正如林肯所希望的那样，格兰特果然不负众望，在战场上向同盟军发起了一次又一次的攻击，以压倒优势的兵力和源源不断的后援痛击李军，使战争形势得到根本性的扭转。人们对如何进行战争的争论减少了，战争机器运转的故障减少了，提请林肯总统最后决定的复杂的军事问题减少了，征兵比以前执行得更加严格，抗拒和逃避的现象减少了。在参众两院的会议上，几乎不再提到战争，讨论的问题是如何进行建设，重振联邦经济。
与北方正好相反，南部士气低落。种植场主阶级已经看到他们的末日即将来临的迹象。 虽然这些迹象并未表明他们将如何垮台， 但足以表明他们不会有好下场。到１８６５年初，形势进一步恶化，整个南方处在一种绝望的情绪之中。
此时北方主和派也活动起来 。布莱尔雄心勃勃，认为只要处理得当，和平事业是大有希望的。这也正好迎合了南方的心理，于是开始了一轮和平接触。林肯讲明的实现和平所必不可少的三个条件是：一、在所有各州恢复联邦的权力；二、合众国总统对奴隶制问题的立场， 决不能从总统最近致国会年度咨文和先前的文件中对这个问题所持的立场后退；三、除非对方停止战争和解散一切反政府军队，否则决不停止对敌行动。结果遭到对方拒绝。之后林肯亲自会见南方特使。 他的态度更加明确 ，他建议 ：反叛的各州最好立即回归联邦，不要企图侥幸取胜 ，把战争继续下去，从而增加国会的仇恨情绪。会谈结束了，并没有取得结果。当同盟专使带着他们的报告回到南部时，里士满人心惶惶， 乱作一团。杰弗逊・戴维斯总统说，他宁可含羞受辱 ，也不愿重新联合 ， 还扬言同盟将“在不到１２个月的时间内迫使北方佬按照我们的条件向我们求和”。
会谈未果之后，北方又开始了大规模的进攻。格兰特狠狠打击李军 ，使之无力派兵力阻截薛尔曼，薛尔曼则挥师北上到达北卡米罗纳州。
林肯准备离开华盛顿去视察格兰特的军队，暂时摆脱一下华盛顿繁忙的日常工作，也许要和格兰特一起再研究一下结束战争的条件。他先乘船，后由前来迎接的格兰特陪同到达司令部。一路上，他亲眼目睹了两军血战的情景。他看到就在联邦军发动反攻的地方，身穿蓝色、灰色军服的尸体无声无息，横七竖八地堆在一起。伤员触目皆是，有的在喘气，有的在呻吟。 林肯沉默不语，细心察看，很少发表意见。
林肯坐在司令部的营火旁休息片刻。 他向格兰特和围坐在四周的参谋人员谈到政府遇到的种种难以想象的困难、战争失利的情况下 、财政和外交的窘迫处境。但是人民坚定的爱国主义 、北部忠诚的献身精神和军队优秀的战斗素质战胜了一切困难。格兰特问道：“总统先生，对于我们事业的最后胜利，你怀疑过没有？”林肯欠了欠身， 右手做了一个强有力的手势说：“从来没有。”
第二天 ，总统检阅了部队。３月２８日，这场战争关键的人物 ：总统、格兰特、薛尔曼，加上海军少将波特将军在总统乘坐的“女河神号”船上开了一次会，主要讨论是如何打最后一场血战 ，以及一旦叛军被击败，将如何处置他们。总统说他已准备就绪，并告诉３位将军，他们要做的就是打败敌军，让同盟军士兵回乡务农经商。等到战争结束，立即着手整顿南部的民政事务。临行前，林肯非常直率地问道：“薛尔曼，你知道我为什么看中了你和格兰特？”“我不知道，林肯先生，你一直对我关怀备至，远远超出我所应得的待遇。” “告诉你，因为你们从不对我挑剔。”
１８６５年４月２日这个安息日，杰弗逊・戴维斯正端坐在教堂的圣坛下面，一个长途跋涉、满身泥浆的副官跳下马递给他一份文件，是罗伯特・李写来的信。信中说 ：“我建议做好一切准备，今晚就撤离里士满。其他视情况发展再告。” 就在这天晚上，戴维斯带着他的阁员和其他官员乘火车离开了他们的首都 ， 离开总统府，于次日下午安全抵达弗吉尼亚州的丹维尔。里士满盛传李军已将人员和武器全部撤出彼得斯堡 ， 里士满就要陷落的消息。４月３日上午，戈弗雷・韦策尔将军在市政厅接受了里士满的投降。
林肯一听到占领了里士满，便动身前来视察。在这温暖的４月里 ， 总统一行人在满是尘土的大街上走了将近两英里才到达里士满市中心 ， 来到南部同盟的总统府。总统走得浑身尘土，满头大汗， 一屁股坐在长桌旁的一把椅子上。他的第一句话是：“请给我一杯水。”当总统得知他坐的那把椅子就是杰弗逊・ 戴维斯坐过的， 那张桌子也是戴维斯处理文件时用过的，他感到很有意思。
从３月底到４月初这１０天里，李军又有１１ ９万人当了格兰特的俘虏。经过一连串的殊死战斗后，李军伤亡惨重，有战斗力的部队连一支也没有了，遂向西运动，途中又受到格兰特的围追。李军稍事休息，希望能找到些粮秣，但一无所获，只得靠少量的干粮支撑行军作战。在塞勒斯河，数量众多的联邦军追上李军，迫使其仓促应战。战斗结果，李军一半被消灭。再进行正面交锋的话，不但粮秣匮乏，炮弹也不够用了。４月８日晚格兰特给罗伯特・李写了一封信，表达了他的期望 ：“我们之间的种种难题，全都可以在不死一人的情况下得到解决。”
１８６５年４月９日， 在这个复活节前的星期天上午，菲利浦・谢里登的骑兵横挡在李军前进的路上，切断了李军的去路，与此同时，李的左翼和后方，联邦军还部署了其他部队。罗伯特・李看无处逃生，大势已去，说：“除了去见格兰特外，我已无计可施。” 他致函格兰特，要求面谈“有关这支军队的投降事宜”。 格兰特立即回信，把会晤地点通知了罗伯特・李。
阿波马托克斯坐落在里士满以西９５英里处 。就在这座村子的一间小屋里，两个统帅会面了。罗伯特・李５８岁，银发如霜，已近暮年。格兰特４２岁，一头黑发，正当壮年。罗伯特・李身穿一套干净而华丽的军装，而格兰特穿着粗糙、又脏又旧的普通军服，只有肩章上的３颗星表明了他的将军头衔 ，因为直接从战场上来，也没有来得及换装。
罗伯特・李对这一番辛酸的经历内心极为痛苦，格兰特当时也同样局促不安。 两人表情都很严肃、不露声色，谁也猜不透两个指挥官的心情， 想必是百感交集。罗伯特・李说：“格兰特将军，我想我们都了解这次会晤的目的，我要求同你见面是想弄清楚根据什么样的条件你才会接受我军投降。” 格兰特接着说：“我所要提出的条件……那就是， 官兵投降后宣誓才予以释放，在按适当手续交换俘虏以前，不得重新拿起武器。所有武器、弹药和给养必须作为战利品全部移交。”
格兰特坐在一张桌子旁， 把这些条件写成书面文件，身旁站着他的参谋人员和各军指挥官。罗伯特・李坐在一把椅子上，身后站着他的副官查尔斯・马歇尔上校。格兰特写完后走到李跟前，把这份用铅笔写的文件交给他。罗伯特・李仔细阅读后，以热情的口吻对格兰特说：“这将对我军产生非常良好的影响。”
下午３点４５分，罗伯特・李对格兰特所提条件写下了接受书并签了字， 从而完成交出军队的文件手续，剩下的仅仅是清点人数和搜集枪支了。
对格兰特来说，这又是一个不平常的日子。他先后把敌军３支部队完全装进了口袋。 第一次是在唐纳尔逊堡垒，第二次是在维克斯堡 ，最后一次在阿波马托克斯，实现了他向林肯作出的保证 ：他将竭尽全力避免一场最后的流血战斗。
战争结束了。国家经受的严峻考验，一场恶梦已经过去了。黎明时分，隆隆的礼炮声响彻了华盛顿上空。泥泞的街道上人群如海 ，歌声似潮 ， 欢呼声在空中激荡。白宫前面的草坪上人山人海。 当一面缴来的同盟旗帜在白宫的窗口舞起时，人群顿时沸腾起来。主战和反战的人们在一起欢庆胜利 ，高呼联邦万岁！ 林肯万岁！格兰特和薛尔曼万岁！
４月１１日，总统在白宫门前发表了一次演讲，旨在开诚布公地向全国讲清楚 ，希望在国会开会以前能使大多数人民同他站在一起 。他左手拿着一支蜡烛，右手拿着讲稿，说道 ：“我们今晚不是在悲哀里，而是在衷心的喜悦中集会……一切归功于格兰特将军 ，归功于他的英勇善战的官兵们……恢复国家权力重建南部，这是我们从一开始就着重考虑的问题。由于已获得的这些胜利，这个问题比过去更加迫切地需要我们给予注意。重建南部 ，困难重重。这场战争同独立国家之间的战争不一样 ，对方不存在我们可以与它打交道的权力机构，没有一个人能有权代表任何其他人放弃叛乱。我们必须从那些没有组织的、意见不一的分子入手，把它们捏到一起。”
战争虽然结束了， 但内战所遗留下来的问题要花费大量的时间和精力去解决。比如关于路易斯安那州重返联邦的问题，总统谈道：“在迄今仍是蓄奴州的路易斯安那，大约１．２万名选民已宣誓效忠联邦，他们自认为是该州的合法的政治力量，他们举行了选举，组织了一个州政府，采纳了自由州宪法，准许黑人与白人平等地享受进入公立学校的利益， 授权州议会给予黑人选举权。他们的州议会已经投票批准了国会最近通过的在全国废除奴隶制的宪法修正案。这１．２万人就这样表明他们决心全力支持联邦。为了使该州永保黑人自由，他们对国家所有事情，几乎都承担了义务。他们要求得到国家的承认和帮助， 使他们的诺言得以实现。如果我们现在还把他们拒之门外，那么我们就帮了最大的倒忙，就将使他们陷于无组织状态，成为一盘散沙。”
关于对如何对待被打败的同盟分子的问题， 许多高级官员口口声声坚持对他们进行惩罚 ，“他们罪大恶极”，如果不经惩罚就让他们回到联邦的话，影响很坏，而且后患无穷。但对此，林肯主张“应在尽量保全那些反政府判乱分子的面子的前提下 ，迅速着手重建工作”，得到北部大多数人民和全体士兵的支持。 格兰特相信总统的观点是正确的，就连薛尔曼，这个早先比其他任何人都更赞成对南部实行惩罚和摧毁军事战略的将军，现在也断然赞成温和、亲善的和平政策。
当林肯被问到他将如何处置杰弗逊・戴维斯时 ，他讲了一个故事 ：“当我在印第安纳还是个孩子的时候，有一天早晨我到一个邻居家去，发现一个个子和我差不多高的男孩用绳子牵着一头浣熊。我问他在干什么，他说 ：‘这是一头浣熊。爸爸昨晚捉到６头浣熊，除了这个可怜的小家伙之外，其余５头都被他杀了。爸爸叫我把这头小熊守到他回来，我担心他把这一头也杀掉。唉，阿伯，我多么希望它跑掉！’‘噢，那你为什么不把它放走呢？’‘那可不行，要是我把它放走，爸爸会揍死我的。但是如果它跑掉，那就什么事也没了。’”林肯先生说：“现在，如果杰弗逊・戴维斯之流自己跑掉的话，那就什么事也没了。但是，如果我们逮住了他们，又把他们放走，那么‘爸爸会揍死我的’。”
