随着战争的延续，奴隶问题越来越突出。成千上万的黑人逃往北方军营，该怎样对待他们？作为劳工让他们修筑堡垒吗？能否让他们在后方进行军事服务？能不能让他们参军？
早在１８６２年，总统的一个好朋友戴维・亨特少将是总部设在南卡来罗纳州罗耶尔港的南方军区司令，他发布了一道命令，宣布解放属南方军区管辖范围内的３个蓄奴州的奴隶，而且武装黑人，建立第一个黑人团。林肯阻止了这一行为 ：“任何指挥官不应该不同我商量就干出这种纯属我的职权范围内的事情来。” 他竭力主张联邦政府应当与任何一个赞成逐步有偿解放奴隶的蓄奴州合作。最初，林肯对解放奴隶的态度是犹豫的。他不愿把奴隶制问题作为战争的目的。战争的目的是捍卫联邦，而不是解放奴隶。所以当萨姆纳问林肯 ：“你打算向奴隶制发起进攻吗？”回答是 ：“不，不是。” 林肯则告诉萨姆纳关于把解放了的黑人奴隶移置到热带国家去的计划。总统希望解放黑人，但应采取“说服”而不是“威胁”的办法。为此，林肯受到不少人的攻击和指责。１８６２年８月２２日，他发表一份公开信， 信中用简明的语言、精巧的措词告诉全国战争到底是为了什么， 信中说：
我要拯救联邦。我要本着宪法，通过最短的途径去拯救它。国家权力恢复得越快，联邦就越接近于本来的联邦。” 如果有人认为除非能同时拯救奴隶制，否则他们便不愿去拯救联邦，那我是不会赞同他的。如果有人认为除非能同时摧毁奴隶制， 否则他们便不愿去拯救联邦。 我在这场斗争中的最高目标是拯救联邦而不是拯救或摧毁奴隶制。 如果我能拯救联邦而不解放任何一个奴隶，我愿意去做。如果为了拯救联邦需要解放所有的奴隶，我愿意这样做；如果为了拯救联邦而需要解放一部分奴隶而保留另一部分，我也愿意这样做。我在奴隶制和黑人问题上所做的工作是因为我相信那将有助于拯救联邦 ；我之所以克制不去做某些事情是因为我认为那将无助于拯救联邦……
在这里， 我只根据我对所担任的政府职务的理解来陈述我的意图， 对于我经常讲到的所有的地方的一切人都应获得自由这个个人愿望， 我是决不改变的。与此相照应，林肯在后来的一份文件中这样写道：
鉴于好些国家到目前为止还对奴隶制采取宽容态度，最近，甚至在世界上第一次出现了这样一种企图妄想建立一个以维护、扩大并永久保存人类奴隶制为立国基础和首要目标的新国家。
特此决定：绝不能允许这种在萌芽中的国家，也绝不能允许接纳这样的国家加入文明国家的大家庭； 无论在哪里， 所有基督教徒和文明人都应当使用一切合法手段全力以赴地反对这类承认和接纳行动。
随着形势的发展，加之废奴主义者的促进，解放奴隶势在必行，林肯的态度也日渐坚决。１８６２年９月２２日早晨，《最初解放宣言》发表了。宣言的开头部分说，为了联邦要把战争继续进行下去，要继续购买和解放边界州的奴隶，并将他们移置到国外，反叛合众国的州或地区内所有的奴隶“ 应从１８６３年１月１日这一天起永远获得自由”。
解放黑人奴隶要经过一个过程。 它是一个政治武器，风险很大。它会导致８个拥有奴隶而又留在联邦的边界州脱离联邦， 可能使有些支持为维护联邦而战的在战争的目标变成废除奴隶制时就不再支持联邦政府了。所以《解放宣言》不可能一下子就颁布。 《最初解放宣言》公布以后几个星期，总统在给国会的年度咨文中这样写道：
“同胞们， 我们无法逃避历史。不管愿意不愿意，我们这些本届国会和政府的成员都将留在人们的记忆里。这是我们每个人，不管其个人的地位高低，都躲不掉的。我们所受到的这一考验，不管会给我们带来荣誉还是耻辱，都将使我们的名字载入史册。我们拥护合众国。世人不会忘记我们这样说过，也知道我们确实明白如何去拯救它。我们，甚至就在此时此刻，拥有权力，肩负责任。在给奴隶以自由的时候，我们也维护了自由人的自由这种给予和维护都是正直的…… 通过其它途径也许会成功，但这样做是不会失败的。这条路简明、平和、宽大、公正，只要沿着它走，世界将永远赞美它，上帝将永远为它祝福。”
宣言发表后，引起很大的反响。自由州自然拥护新的解放政策，但北部蓄奴州像肯塔基、密苏里、马里兰和特拉华等州，则对此表示异议。虽然它们表示忠于联邦和支持总统，却不赞成《解放宣言》。民主党指责说，一场为联邦而进行的战争变成一场废奴战争了，“废奴主义者已迫使总统为他们效劳”。 除了报纸和政客外，更为重要的是人民。 因此， 林肯面临的问题是 ：他们在想什么？在许多地区，人民评论《解放宣言》是伟大的，具有历史意义，它的作者将流芳百世。 但与赞扬相比，林肯更需要的是切实的行动，在各个方面支持他。
总统的行动就像一个化学师将一撮强催化剂加进一口正在沸腾的大锅里。人们的观点在改变，进而深化。动荡和混乱变得任何人都难以辨认。但是，在这种新的混乱中，正发生着某种深刻的、无可挽回的变化。
《解放宣言》触动了北美和南美，同时也触动了欧洲。广大的群众赞成北部，反对南部，旗帜鲜明地支持林肯，统治阶级想改变他们观点也是不可能的。与此同时，狂怒的浪潮席卷南部，政客、演说家和报纸都大骂林肯破坏了战争文明，侵犯了私人财产，鼓动黑人烧杀奸淫 。他们称林肯“懦夫”、“凶手”、“野兽”、“刽子手”，或干脆叫他“魔鬼林肯”。
林肯在一年前就曾警告说，这场冲突有可能发展成“无情的革命”。现在摆在面前的重大任务是把这场征服敌人的战争打到底。
以解放所有在脱离州的奴隶为主旨的最后的《 解放宣言》，是在１８６３年１月１日正式公布实施的。在此之前，许多人都怀疑总统是否会发表这个文告。华盛顿传说纷纭，说林肯在１月１日只会撤销而不会发布这个宣言 。人们的街谈巷议和连篇累牍的文章都说要对林肯的勇气加以支持和鼓励 。关于是否要发表宣言的问题，林肯的回答是：“这件事我已酝酿成熟。我决心已定……非做不可 。我是不得已而为之。此外没有别的办法可以使我从困境中解脱出来 。我的职责是明确的，但在某些方面却很伤脑筋。我深信人民会理解。我这样做不是出于一时的冲动，而是期望获得更大的利益。”
事实上， 林肯发现，人们并没有透彻领会《解放宣言》，因而出现对政府的不满增加了， 一些秘密组织建立了。有些设法征兵的官员遭到谋杀，还有另外一些忠心耿耿支持政府的人受到恐吓等。不管怎样，《解放宣言》还是按预定计划发表了 。与《最初的解放宣言》相比，有所不一样。林肯接纳了他人的建议并通过内阁讨论， 又重新写了宣言的全文。他写得从容不迫，字迹清晰无误， 像经典似的庄严。全文朴实无华，严谨而整洁。这篇宣言一经发表， 立即作为最激动人心的新闻，在当天和当月通过电报 、书信和各种出版物等种种途径迅速传遍全世界。宣言部分如下：美利坚合众国总统宣言。
从１８６３年１月１日起 ， 凡当时尚在反叛合众国的任何一州之内或一州的指明地区之内作为奴隶被占有的人，都应在那时及以后永远获得自由， 合众国政府行政部门，包括陆海军当局， 将承认并维护这些人的自由。 当这些人或他们中的任何人可能为自己的实际自由而作任何努力时，不采取任何对他们压制的行动。
行政首脑将于上述１月１日，以公告指明哪些州或哪些地区的居民那时尚在反叛国（如果有的话），在那一天任何一州或该州居民在合众国国会中有 大多数合法选民参加的选举所选出的国会议员忠实地代表他们，这种事实如果没有强有力的反证，则将被视为该州及其人民没有反叛合众国的确实证据。
……反叛合众国者有下列诸州及地区：
阿肯色州， 得克萨斯州 ，路易斯安那州除圣伯纳德、普莱克明斯、杰弗逊、圣约翰斯、圣查尔斯、圣詹姆斯、阿森松、河森普欣、特尔波恩、拉伐什、圣玛丽、圣马丁与奥尔良等都教区及新奥尔良市以外的其他地区，密西西比州，亚拉巴马州，佛罗里达州，佐治亚州， 南卡米纳州和弗吉尼亚除西弗吉尼亚的４８个县与柏克利、阿康玛克、诺桑普敦、伊丽莎白城、约克、安公主、诺福克等县及诺福克和朴茨茅斯两市以外的其他地区。
上述地区之外的其他地区仍严格维持本宣言颁布之前的状况。
为上述目的，我依据职权，正式命令并宣布凡在上述诸州及地区作为奴隶被占有的人 ，从现在起永远获得自由；合众国政府行政部门 ，包括陆军当局，将承认并维护他们的自由。
我特此责成这些被宣布获得自由的人 ，除非出于必要的自卫，不得有任何暴力行为；我劝告他们 ，在允许的情况下应当忠实地为合理的工资而劳动。
我进一步宣布和声明： 条件合适者将允许参加合众国武装部队，守卫堡垒、阵地、兵站和其他地方，以及各种舰只上服役。
我真诚地相信这一措施是正义的措施 ，它合乎宪法的规定 ，出于军事需要。我祈求人类对此作出慎重判断和全能的上帝赐予恩典。
阿伯拉罕・林肯
评论家们对这个宣言的看法和他们对去年９月的初步宣言的看法大致相同，引用《纽约先驱报》的话：“在他的法令所能实施的地方 ，宣言对奴隶制度一点儿也没有触动；而在他的法令所不能实施的地方，他却宣布解放奴隶。” 《里士满观察家报》则代表了大部分南方人的声音， 它声称宣言是“在美国历史上最骇人听闻的政治罪行和最愚蠢的政治错误”， 其目的在于激起“奴隶暴动”， 使“南部人民现在只能在胜利与死亡之间作出抉择”。
对于世人的不满和不理解 ，林肯在给朋友的一封信中写道：
“有些人对我不满。对他们我要说：你们渴望和平，又因得不到而指责我。 到底怎样才能求得和平呢？道路有三条：第一条路是用武力镇压反叛。我正尝试这样去做，你们赞成吗？如果赞成， 那么我们在这一点上就是一致的。如果不赞成，第二条路是放弃联邦。我反对这样做。你们呢？如果你赞成，就应该说清楚。如果你们不赞成用武力，又不愿联邦解体，只有妥协。 我不相信妥协，包括保存联邦这样的妥协能够实现。我所知道的一切均使我有一种完全相反的想法。
“你们不喜欢《解放宣言》，也许想将之取消掉。你们说它不合宪法，而我的看法却不同。我认为宪法赋予了总司令战时的战争法则。至多也只能这样说，如果可以这样说的话，奴隶是财产， 按照军事法则， 敌人和朋友的财产在必要时都可以取而用之 ， 难道对此还有或有过任何疑问吗？难道现在不是必要的时候吗？ 取之即可有助于我们，或对敌人造成损害……
“……截止到《解放宣言》颁布，平叛战争已历时一年半的时间。 其中过去的１００天时间是在已经通知宣言就要发出的情况下度过的……”
总统最后写道：“和平，我希望它早日到来并持续下去，我还希望未来的和平值得我们永远保持下去。”许多人由于受林肯的影响而改变了他们的观点。
