1940年1月10日，林利兹戈在孟买东方俱乐部发表演说，表示英国准备在战后尽可能短的时期内给印度自治领地位。甘地恢复与政府间谈判，但谈判很快破裂。国大党工作委员会授权甘地准备必要时发动非暴力不合作运动。5月10日，希特勒进攻西欧，英法节节败退，丘吉尔政府组阁。局势的变化使国大党内主战派急于同英国妥协，表示只要英国承认印度自治，战时在中央建立一个临时政府，它便准备与英国充分合作。甘地则仍坚持反对任何形式的直接参战，只能用非暴力对付外来侵略。甘地因而退出国大党。8月8日，林利兹戈发表声明，拒绝国大党最低限度的要求，打破了国大党领导机构的幻想。甘地与国大党领导之间立场又趋一致。9月15日，工作委员会孟买临时会议，要求甘地复出领导，确认非暴力不仅可用于争取印度自治的斗争，而且适合于未来自由的印度。9月16日，全印委员会通过这一决议。27日和30日，甘地两度与总督林利兹戈在西姆拉会谈，要求有反战自由，总督拒绝。10月5日，甘地宣布谈判破裂，15日，甘地通告全国，决定开展个人非暴力抵抗运动。11月中旬，运动进入第二阶段，由甘地指定国大党工作委员会、全印委员会、中央及地方议会中的国大党籍议员，集体发表反战演说，到年底计有11个中央常务委员，176个中央执行委员，400个民意代表被捕下狱。
1941年1月5日，开始第三阶段的非暴力斗争，抵抗代表由各级党部推选名单，送由甘地批准并亲自派遣任务，到月底被捕达2250人。4月运动发展到第四阶段，所有各级党部中下级干部均参加，入狱者成千上万，由于领导人和骨干分子相继入狱，运动很难开展。随着1941年苏德战争及太平洋战争爆发，世界战局继续恶化，甘地和国大党领导机构矛盾再度突出。1941年12月初，英国政府在战争形势更为紧迫的形势下，宣布释放全部非暴力抵抗政治犯。新形势下很多人强烈要求甘地改变计划，放弃不合作运动，重掌各省政权，甘地寸步不让。12月23日，国大党工作委员会通过决议，声明国大党同情受侵略的各国人民，为自己祖国的前途命运考虑，同意与战争努力合作以制止侵略。甘地固执己见，反对参战。工作委员会通过决议，免除甘地职务。1月10日，甘地向国大党建议尼赫鲁作为他的继承人。
1942年3月11日，丘吉尔派内阁大臣克里浦斯赴印，提出战后成立印度联邦，具有自治领地位，由各省和土邦代表会议制定宪法，各省和土邦有权决定是否加入印度联邦，在战时则不准备任何变更的克里浦斯方案。甘地对克里浦斯方案坚决拒绝，国大党工作委员会亦于4月10日正式表示拒绝，甘地萌生了“英国人立即退出印度”的主张，并开始宣传鼓动。7月6日，国大党工作委员会的瓦尔达会议经过9天讨论，14日通过甘地提出的英国退出印度计划。8月7日全印委员会通过了这一决议。8月8日子夜，甘地呼吁全国“或者行动起来，或者走向死亡”。9日黎明，甘地及国大党全体工作委员会委员被捕，印度发生激烈动荡，甘地夫人因参加示威游行，亦被捕入狱。英国人依靠武力控制了局势。
1943年2月10日，甘地为抗议政府高压，绝食3周。
1944年2月22日，甘地夫人病死狱中；4月初，甘地身染虐疾及阿米巴痢疾，生命垂危。5月6日，甘地获释，国大党其他领袖也相继出狱。9月8—27日，甘地同真纳举行最后一次会谈，试图解决印穆关系和印度未来地位问题，真纳坚持印穆分治，建立巴基斯坦，谈判破裂。
1945年6月14日，印度总督发表广播演说，建议给予印度自治，由印度自拟宪法，立即改组政务会议，英国保留总督及军队统帅之职。25日，西姆拉会议召开。甘地未参加会议，但赶往西姆拉会外指导。由于国大党和穆斯林联盟对立，会谈破裂。7月26日，工党政府上台，加快印度非殖民化过程；11月10日，总督韦维尔约见甘地，希望利用甘地的威信和非暴力，协助英国政权平安移交给以国大党为主的资产阶级手中，防止爆发内战。甘地开始在各地旅行演讲，宣传其非暴力主张和反社会主义的政治观。
1946年年初，甘地到印度饥荒发生区视察指导，4月1日，动身前往德里，住进“贱民”区，与国大党中常委一起同英国内阁代表团商谈，未获一致协议。5月2日，甘地抵西姆拉参与国大党与穆盟同英国政府内阁代表团谈判，由于穆盟坚持原来立场，谈判破裂。5月16日，英国内阁代表团宣布了自己的独立方案，提议建立印度教徒区与穆斯林区作为和解基础。甘地虽不满意该方案，但认为它是当时形势下英国所能提出的最好方案，要求国大党及其他党派接受。随后，国大党、穆盟双方表示接受。6月29日，甘地前往浦那时，火车挨炸，但甘地安然无事。7月，制宪会议选举揭晓，国大党取得了绝对支配性地位。29日，真纳撤回对内阁使团计划的同意。8月16日，加尔各答发生宗教仇杀，随后，诺阿卡利县及附近比哈尔省相继出现复仇行动。甘地谴责暴力行为，并亲临乱区。9月2日，印度临时政府成立，尼赫鲁任临时政府总理。
1947年1—3月，甘地在孟加拉各地苦行游说，前后行程185公里，走访47个乡村，3月4日转往比哈尔各地，4月1日返回德里，致力于平息宗教仇恨。3月，蒙巴顿接任印度总督，被授予特命全权，安排英国尽快撤离印度事务，准备让印度分治。甘地与蒙巴顿两度会谈，要求蒙巴顿维护印度统一。4月11日，蒙巴顿决定立即起草分治印度方案，国大党接受分治，甘地深感失望。5月1日甘地又开始苦行游说。6月3日，印度各派领袖同意蒙巴顿分治方案，并于当晚对全国广播。甘地准备在6月4日晚祷会上公开谴责分治方案，但被蒙巴顿说服。此后，他又致力于说服人们接受分治，因此而遭到非议和怀恨。7月4日，英国国会通过印度独立法案，宣布8月15日印度和巴基斯坦两自治领将分别独立。独立与分治临近，旁遮普、加尔各答、德里各地出现宗教仇杀。7月底，蒙巴顿与穆斯林联盟领导人苏拉瓦尔蒂恳请甘地前往加尔各答，遏制即将爆发的宗教仇杀事件。8月13日下午，甘地来到加尔各答乱区贝利亚加达大街，控制了加尔各答局势。14日子夜，印度宣布独立，普天同庆。甘地没有参加庆祝活动，他以绝食祈祷、纺纱度过了独立日。由于甘地坐镇，加尔各答一直保持平静。31日，加尔各答也出现宗教仇杀，9月1日，甘地开始绝食，直到加尔各答恢复平静。9月7日，德里又发生仇杀；9月9日甘地到德里平息暴乱。
1948年1月13日，为从根本上消除德里不安定因素和迫使政府偿还巴基斯坦55000万卢比款项，甘地开始无限期绝食。16日，政府答应付款巴基斯坦，18日各派代表签署甘地所提有关印穆团结的七项声明，甘地停止绝食。1月20日，甘地举行的晚祷会上有人投掷炸弹，未造成伤亡。1月26日，甘地应尼赫鲁请求，开始着手为国大党起草新党章；29日，完成新党章起草。30日17点17分，在晚祷会场被一印度教狂热分子刺杀。
