说道：“这是让你过过文昭关。”马寅初又拆开另一封，里边却是两颗子弹，也附有一张三寸宽的条子：“如果你不相识，还要开口攻击党国要人，就叫你尝尝这种‘卫生球’的味道！”黄炎培见状，又插话说：“这回让你过过武昭关！”马寅初容色不改，坦然地将信封装进口袋，用手一招，叫过跑堂的说：“回头有机会见到那两位送信来的朋友时，请你转告一声，说这两份厚礼我马某都收下了。”黄炎培担忧马的安全，劝他下星期的演讲不要去了。马寅初一顿足，激动地说：“二万里的江山落尽胡人之手，何敢再惜这区区五尺之身？演讲我照旧去，而且不会迟到一分钟。”
根据当时的重大学生回忆，某日，马寅初由一个宪兵团长押送回家取衣服和行李，马则谈笑自如，神色自若。重大的学生奔走相告，一会儿便聚集了许多人，将马家围了起来。有人问团长想把马先生送到哪里去，答：“委员长请马先生去战区考察经济问题。”学生们根本不相信，便要求让马的秘书同去，遭到拒绝后，他们又要求马先生给大家讲几句话。团长只好答应。学生们簇拥着马寅初来到大礼堂，马先请团长讲话，团长先说马先生学问好，又说马先生的“言论超出了范围”，应受处分。马寅初说：“方才袁团长说我的言论超出了范围。我不知道究竟超出了什么范围，我只知道孔祥熙、宋子文他们的行为超出了范围。……”团长惊慌失措，忙制止了马的发言。随后，学生们怀着愤怒而痛苦的心情，含泪目送马寅初被押上汽车离去。随后校长叶元龙辞职，蒋介石派其秘书梁颖文继任重庆大学校长。重大学生得知消息后，坚决反对梁上任，经过叶的劝说，学生们才勉强同意。结果梁上任后一星期，就被学生们放着鞭炮轰出校门。马被软禁期间，爱国人士在重大校园内建“寅初亭”，纪念马寅初。
抗战期间，马寅初安贫若素，对于分外之物，一芥不取。他在重大任教时，彭用仪冬日往访，见窗外积雪盈寸，马手足僵冻却犹自挥毫不止，便赠煤两吨。他知马寅初必不会接受，便与马的女婿商量，将煤藏于邻居家中，随用随取。这些煤到抗战结束尚有结余。马寅初知道后，特亲笔写条幅相赠，后又赠着作两巨册。
马寅初被软禁时，朱家骅曾奉蒋介石之命前来试探，谁知马当面大骂四大家族发国难财，朱难以启齿，便故意留下一支派克钢笔后告辞。马发现后，追至门口，但朱乘坐之车已远去。正好《大公报》的记者吕润德在场，马便让他记下此事，以示子孙后代，不可与反动势力妥协。
1942年6月，马寅初从上饶集中营被押往广西桂林，蒋介石亲信顾祝同设宴送行。顾知当面相赠马必拒绝，示意押送人员将半两名茶“大红袍”塞入马的行李中。“大红袍”产自福建某寺庙，年产仅有四两，清时庙祝以一两献皇帝，一两献巡抚，一两献县官，一两自留；到民国，则一两献总统，一两献督军，一两献县长，一两自留。顾以半两赠马寅初，实为厚礼相赠。马认为饮之不义，弃之可惜，便不饮不弃，留之作为警戒。
1945年，马寅初参加嵊县旅渝同乡会，王晓籁替蒋介石传话，用乡音对马说：“嵊县脾气到外头是勿灵格，大炮勿要放，戆大勿要做，放大炮，做戆大，是勿会有好处的。”会后，马寅初对其学生、同乡许显忠说：“大炮无论如何要放，戆大是一定要做到底的。”
抗战期间，日军昼夜对重庆进行轰炸，学期结束时，学生要求免考，当时重大的文、理两院都同意免考，唯独马寅初的商学院不同意，他认为考试是考核学生学习成果，条件越是艰苦，越要努力，大考不能免除。在马的坚持下，商学院的学生利用早晚的时间，按期完成了学年考查。
1946年12月26日，北大女生沈崇被美国士兵皮尔逊强奸，全国学生纷纷抗议美军的暴行。在上海的马寅初也参加了1947年元旦的学生游行，穿着蓝布大褂、光着脖子的六旬老人在寒风中和学生们一起挥动着手中的小旗，走在队伍的最前列，向外滩行进。马寅初的加入极大地鼓舞了学生们的士气，他们异口同声高呼：“美国兵滚回去！”喊声响彻云霄。
马寅初应上海交大学生的邀请到该校演讲。他与交大学生李君亮同坐三轮车出门不久，李便发现后面有人跟踪。马坦然说道：“让他们盯着吧！爱国无罪，我是坐过蒋介石的牢的，没什么了不起。”
1947年冬，一群特务深夜闯入中华工商专科学校搜查，马寅初对杀气腾腾的特务们声色俱厉地说：“我是不怕你们的，你们的老头子蒋介石我也当面训斥，害怕你们？你们深更半夜闯进学校来干什么？统统给我滚出去！滚出去！”这些来势汹汹的特务只好灰溜溜地走了。
王易金在《文汇报》当记者时，曾和其他记者一起去采访从杭州到上海的马寅初关于通货膨胀和物价的问题。马寅初劈头便打趣道：“我倒还是敢讲，你们是不是敢登？”记者们面面相觑，说不出话来。马说：“一张报纸嘛，总该为老百姓说说话，要敢讲真话，不畏强暴，不畏强权……”
【简朴】
俞辉记载，马寅初少时在上海读书，其干爹除了学费和食宿外，每月给他四毛钱零花。他用这四毛钱来洗澡、理发、点灯、买书和笔墨纸张，但无论他如何精打细算，总是不够用。所以他的油灯是相对便宜的菜油灯，并且只用一根灯芯。一次，一位朋友到宿舍探望，发现灯光非常昏暗，便为他点上了两根灯芯。马发现后，立刻把其中一根熄灭，对朋友说：“我点不起两根灯芯，请别见笑！”
马寅初的侄女马芬姑回忆，马寅初在外面做了大官，回家时，总是到离家十几里的三聚潭下车，然后步行回家，从不坐轿。他把长衫撩起来挽在腰间，脚上穿一双“蒲草鞋”，肩上背着“钱褡”，钱褡里装得鼓鼓的。看见侄儿侄女们，他便喊道：“你们这般‘小叫花子’。我是‘大叫花子’，我在外面‘要饭’，你们这班‘小叫花子’向我‘要饭’。”然后从钱褡里掏出橘子分给他们。马芬姑常听母亲说小爹（按：绍兴人对最小叔叔的称呼）在外面做官，但她看不出他和其他父辈们有什么区别，唯一的不同就是小爹穿蒲草鞋，别人都穿布鞋。于是她便认为蒲草鞋一定是当了官的人才可以穿的。后来长大了，她才知道并非如此。
1936年，马寅初在杭州时，常带着儿子去澡堂洗澡。服务员见马氏父子夏天穿的背心总是有洞，忍不住疑惑地问道：“马先生是省府委员、经济学博士，还穿这么破旧的衣服？”马风趣地说：“夏天背心的破洞穿着很凉快。”到了冬天，他的长袍仍很破旧，但这次，他却解释道：“衣服的作用在于保暖，新旧没有什么关系，只要能穿就行，不必讲究！”服务员哭笑不得。
尚丁回忆，1946年，马寅初住在上海“中华工商专科学校三楼的宿舍里。那是个十一二平方米的小间，既是卧室，又兼书房，室内一张书桌，一只单人木板床，一架书籍，几只凳子，此外就别无长物了”。
许天乙记载，马寅初“生活俭朴，自奉甚薄，常年穿一件蓝布长衫，有重要集会时才罩上一件黑马褂，脚穿布鞋，手拄一根木手杖，虽不无‘寒酸’，但自有风度”。1946年，马寅初参加“陪都各界庆祝政治协商会议成功大会”，因为会后还要去参加一个婚礼，他便穿上了这件黑马褂。结果国民党特务破坏了会场，打伤了郭沫若、章乃器、李公朴等60多人，马出面阻止，被国民党特务将马褂剥掉，长袍撕破。
保姆马凤仙回忆，新中国成立后，马寅初很穷，从不喝酒，不抽烟，平常只喝白开水，马家用的家具全是公家的，马寅初只有一件绒呢大衣，一顶礼帽，出门时穿一下，回家便让马凤仙放好。马夫人要给他添一件像样的衣服，他坚决不肯，马凤仙也劝他不能像一个普通老百姓，马寅初笑着说：“我就是一个普通的老百姓。”三年自然灾害时期，马家一星期只吃一顿大米饭，难得吃上肉，马寅初说：“毛主席都不肯吃肉，我更不能搞特殊享受，全国人民更苦啊！”
马凤仙又说：“有人说马先生很小气，这也不假，他从来不肯多用一分钱。但马先生有时很大方，他把节省下来的钱，常常捐给灾区和修建学校，一出手就是几百元。”
【风趣】
侄女马芬姑回忆，马寅初儿时很是顽皮，经常小小地恶作剧一下。一次午后，他偷偷潜入厨房，将锅灰抹在打盹的小保姆脸上。小保姆醒后走出厨房，大家都笑弯了腰。小保姆这才知道自己成了个大花脸，她洗完脸便跑出去找马寅初，边跑边喊：“一定是阿元（马的小名）搞的！一定是阿元搞的！”大家更是乐了，而马寅初早不知躲哪里去了。
夏日午后，马寅初时常溜进自家的酒坊中，拿小草梗在睡得迷糊的师傅们脸上或鼻尖轻轻挠动。师傅们常以为是小虫子，便伸手去拂，马寅初见他拂左脸，便去挠他的右脸，于是他又去拂右脸。马寅初知道时间长了师傅必然会醒，于是又去捉弄另一个。有时也有睡得浅的，觉得痒便睁开眼睛，马寅初笑着一溜烟就跑了，但过一会儿又跑到酒坊里玩耍。师傅们逮住他问中午是不是他玩的把戏，他便爽快地承认，从不抵赖。大家就轻轻地打他的屁股几下，算是惩罚了。
马寅初带着全家和两位家庭教师到西湖畔的北高峰避暑，一次，大家在院子里乘凉聊天，马风趣地说道：“我姓马，这位老师姓杨，另一位姓牛，我们的亲戚姓朱，这里真是马、牛、杨（羊）、朱（猪）齐全，原来我们是在开‘牲口大会’。”一席话，把大家都逗笑了。
新中国成立前，马寅初爱喝可口可乐，一次讲演时，他对学生们说：“我讲话，其他什么都不要（指不要讲稿、不要喇叭），如果你们给我两瓶汽水，我可以讲三个小时！”
1948年，杭州高级中学学生陈纲、陈一鹗去请马寅初到该校演讲。到马家后，马直接带着二人到二楼他的卧室，卧室早已拉上窗帘，他对二人说：“我家对门的那爿杂货店和墙角的皮匠摊是特务机关派遣的。杂货店楼上窗户直对我家客厅，可以监视、拍照。所以我把你俩带上楼，让他们以为是走亲戚的。我一出门，他们就要忙碌一阵，马上派人盯梢。你们不要来接我，到时候我自己回来的。我还要和他们兜圈子、捉迷藏哩！”一席话，把二人逗得哈哈大笑。
在香港的千家驹给在上海的马寅初去信，邀请他到香港，目的是让马取道香港，去解放区。马回信说：“决不离开上海。”谁知一个月后，马化装成一个西餐厨师离开上海，到达香港，千很是惊喜，问道：“你不是说决不离开上海的吗，怎么又来了呢？”马答道：“这是我放的烟幕弹呵，因为国民党检查我的信件，我说绝不离开上海，可以使他们放心，其实我早已准备好要走了。”
新中国成立初期，北大中文系老师郭良夫举行婚礼，马寅初抽空前去道贺。郭良夫当时只是一名普通教师，见校长亲自前来祝贺，心情非常激动，便同新娘一起向马敬酒。马寅初对新娘说：“我想你这个新娘应该放心了，因为根据新郎大名，他一定是位好丈夫。”于是满堂哄笑。
马寅初请人民银行总行长南汉宸到北大演讲，他诙谐地对学生们说：“这位是财神爷，他口袋里有的是钞票，我们北大务必要请他高抬贵手。”南忙笑着说：“马老是我老师，北大是我母校，我胳膊怎敢往外弯呢！”
诸天寅回忆，新年晚会上，马寅初走上台去，双手抱拳，连连作揖，又连声向大家祝贺“恭喜发财”，闻此祝词，大家笑得前仰后合。
【和谐】
马寅初有一妻一妾。1901年，二十岁的马寅初由父母做主，与张团妹（后改名张桂君）结婚。张团妹虽目不识丁，但生性忠厚、善良，会做一手好菜。她为自己能嫁给会读书的丈夫而心满意足。婚后，张团妹孝敬公婆，善待马家兄妹，马寅初见妻子贤惠体贴，颇觉满意，夫妻二人很是和谐。婚后一年，张团妹生下一子，此时，马寅初也以优异成绩考上了天津北洋大学，可谓双喜临门。
1903年，马寅初不满周岁的儿子因意外不幸夭折。次年，马寅初的妻子又生一女，他景仰东汉史学家班昭，故为女儿取名马仰班。
1907年，马寅初到美国耶鲁大学官费留学。出国留学前，马寅初特意赶回家乡与父母妻儿告别。此时张团妹已经怀孕，马寅初很高兴，嘱咐妻子多多保重。妻子对他说：“孩子出生时，你又不在家，你给孩子取个名吧？”马寅初略思片刻答道：“若生女孩，就叫马仰曹，若生男孩就叫马仰峰。”马寅初这次话别，一去竟是十年。第二年，张团妹生下一女孩，于是取名马仰曹。
十年后，留学归国的马寅初在嵊县老家迎娶了与女儿马仰班同岁的王仲贞为妾。王仲贞比马寅初小22岁，当时年仅13岁，有小学文化程度。此后，马寅初将王仲贞、张团妹先后接到北平。从此，马寅初的家里就有两个妻子。
马寅初对两位妻子都很好，他外出度假总是让两位妻子同往，在家闲暇时，也常是由两位妻子陪他在庭院小路花丛中散步。张团妹和王仲贞之间也相处得非常融洽，彼此互相关心、体贴照顾，这在当时类似家庭中，实属罕见。
