20日，法庭第三次審判陳獨秀，並進行辯論。檢察官朱雋指控陳獨秀等與中共一樣，「主張打倒國民政府，實行無產階級專政」，「都是危害民國」。起訴書把矛頭特別指向陳獨秀，以其「為中國共產黨左派反對派中央執行常務委員首席，是一黨之主腦」為由，說「其個人行動及發表之反動文件應負責任⋯⋯即以中共反對派名義刊行之反動傳單、宣言書及其指揮之行動，亦應由其完全負責」。然後列舉了托派中央常委通過的文件及以陳個人名義發表的文章，指控陳獨秀「一面藉口外交，竭力宣傳共產主義，一面則對於國民黨政府冷譏熱諷，肆意攻擊，綜其要旨⋯⋯推翻國民政府，由無產階級專政」，「組織以危害民國為目的之團體或集會，又以文字為叛國之宣傳」，觸犯《危害民國緊急治罪法》。[21]
章士釗律師起而辯護，認為陳獨秀主張以「法定之選民投票」取得政權，「何得為罪？」「國家與主持國家之機關（政府）或人物既截然不同範疇，因而攻擊機關或人物之言論，遂斷為危及國家，於邏輯無取，即於法理不當」。然而，章士釗接着以國共兩黨的歷史關係進行辯護時，就暴露出有點一廂情願了。他說：陳獨秀鼓吹的共產主義與三民主義不但不衝突，「而且是一個好朋友」；陳獨秀當初曾與國民黨「合作」並任職（指1921年廣東國民政府教育委員會委員長），且在《汪陳宣言》中苦口相勸「主張打倒國民黨的人」不作此舉；陳獨秀與中共分裂組織托派以反共，「有功於國民黨」，等等。因此，章士釗提議「托洛斯基派與國民黨取犄角之勢以清共」。
陳獨秀的反應是可想而知的。他毫不思索地拍案而起，立即發表聲明：「章律師之辯護，全係個人之意見，至本人之政治主張，應以本人文件為根據⋯⋯我與中山私人雖有交誼，主張並不相同。」他宣讀了2月20日就寫好的自撰《辯訴狀》，堂堂正正地宣稱：
半殖民地的中國，經濟落後的中國，外困於國際資本帝國主義，內困於軍閥官僚。欲求民族解放、民主政治之成功，決非懦弱的、妥協的上層剝削階級全軀保妻之徒，能實行以血購自由的大業⋯⋯惟有最受壓迫、最革命的工農勞苦人民與全世界反帝國主義反軍閥官僚的無產階級勢力聯合一氣，以革命怒潮，對外排除帝國主義之宰製，對內掃蕩軍閥官僚之壓迫。然後中國的民族解放、國家獨立與統一、發展經濟、提高一般人民的生活，始可得而期。
陳獨秀說，這就是「五四」以後「組織中國共產黨之原因」。自然也是終身奮鬥的目標。他光明磊落地申明：「共產黨之終極目的，自然是實現無剝削、無階級、人人『各盡所能各取所需』的自由社會」；並宣稱為實現這一終極目的，「中國共產黨目前的任務」是：「反抗帝國主義以實現中國獨立」；「反抗軍閥官僚以實現國家統一」，「改善工農生活」，「實現徹底的民主的國民立憲會議」。並表示他過去、現在及將來「所思所行，亦此物此志」；「鞠躬盡瘁，死而後已！一息尚存，挺身奮鬥！」。
在這裏，人們可以清楚地看到，除了武裝暴動的蘇區共產黨外，另一個繼承了馬克思主義傳統的共產黨及其領袖的風采。這個俗稱為「托派」的共產黨，通過這個陳獨秀的《辯訴狀》，終於為全國人民所認識。而在這之前，因為隱藏地下，只有極少數人知道。
接着，陳獨秀從法理和歷史事實上，闡述了何為「國」，何為「民國」，雄辯地論證了何為「叛國」和「危害民國」：國家是「土地、人民、主權之總和」；賣國於外敵，毀壞民權之內政才是「叛國」。「若認為在野黨反抗不忠於國家或侵害民權之政府黨，而主張推翻其政權，即屬『叛國』。則古今中外的革命政黨，無不曾經『叛國』。」孫中山等「曾推倒滿清，推倒北洋政府，如謂推倒政府就是危害國家」，那末「豈非已叛國兩次」！
然後，他把矛頭一轉，猛烈抨擊國民黨：
對日本侵佔國土，始終節節退讓，抵抗徒托空言，且制止人民抵抗⋯⋯而予則主張由人民自己擴大其組織與武裝，對帝國主義進行民族解放戰爭，以解決東北問題，以完成國家獨立，試問誰為「叛國」？
國民黨政府，以黨部代替議會，以訓政代替民權，以特別法（如危害民國緊急治罪法及出版法等）代替刑法，以軍法逮捕審判槍殺普通人民，以刺刀削去了人民的自由權利⋯⋯試問誰為「危害民國」？最後，陳獨秀大聲宣佈：
今者國民黨政府因予始終盡瘁革命之故，而加以逮捕，並令其檢察官向法院控予以「危害民國」及「叛國」之罪，予不但絕對不能承認，而且政府之所控者，恰恰與予所思所行相反。
若於強權之外，復假所謂法律以入人罪，誣予以「叛國」及「危害民國」，則予一分鐘呼吸未停，亦必高聲抗議。
陳獨秀慷慨激昂，《自辯狀》義正辭嚴，邏輯嚴密，合情合理，一時震懾庭堂，全場鴉雀無聲；達到了把自己變成原告，把法庭變成戰場的目的。法庭三次公開審訊，旁聽席之擁擠一次甚於一次。尤其是20日發表《自辯狀》這一次，報導稱：有遠自鎮江、無錫、上海等地專程來南京的，「惟庭地不敷容納，後至者多抱向隅」；「有立於坐次兩旁者，有立於記者席之後者，亦有立於室外者」，總計有二百多人。陳獨秀在法庭上「態度安閒，顧盼自若，有時且雋語哄堂」。[22]
陳獨秀的目的是瀟灑地達到了，給社會各界卻出了個難題。首先是國民政府，原以為可借此改善一下自己的法西斯形象，卻碰了一鼻子灰，形象暴露得更加醜陋了。從此結束了公開審判共產黨人的做法，一般都在逮捕後秘密處死。最為尷尬的是「營救派」，原想利用「托派」、「反共」迎合法律，以達營救目的。不料想弄巧成拙，被陳的「反彈」弄得兩面不是人。
陳獨秀是「打倒國民黨政府」的革命者，這一點毫無商量的餘地。由於要洗清中共所加、「營救派」所用的「被國民黨利用反共」的污垢，他必須兩面作戰。得知亞東圖書館準備出版《陳獨秀案書狀匯錄》，他特別致函汪原放，要他與章士釗商量，把《辯護詞》中那一段「托洛斯基派與國民黨取犄角之勢以清共⋯⋯」的文字刪去，即：
清共而後，獨秀雖無與國民黨提攜奮鬥，而以自己為幹部派擯除之故，地位適與國民黨最前線之敵人為敵，不期而化為緩衝之因。即以共產黨論，托洛斯基多一人，即史丹林派少一人，史丹林派少一人，即江西紅軍少一人，如斯輾轉相輔為用，謂也，便無不可。即以此論功罪，其謂托洛斯派有功於國民黨也且不暇給，罪胡為乎來哉？
其實，類此內容的電文及各種文章，早已遍及各界視聽，刪除這一段，何以消除其影響？作為當時著名出版社的亞東圖書館，也不可能不經著名大律師章士釗本人的同意就刪除已經為傳媒廣泛報導的辯護詞。按理說，一個人被捕後，若有勢力人物的曲意營救，應該接受。但是陳獨秀把人格和信仰看得比生命還重要。這使許多朋友很不理解。於是，發生一些傳奇的情節：他要別人改變辯護詞，別人則要他改變口供。老友柏文蔚在事後對陳松年說：「你父親老了還是這個脾氣，想當英雄豪傑，好多朋友想在法庭上幫他的忙，給他改供詞，他還要改正過來。」[23]
4月26日，江蘇高等法院作出判決，宣稱陳獨秀：
研究社會主義誤入歧途⋯⋯反對史丹林派利用土匪潰兵領導鄉村農民為武裝暴動，時時加以抨擊⋯⋯審按情節，尚可矜原，自應量予減科；以危害民國為目的組織團體，並以文字為叛國之宣傳，乘日本之侵略，妄詆政府不抵抗，借反日救國名義，欲將建設中華民國之國民黨國民政府推翻。
因此，將陳獨秀、彭述之各處有期徒刑13年，褫奪公權15年。其他被捕者，各判5年、2年半不等。陳獨秀理所當然地表示不服，當場起立大聲抗議：「我是叛國民黨，不是叛國！」然後向國民政府最高法院提出上訴。吸取教訓，不再委託律師，親自在6月15日寫出《上訴狀》，駁斥所謂「政府即國家」，批駁法院的判罪是「莫須有」；「侵害思想言論自由，阻抑民主政治實現」，「於理於法兩具無當」。[24]
6月22日，檢察官做出《上訴答辯書》，批駁陳獨秀的上訴是「牽引他國政制，圖卸罪責，其理由自不成立」。[25]陳與彭又立即寫出《再抗辯書》，提出兩點辯駁：（一）以辛亥革命推翻數千年之君主專制，改建民主共和，其為效法歐美政制，和袁世凱以「中國特別國情」而復辟，毀壞民主共和之正反兩例，闡明近世各國政制皆「擇善而從」，駁斥所謂「一國有一國之政制，未可強為比擬」之謬說；（二）再次以政黨、國家、政府「三者界義各別」為理，駁斥所謂反對國民黨就是「危害民國與叛國」。
6月30日，最高法院終審判決書終於下達，陳獨秀、彭述之「以文字為叛國之宣傳」，各處有期徒刑8年。比原判減少了7年，約一半。這個變化自然包含着多種因素，除了陳獨秀抗辯有理、著名人士營救之外，主要還是考慮以後企圖利用陳獨秀反共。
冠蓋雲集的探監者
陳獨秀等被判刑後，押解到南京第一模範監獄（因挨着「老虎橋」，當地人稱「老虎橋監獄」，現已拆毀）執行。監獄當局，藉口收監陳獨秀這個名人，特地申請了很大一筆款子，把原來關押公開職務為「泛太平洋產業同盟辦事處」負責人、實為共產國際遠東局秘書牛蘭的牢房翻修一新，讓陳獨住一間，其他人住普通牢房。
陳獨秀被捕和在江寧地方法院候審期間曾胃病復發，一度不能進食；判刑入獄後，又完全失去自由，而且不准親友探監，不准通信，不准讀書看報。因此曾表示不堪牢獄生活，不如立處死刑。在看守所時就寫信給胡適說：「以弟老病之軀，即久徒亦等於大辟，因正式監獄乃終日禁閉斗室中，不像此時在看守所中尚有隨時在室外散步及與看守者談話之自由，獄中購買藥品和食物當然更不方便，所以我以為也許還是大辟爽快一點。」[26]
南京老虎橋監獄，現已拆除
陳獨秀判刑後無所畏懼，視死如歸，與監獄當局的「三不」惡法進行堅決鬥爭，甚至絕食。他對典獄長說：「你們執行惡法，我拼老命也要抗議。」典獄長說：「惡法勝於無法。」陳說：「惡法就要打倒！」最後，鬥爭勝利，「三不准」成了「三允許」，[27]甚至「每日接見親友，從不間斷」。[28]
為了滿足陳獨秀的讀書要求，牢房裏放了兩個大書架。陳就通過親朋，搞來大量書報，把兩個書架塞得滿滿的，又過起他說的「把監獄當研究室」的生活。同時還允許從上海請來的著名中醫黃鐘來給他治病，還安排同獄的濮德志、羅世藩輪流看護他。後來甚至還允許他的第三個妻子潘蘭珍每天到獄中照料他。從此，陳獨秀在獄中過着「特殊的優待」生活。
後來，親自部署抓捕陳獨秀案的中統負責人徐恩曾回憶說：
他精通很多的中國書，他有中國讀書人的傳統風度，他有堅強的民族自尊心，他完全不像排擠他的那些共產黨徒那樣甘心出賣自己的祖國而以蘇俄為祖國。他在一九一九年中國新文化的啟蒙運動中所作的貢獻，至今仍受着青年們的景仰。所有這些，使他有別於一般的共產黨人。同時，也使我多生自信，以為可以使他放棄過去的政治主張，而踏上純正的民族主義道路。
可是接談之後，我的信心動搖了。我發現他的態度相當倔強，他雖然堅決反對效忠於蘇俄的中共黨徒的賣國罪行，但仍不肯放棄他對馬克思主義的信仰；他雖已被中共開除黨籍，但仍以真正的馬克思主義者自命⋯⋯我自己勸說無效，又邀請一九一九年前後在北大和他同事的許多老友向他進言，但他仍是這個態度。我們為了尊重他的信仰，以後便不再勉強他，只留他在南京過着寧靜的讀書生活。這一段生活，對他以後的思想的發展影響甚大。在他最後的著作中，他指出他的思想變遷，是經過這五、六年沉思苦想的結果。
陳獨秀被捕之後，托洛斯基派在中國的活動，從此解體。此事我做得是否算好，現在想來實很懷疑，因為我在無意中替毛澤東立了一個大功，替他剪除了一個不共戴天的仇敵，從此他就減少了一個「內部之憂」了！[29]
過去，大陸學者寫《陳傳》，對國民黨公開審判陳獨秀和獄中「優待」，一般都強調國民黨為了利用他「反共」。自然不排除有這方面的因素，但是沒有看到國民黨對待陳獨秀這個特殊人物的確有「無奈」的一面。
陳獨秀這次被捕坐牢，牽動各方人事。除已退到江西蘇區的中共中央表示幸災樂禍外，他人多表現出感人的親情和友情。
在朋友中，最早來探視的是北京大學校長蔣夢麟。1932年10月31日，陳獨秀被拘押江寧地方法院看守所時，他就來贈書和水果。當然，這不僅因為陳曾任過北大文科學長。
在潘蘭珍來獄中前，擔任陳獨秀與獄外聯繫最多的是趙健及其夫人劉夢符。趙是陳獨秀老友柏文蔚部下的軍官，那時在中國慈善協會工作，住在南京。為對付當局，他們可能用了化名。因為在調查報告上這樣寫着：「另有住娃娃橋六號謝紉清、許守貞（女性）亦間常探望陳氏。」
另外，來的次數最多，給陳獨秀幫助最多的要算是段錫朋了。這位在1927年初大革命高潮中在江西為適應蔣介石反共需要並由蔣圈定、創立「AB團」（「反對布爾什維克主義」的英文字縮寫）的極端反共人士，由於北大師生關係和「五四運動」導師與學生領袖的關係，對陳獨秀十分崇敬，幾乎成了陳的獄外秘書。陳獨秀對案子的一些重大要求、與外界的聯繫，一般都委託段處理。
陳在一封致胡適信中說：段書詒（段錫朋）「常來此探視」，並代為轉信。[30]在陳獨秀案轉法院審理後，蔡元培、胡適等都向他推薦著名的辯護律師。11月3日，陳接見來訪的段錫朋時託其致函胡適：「辯護事已委託章行嚴及另一位彭先生」，不宜煩請律師過多。判刑後，陳獨秀與獄外的書信往來頻繁，起初的聯絡站是段家，都由段轉交陳或由段發陳的信。後來，陳爭取了一位名叫季傑的原江寧地方法院看守所主任。此人因與陳「接近之故」，於1934年9月被辭退，其住所「院門橋糯米巷十七號」就成了陳的通訊機關。[31]軍統的報告中則說：陳獨秀「在京建立一通訊機關，地居長樂路408號季推事公館季傑轉（前第一監獄職員），凡陳氏各方往來信件，均由該處轉遞」。[32]
此外，蔡元培、胡適、劉海粟、汪原放等對獄中陳獨秀的關心和幫助，都有感人的「故事」，下面將會寫到。這時出現一個中國特有現象：多位過去因政治分歧已經「絕交」的朋友，又來幫助陳，而陳也欣然接受。有人說這是中國古代傳下來的優良傳統：古道熱腸。
胡適與陳獨秀
章士釗是一個典型。他是陳早年諍友。1903年《蘇報》案後，兩人曾創辦《國民日日報》以代《蘇報》，堅持反清鬥爭；1914年陳又到日本襄助章辦《甲寅》，進行反袁宣傳。這兩個時期，兩人朝夕相處，志同道合，可謂十分融洽。所以，陳曾在著名的懷舊詩《存歿六首絕句》中，用「章子當年有令名」的字句讚揚章士釗。後來章士釗當了段祺瑞執政府的司法總長、教育總長後，兩人就分道揚鑣了。1926年北京發生了震驚全國的「三．一八」慘案，章士釗充當了段政府鎮壓學生的幫兇，對此，陳獨秀十分氣憤，給章寫了一封快信，說我們從小一道革命，你現在怎麼這樣糊塗，「我和你絕交」。[33]從此，兩人似乎一直處於「敵對」狀態。
這次陳被捕，章士釗卻不計前嫌，主動出來擔任他的辯護律師；陳也不計前嫌，表示接受。章是當時全國著名的大律師，又是毛遂自薦做已經與自己「絕交」的人的辯護律師，主要是出於對陳獨秀為人的欽佩，希望重建二人的友誼。這從他這次到南京寫的一首詩中可以看出：
龍潭血戰高天下，一日功名奕代存；
王氣只今收六代，世家無礙貫三孫。
廿載浪跡傷重到，此輩青泥那足論？
獨有故人陳仲子，聊將糟李款牢門。
此後，二人的確恢復了往昔的友情。陳在獄中生活三年，經常得到章多方面的照顧。1934年初冬，章士釗又應陳獨秀獄中消愁之求，給陳寫了一張條屏，詩中表達了更加深沉的情感：
夜郎流客意何如？猶記楓林入夢初。
夙鄙諸生爭蜀洛，那禁文網落潘吳。
議從刻木威奚在？煎到同根泣亦徒。
留取心魂依苦縣，眼中台鹿會相呼。
三十年前楚兩生，君時捫虱我談兵。
伯先京口長轟酒，子谷香山苦嗜餳。
昌壽里過梅福里，力山聲雜博泉聲。
紅蕖聚散原如此，野馬風欞目盡迎。
（佛羅伊德畫一囚室，其人目送窗櫺間，日光一線，生平夢想事件均浮動於中）⋯⋯世亂日亟，衣冠塗炭，如獨秀幽居著書，似猶得所。奉懷君子，不盡於言。
士釗甲戊初冬[34]
老夫少妻重晚晴
有人說陳獨秀是個「情種」，總有女性追求她，而且不忌違背常理和輿論的壓力。與妻子不離婚的情況下，與妻妹結婚（當時沒有「重婚罪法」）；生病時與護士有婚外情；晚年已經是「老頭子」了，又結成「老夫少妻」。雖然，社會上這種情況往往被看作是「不正經」，少有善果，但陳獨秀與妻子及情人都有過純正而感人的情感（除了家庭包辦又性格格格不入的元配夫人之外）。這也算是陳獨秀的一大傳奇。
1930年下半年，陳獨秀領導「無產者社」期間，為躲避通緝又一次搬家，遷居到熙華德路（今長治東路）一座石庫門房子的前樓。而一牆之隔的後樓，就住着潘蘭珍。
潘蘭珍，1908年生於江蘇南通一個貧苦農民之家。4歲時，隨父母逃荒來到上海。父親先在外灘碼頭幫助上下旅客提拿行李，掙點小錢，後進入英美煙草公司做工人；母親撿拾煤渣用以燒飯防寒。豆蔻年華時，家裏又添了一個弟弟和一個妹妹。為了分擔父親的負擔，她去紡織廠當了一名童工。童工勞作不比成年人輕多少，工資卻不到一半，還要動不動受「拿嬤媼」（工頭）的責打。受盡壓迫和剝削。長大後，她受一個流氓的欺騙生了一個孩子。不久孩子夭折，她也被拋棄，精神上受到很大的刺激，帶着一顆淒苦的心獨居到這個小樓上來，時年23歲。
這天，陳獨秀化名為「李先生」、「南京人」（南京與安徽口音相似）的「新房客」搬來，給這個小樓帶來了一絲溫暖。雖然他很少出門，而且只有一個神秘的人（秘書）有時來看他，但他與潘蘭珍隔窗相望，朝夕相處，不僅生活上互相照顧，陳獨秀有空還教她識字讀書，進行啟蒙教育。陳本來就是一個教育家，教育得法，再加上潘也是一個聰明人，不久，她便能粗讀書報了。就這樣，二人漸漸萌生愛情。潘蘭珍重新點燃起對生活的希望，而陳獨秀在多年地下生活的孤獨後，果然渴望得到愛情雨露的滋潤。但看到她比自己小29歲，起初不敢奢望。潘蘭珍倒拿出了常人沒有的勇氣，對陳說：國父孫中山與國母宋慶齡不也是老夫少妻嗎？於是，兩顆飽受過煎熬的心，終於結合在一起，同居了。
恰好在陳潘結識前不久，1930年7月17日，陳獨秀的第一個妻子高大眾在安慶去世，享年53歲。因與一個漂流四海的「造反者」結婚，一生落寞；再加兩個兒子先後追隨父親造反而犧牲，給她帶來了多少難以忍受的痛苦！這個時候去世，也許是一個解脫。在南京困境中掙扎的高君曼得到姐姐去世的消息，不再顧忌世俗的責難，毅然第一次攜兒帶女回安慶奔喪，以示對姐姐的愧疚。多年的貧困折磨、對陳獨秀的怨恨與姐姐去世的刺激，使她從安慶回到南京後不到一年患子宮癌去世。因身處「地下」，兩個妻子去世，陳獨秀都未在場，未能提供任何幫助和一個丈夫應負的責任。倒是他的學生陳公博，看到高住一間草屋，傢俱破碎不全，絮被支離散爛，臥病在床，淒涼不堪，接濟了一些錢；高去世後，又託潘贊化買地安葬在南京郊區（今雨花台區農花大雨罩村）。後來，他到獄中探望陳獨秀談到此事，後者只得歎息一聲，並對此表示感謝。[35]
潘蘭珍是個忠厚樸實的女性，對陳十分信任。到陳被捕前，竟然與這個藏有巨大秘密的人物共同生活了兩年時間，卻未對他有一點懷疑（也是陳掩飾得天衣無縫）。1931年有一天，潘蘭珍聽樓下一個鄰居說，樓上住着一個「老西」（即共產黨），潘也不在意，竟把此話傳給陳獨秀，因為樓上住家不止他們二人。陳獨秀卻聽了有心，立即決定搬家，由鄭超麟幫助，搬到周家嘴路一條弄堂的底頭裁縫鋪的前樓；後來又搬到岳州路永興里11號的樓上。每次覓新居，他都要樓上，以防不測時有個迴旋的餘地。
說也湊巧，陳被捕這天潘正好不在家。二人有時難免發生口角，一個月前因為一件小事爭執起來，她生氣回了浦東娘家，得以倖免。當從報紙上看到消息和照片時才恍然大悟，驚訝地說：「這不就是我家的老頭子嗎？」那個時代，老百姓在白色恐慌下談「共」色變，惟恐避之不及。潘蘭珍本可乘機遠遁，但是令人料想不到的是，她竟是一個女丈夫，逆流而上，毫不猶豫地跳進漩渦，跑來與陳獨秀共度難關。
陳獨秀也是一個重十分感情之人。被捕後，亦處處為潘着想，懇切委託高語罕做善後工作。從1932年11月至第二年3月，多次寫信給高語罕，對出於無奈向潘隱瞞真實身份達兩年之久表示歉意，請高問潘：「對於我，以前未曾告以真姓名，及她此次失去衣服，有怨言？」被捕後半個月還要高再到他家尋覓潘的財物，說在其書桌抽屜內藏有一小袋，「係女友潘君之物，她多年的積蓄，盡在其中，若失去，我真對她不起」。自然，對於潘蘭珍，最為牽掛而只能做到的是以後不能再牽連於她，提議從此與自己斷絕關係，自謀出路。當時托派的成員還想幫助潘，陳則說：「潘女士她浦東有父母，她能在香煙廠做工，不需要我的幫助，並且事已揭開，她必不願受我們幫助也。」沒想到，她卻不尋常地不避嫌，不怕險，還要求來探望陳獨秀。陳立即托高勸阻，說自己「案情無大危險，免她懼慮」；「婉言勸她不必來看我」。[36]
潘蘭珍的深情和執着十分感人。她看到陳獨秀本來生活清苦，又有病痛折磨，入獄失去了自由更需要人照顧，別人可以不管，她則責無旁貸。於是，陳獨秀判刑後不久，把與陳同居後領養的女兒安排在娘家後，隻身來到南京。她先借住在教育部次長段錫朋家裏，後租一間小屋，化名「王素芬」。每天五時，必到獄中照顧陳的生活。[37]有了這樣條件，陳獨秀浪漫無羈習性再次發作，又做出令人驚訝的怪事來。
一天，典獄長把同監的濮清泉叫去，說「當年我也是崇拜陳先生的一人，以為他的道德文章可以做青年模範，現在看來，他的文章雖好，道德有限」。後者「摸不着頭腦」，不知出了甚麼事？典獄長叫看守退出，把門關緊，說道：
我今天把你找來，有件事要你轉告。陳先生在我們這裏，我們沒有把他當作犯人看待，上面叫我們優待，我們也儘量給他以優待。但是優待也有個界限，這裏是監獄，不是旅館。陳先生近來忘記了他在坐監獄，把我們這裏當旅館，這是使我們很為難的。⋯⋯根據看守人的報告說，陳先生和那個姓潘的女士，在他的監房裏發生過肉體關係，這怎麼行呢？這事情傳出去，豈不要叫我同他一樣坐牢嗎？請你婉言轉告他，要為我的處境想一想。面子要雙方來顧，如再有這樣行動，那就莫怪我無情了。
第二天濮清泉把此話轉告了陳獨秀。陳起初「神色自若，毫無赧顏」。濮批評說：「你是一個政黨的領袖，對婦女問題，沒有正確而嚴肅的態度行嗎？」陳自知理虧，沉默良久然後說道：「在建黨以前，在這方面，我是放蕩不羈的，可是建黨以後，我就深自檢點沒有胡來了。」[38]言外之意，他這次不屬於「胡來」範圍。說來也是，他們已經是同居兩年的事實上的夫妻了，不過場合不合適而已。現在典獄長既然如此說了，「面子」還是要給的，而且是「雙方的面子」，從此不再發生這樣的事了。
就這樣，潘蘭珍一直照顧到陳三年後出獄。患難識知己，日久見人心，陳獨秀深受感動。特別是出獄後對陳的始終如一的照顧，也感動了高氏姐妹所生的孩子，他們對潘氏由不解、不滿，到接受和尊敬。對於潘蘭珍來說，看到眾多達官貴人和社會名流來探望並饋贈各種衣物（僅貴重的皮袍子就送來八件，陳用不了就轉送獄中難友）和錢財，也大開眼界，明白這個「老頭子」的價值和地位。於是兩人更加相親相愛。
陳獨秀與夫人潘蘭珍在石院牆居住的臥室，右側為陳獨秀的書房
獄中的研究工作
陳獨秀長期過着動盪危險的「地下」生活。其實，就其個人愛好而言，他更熱衷於學術研究工作，尤其是文字學。現在入獄，要坐長達八年之久，於是更認真安心地要把這監獄當作研究室，開展情趣昂然和緊張的研究工作了。用他的話來說：要在監獄這種環境中，爭取「人生最高尚優美的生活」，為人類創造「有生命、有價值的文明」。[39]於是，他擬訂了一個龐大的著述計劃，揚言「擬謀中國學術長足之進展」，「創造中國五十年新政治學術之結晶，以謝國人」。[40]
他的計劃是：除了繼續文字學著作外，在二、三年內準備研究撰寫以下論著：
《古代的中國》
《現代中國》
《道家概論》
《孔子與儒家》
《耶穌與基督教》
《我的回憶錄》
根據當時向胡適、汪原放索要書的信，他在獄中所讀的書有以下幾類：
政治理論：《列寧的組織論》、《倫理與唯物史觀》、《馬克思主義方法論》。這三本都是日文版的。英文版的有亞當．斯密的《原富》、李嘉圖的《經濟與賦稅之原理》。此外還有馬克思、恩格斯的著作：如《反杜林論》、《經濟學批判》、《價值、價格及利潤》。還有《盧森堡致考斯基書信》，托洛斯基的《中國革命問題》及何禮著的幾本主張共和國政治的小冊子。
歷史與傳記：《古代社會》（摩根著）、《殷虛書契》（羅振玉著）、馬可波羅的《東方遊記》、《中亞細亞遊記》、《廿四史》、《廿五史》、以及《第一國際史》、《中國革命史》、《馬克斯傳》、《達爾文傳》、托洛斯基自傳《我的生平》等。
文字學：《殷虛書契》（它既是記載中國遠古時代的歷史書，又是研究中國文字最早起源的甲骨文的教科書）、《漢晉西陲木簡彙編》、許慎《說文》等中國歷代重要的文字音韻學著作。他在這方面興趣之廣泛，竟然還要日本出版的亞洲地區的一些小語種小叢書，如蒙古語、西藏語、緬甸語、暹羅語、朝鮮語、安南語、馬來西亞語、土耳其語等。此外，還有為學習馬恩原版書需要，他竟然還要學德語，因此託人購買《英德字典》、《德英字典》和《德語文法教程》。
當然，由於經濟條件的限制，以上書也並不是都買得起。如羅振玉的《殷墟書契》，他很需要，但每部要232元。他說：「如此之貴，當然不能買⋯⋯只得設法託人借一部來看看。」有的如《漢晉西陲木簡彙編》，「太重，郵費太貴，不合算」，也只得放棄，或「託便人帶來」。[41]
從以上不完全的書單已經可以看到，陳獨秀這次在獄中的確作了長期研究的準備，真正做到博覽群書，精深研究，廣積薄發。若能持之以恆，他必能成為中國近代著名的學問家。所以，胡適和陳的學生、後來成為著名學者的傅斯年、王森然都為他把過多的精力放在政治上而惋惜。1934年，王森然在獄中探望陳獨秀，看到他在獄中刻苦讀書、潛心著述時十分激動地評論說：「先生書無不讀，又精通日文、法文。故其學，求無不精；其文理無不透；雄辯滔滔，長於言才。無論任何問題，研究之，均能深入；解決之，計劃周詳；苟能專門致力於理論及學術，當代名家，實無其匹。」
但是，陳獨秀畢竟首先是一個政治人物，救國救民時代的迫切性，使陳獨秀沒有成為王森然期望中的人物。於是，王又評述說：「惜仍以指揮行動之時多，精心研究學術之時少，雖有專一、有恆、自信之美德，致不能完成其哲學理論之中心。使先生終為政治不能成為革命理論家，可勝惜哉。」[42]
1937年全國抗戰爆發，陳獨秀在獄中實際只有三年，龐大的研究工作沒有按計劃完成。然而即使如此，也取得了豐碩的成果，並且實現了個人思想史上一個偉大轉折：由一個無產階級專政的馬克思列寧主義者轉變為一個徹底的民主主義者。關於這一點，本書以後將作專門論述，就其實際取得的學術成果而言，關於孔子、道家（老子）等領域，都有論著，而且多有獨到、精闢的見解。限於篇幅，恕不能全面介紹。如《孔子與中國》一文。從內容看，可以看出歲月的積累，使他有了明顯的成熟和進步。陳獨秀這次冷靜思索後，對孔子採取了比較全面的、歷史的、客觀的分析態度，認為人們不應當「絕對的或相當的崇拜孔子」。「科學與民主，是人類社會進步之兩大主要動力，孔子不言神怪，是近於科學的。孔子的禮教，是反民主的，人們把不言神怪的孔子打入冷宮，把建立禮教的孔子尊為萬世師表，中國人活該倒楣！」「請看近數十年的歷史，每逢民主運動失敗一次，反動潮流便高漲一次；同時孔子便被人高抬一次，這是何等自然的邏輯！」[43]
《自傳》之「瑰寶」與遺憾
陳獨秀《我的回憶錄》的寫作，頗為曲折。胡適等老友和托派同志都積極推動他寫自傳。胡適在1933年6月27日寫的《四十自述》序言中，大聲呼籲蔡元培、陳獨秀等都來寫自傳。他說：「我這十幾年中，因為深深的感覺中國最缺乏傳記的文學，所以到處勸我的老輩朋友寫他們的自傳」；「我盼望他們都不要叫我失望。」與陳依然保持着密切聯繫的托派同志，更希望他仿效托洛斯基寫的《我的生平》和《俄國革命史》，以及他寫的《我們的政治意見書》及《告全黨同志書》那樣，通過寫自傳，總結中國革命的經驗教訓，同時寫《中國大革命史》。獄內外的托派同志都答應為他提供材料，大家都認為他是寫這兩部歷史的最好人選。
但是，陳獨秀卻沒有把寫《自傳》和《大革命史》列為獄中寫作的首選。主要原因是經濟問題。當時，除了個人的開支之外，高君曼生的兩個孩子（哲民和子美）的生活費一直由他負責。他的經濟來源除了親朋好友偶有接濟以外，主要是亞東圖書館的稿費和版稅。高君曼原先每月從亞東領取30元。1931年她去世後，陳哲民在上海讀書的學費和零用錢也在亞東支取。所以，陳獨秀入獄後發現自己欠亞東的錢「實在不少」；汪原放來探監時，陳表示「心裏很難過」。[44]於是建議：一是重印《獨秀文存》，二是打算先着手寫《自傳》。但是由於他的政治地位及牢獄的處境，不僅已經完成的拼音文字稿一直未能出版，《獨秀文存》也不能登報銷售。所以，亞東對接受《陳獨秀自傳》頗為猶豫。這給他的寫作積極性很大的打擊。
入獄之初的1932年12月22日，他在給高語罕的信中說：
自傳一時尚未能動手寫，寫時擬分三、四冊陸續出版，有稿當然交老友處（指汪孟鄒——引者）印行。如老友不能即時印行，則只好給別家。自傳和《文存》是一樣的東西，倘《文存》不能登報門售，自傳當然也沒有印行可能。若寫好不出版，置之以待將來，則我一個字也寫不出來。[45]
後來，具有遠大目光和較有實力的群益出版公司得訊，表示願意接受陳獨秀的自傳稿，於是陳又積極起來。在法庭審判前的1933年2月7日，他寫信給高語罕說：「自傳稍遲即可動手」，「曹聚仁代表群益公司來索此稿（大約稿費每千字二十元，每月可付二百元）。曹為人尚誠實，惟不知該公司可靠否？望託人打聽一下。」就在這封信裏，他表示急欲得到托洛斯基的《我的生平》、《不斷革命論》和《西方革命史》、《法國革命》等書，說明他真的要寫《自傳》和《中國大革命史》了。同時，他又覺得這樣做有點對不起老朋友汪孟鄒和亞東圖書館。他的確是一個非常講究義氣和重感情的人。所以，還是希望亞東出。3月4日，他在給高語罕的信中，又說：「自傳尚未動手，此時是否急於向人交涉出版？倘與長沙老友（即汪孟鄒——引者）一談，只要他肯即時付印，別的條件都不重要。」
但是，汪孟鄒是一個膽子非常小的人，一直沒有回應已是重犯、命在旦夕之人的近乎請求的詢問；再者陳為應付審判，不服，上訴，又被駁回，情緒壞極，特別是令他不堪回首的大革命史和他在其中的表現，以及法庭上被人廣泛誤解的托派的「反共」作用。若寫自傳，這些內容都是不可迴避的；而且胡適約他寫自傳，強調傳記的「文學性」，更使他望而卻步。倒不是不會在傳記中寫出「文學性」，而是當時的心境不允許產生「文學性」。1933年10月13日，正是判決八年徒刑後不久，他給汪原放寫信說：
自傳尚未動手寫⋯⋯我很懶於寫東西，因為現在的生活，令我只能讀書，不能寫文章，特別不能寫帶文學性的文章，生活中太沒有文學趣味了！⋯⋯你可以告訴適之，他在他的《自述》中望我寫自傳，一時恐怕不能如他的希望。我以前最喜歡看小說，現在見了小說頭便要痛，只有自然科學、外國文、中國文字音韻學等類乾燥無味的東西，反而可以消遣。[46]
一拖就是三年，直到1937年7月上旬出獄前夕，《宇宙鋒》雜誌主編陶亢德託汪孟鄒約陳寫自傳時，才真正動起筆來。但仍不願全部寫出來，表示只寫到五四運動，內容亦以能出版為止。7月8日給陶亢德的信中說：
許多朋友督促我寫自傳久矣，只未能以全部出版，至今延未動手。前次尊函約寫自傳之一章，擬擇其一節以應命；今尊函希望多寫一點，到五四運動止，則範圍擴大矣。今擬正正經經寫一本自傳，從起首到五四運動前後，內容能夠出版為止，先生以為然否？以材料是否缺乏或內容有無窒礙，究竟能寫至何時，能有若干字，此時尚難確定。[47]
數年的牢獄生活的確使他改變了性格，從一個為革命理想而奮鬥的激進主義者、舊世界的批判者，變成了一個與現實體制妥協的合法主義者和現實主義者。如果執政者不再反動，他是準備容忍和合作的。尤其是日本侵略、強敵當前、民族危機的情況下。他的自傳準備只寫到五四，應該也是出於這種考慮。若寫到五四以後，必然對國民黨與共產黨作出褒貶，發生新的糾紛。自然，這裏還有很複雜的情況。因為在與國共兩黨關係中，也有他自身的許多不好說的尷尬事。要知道，陳獨秀是一個愛面子、不太習慣作自我檢討的人。
為甚麼這時他對寫自傳積極起來，顯然他受到了前一天「七七事變」的刺激，覺得在獄中安靜讀書寫作的時間不多了。於是奮筆疾書，月底就寫出兩章：第一章題為「沒有父親的孩子」；第二章題為「由選學妖孽到康梁派」（發表時改名為「江南鄉試」）。兩章約一萬字，敘述了少年時期痛惡八股，喜讀《昭明文選》，氣煞嚴厲教育他讀四書五經的「白鬍子爺爺」，戲弄以迷信騙人的「陰陽先生」和院試蒙了一個「秀才」，南京鄉試未中「舉人」，卻看到了「所謂掄材大典」，「簡直是隔幾年把這班猴子、狗熊搬出來開一次動物展覽會」的鬧劇以及曾把康梁改良主義當作人生楷模，等等；其文筆之風趣、潑辣、尖銳和深刻，足以令人看了噴飯，淋漓酣暢而又深思。
在他出獄兩個多月後的1937年11月11日至12月1日，自傳在《宇宙風》（十日刊）雜誌上連載時名為《實庵自傳》。顯然，在當時抗戰初期全國人民鬥志高揚的時候，他已經不願意太張揚「陳獨秀」這個名字了，因為人人都知道「陳獨秀」這個大人物，而幾乎沒有人知道「實庵」是誰；陳獨秀自己考慮：也許在這兩章自傳內容中，還沒有1914年才產生的「陳獨秀」這個名字。但是，儘管如此，《自傳》的發表還是引起很大的轟動。《宇宙風》力拔頭籌，更是欣喜無狀，大登廣告，稱之為「傳記文學之瑰寶」。可見，當年討厭「文學性」的陳獨秀，現在已經文學氣十足了。雜誌編輯部在編輯後記中還由衷地感謝說：「陳獨秀先生除為本刊寫自傳外，還俯允經常撰文，可望每期都有。陳先生是文化導師，文壇名宿，擱筆久矣，現蒙為刊撰文，實不特本刊之幸也。」
《實庵自傳》封面
陳獨秀此傳雖是速成，但畢竟醞釀已久，而且在取材和寫法上，可謂深思熟慮。自傳一開頭就借用休謨的話說：
一個人寫自己的生平時，如果說的太多了，總是免不了虛榮的，所以我的自傳要力求簡短，人們或者認為我自己之擅寫自己的生平，那正是一種虛榮；不過這篇敘述文字所含的東西，除了關於我自己著作的記載而外，很少有別的。我的一生也差不多是消耗在文字生涯中，至於我大部分著作之初次成功，也並不足為虛榮的對象。
接着，陳獨秀表示：
幾年以來，許多朋友極力勸我寫自傳，我遲疑不寫者，並不是因為避免甚麼虛榮；現在開始寫一點，也不是因為甚麼虛榮；休謨的一生差不多是消耗在文字生涯中，我的一生差不多是消耗在政治生涯中，至於我大部分政治生涯之失敗，也並不足為虛榮的對象。我現在寫這本自傳，關於我個人的事，打算照休謨的話「力求簡短」，主要的是把我一生所見所聞的政治及社會思想之變動，盡我所記憶的描寫出來⋯⋯也不濫抄不大有生氣的政治經濟材料，以誇張篇幅。
——看來，還是當年出版《獨秀文存》時的那個思想，寫自傳不是為了炫耀自己，乃是記錄「政治及社會思想之變動」。因此，這部自傳具有永恆的價值。
「力求簡短」又能寫出具有如此社會價值的自傳，自然是一件很難的事情。接着提到另一種寫自傳的方法，說佛蘭克林寫自傳時喜歡搜集先人一切瑣碎的遺事，為此而長途跋涉，遍訪親戚故舊。「我現在不能夠這樣做，也不願意這樣做，只略略寫出在幼年時代印象較深的幾件事而已。」
但是，自傳的「瑰寶」在此，遺憾也在此。面對期望已久、方興未艾的全國抗戰爆發，他又激發起極度興奮的政治熱情，無暇與沒有那種心情來從事與戰局無關的自傳寫作了。正如他在1937年11月3日，上海淪陷前夕還對反復催促他寫自傳的陶亢德所說：「日來忙於演講及各新出雜誌之徵文，各處演詞又不能不自行寫定，自傳萬不能即時續寫，乞諒之。」
第二個考慮是，不願意粗製濫造，他是一個一貫做事認真的人，特別是文字上語不驚人死不休，要寫必須是精品，這在當時戰亂年代寫自傳幾乎也不可能的。所以，他對陶又說：
弟對於自傳，在取材、結構、及行文，都十分慎重為之，不願草率從事，萬望先生勿以速成期之。使弟得從容為之，能在史學上文學上成為稍稍有價值之著作。世人粗製濫造，往往日得數千言，弟不能亦不願也。普通賣文糊口者，無論興之所至與否，必須按期得若干字，其文自然不足觀。望先生萬萬勿以此辦法責弟寫自傳，倘必如此，弟只有擱筆不寫，只前二章了事而已。
