从改教运动一开始，复原教主义便显出分裂的趋势；路德、慈运理、加尔文对许多事情之看法不一致；但也从改教一开始，就已经在努力克服这个趋势，例如路德和慈运理在马尔堡的会谈，虽然没有成功，却也是一次努力的明证。加尔文在他的信件、教导及会议中，成功地为复原运动带来相当程度的合一。
近代在复原派教会中谋求合作的第一次努力，是于1846年在伦敦成立的「福音派联盟」(EvangelicalAlliance)。从美国、英国有五十多个福音派团体加入这个联盟，同时也在九个欧洲国家设立支会，这个联盟推动许多合作活动，可惜到该世纪结束时，热诚已经消失了。
复原派教会之间的分裂随着时日而增长，特别是在美国，由于政教分开，以及宗教的完全自由，单单在美国复原教就分成三百多个宗派。
十九世纪末期，整个复原教世界普遍渴望合一，盼望在不同的问题上，各教会能有合一的见证与行动。这种感觉就带出了「教会联盟」与「教会联合」的组成。所谓「教会联盟」(ChurchFederation)是指在同一个宗派中，各教会为面对同样的问题而组成的联盟。所谓「教会联合」(ChurchUnion)则指两个以上不同宗派联合在一起。
美国各教会对教会合作特别热衷，但欧洲的老教会及亚洲、非洲的新教会也很难投入；虽然这种教会合一运动主要是在复原教团体中，但东方正教也加入此运动，甚至连天主教也表示感兴趣。
这个合一运动成为二十世纪教会最显着的特色。
二千年教会史
