有些教会与欧洲教会没有任何关系，包括浸礼派、长老派及贵格派，因此他们很快便在美洲成立了全国性的组织。唯有人数最多的公理派，拒绝组织全国性联会，以致他们在教会发展上受到拦阻。
而圣公宗、天主教、循道派及改革宗教会则在欧洲的控制之下。这时期的循道派仍隶属于英国教会，而且除了正式按立的人，没有人可以讲道及主持圣礼。卫斯理以教会长老的身份，认为自己也有权施行按立，便在两位牧师的助理下，按立了科克(ThomasCoke)，使他成为美国循道派教会的监督。
在公元1784年的一次大会中，科克和亚斯布里均被选为监督，在会中又按立了几个人，并通过采用统一的信条及礼拜仪式；这信条纯属亚米纽斯主义，内容主要是由约翰卫斯理拟定的。
美国立国之初，圣公宗教会相当软弱，隶属于英国教会。过不久，许多文章和会议开始呼吁要有一个独立的组织。公元1783年的一次非正式会议中，十位圣公宗的圣职人员推选西伯立(SamuelSeaburyJr．)前往英国，接受按立；结果他在英国被拒，只得前往苏格兰，在那儿被按立为主教。接下来，公元1785年举行了一次大会，订立了「美国圣公宗章程」(theConstitutionofProtestantEpiscopalChurchintheUnitedStates)。
改革宗教会在独立战争后不久即切断了和阿姆斯特丹监督会之间的关系：德国改革宗教会改名为「美国改革宗教会」(TheReformedChurchintheUnitedStates)；荷兰改革宗教会改名为「美洲改革宗教会」(TheReformedChurchinAmerica)。
至于罗马天主教则一直在伦敦教区代理(thevicarapostolic)的管理之下。公元1784年，教皇派卡洛尔(JohnCarroll)赴美，管理美国的天主教会。公元1789年，他被立为主教，并以巴尔的摩(Baltimore)为天主教在美国的第一个教区。
二千年教会史
