加尔文回来后，便提出「教会宪章」(ChurchOrder)，这是一套教会管理的规条；这宪章立刻得到采纳。宪章内容是根据圣经教导，在教会内设立四个职份：牧师、教师、长老、执事。
在加尔文的制度中，长老居重要地位；长老们是从教会的会员中选出，他们与牧师组成「教会法庭」(Consistory)；长老们的职责是监督信仰的纯正及信徒的生活。加尔文给「教会法庭」有惩冶信徒及革除教籍之权；若一宗案件需要更进一步刑罚，则交给行政当局处理。
路德被情况所逼，给德国贵族权柄过问教会事务；而加尔文的理想是：教会完全独立，不受政府管辖。以加尔文而言，教会的自由在于教会有权革除教籍，不受外来势力的干扰。
曾有一次，一些被教会法庭革除教籍的日内瓦市民，拿着武器，冲进教堂，企图以暴力领受圣餐；他们声称若加尔文不让他们领圣餐，就要取他的性命。加尔文伸手护卫桌上的饼和杯，向他们宣告说：「你们只能从我的尸体下领到圣餐！」就这样，藉着他的勇气和毅力，加尔文把他们屈服，放弃以暴力领受圣餐之举。
经常有人对教会法庭严惩信徒之事感到不满。加尔文不止一次几乎被驱逐出境。幸有外国难民的大量流入，及瑟维特(Servetus)事件的发生，才挽回了危机。
瑟维特是一位学识丰富的西班牙医师，出版了一本攻击三位一体教义的书。他一来到日内瓦，就被逮捕；经过审讯，证实有罪，便以异端之名于公元1553年十月廿七日被焚而死。所有复原派神学家、甚至最温和的墨兰顿，以及罗马天主教都赞同他的处死。而加尔文的对手们却要保护这位被众人定罪的人，他们竭力拦阻瑟维特的审讯，使他们因此失去信誉；以致他们反对加尔文的势力也随之瓦解。
许多人为复原派信仰遭受逼迫，因此难民潮从不同国家流入日内瓦；这些人成为加尔文最勇敢的支持者。当他们成为公民后，加尔文就有了一个忠于他的政府。公元1555年起，加尔文就做了「日内瓦的主人」(MasterofGeneva)。
在加尔文带领下，教会法庭订立条规，可以完全管制日内瓦市民的生活，使日内瓦成为基督化城市一一一个「上帝之城」；地方政府则将教会法庭所订的条规付诸实行。
加尔文晚年最大的成就，是创办日内瓦学院(GenevaAcademy)，这是第一间复原教大学。加尔文深深体会教育的重要，从研经中，他清楚看见神的荣耀不只在拯救灵魂，全世界都属乎神，连人与人之间的相处都是神所关心的；因此，无论是政府人员、医生、律师或其它行业，都需有认识神、荣耀神的教育。
这所大学的经费，没有靠贵族捐赠，而是来自日内瓦市民节衣缩食的奉献。加尔文谨慎挑选师资，因此，自公元1559年学校一开始，就拥有最高声望。开办后不久，就有九百名来自欧洲各地的男生注册入学。过不久，就收到法王给日内瓦的警告信，抗议所有传道人都来自这间「复原教总部」。
伯撒(Beza)被聘为日内瓦学院第一任院长。他是加尔文在部日读书时，在武尔玛门下结识的一位十二岁男孩。伯撒不但成为加尔文的得力助手，而且在加尔文死后，担任日内瓦改革宗教会牧师，达四十年之久。
公元1559年，加尔文出版了「基督教原理」第三次修订版，这是该书的最后一版，内容是1536年第一版的五倍。
藉着日内瓦学院训练出来的人、教会的行政制度、著作(尤其是基督教原理及圣经注释)，以及与欧洲各地领袖人物的书信来往；加尔文在到处都有跟从者，他的影响远及义大利、匈牙利、波兰及西德各地。
这位加尔文，本来不过是个传道人和神学教授，却发挥了超国际的影响力；他使福音之光，从日内瓦小城照射到欧洲各角落，加尔文成为唯一的国际改教运动者。
更令人吃惊的是：加尔文的身体羸弱，经常在病痛缠磨之中。他能完成这么艰巨的事工，主要是因为神与他同工；而强烈的意志力，使他能超越所有的困难与残缺。公元1564年五月廿七日，加尔文鞠躬尽瘁而死，享年不到五十五岁。
他的标志是「一只手捧着一颗火热的心」；他的座右铭是：「主啊，我心为你而献，快速地！至诚地！」(CormeumtibiofferoDomineprompteetsincere)；加尔文的一生，就是遵照这座右铭而活。
二千年教会史
