当时，徐负责搜捕活动工作，暂时未暴露身份，距离被发现还有一些时间。布置完逮捕工作后，他镇定地向恩铭报告说：“大帅，那事我已作了布置，毋庸担心。”恩铭以为上司命令的事情已经安排下去了，显出一副放心的模样，听了徐锡麟的话，“恩铭深信不疑”，其实此时此刻徐锡麟还可以逃走。情况万分紧急，身份暴露只是时间问题。虽然未到和秋瑾约定的起义时间，徐锡麟单独决定于7月6日（农历五月二十六日）晨提前发动起义，他命令陈伯平和马宗汉即刻做好准备。7月6日安庆巡警学堂（警察学校）将举行毕业典礼，届时，巡抚恩铭将率政府和军队的官员们来学校参加毕业典礼。徐锡麟认为毕业生在校时间虽然比较短，但接受了徐锡麟的革命思想教育，发动起义时他们会站在革命阵营一方。天还未亮，徐锡麟就和陈伯平、马宗汉一起赶赴学堂，集合学生发表演说。
“此次，本人为了救国专程来到安庆，绝不是贪图功名和富贵，同样，诸君也应行走坐卧时时刻刻不忘救国，否则非人也。”
徐锡麟激动地操着浓重的绍兴口音“反复数千言，慷慨激昂”，学生们听着徐锡麟大声喊叫，根本听不明白他讲的是什么，只是觉察出将要发生什么不寻常的事了，“闻者悄然”。徐锡麟继续说：“本人到学堂上任时间虽短，但心已经和诸君紧紧连结在一起。对本人来讲，高喊救国二字并不是为谋取安全的地位，这一点我有自己的考虑，而且，马上将用特殊的方法告诉你们，希望诸君能够理解，并向着我所期待的目标竭尽自己全部的力量。”
由于不能直接说“就要举行武装起义了，请各位支持”，所以，徐的呼吁晦涩难懂，只能含糊地说到这个程度，正因如此，虽然事先也做了学生的工作，希望加强安庆起义的武装力量，但实际上参加起义的只有徐锡麟、陈伯平、马宗汉三人。不管怎样，徐锡麟的训示终于结束，只等典礼开始了。
§举义失败
上午八点，恩铭来到学校，比以往来得早些。徐锡麟等招待恩铭喝茶，不久，番司以下各级官员都陆续来到学校。上午九点，恩铭进入讲堂观看学生演练，官兵分成两队护卫在他的两旁，学生们列队坐在走廊上，徐锡麟和教师们身着戎装威严笔挺地站在队列前，陈伯平和马宗汉穿着同样的服装站在徐的旁边，仪式开始，徐锡麟先行鞠躬礼，恩铭巡抚点头致意，接着学生们行礼致敬，这时，徐锡麟上前举手行礼，并将学生名册放到恩铭面前的桌子上，大声说：“大帅，今日有革命党起事！”
这是和陈伯平、马宗汉事先约定的起义暗号。恩铭大吃一惊喊道：“徐会办，你从哪得到的消息。”话音未落，陈伯平已猛然向前跨进，把藏在身上的炸弹掷向恩铭，可是炸弹没有爆炸，徐锡麟向惊慌失色的恩铭说：“大帅毋担心！此革命党，终当会为大帅拿到。”
“到底是什么人？”恩铭接着问道。“不是别人，就是我！”徐锡麟一边向恩铭怒喊，一边弯腰拔出藏在长靴筒中的双枪，双手各持一把，举枪向恩铭射击。
面对指向自己的枪口，恩铭惊诧不已，难以相信似的问徐锡麟：“会办，拿枪干什么？验枪吗？”
话音未落恩铭即已中弹，侧立两旁的文武巡捕试图反击，也被手枪击中。徐锡麟原先的计划是一枪打死恩铭，接着枪口左移一发击毙番司，再一枪击毙右侧的杲司，与此同时，由陈和马二人分别射杀侍坐在两旁的各道府州县的官员，将他们一网打尽。徐锡麟虽然是神枪手，但双眼高度近视，无法确认是否击中目标，因此，举枪一阵乱射，恩铭被乱枪击中，第一枪打中嘴唇，第二枪贯穿左掌，第三枪打中腰部，左右脚各中两枪，共被打中七枪，但均不是致命伤。陈伯平、马宗汉二人也跟着开枪射击，文巡捕陆永颐和武巡捕车德文一直护卫在恩铭身边 ，特别是陆巡捕用身体掩护恩铭，身中五枪。
这时，两支六连发枪的子弹都打光了，徐返回休息室装填子弹，已经负伤的两位巡捕趁机一左一右夹持着恩铭连滚带爬地逃了出来，陈伯平追上来向恩铭开了一枪，子弹穿过恩铭的尾骶骨进入心脏 ，这是致命的一枪。番司冯熙背着濒死的恩铭上了轿，恩铭两只脚就耷拉在轿外，一行人惊慌失措连滚带爬地逃回了府衙。身受重伤的恩铭头脑仍然清醒，呻吟着喊道“快去逮住徐锡麟，把他关到监狱去。”在现场的其他文武官员乱作一团，有的越墙逃跑，有的蜂拥着挤出大门落荒而逃，徐锡麟命令门官关上大门，但忠于清朝政府的门官知道上司是革命党后拒不服从命令，大小官员趁机从大门逃走。徐锡麟大怒开枪打死了门官，这时，曾向恩铭告发徐锡麟的顾松也想趁乱从大门逃走，马宗汉发觉后追上去将其揪了回来，马宗汉怒吼着让顾松跪在地上。
顾松跪地磕头拼命求饶，徐不答应，他一边喊着“你这个奸佞”，一边挥刀乱砍，顾松被砍得血肉模糊，象血人一样满地打滚，马宗汉上前开枪打死了他。
恩铭被抬到府衙后，家人立刻去外国教会请来同仁医院的英国大夫戴璜，戴璜大概是他的中国名字吧，恩铭让他即刻取出腹中的子弹，戴璜大夫说一定要做剖腹手术，否则子弹取不出来，恩铭同意了。戴璜用铜制手术工具打开恩铭腹部中弹的地方，没有找到子弹，不得已只好重新缝合，接着切开脚部中弹的地方，仍然没找到子弹，大概因为当时子弹是用铅做的，所以，被肌肉组织融化掉了。恩铭出血过多，捱至当日下午二时终于死亡。
学堂里的官吏们已经四散而逃，徐锡麟紧握出鞘的大刀，边敲桌子边大声喊道：“我们已经杀了巡抚，下面就要抓满族官吏，我们的革命开始啦！”
“诸生惊愕，不知所为”，徐锡麟率领陈伯平和马宗汉二人，左手举着带血的大刀，右手紧握硝烟缕缕的短枪，瞪着双眼向学生发布命令：“立正！向左转！开步走！”
学生们不知道要被带到什么地方去，也不知要被命令干什么，越发忐忑不安。茫茫然只知道自己被卷入了所谓的“革命”，不管自己愿意还是不愿意，都在逐渐变成革命党的同伙。迄今为止，尚没有武装起义取得成功的先例，但如果失败，大概就只有死路一条。
徐锡麟带队出了巡警学堂，沿街向前走了不一会儿就来到府台衙门，看到这里已被军队严密把守，所以，徐锡麟改变方针，命令队伍前往军械所。徐锡麟走在队伍前列，中间是马宗汉，后面是陈伯平。可是，跟随在徐队长身后两百余名学生接二连三地弃枪而逃，队伍到达军械所时只剩下三十余人。即使如此，守卫军械所的军械官候补道周家煜远远看到学生队伍逐渐走近时仍仓皇逃走。在腐败的清军军人看来，革命军比他们所看到的更加神秘，更令人恐惧。占领军械所后，徐锡麟命令陈伯平和马宗汉分别把守前后门，让学生们赶快打开仓门取出枪支弹药。但是，仓促组织在一起的学生根本没有战斗力，军械所院内恰好有五门大炮 ，炮弹也已经装好，但是，引发雷管用的撞铁却被人拆掉了，大炮无法使用。这接二连三发生的失误使起义失败的阴影越发的浓厚。
此时，在抚台衙门，番司和杲司等诸多官员也正在为无法镇压起义而焦急，因此早晨发生的事件到了下午仍然没有解决。军队比警察权限更大，责任也更大，在这关键时刻，更应该忠于政府，充分发挥自己的作用，但是，他们惧怕凶神恶煞般的徐锡麟，只是远远围住军械所，根本不敢往里冲。
下午两点，恩铭巡抚死亡，两江总督端方接连不断的发来电报询问情况，最初的两封电报发给安徽巡抚恩铭，得知恩铭受重伤已奄奄一息时，端方将电报改发给布政使冯熙，冯熙在《浙案纪略》中记载的职务是番司，但在《徐锡麟安庆起义清方档案》中是布政使。两天后的7月8日，上午电报抬头还是布政使冯熙，下午抬头就变为“安徽巡抚冯熙”，这清楚地表明从此时起冯熙继恩鸣之后已被提升为巡抚。也就是说，直到6日下午，冯熙还是代替恩鸣在收拾残局，担任巡抚后，如果再不能尽快将起义镇压下去，恐怕就要遭到总督训斥了。
清军接到进攻军械所的命令后，依然按兵不动，无奈冯熙决定使用悬赏金，清末军队的道德观念由此可见一斑。最初悬赏三千银元，军队不动，赏金随后涨到了七千银元。徐锡麟见军械所内兵器库的枪支、大炮等不能使用，便命令陈伯平去在安庆城外待命的同道请求增援，按照计划应有一部分练兵在城外埋伏。但是，军械所已被清军重重包围，城门紧闭，陈根本出不去，只好返回向徐报告说无法突围。无奈之下徐锡麟只得督促学生们拼死战斗。从正午打到下午四点，双方僵持不下，但学生们从早晨到下午一口水也没喝到，一粒米也没吃到，体力消耗极大，陈被猛烈的子弹击中当场死亡，马宗汉向徐锡麟喊道：“起事既然不成，不如炸掉军械所和清军同归于尽吧。”听了此话后，徐锡麟说：“我们起义是希望杀掉满人，如果不分青红皂白炸掉军械所，安庆全市也都会被烧毁。”
还未炸掉军械所，清军已然破墙而入，在激烈的枪战中清军三人死亡，数十人负伤。学生中死亡一人，数人受伤。清军惊慌地退了出去，他们没想到军械所的抵抗这样顽强。冯熙焦虑不堪，反复督促部队再次发动进攻，但是，清军对此置若罔闻。在当时的制度下，军人战死后得不到足够的抚恤金 ，士兵根本不愿意去拼命，看到这个情景，冯熙只好提高悬赏金额说：“谁捉住徐锡麟赏大洋一万元，”重赏之下士兵们终于鼓起勇气，他们捣毁军械所的一处围墙冲了进来。意外的是军械所内不见人影，只有徐锡麟扔掉的军帽和军装，官兵猜测他们已乔装逃跑了，于是，仔细搜查，终于在第三兵器库发现了起义军首领徐锡麟。
“静静地坐在昏暗的仓库的角落里，听着敌兵的脚步声越来越近，徐锡麟到底在想什么呢。”
武田泰淳在《秋风秋雨愁煞人》一书将这一血腥场面描写得比较平静，但是，从现在被展览在大通师范学堂中的“徐锡麟的血衣”看，衣服被刀砍得支离破碎，由此可以想像出在清军的乱刀之下，徐锡麟浑身血迹斑斑、精疲力竭的样子，这种样子的壮烈牺牲的场面才符合徐锡麟坚强的性格，也是他所向往的死法吧。紧接着马宗汉也被逮捕了。冯熙立刻给上司端方总督去电报告说“逮住徐匪”。接着，徐锡麟被带到按查使署，恩鸣的幕友张次山、番司冯熙和毓朗一起审讯，毓朗命令徐锡麟跪下，徐瞪着他说：“你神气什么，再坚持一会我就能杀了你。”张次山和冯熙询问时，徐大声怒喝，“抗对不屈”，二人束手无策，反倒是徐举起戴着手铐的双手，指着毓朗嘲笑说：“便宜尔，被尔逃脱。”徐的表情就像是魔鬼附体一样凄厉可怕，看得毓朗不禁浑身颤抖。
§主张和死刑
恩铭的家属和族人非常憎恨徐锡麟，要求一定要活着挖出他的心脏祭奠恩铭，以慰故人在天之灵，同是满人的端方只有应允。
凌迟刑也叫凌迟处死，剥光犯人的衣服，让犯人赤裸着仰卧在地上，或把犯人吊到梁上，先用小刀剁碎手足，然后，剖开腹腔露出内脏，这是一种极为残忍的刑罚，主要施用于反对清朝统治的“逆匪”。日本学习了很多中国文化，或许因民族性不同，没有模仿缠足和使用凌迟处死。和中国陆地相连的朝鲜李王朝则采用了这种酷刑，用来处死政敌和叛逆者。
听到死刑宣判后，徐锡麟镇静地写下“绝命书”。内容大致和“徐锡麟供词”相同，从“为排满事，蓄志十几年”开始，然后杀恩铭，接着是端方、铁良等高官，直到最后“灭尽满人”，文章充满对满族统治的仇恨，令人毛骨悚然。铁良是户部侍郎，西太后的近臣，执掌守卫皇城的御林军，作为被革命党人痛斥为“逆贼铁良”的满族官吏，多次遭遇暗杀。《浙案纪略·第二集清吏案牍（一）徐锡麟供》中记述了徐锡麟被捕直至被处死的短暂时间里，面对审讯官慷慨陈词，充分表明了自己的政治主张，这份绝命书现在被展览在绍兴大通师范学堂。当三位审讯官问徐锡麟“你是否受孙文领导”时，徐昂然回答说：“吾辈是为汉族之利益而讨伐满人罪孽，我与孙文宗旨不合，他亦不配使我行刺。”
恐怕只有徐锡麟公然说孙文“不配”指挥自己。即使再让他活十年，他也不会改变自己的观点。徐锡麟是个浪漫主义者，他的人生观就是为了实现近期目标而努力奋斗，而孙文则是现实主义者，他认为哪怕和对方处于完全对立的状态，只要有一点点共识，就要充分利用，并争取把共同之处逐步扩大，最终实现自己的目标。因此，徐锡麟和孙中山始终没有融合在一起。
接到总督下达的即刻处以凌迟刑的命令后，冯熙很是消极，张次山和毓朗也同样，这是因为他们三人和徐锡麟是同乡，都是绍兴人。汉人对于同乡的感情超出一般人的想像。他们秘密命令负责监斩的宋芳宾和劳之琦，行刑开始时，两名监斩人用特制的器具迅速敲碎了徐锡麟的阴囊，徐当即死亡。然后，他们砍断徐锡麟的手脚，剖开胸腔取出鲜红的心脏，把心脏盛到容器里交给了恩铭的家属。按照家属的意愿把徐锡麟的心脏供奉在祭坛上，而已然死亡的徐锡麟对凌迟已经没有任何痛苦的感觉。
辛亥革命后，孙文向徐锡麟献了一副挽联以示哀悼：
丹心一点祭余肉
白骨三年死后香
§震惊清廷
徐锡麟被处死后，抚台衙门的官员和巡警一起搜查了他的住宅，将搜查到的数张炸弹制作程序图和革命军大元帅印以及为起义准备的《光复军告示》等全部没收。
徐锡麟虽有才华，但他只重视行动，不喜欢写文章阐述自己的思想观点，所以，遗留的文章并不多。这篇《光复军告示》是他为数不多的文章之一，文章虽短，却是阐述他思想和观点的代表性的文章。
三人中只有马宗汉被关进监狱，在五十天的牢狱生活中，受尽严刑拷打，似乎吐露出许多情况，但都是些不轻不重、无关痛痒的事。最终清朝政府没有从中得到任何有价值的情报，于8月26日（农历七月十六日）在安庆监狱门前将马宗汉斩首，终年23岁。
安庆事件平息后，西太后在北京痛哭不已。仅仅只有三个“逆匪”就在安徽府台衙门杀死了该地区最高行政长官恩铭，侍卫官和士兵也死伤了多人，陆军的中枢——军械所被占领长达八个小时，极大地威胁了清朝政府的统治。从此之后，西太后患了忧郁症，整天疑神疑鬼。北洋大臣袁世凯称病避不上朝，西太后派去的人回来报告说：项城（指袁世凯）闻听安徽巡抚恩铭被枪杀后，惊恐颤抖一病不起。7月9日，袁世凯上奏说因病请假一个月。北洋大臣兼直隶总督袁世凯病休一个月的消息迅速传遍京城，身处漩涡中的两江总督端方感慨地说：
“生或死，令人防不胜防。时局如斯，惟守死生有命一语，坐卧庶可稍安。”
深受上司赏识的下属突然露出本来面目，武装袭击清政府高官，甚至占领了军队的要害部门，使满朝文武官员胆战心惊，清朝的统治正在土崩瓦解。“皖案（安徽事件）”起义虽以失败告终，但给予清朝官员心理上的打击却是令人无法估量的。
§密告
安庆事件后，政府立即开始搜捕革命党，其中，首当其冲的是革命党人武装起义最激烈的地方——浙江。焦点就是徐锡麟创立的大通师范学堂。绍兴地方士绅对学校的存在本来就一直持否定的态度，就如同他们抨击秋瑾骑马一样。7月7日（农历五月二十七日），绍兴教育界的官僚胡道南、杜海生、胡秋田等当地名人和士绅共12人联名向绍兴府知府贵福告发，说秋瑾、竺绍康等人有革命党嫌疑，表示他们知道7月19日（农历六月十日）秋瑾等将发动武装起义。
胡道南曾经公费留学日本，一次在东京听秋瑾的演说时，因反对秋瑾的男女同权论，被秋瑾当众骂作“死人！”，从此怀恨在心，现在他利用自己是绍兴府官员的身份搜集有关秋瑾活动的情报，知道了秋瑾是革命党中最激进的光复会会员。陶成章及后人评价胡是因个人丢了面子而蓄谋报复，向官府告密的劣绅。但从客观上讲，如果他和顾松一样，也秘密负责监督调查教师的思想状况和日常行动的话，那么，向上级报告教师的情况也是他正常工作的一部分。
但在革命一方看来，他是个令人憎恶的汉奸，这一点胡非常清楚，由于害怕光复会等报复而采取了告密的方式。贵福接到密报后，立即离开绍兴，昼夜兼程渡过钱塘江赶赴杭州向浙江巡抚张曾敭报告，商量如何对付大通师范学堂和督办秋瑾。
张巡抚没有立刻决定是否逮捕秋瑾，他派幕僚张让山去上海找当时在上海的绍兴山阴县名士汤寿潜商量。汤当时50岁，担任规划建设中的上海、杭州、宁波铁路公司的总理，也是“制定准备协同组合”的副会长（预备立宪公会副会长），因在铁路建设工程中有过渎职行为受到秋瑾的批评，因此怀恨在心，加之他历来反对秋瑾主张男女平等，指责秋瑾在《中国女报》上公然刊登“破坏了人们应该遵守的道德准则的行为”的文章，这是明显反对政府的罪证，因此，极力主张逮捕秋瑾。
7月8日（农历五月二十八日）的上海《时报》以安徽发来特电的名义，刊登了这样的新闻：
“恩新帅辰刻（晨八时）临警察学堂，忽为警察会办道员徐锡麟轰击，至未刻（下午二时）出缺。徐自称持排满主义已有十余年，此次如愿以偿云，现司道会议，先行正法（二十七日申刻安庆专电）。”“徐锡麟用手枪连发多响，恩新帅猝不及备，至身受数枪，自辰刻中枪后，延至未刻，竟不能救（二十七日申刻安庆专电）。”
7月9日（农历五月二十九日），巡抚张曾敭接到报告说：在武义起义中被逮捕的主谋之一聂李唐招供出绍兴大通师范学堂学监赵卓也是起义军的人。得到报告后，张曾敭终于决定逮捕秋瑾。到目前为止，张曾敭之所以踌躇不决，是担心若在自己管辖地界发生大规模的武装起义，不仅知县知府责任重大，还会波及到巡抚或总督等高官，因此，想尽量将大事化小。他认为大通学堂是士兵训练学校，学生手里持有大量的枪支子弹甚至炸弹，单靠巡警的力量根本无法逮住秋瑾，必须考虑到发生激烈枪战的可能性。但得到这么重要的情报而没有采取任何行动的话，恐怕要被追究渎职。
嵊县、金华、兰溪、武义、永康等浙江省境内大部分地区，起义计划大都流产。而与浙江毗邻的安徽，徐锡麟在安庆杀死了巡抚。这样的大事震动了朝野，不仅涉案的地方官员要被追究责任，就连统管江苏、安徽、浙江的两江总督端方也不会平安无事。在这种情况下，绍兴大通学堂如果再发生动乱，张曾敭的巡抚职务肯定会被罢免，因此至少要在事态发展到武装起义之前就逮捕首要人物秋瑾，把起义镇压下去，否则就不仅是罢免的事了。于是，张巡抚用密电命令已经回到绍兴府的贵福逮捕秋瑾，并告诉他尽快派军队支援。接到密电后，毫无思想准备的贵福“惶遽无措”。
§拒绝逃跑
有关安庆事件的报道在8日传到了上海，秋瑾的女友，时任上海女子师范学堂教师的王璧华担心事件波及到秋瑾，立即和朋友联系，想尽办法安排秋瑾躲进上海租界地暂避，璧华还派学生胡踵秋去绍兴，踵秋10日见到秋瑾，告诉她安庆事件的情况，劝说秋瑾听从王璧华的安排去上海租界避难。恰好此时收到来自上海的报纸，秋瑾了解了安徽事件的全部过程。
在鲁迅的短篇小说《范爱农》的开始部分，记述了尚在东京留学的鲁迅听到消息后的情形。这里引用一段由竹内好翻译、筑摩书房出版的《鲁迅文集》第二卷中的一节“在东京的客店里，我们大抵一起来就看报。学生所看的多是《朝日新闻》和《读卖新闻》，专爱打听社会上琐事的就看《二六新闻》。一天早晨，辟头就看到一条从中国来的电报，大概是：‘安徽巡抚恩铭被JoShikiRin（译者按：JoShikiRin是“徐锡麟”三字的日语发音。）刺杀，刺客就擒。’大家一怔之后，便容光焕发地互相告语，并且研究这刺客是谁，汉字是怎样三个字。但只要是绍兴人，又不专看教科书的，却早已明白了。这是徐锡麟。他留学回国之后，在做安徽候补道，办着巡警事物，正合于刺杀巡抚的地位。大家接着就预测他将被极刑，家族将被连累。不久，秋瑾姑娘在绍兴被杀的消息也传来了，徐锡麟是被挖了心，给恩铭的亲兵炒食净尽。人心很愤怒。”
这则消息明显是根据7月15日以后的官方电报。消息不仅传到日本，而且迅速传到了美、英、德、法、俄等世界主要国家。截止到10日，在大通学堂的督办室，接二连三地传来各地起义失败的消息 ，噩耗使秋瑾浑身的血液都凝固了，她悲痛万分，但仍镇静自若，没有丝毫慌乱，胡踵秋力劝秋瑾到上海暂避一时，而秋瑾则毅然拒绝了，说：
“我怕死就不会出来革命……为了保住男、女两所学校，我坚决不离开绍兴。”
胡踵秋极力劝说，但丝毫没能动摇秋瑾的决心，只好怅然返回上海。
秋瑾吩咐学校职工，不要让任何人进来，接着关上督办室的门，伏在桌上失声恸哭。她想到为了革命事业，贡献出了自己的一切，脑中闪现出一幕幕的场景：历尽艰辛赴日本留学、学到的东西、浙江会党的战友、光复会的陶成章、已经牺牲的徐锡麟，还有目前浙江武装起义作战责任全部落在自己肩上等等，往事历历在目，而一切的一切都在当局“不许革命”的吼叫声和镇压下，逐渐土崩瓦解。
秋瑾想，在自己的动员说服下，众会党组成光复军并决定举行武装起义，就在即将发动起义的前夕，许多会党首领被清政府逮捕，接着被拷打致死，还有战斗到最后一刻的徐锡麟，在一息尚存时（秋瑾认为）被敌人凌迟处死。此时此刻，战友们的面容一个个浮现在秋瑾的眼前，“都是我的责任……”，秋瑾陷入深深的自责之中。
秋瑾不仅是位女性，还是一位出类拔萃的革命者。她不可能长时间地把自己封闭在房间里无所事事。因为，那天秋瑾曾亲自送大通学堂的职工去了杭州后，又冒雨返回家中，在院子里烧毁了一千余份自己保管的光复军的秘密文件及其他与起义有关的资料。
在和畅堂秋瑾的寝室里，有一张很大的书桌，使得寝室更像是读书人的书房。秋瑾伏在桌上给上海的小淑写遗书。这就是《致徐小淑绝命词》。
信中既没有痛骂满清政府，也没有重申女性解放，只是在回顾自己的战斗历程，面对未竟的革命事业，发出深深的叹息声。
清政府不允许为被处死的起义参加者们筑坟立碑，把他们和被处死的其他罪犯的尸体一起扔进了“万人坑”，依仗强权彻底消灭了他们曾经存在的痕迹。
鲁酒是产自山东的白酒，属于烧酒系列的蒸馏酒。秋瑾想到徐锡麟还有许多革命战友，这些男子汉喝了鲁酒热血沸腾豪情满怀，秋瑾本人也曾经女扮男装骑马到各地联络，浙江会党的首领们和秋瑾志同道合，他们赞同秋瑾的主张，同意共同发动武装起义，并为之献出了自己宝贵的生命。
写信时，每个同志的音容笑貌都浮现在秋瑾的眼前。“牺牲尽我责任”，这句话虽然是对小淑说的，但从字里行间明显可以看出，秋瑾是在说给自己听。到现在为止，秋瑾有多次脱身的机会，但她都没有逃亡，此时此刻，她已经意识到自己为之奋斗的革命事业已无法取得成功，从而坚定了必死的信念。然而她没有选择自杀等消极方法结束自己的生命，她希望和那些被残害致死的同志们一样死在敌人的屠刀下，以此唤起后人奋起革命。在政府军尚未前来逮捕自己的短暂的平静时刻，秋瑾悲壮地作出了坚持到最后的决定。
11日晨，秋瑾招集了大约八十名学生到大通师范学堂的礼堂训话：
正如大家所知道的，我们的使命就是要通过革命的方式实现祖国独立，为达此目的，我们要尽快地举行武装起义，首先要袭击衙门，杀掉知府贵福，然后占领绍兴市区，这些工作完成后，再做下一步的指示。
和安庆巡警学堂一样，一直到即将发动起义之前，徐锡麟和秋瑾等人都不能在公开场合提到“革命”或者“起义”等字词。现在，已经到了最后时刻，秋瑾直接公开了自己的身份，听了训话，学生们交头接耳，困惑不解。
秋瑾接着说，原计划7月19日（农历六月十日）发动武装起义，这个计划应严格保密，遗憾的是有明显迹象表明政府已经知道了消息，为了先下手为强，我决定提前发动起义先攻占绍兴。秋瑾用命令的口吻宣布了起义计划。
接着，全体起立默哀，悼念光复军首领徐锡麟。秋瑾号召大家：全体向目标前进！只要坚持到7月19日，竺绍康、王金发等就会率军增援。训话结束后，秋瑾派二十余名学生去杭州潜伏，令他们听到起义军占领绍兴的消息后，立即返回呼应。其实，她这样做的真实目的似乎是为了把反对武装起义的同学集中隔离起来。
秋瑾鼓励留下的学生说：一定要保卫大通师范学堂，诸位学子也要尽全力保护学堂。
§清兵逼近
此时，清朝政府正在各地加紧围剿革命党。蒋继云在兰溪借了一所学校，诡称奉光复会秘密命令，将当地二百名龙华会会员集合在一起，让他们在学校附近发动起义。但似乎蒋继云事先已向官府告密，军队迅速包围了学校，仅仅半天的时间，几乎所有的人都被逮捕了。 事后发现蒋继云是隐藏在光复军内部的官府奸细。在军队即将逮捕秋瑾之前，蒋继云还滞留在大通师范学堂，死死缠住秋瑾，有人认为他是想阻止秋瑾逃跑。不管他的动机到底是什么？他的所作所为严重妨碍了革命党的行动。如果他真是官府的奸细，那么，必须承认他的行为对革命组织产生了极大的破坏。
两江总督端方从南京给浙江巡抚张曾敭发来两封电报，告诉他在九江逮捕了徐锡麟的二弟徐伟，根据徐伟的口供，命令张立即逮捕光复会干部沈钧业。当时23岁的沈钧业不知采取了什么方法避开了敌人的逮捕，一直生活到1951年，67岁时去世。
7月11日（农历六月二日），在杭州的浙江巡抚张曾敭命令浙江新军第一标统出发去绍兴，标统李益智派所属第一大队大队长徐方昭率领300余名士兵从杭州出发去绍兴逮捕秋瑾，同时镇压闹事的学生。因根据密报官府已经断定秋瑾是革命党首领，还知道学校拥有枪支弹药，所以，军队预先做好了发生激烈枪战的准备。
12日早晨，从杭州相关学堂传来消息，说政府已经派军队来绍兴。接到通知后，秋瑾打算再次把同学们集中起来，告诉他们如何应对，但是，数十名学生听到传言后吓得惊慌失措，四散逃命，根本无法开会，可以说学校工作已处于瘫痪状态。秋瑾遂命令从嵊县仙岩来的学生鄢发先把学校保存的32杆枪和6千余发子弹分别藏进教室夹壁墙或屋檐下。由此可见，秋瑾并没有打算把学校当作战场和清军展开枪战。
到了早晨七点，浙江新军的高牌长（小队长）率领十四名先遣部队来到绍兴，和绍兴地方军队一起监视学堂。预计大部队明天才能到达。上午，光复会干部周亚卫和程毅从杭州回到学校，秋瑾和他们商量对策，实际上，摆在他们面前的只有两条路，打还是跑。学生们根本没有战斗力，没有打仗的可能，所以，只有马上解散学堂，让师生员工分别逃命，否则没有其他办法。秋瑾没有马上做出决定。会后，秋瑾离开学堂返回和畅堂，她没有像以往一样走大路，而是沿着小路来到学生许一飞的家中看望因病休学的许一飞，当时许一飞好像已经离开学堂，临走时，秋瑾还送给他一首告别诗。
这天正值祖母的忌日，秋瑾和兄长誉章、同父异母兄弟宗祥等吃午饭，饭后秋瑾神色凝重地告诉他们说：绍兴府为了逮捕我已经从浙江派军队过来，应当快逼近学堂了，我没有做过任何亏心事。你们赶快离开这吧，不要受牵连。
誉章、宗祥惊恐万状，立即雇船带着适逢放暑假回到绍兴家中的妻女，冒雨逃往离偏门外十公里处的峡山村岳父母家去躲避。
秋瑾重又返回学堂，叫来周亚卫大声命令道：“你去找竺绍康，让他带人把学校的枪支弹药运到嵊县去，准备安徽起义。”
按原计划，安徽和浙江相互呼应，共同起义。徐锡麟已经率先在安庆向敌人发起猛烈进攻，但起义已经失败。绍兴计划7月19日发动起义，但因走漏了消息，起义就像谚语说的成了“雨后送伞，夏后送扇”，错过了时机，已经没有成功的希望。
秋瑾觉得与其轻易地让政府军将这里的枪支弹药没收，不如尽可能地交给尚有战斗力的光复军，以备将来反抗清政府之用。
就在这天下午，竺绍康的同伴，也是光复军副统领的王金发冒着大雨穿着蓑衣伪装成渔翁的样子，看看四下无人悄悄溜进了学堂，他是担心秋瑾出事，特意从嵊县赶来劝她逃走。
“秋女士，目前的形势已不可挽回，不管是与非，还是赶紧离开这里吧。”
但秋瑾没有答应。这以后她的举动和想法非常矛盾。事情一发生，秋瑾就做好了被逮捕的思想准备，而且，意识到一旦被捕绝没有生还的可能。
秋瑾认为之所以会造成目前“风声不好”的局面，主要是因为自己筹措不当，是自己的责任，招致许多同志牺牲，自己作为浙江地区革命的主要领导者决不在危难时刻逃跑，这样做非但会给光复会的前景带来暗淡的色彩，同时也是有损自己作为革命者的名节的事。担心背负懦弱逃跑的骂名给革命事业带来不良影响，革命就不能怕死，革命是需要建筑在堆积尸体的基础上，只有牺牲才能换来革命的成功。
秋瑾当时就是抱定了“我要用自己的死来促成革命早一日成功”的决心来面临这一切的。
纵观秋瑾的言论及行动，可以看出秋瑾认为一个人的生命在历史长河中不过是短暂的瞬间，但是，如果先驱者的思想为后人所继承，经过前赴后继的不懈努力，先辈的遗志一定可以实现，他们也将永远活在人们心中。
秋瑾催促王金发趁清兵未到之际赶快逃走，她断言自己是女人，只是主张女权主义，和其他事情没有关联。商议完7月19日发动起义之事后，秋瑾和大家一起吃午饭，然后从容离开学校。也就是说，镇静地返回了家中。从当时的形势看，7月19日已经不可能发动起义，再过几个小时，浙江清军连队就会闯进学堂。现在一切话题都只能围绕着怎样才能避开这个危急时刻。就这样，秋瑾没有听从大家的劝告离开学校，坚定地朝着杀身成仁这唯一的一条道路走了下去。
浙江巡抚张曾敭亲笔写信给绍兴府，命令他们“根据徐锡麟胞弟武义以及沈钧业等人的供词，立即逮捕赵洪富，往来信件一律没收，迅速电告搜查结果。集中力量逮捕主犯，释放其他无关紧要的小人物”、“全部行动和胡道南仔细商议，酌情处置。”
当时，张曾敭还比较重视证据，并相信在绍兴府负责教育工作的胡道南的判断。接着，张巡抚又打电报告诉绍兴府具体的嫌疑人名单。
“命令即刻逮捕‘学堂’负责人竺某、王金发，督办秋某和职员钧应等，并立即审讯。”
13日清晨，誉章的妻子，也就是秋瑾的嫂子张淳芝，让同乡何淦到绍兴府利济桥后街震丰泰钱庄取出300银元，马上送到大通学堂交给秋瑾。何淦取出钱后来到学堂，在门口略等了片刻，看到秋瑾出来了，何淦就把钱交给了她，并把张淳芝的话转告给秋瑾，说：“请大小姐从速离校！”可秋瑾没接他的话，故意把话岔开，对何淦说：
“钱不够，还需要五百！”
秋瑾根本没有打算逃走，送何淦走后立刻返回督办室。接着和兰溪来的蒋继云以及他的同伴杭州巡警王植槐谈话，中午还招待他们吃饭。蒋继云极有可能是清政府派来监视秋瑾防备她逃跑的。他自称一起来的朋友是杭州巡警，那人看起来也确实不像一般百姓。11点左右，学堂厨师从外面回来向秋瑾报告说：在茶馆听人说，绍兴府的官兵正向这边赶来要抓你，您赶紧避一避吧。
在学堂员工看来，此时大家都应该赶快逃命。但秋瑾依然坚持说：
“与我何干？真正胡说！此校虽为徐锡麟所发起，学堂工作过，学堂教职员，何得株连？我一清白女子，无纤毫过犯，何必走避？”
了解秋瑾的人，没有人相信她的话。她明显是在拒绝逃跑。旁边的另一名伙夫也努力劝说秋瑾逃跑，秋瑾情绪激动地大声喊道：
“我无罪，何必走？君若恐怖，避之可也。”
听到这句话，在场的人立刻丢下手里的活计逃了出去。恰在此时，光复军的侦察员返回学堂，向秋瑾报告说：“清军正在逼近学堂。”秋瑾再次派侦察员前去东浦察看，侦察员返回后报告说情况确实如此。形势已然明了，不管秋瑾怎样乐观，人人都感觉到情况越来越紧迫。留下的三十多名学生听到清军已经接近学堂，立刻围拢过来劝秋瑾赶快逃走，秋瑾沉默不语。眼看秋瑾根本不为所动，学生们也只好放弃了劝告，一些人开始离开学堂，转眼间已不见踪影。
望着空荡荡的校园，蒋继云似乎在猜测始终默默无语的秋瑾最终也会逃跑吧。假若他是政府的奸细，在这种情况下，一定会千方百计阻止秋瑾逃脱，究竟他采取什么行动呢？根据清朝政府的记录《浙江办理秋瑾革命全案》中有《蒋继云即子云（别号）供》一文，即蒋继云的供词，供词内容是“金华县人，捐纳监生，33岁（虚岁）。”供词中没有证据证明他是奸细，但是，让人感到在那一时期，蒋继云到处散布谣言，向政府摇尾乞怜。
武田泰淳把供词中蒋继云的原话“彼等各省均有个大头目”在自己的小说中艺术加工成“他们这群人在各省市都有个大头目嘞，蒋继云结结巴巴地这样说着，”还有“浙江的大头目肯定就是秋瑾啦，据说那个女人的党羽不知有多少人，怎么也能纠合起五六千人哩……”而供词开头部分的原文是“浙江大头目就是秋瑾，她的党羽不知多少，闻说已纠合五六千众……”。
在泰淳的笔下，在秋瑾这样一位革命大领导人的面前，蒋表现得十分恭顺，而没多久向清政府的供词中又对秋瑾非常的轻侮，这样就会给人们一个印象，蒋继云不折不扣就是一个卑劣的软骨头叛逆。
就在刚才，蒋继云还尊秋瑾为浙江革命党的领导，转眼就用这样不负责任的口气随意乱说，其拙劣表演让人感到他就是奸细，或者说令人怀疑他是奸细。
在自供书中他还说7月13日上午到的学堂，秋瑾留他吃午饭，之后，因政府军就要来搜查，秋瑾把手枪藏到裤子口袋里，准备好皮包就要逃走。
在秋瑾看来，蒋在学堂吃了午饭，他亲眼看到目前的紧张情况，不仅根本没有打算参加战斗，还张口借路费，他就是为了要钱才来学堂。因此，哪怕秋瑾再希望尽最大力量增强战斗力，看着蒋继云的肮脏嘴脸，秋瑾按捺不住心中的怒火。说：
“你这人行为靠不住，我无钱借你，你如要钱，须等到下月临行方能给付。”
武装起义的各项准备工作都需要资金，光复军的干部经常四处奔波筹集经费。蒋参加起义就是为了要钱，而且已经尝到了甜头，所以才死死缠住秋瑾要钱。蒋继云在供词中说：“监生见面即向（秋瑾）商借银洋，”秋瑾听后很愤怒。从供词来看，这些事应当发生在午饭后，当时蒋继云对秋瑾所说的“临行”一词十分敏感，就追问道：
“临行？所作何事？”
其实秋瑾不应当回答他的问题，而应当即刻把他赶出去，但那时好像秋瑾还把他当作同志看待，因此，居然还告诉他了自己的安排。
“大约下月中，你在杭州城内起义，杭州一动，各府县均必响应。”
“所以，我需要钱！”清兵马上就要到了，蒋烦躁地步步紧逼，险些揪住秋瑾。自供书中写的是“缠住”，可以想象出蒋继云气急败坏地张开双臂拦住秋瑾去路的场面，露出一付流氓嘴脸。
“督办，清兵来了，快从后门坐船逃走吧。”
留下的几名学生向尚在争执的二人喊道。一般认为因蒋的纠缠使秋瑾失去了逃跑的机会。但真相是秋瑾虽知道清兵就要到来而根本没有打算逃跑。
§秋瑾被捕
7月13日下午四点，绍兴知府贵福、山阴知县李宗岳、会稽知县李端年等指挥浙江新军第一连队所属第一大队的300名清兵，在队长徐方昭的带领下包围了大通师范学堂。先不管蒋的人品如何，在这次行动中，他和秋瑾一起被清军逮捕，亲眼目睹了清军攻入后发生的情况，这一点充分体现在他的自供书中。自供书的大意如下：
就在鄙人缠住秋瑾打算借路费时，军队攻了进来，把我们俩一起抓了起来。这时，校园内传来枪声，官兵反被击伤了几个人，后来听说好像死了一个人。学校里有人开枪，后来好像被逮住了，当时，监生已经被逮捕了，所以没有看见具体情形。监生是上午到的绍兴，亲耳听到了秋瑾计划要谋反，监生没有参加革命党。
就在要钱和不给的争执中，清军穿过校门潮水般地涌了进来。
在中国的一部画册中，描写此时的秋瑾飒爽英姿骑马射击的情景，说秋瑾是战斗到最后才被逮捕的。而实际上，尽管秋瑾的皮包里有手枪，但仅仅在她所谓的“自白”中有开枪的纪录，而这恰恰成了后来政府方面解释清兵在当时为什么要开枪的借口。真相是秋瑾自始至终依靠辩论和文章和敌人战斗。既没打算逃走，也没准备使用武器。教师和学生从校门逃走时，清兵以为是革命党开枪射击，当场打倒了几个人，新昌来的学生石宝煦被子弹击中，侥幸保住了性命，军乐教师唐东生被打死。蒋继云听到的枪声大概就是这时发生的。学生们根本没有开枪，全部都是清兵开的枪。
有人说秋瑾是在督办室被捕的，也有传说是在督办室旁边的会议室被捕的，考虑到当时二人正在争论，学堂督办室虽然俭朴，总还有供客人坐的椅子，所以，大概是在督办室被逮捕的吧。秋瑾身穿白衬衫，黑哔叽长裤和皮靴，双手被反绑在背后，被清兵拽出校门。此时，学堂里空荡荡的，已不见学生的身影，只有清兵还在开枪示威。几名士兵手持上了刺刀的步枪整齐的护卫在秋瑾周围，还有几名士兵在前面开道，一行人簇拥着秋瑾向锦麟桥对面的绍兴府衙门走去。
这时，秋瑾的嫂子张淳芝再次让邻居何淦给秋瑾送钱，何淦正走到离桥只有一百米的地方，亲眼目睹了秋瑾被捕，并且正被带进绍兴府衙门。
这次被逮捕的除秋瑾、程毅之外，还有徐颂扬、徐福昌、傅有堂、陈树南、蒋继云、金阿意、鲁阿敖、王植槐、刘连贵、吕植松、钱应仁、僧明心、张仁有、马锡钧、马开先、魏仁恩、周聚昌等共十九人。
军队开始搜查学堂，共搜出六响手枪一杆，后膛九响毛瑟枪四十一杆、十三响后膛枪一杆、单响毛瑟枪一杆、前膛枪一杆、除秋瑾的手枪之外共搜出四十八杆枪、子弹六千二百余发、马五匹、驴一匹。还有一些革命文件和秋瑾的诗集，士兵把所有文件搜集在一起，全部没收。
