要建立近代海军，必须解决船舰问题。李鸿章最初主张自己制造，后来转向从英国和德国买船为主，造船为辅的方针。因为当时在中国造船，造价要远远高于从国外买船。李鸿章在买船的同时，还将闽沪两厂制造的一些轮船调入北洋海军。除了船舰之外，还须建立海军基地。李鸿章在大沽建造了船坞，在旅顺口修建了口西、口东海岸炮台、陆路炮台，还有大连湾炮台；在威海卫岸上的要隘建立炮台，在水面建筑铁码头。一时间，威海卫堪称“东海屏藩”。旅顺口和威海卫由此成为北洋海军的基地，守卫着渤海和天津。李鸿章还意识到要培养一大批海军人才。福建船政学堂的学生，几乎都被李鸿章所用。此外，李鸿章还雇佣了一批洋人担任技术人才。
此时，威妥玛希望英国军官能够独揽对北洋海军的教习任务，遭到了李鸿章拒绝。李鸿章一直采用英国军官和德国军官并用的原则，使得列强没有能够达到控制中国海军的目的。1888年10月，在李鸿章的苦心筹办下，海军衙门上奏慈禧太后并获准颁行《北洋海军章程》，标志着北洋海军正式组建成军。
这是近代中国海军海防事业发展的辉煌顶点。由于北洋海军的庞大阵容，中国海军作战舰艇的总吨位达到4万多吨，一度跃居海军世界大国的行列，在亚洲地区则是首屈一指。北洋军事工业的重要企业为旅顺鱼雷制造所。
北洋海军的建设一直以日本为假想敌，到甲午海战之前，其实力已经达到了当时世界的领先水平。但是，在这个过程中，也充斥着清政府内部的派系斗争，北洋海军在很大程度上存在着诸多致命弱点。如在防御体系的建设、海军的训练以及军队的体制等问题上都存在很多问题，尤其是在经费问题上，慈禧太后多次挪用海军经费修建颐和园、举行寿庆活动，更有户部尚书翁同龢不但处处为李鸿章设置障碍，还公开反对北洋水师建设，拖欠、拒绝给付海军经费。因为财力的限制，中国的海军远远无法和外国的军队抗衡。李鸿章曾经感叹道：北洋只有半支海军。不久之后，李鸿章的担忧真的变成了残酷的现实，那就是甲午海战的失败。一系列问题导致了中日之争的最后结果——北洋水师在甲午海战中以惨败告终。
心狠手辣杀降将
从1863年初到1864年5月，李鸿章率领淮军一路收复昆山、常熟、苏州、常州，向世人显示了这支军队的作战能力。在此期间，“常胜军”也协同淮军一起作战，但都是遵从李鸿章的部署。1863年11月，李鸿章亲自率军攻打苏州，与忠王李秀成部抗衡，双方相持不下。此时，太平军内部一些动摇分子产生叛降之念。当戈登率领的常胜军攻城陷入埋伏之后，太平军将领纳王郜永宽等为了赢得叛降的资本，故按兵不动，放了戈登一马。否则，戈登必然全军覆没。李秀成见力敌无望而率军撤退，把守城的任务交给了慕王谭绍光。淮军副将郑国魁是郜永宽的结拜兄弟，在程学启的鼓动下，郑国魁对郜永宽做了许多劝降工作。一天深夜，在苏州附近的湖上，郜永宽等人秘密和程学启签下协议，由戈登作证，商议投诚事宜。
李鸿章得知消息后，一面安抚戈登，让他在北门外待命；另一方面假意接受郜永宽等人的投诚。李鸿章之所以假意接受他们的投诚，是因为郜永宽等人要以杀死坚决守城的谭绍光为条件，自己仍然率旧部留守苏州。当时太平军在苏州城内约有十万余人，他们答应让出苏州城的一半给清军，而自己的部队不能被拆散，要保持整个建制编入淮军。程学启看到他们这样的条件，于是向李鸿章献计，将降将杀掉。李鸿章认为，他们几人今天能降我，明天也可能降他人。如果他们投降之后再反叛，我岂不是自讨苦吃？如果不允许他们自带旧部，那么苏州城仍然不可得。所以，他依了程学启之计，在苏州城外威武的座船上大摆鸿门宴，乘机将投诚的太平军八大降王一并杀掉了。
曾国藩对此事评价说，李鸿章心狠手辣，眼疾手快。李鸿章在其他事情的处理上也有类似的做法，有人说这是“厚黑”。李鸿章做事通常比较注重结果，而不在意过程，这也算是他的某种风格吧。
灭东捻封赏太低（1）
在湘军攻陷天京之后，曾国藩与清政府的关系骤然紧张起来。清政府深切地感到自己统治的最大威胁并不是太平天国余波，而是手握重兵、广揽利权的曾国藩。当时曾国藩总督两江，督办江、浙、皖、赣四省军务。他所创建的湘军已增至30万众，他直接指挥的湘军包括其嫡系曾国荃部在内亦多达12万人。他还控制着皖、赣等省厘金和数省协饷。他因“用事太久，兵柄过重，利权过广，选者震惊，近者疑忌”。而权势远在曾氏之下的左宗棠、李鸿章等同清政府的矛盾则降到次要地位。清政府为了防止曾国藩的权势继续膨胀而同自己分庭抗礼，便采取了压抑曾国藩兄弟，扶植左、李等人与之抗衡的分而治之的策略。1864年11月6日，即在湘军攻陷天京尚不到4个月的时候，清政府突然命令曾国藩前往皖、鄂交界“督兵剿贼，务其迅速前进，勿少延缓”，而改派李鸿章署理江督事。曾的幕僚赵烈文为此发出“殊咄咄可怪”的惊呼，曾国藩本人也“意殊寥落”。虽然不及一月清政府就收回了成命，但此举却是明显的扬李抑曾。
曾国藩太精于权术，也深谙官场之道。此时的曾国藩身为两江总督，督办江苏、浙江、安徽、江西四省的军务，他统率的湘军已经达到30多万，亲自指挥的湘军就有12万人。此外，他还控制着四个省的厘金和粮饷。如此巨大的权势集中在他一个人的身上，岂能不让清政府猜忌！“功高震主”这四个字不时地敲击着曾国藩的心。他不由得琢磨起后路来。
曾国藩开始主动裁撤湘军，以保住清政府对他的信任。他还希望通过保留李鸿章的淮军，作为自己和清政府之间平衡的砝码。曾国藩把手中的12万人分给了左宗棠、沈葆桢二人，对于朝廷最为担心的曾国藩的嫡系部队（即胞弟曾国荃所部），曾国藩也进行了大批裁撤，并安排曾国荃以生病为借口回老家调养。
1865年5月，清政府的“剿捻”统帅僧格林沁在山东菏泽全军覆没。僧格林沁死在一个十几岁的童子兵张皮梗的手下，场面煞是惊人。清政府马上任命当时为两江总督的曾国藩为钦差大臣北上督师，让李鸿章以江苏巡抚署理两江总督。这意味着李鸿章即将掌握两江的军权和政权。李鸿章在各方面给曾国藩的剿捻活动以支持。首先是在兵力上，湘军已经被裁撤的差不多了，李鸿章调给曾国藩33个营的淮军。李鸿章又派出10个营的精锐部队航海前往天津然后转战到景州、德州。李鸿章在粮饷上也给予曾国藩很多支援。他知道，在“剿捻”的大计面前，湘军和淮军必须团结一致。
曾国藩的此次剿捻，先后调集淮军6万。这些淮军一律装备着洋枪洋炮，还有堪称完备的独立炮队。可是，曾国藩在指挥淮军时却很不灵光，因为淮军只听从李鸿章的调遣，而这一点他并不是不知道。曾国藩心中即使有一些怨恨和牢骚，也只好徒自兴叹。他此刻最大的感叹，就是湘军的盛况已去……曾国藩剿捻并不尽如人意，1866年9月，捻军大破开封附近湘军战线。曾国藩得知后，十分忧虑，一下子病倒了。曾国藩给朝廷写了请罪书，还把李鸿章叫到身边帮忙。可是，清政府却发来了圣旨，让曾国藩返回两江总督任内，令李鸿章为新的钦差大臣，接替剿捻重任。曾国藩脸都气紫了，真是太有失颜面了。他为了平衡心态，一再要求留下来维持军心，可是清政府却让他赶快回到两江去。
灭东捻封赏太低（2）
1866年12月12日，清政府实授李鸿章为钦差大臣，专办“剿捻”事宜，李鸿章成为“剿捻”主帅。
李鸿章派人到曾国藩那里去取大印，曾国藩本来就生着病，看到此景格外感伤和落寞。他无奈地说，这么快就拿走了？我还以为得办个交接仪式呢！
李鸿章接任后，得意忘形，根本没有把捻军放在眼里。不久，他就尝到了接连四次溃败的苦滋味。这四次分别在罗家集、倒树湾、尹隆河、六神港。捻军突破曾国藩的河防之后，在1866年10月分为东西两部：赖文光和任化邦率东捻军在河南活动，张宗禹率西捻军攻打陕西。
捻军和太平军不同，他们人数较少，没有根据地，作战灵活，采取游击战术。湘淮军则人数众多，调动起来很困难，经常被捻军牵着鼻子走，疲于奔命。和李鸿章交手的东捻军将领赖文光足智多谋，任化邦骁勇善战，二人配合得相当默契。淮军各营统率又各自为政，争功心切，互不相帮。所以，李鸿章吃了不少苦头。李鸿章吸取教训，重新改组队伍。他把淮军改编成四支精锐部队，即铭、武毅、鼎、勋四个营。此外，李鸿章还增加骑兵的力量，严加训练。因为捻军在北方平原上惯于骑马，来去无踪，飘忽不定，淮军的骑兵怎么也追不上他们。
为了尽快地训练骑兵，刘铭传采取了一个办法。他把一个金元宝吊在大营门口，并点上一炷香。下令说，在一炷香的时间里绕着营盘骑马跑三圈，谁第一个到达就给谁这块金子。这个办法十分有效，骑兵们奋勇操练。三个月之后，跑得最快的兵士，已经能在一炷香的时间里，绕着十四个营盘跑三圈了。
在对付捻军的战略上，李鸿章采取了“倒守河运”的方法，意图是：捻军已经在1867年的夏天突破运河防线，进入山东，李鸿章决定守住运河西线，不让捻军回师。决心已定，李鸿章不顾山东巡抚丁宝桢的不满，把大营搬到济宁。这样，山东就成为主战场。李鸿章还采用了“进扼胶莱”的方针。胶莱河位于山东半岛中部，是元朝时候的一条运河，用于沟通东海和渤海。当时捻军已经进入登州和莱州。李鸿章命淮军各部分守胶莱河。捻军识破李鸿章的意图，多次反扑胶莱河各处，8月，突破东军王心安部防线。李鸿章别无他法，继续死守运河防线。可是，运河防线却一再被攻破。曾国藩对他这招儿失去了信心，劝李鸿章另想办法。可是，李鸿章却不为所动。他对曾国藩说，我相信，坚持到底一定会胜利。后来，捻军多次想过运河而不成，只好改去鲁南、苏北一带游击。刘铭传买通任化邦手下的一个小头目开枪射死了任化邦，于是捻军大乱。最后，赖文光也英勇就义。
消息传到北京，朝野上下欢天喜地。曾国藩也跟着淮军沾光了。一干人马统统论功行赏。李鸿章一声令下，八万湘、淮军全部会合于济宁，共庆李鸿章剿灭了东路捻军。
同治六年岁末，李鸿章各路大军都回到济宁庆功度岁，日日狂欢。十二月二十七日，朝廷论功行赏的圣旨下来，却犹如一盆冷水，把湘、淮两军的欢庆气氛灭下去了。首先是直隶提督刘铭传，北上转战两年多了，立功也多，几乎送了性命，原以为这次可以捞个男爵，但朝廷却只赏了个正三品的三等轻车都尉世爵。其他将领都不过是个正四品的骑都尉或正五品的云骑尉。最吃亏的要数李昭庆了，因李鸿章命其去金陵城提饷，面见曾国藩。等他急匆匆赶回一线时，正好战斗刚刚打完，赖文光被俘了。时运不济，李昭庆干了两年多，最终什么世爵也没有捞到。
李鸿章召集全体将领宣读圣旨时，刚念完了对刘铭传的封赏，刘铭传就蹦跳起来了，一脸的麻子急得一点一点通红发亮。他喊道：“歇作罢（合肥语），这还有什么干头！我们这两年多东征西战，如今把东捻一举全歼了，没有想到朝廷如此不讲义气。给我一个轻车都尉，还是三等的。我可要回合肥老家带孩子去了！留着这条命回老家享享清福吧！”说着，他当场就要离开，抬头见李鸿章正拿眼瞪着他，才低了头站住脚了。
郭松林在这之前已授了江苏福山镇总兵，这回也才捞了个正四品的骑都尉。他当场就骂开了：“只要李大人点一个头，我步行上紫禁城与慈禧太后论理去。她凭什么只给我们兄弟们这么低的封赏？是没有干头了！”
周盛波咕噜道：“太后、皇上这回的确不像话。湘、淮两军立了这么一个大功，全歼了五万人马，封赏起来却小气得令人咽不下去。还要去打西捻呢，打了西捻又能怎么样？”
李鸿章从心里也觉得朝廷这一次赏功不高。但眼下这帮将领们也太出格了，不仅牢骚满腹，还公开骂娘。这些骂娘的话若要是传出去，那可不是闹着玩的。于是，他拍案而起，把发牢骚的将领都训了一通。见大家都不吭声了，他才心平气和地说：
“我以为朝廷这一次为何封赏偏低呢？因为我们虽然平了东路捻匪，还有那么一大股西路捻匪。西路捻匪未平，都不算得了全功。朝廷一下子把诸位都封赏到顶了，你们还有劲头去打西路捻匪么？”
经李鸿章这么一讲，将领们好似反应过来了。心想朝廷或许真是这样想的。于是，大家都把劲攒到了剿灭西捻的战斗上去了。但西捻当时还在河南济源一带，左宗棠派出一路军马前堵后追，西路捻军因东路全军覆灭，人心涣散，不敢向东，只好在河南西部一带维持着。正值新年期间，淮军里不少将领都想回乡看看。李鸿章准了刘铭传、周盛波等人一个月的假期，严限准时返回前线。
刘铭传、周盛波各带五十名亲兵回合肥家乡去了。李鸿章与众将领在济宁城中过年。正巧钱鼎铭特地到济宁来同李鸿章和其幕僚们贺岁。钱鼎铭已保举为布政使衔道员，在清江浦主持淮军粮草军械转运局。刘秉璋也有了山西布政使一衔，离开大营，将所属部队交给吴长庆统领，自己则以布政使衔回到李鸿章身边参谋军事。一时间，李鸿章的济宁大营里又是文武齐全，十分兴旺，振奋人心。
剿西捻拜阁入相
李鸿章虽然对清廷尽心尽力地办事，但是他并没有因此得到更多的赏赐。很显然，朝廷有意压制日益壮大的淮军。这从淮军成功地剿灭东捻军之后没有得到太大的封赏就能看得出来。
此前，西捻军采用围魏救赵的策略攻打河北，希望解救东捻军的危急。他们冲破壶口河防，进入冀南，再经顺德、保定、易州，直逼北京附近的房山县。但是，他们还是晚来一步，这时的东捻军已经全军覆灭。然而，京师附近没有兵力，防务空虚。捻军北上，顿时让清政府上下一片惊骇。于是，朝廷连下五道诏令，要求李鸿章速来京城保驾。可是，淮军将领们谁也不肯带兵北上。李鸿章因为这次救援不利，受到处罚，被撤销刚刚加封的骑督尉世职，革去双眼花翎。一天晚上，李鸿章正冥思苦想难以入眠，忽然听见外面吵闹喧哗。原来一些淮军将领正在吵吵要带兵北上，拿下京师，造清政府的反。李鸿章听到这里，赶紧跑出来劝他们不能有这种造反的想法，可是没有人理会他。李鸿章十分苦恼，朝廷本来对自己不满，如果淮军再闹下去，真不知该如何收场。即将离营的刘秉璋悄悄对李鸿章说，现在大家都不听你的，你找潘鼎新想想办法。潘鼎新是个读书人，深明大义，又是您的学生，你如果做通了他的工作，其他人就好办了。刘秉璋又去找潘鼎新说，我们是多年的好朋友，你又是老师的学生，如果老师真的被你们闹的倒台了，对你们有什么好呢？你们还有什么前途可言呢？
第二天，李鸿章找到潘鼎新说，你知道我被处罚了吗？潘鼎新说知道了。李鸿章说，你不为我的前途担忧吗？潘鼎新说：这有什么好担忧的，只要以后再立功劳，朝廷还会给你加官晋爵的。李鸿章说：那你就赶快带兵北上护驾，帮我将功补过吧！潘鼎新带着人马先走了，于是，其他的人也纷纷跟着北上了。只有刘铭传请了三个月的假回到家里。李鸿章费了一番周折终于将内部矛盾解决。接下来又面临着剿灭西捻军的任务。李鸿章依旧主张重视河防，可是自比“当今诸葛”的左宗棠，却一意主张全力追剿捻军，二人就此争执不下。李鸿章一直看不上左宗棠用兵，他写信给曾国藩说：这个当今的诸葛亮，总是跟着诸多将领后面寻贼。这时，朝廷派来恭亲王督阵，要求他们一个月内必须破贼。
一个月之后，张宗禹率捻军一路攻到天津南郊。李鸿章、左宗棠二人由于作战不力，都遭降职两级处罚。经过这次的教训，李鸿章和左宗棠终于达成一致的战略主张，即河防和追剿并重。可是，前方缺少力敌的主将。当时，刘铭传由于常年的骑马，得了一种病叫“跨马痈”，大腿上长了毒疮。经医治后，虽然病愈，但身体十分虚弱，加上没有得到应有的奖赏，心中总是不平，所以当其他将领都带兵北上的时候，只有他告病在家休息。曾国藩得知情况之后，派人前去慰问，并捎去一封信劝说他：你和李鸿章是人间难遇的知己，你应当早日奔赴前线，帮助他建立这个历史功勋，你自己也会名垂青史。刘铭传看完信后，大为震动，马上奔赴前线，率部杀敌。
1868年8月16日，淮军把张宗禹围困在山东茌平县南镇，张宗禹带着亲兵8名（一说是18名）来到徒骇河边，他脱下衣服，跳入水中。追来的刘铭传部士兵看见地上的衣服，轻信张宗禹的亲兵之言，认定他已经淹死。李鸿章上奏朝廷称张宗禹已死。左宗棠却认为，张宗禹生不见人，死不见尸，怀疑李鸿章撒谎向朝廷骗功，派人到处搜索。李鸿章知道后，特别气愤，觉得左宗棠此举是嫉妒，找茬儿。于是两人之间的矛盾进一步激化，从此做了一辈子的仇人。
李鸿章灭了西捻，朝廷原定的赏封，就是一个协办大学士。大学士属内阁职位，两殿两阁，一共也是四人。大学士两人，协办大学士两人，也都是满人汉人各占一半。一年前，体仁阁大学士周祖培出缺，让曾国藩以协办大学士身份升补了进去。这样便空出来一个协办大学士，慈禧把这个位子给了四川总督骆秉璋。不料到了年底，骆秉璋病故了，由慈禧的心腹吴棠充任了。而另一个协办大学士的空缺，就作为“悬赏”，这会儿非李鸿章莫属了。
秉承两宫太后的圣旨飞速送达李鸿章的行营。李鸿章与诸将领郑重地跪接了圣旨。圣旨道：
“李鸿章等平捻有功，积年巨寇，从此肃清，朕甚嘉慰。除着悖亲王奕诔（lěi）至定陵祭告文宗（咸丰）皇帝在天之灵外，李鸿章、左宗棠、官文俱官复原职，赏还花翎和黄马褂。加李鸿章、左宗棠太子太保衔。李鸿章以湖广总督协办大学士。丁宝桢加太子少保衔，晋刘铭传一等男爵，潘鼎新、郭松林一等轻车都尉，以郭松林为湖北提督。”
李鸿章终于入阁拜相了。这是读书人的第一等的功名，李鸿章得到了。
仿恩师重理旧案
飞鸟尽，良弓藏；狡兔死，走狗烹。清政府在剿灭捻军的军事行动结束之后，对李鸿章的态度有了明显的冷落。李鸿章看出了朝廷对自己的猜忌，于是效仿恩师曾国藩，开始裁撤淮军。
李鸿章为了保留淮军的精锐，求助于新上任的两江总督马新贻，希望在军饷上能够继续得到他的支持。湘军和淮军的军饷一直主要来源于两江地区。马新贻不敢得罪李鸿章和曾国藩，爽快地答应了李鸿章的要求。李鸿章还把湖广的厘金和关税的百分之四十充作军饷，使淮军的军饷比以前大大增加了。
李鸿章在湖广期间，清政府给他安排了很多杂事。一会儿被派去四川，一会儿被派到贵州，还派他去协助左宗棠到陕西镇压回民起义。李鸿章实在不喜欢左宗棠这个人，不愿意再与左宗棠合作，他写信给曾国藩说，和左宗棠共事的滋味如同嚼蜡。于是李鸿章找种种理由拖延去陕西的时间，直到接受命令的4个月之后，才赶到西安。这时候，是1870年的7月。
1870年6月21日，发生了震惊中外的“天津教案”。教案的起因是这样的：在此前后，法国天主教育婴堂的婴儿由于传染病死了30多个，老百姓纷纷谣传，说是教会的人雇人用迷药拐骗儿童，然后把孩子弄死，挖出心肝做药。这一天，天津的群众抓了一个拐骗儿童的人贩子叫武兰珍。武兰珍交代说，卖给自己迷药的是一个名叫王三的教徒。群众群情激愤，跑到教堂去要人，结果教堂里没有王三这个人。闻讯赶来的法国驻天津领事丰大业气势汹汹地要求崇厚（当时的三口通商大臣）镇压，崇厚没有答应。丰大业气急败坏，朝崇厚连开两枪，崇厚躲开了。丰大业后来遇见了前来劝和的天津知县刘杰，又向刘杰开枪，打伤了刘杰的助手。群众见丰大业如此蛮横，冲上去打死了丰大业和他的秘书。然后，冲进教堂，打死了20名洋人和传教士，并放火烧毁了法国教堂望海楼和育婴堂、法国仁慈堂、美国布道堂、英国讲经堂等多处。
事后，法国联合美、英、俄、德等多国向清政府提出抗议，各国军舰聚集于天津和烟台，进行武力恐吓。在剿捻成功之后，清政府因为曾国藩的赫赫军功，同时也是惧他坐大地方，就以裭（chǐ）夺兵权、明提暗抑之手段，将他直接调来中枢，任直隶总督兼北洋大臣。天津教案一发，朝廷即派曾氏前去处理。曾国藩深知，此事事关洋人，干系十分重大。临行前，他甚至给儿子写好了遗书，并买好一口楠木棺材，准备以死赴任。曾国藩这一生，自杀多次，多次写过遗书。也许，这是曾国藩内心深处的那种强烈的悲观主义色彩的体现。在处理天津教案过程中，曾国藩迫于洋人的压力，先后逮捕了80多人，其中定为死罪的20人，流放的25人。还把天津知县刘杰、知府张光藻革职充军。一时间，舆论哗然，纷纷指责曾国藩“卖国求荣”，“为洋人献媚”。曾国藩面对内外压力，支撑不住，希望朝廷另请高明。
事实上，这个时期的李鸿章也没闲着，他自天津教案发生之后，就一直在观望曾国藩的处理方式。事实上，他对曾国藩的做法也是不甚满意。恰在这时，李鸿章忽然接到诏令，朝廷让他火速带兵到京畿一带备战，并任命他为直隶总督以接替曾国藩。李鸿章马上渡过黄河，到达直隶边境，但是他并不急于马上去天津接任。他给朝廷写信说，淮军只能在直隶边境驻扎，如果离北京、天津太近，容易引起列强的疑心，引发战争。
李鸿章到达保定之后，又给曾国藩写信说，自己的肝病复发，需要调养一段时间。李鸿章把自己处在一个可进可退的位置，并不去理会曾国藩的烦恼。这时候的李鸿章，在官场使用手段谋略远远超过自己的老师。这也应验了曾国藩当年对李鸿章的评价。当年，提到对李鸿章未来的展望，曾国藩曾对李瀚章说过“青出于蓝而胜于蓝”的话。
李鸿章在奏折中明确提出：
第一，说教堂拐卖儿童、挖心肝、挖眼并没有确凿的证据。
第二，崇厚平时对外国人献媚的行为早就深深引起了百姓的不满，所以此事是个导火索。
第三，丰大业开枪射的是朝廷命官，也是罪不可赦。
第四，群众仅打死20个洋人。
可见，中外双方各有不是。所以处理时应本着和平解决的原则，一是必须捉拿凶手，一是应当赔钱。但是，赔钱一定要有限度，更不能以割地为要挟。李鸿章在奏折上还说，如果我方在于情于理都站得住脚的原则下妥善处理之后，洋人还敢无理取闹，我们就和他们决一死战。李鸿章和外国人巧妙周旋，据理力争。他通过谈判，把死刑犯人数减少了四名。有人提出火烧望海楼的主谋是陈国瑞，李鸿章多方努力，保住了他。
此外，协助办理教案的丁日昌偷偷用大牢里的死刑犯换出了真正的反洋教领袖。
据说，这也是李鸿章授意所为。李鸿章还筹集各方面的捐助并和曾国藩拿出自己的积蓄，总共凑了两万两银子送给张光藻和刘杰，算是对他们经济上的一点补偿。
李鸿章后来给曾国藩写信说，和洋人交往，不妨稍微用一点“痞子腔”，不要轻易用死来逃避责任。说起“痞子腔”，还有一个故事。李鸿章在接办教案前，曾国藩问他，去天津之后会经常和洋人打交道，你准备用什么方式和洋人交往呢？李鸿章回答说，和洋人交往，我不妨就用点“痞子腔”（安徽话，就是耍一点青皮流氓的手段）。曾国藩劝慰道，我认为，洋人也是人，你和洋人交往还是应该笃信一个“诚”字，以诚待人。李鸿章总结多年和洋人交往的体会，好像并没有听从老师的话。
1872年3月12日，曾国藩因病去世。临死前，他对“天津教案”一事的处理悔恨交加，自责不已。
曾国藩一辈子都讲究处事原则，讲究品德和修行的重要性，未料到自己晚节不保，心中的苦楚可想而知。李鸿章闻讯悲痛不已，热泪盈眶，他提笔写下挽联：
师事近三十年，薪尽火传，筑室忝为门生长；
威名震九万里，内安外攘，旷世难逢天下才。
封疆大吏第一人（1）
1870年，这一年是李鸿章政治生涯中的转折点。九月初六日，他正式接直隶总督大任。虽然直隶在各行省中最为重要，应重点防备，但这里的问题却是不少，吏治、民政、防务等问题都很棘手，都等着新上任的直隶总督李鸿章来处理。
1871年五六月间，直隶下了嘉庆六年以来的最大的一次暴雨。永定河上游发生了八处漫口，卢沟桥下的石堤也被洪水冲毁。夏季到来时，整个直隶一片泽国，仅有少数高地有点收成。李鸿章奏请朝廷后得以截用漕粮10万石赈灾；同时，又在江浙各买米2万石补充。然而七八月之交的一场持续了36昼夜的大雨，让高地也没有了收成。李鸿章只好先从直隶藩库拨银30万两，同时借出兵饷30万两，再预截京饷5万两救急。他几乎要筋疲力尽了，在给过去的幕僚丁日昌的信中写到自己的身体情况已是：“冬春患咳，入夏稍愈，精力大不如前，时赖药饵滋补”。从此以后，他开始注意保养自己的身子了。九月二十一日，他给曾国藩写信说：
“现届立冬，水退仅二三尺，平原尚有数尺，须来春解冻后可渐涸复。饥黎满目，生计毫无，殊深悚具！唯督饬印委尽力筹办，总想做到‘实惠及民’四字，以副荩怀。”
他对民众疾苦表示了同情，同时也对小民生计十分关怀，极力想要实现“实惠及民”，这非常值得肯定。
工部尚书毛昶（chǎng）熙于十月上奏朝廷请求裁撤三口通商大臣。他提出海防和洋务本应由直隶总督负责处理，只是因为当时山东河南“匪纵未靖”，总督一直在保定驻扎，远离三日，这才设立了驻在天津的三口通商大臣，方便管理，这是权宜之计，如今天津的洋务和海防的重要性远胜保定的防务，应该让总督一人统一筹划。
十月二十日，清政府同意了毛昶熙的主张，裁撤了三口通商大臣一职，命李鸿章兼任北洋大臣，处理一切北洋洋务和海防事宜。同时任命李鸿章为钦差大臣，山东登莱青道所管的东海关、奉天奉锡道所管的牛庄关都归北洋大臣统辖。此外，朝廷还下令将原通商大臣衙门改为直隶总督行馆。规定要在每年春季海口开冻后移驻天津，入冬封河时再回省城保定，如遇紧急情况可以例外。朝廷把此重担交给了李鸿章，并叮嘱李鸿章认真筹划洋务和海防，“尤须统筹全局，选将练兵，大加整顿……”
显然，李鸿章对这个任命是非常满意的。为了更好地完成朝廷交给的任务，他建议添设专管中外交涉事件和新、钞两关的税务的津海关道，还自己兼任直隶总督的海防行营翼长。提出了在运河北岸修筑天津新城计划。他还举荐有多年总署经验的陈钦为津海关道道员。
十月二十七日，李鸿章离开天津前往保定，顺路对治河和救灾的情况做了了解。到保定后，朝廷升直隶布政使钱鼎铭为河南巡抚的诏令也随后来到。钱鼎铭任李鸿章幕僚多年，工作非常得力，他的离开让李鸿章“如失左右手”。
1872年正月初五日，亲僚们在保定总督公署里，设宴庆贺李鸿章的五十大寿。其中，他的战交、学者俞樾写了一幅寿联：
以岁之正，以月之令，春酒一尊，为相公寿；
治内用文，治外用武，长城万里，殿天子邦。
翰林院编修黄彭年则在自己的《合肥相国五十寿序》中，将李鸿章与历史上的杰出人物召公和韩琦并列，说：“相国之早达与召公、韩公同，其封爵官太保开府于燕，与召公同；其见垂于外夷与韩公同。”“若当大难初平，国家所依赖，中外所翘首而企望”。虽然都是美言，但也还是有一定正确性的，因为召公地位的重要仅次于周公，曾国藩当时还是国家所依赖的第一中兴名臣。
封疆大吏第一人（2）
二月初四日，曾国藩去世了。李鸿章刚接到消息时还半信半疑，以为只是昏迷不醒，但是得知朝廷也发出了唁文并追赠曾太傅后才相信。李鸿章是曾国藩门下最早的弟子之一，曾国藩对他的恩情也是最深最亲切的，一想到此他不禁悲痛万分。然而，他能够冷静下来，决心化悲痛为力量，继承曾国藩的遗志，支持国事，让恩师能在九泉之下瞑目。
李鸿章自视为曾国藩第一门生以及曾氏衣钵传人，准备在自强的运动中领导群雄。中国历史上最后一个封建王朝——清朝的皇权专制已是封建社会的顶峰，在其260多年的历史里有几百个大学士和军机大臣，然而都是空有宰相之名而无宰相之实。而且清朝由少数贵族统治，故而又采取以亲贵王公和满族大臣牵制这些人的举措，让这些人成了“灯映相公”、“招鹤宫保”，与皇帝的侍从近臣无异，不及六部尚书尚能够主管本部，做些实事并有所建树。
同治时代，同样是内忧外患频繁，清政府仍然依赖重臣，一等肃毅伯、大学士——也就是通称为爵相的重臣李鸿章也因而成了清朝的真正宰相。特别是当曾国藩和左宗棠相继去世以后，李鸿章独撑大局，是“以一身负天下之重”的人物了。
朝中重臣，当时时势，都构成了李鸿章成为真正宰相的条件。军机处是政府中枢，由几位王公大臣组成，这几人同时又兼任总理衙门大臣，而这两个机构都由恭亲王主持。恭亲王原任“议政王”，权势很大，但是同治四年（1865年），慈禧太后打击了他并免去了他的议政王职位，缩小了他的权力；而且慈禧太后还加紧扶植他的反对派以牵制他，让他难以实施大力改革。这样他只好在提出决定之前要先与外臣商议并达成一致，让下面提议，而自己带领枢臣加以支持的方式达到目的。这样做减少了他在中枢内部的摩擦，日子也好过一些。
此外，中枢人物虽然负担决策研究，并草拟谕旨，但他们都待在京城里，对外情知之甚少，所以在做决策之前只能求助于封疆大吏，对封疆大吏中的首席——直隶总督自然更为倚重。
还有，枢臣的气度和性格也有影响。恭亲王周围的人有文祥、宝鋆（yún）、桂良、胜宝等，他们思想先进，认真负责，面对外国的侵略威胁，他们准备着卧薪尝胆，以振兴中华，对于内政外交的重大问题，极少有独断独行、刚愎自用，采取的多为“博采周咨”，“谋定后断”。这样，封疆大吏积极建言进策就有了良好的环境保障。此外，他们与曾国藩、左宗棠、李鸿章、沈葆桢等人相似，内外相维以推行洋务运动，是一个共同的洋务集团，相互关系十分融合，故而李鸿章的意见较为容易被采纳。光绪二年（1876年），文祥逝世后竟出现李鸿章不出主意，他们就不作决策的局面。在曾、左、沈相继去世后，李鸿章更成了他们的核心和精神领袖。
直隶总督位居各地封疆大吏之首。巡抚是其他各省的最高长官，两三个省之上置一总督；而直隶省一省就置一总督。此外直隶总督的首要任务就是保卫京师，这比各省重要。朝廷一般让重臣担任此职务并兼任内阁大学士，人称“宰相级总督”。李鸿章任直隶总督之前就有了协办大学士的头衔。同治十一年（1872年），他晋升为武英殿大学士。同治十三年十二月（1874年），他再被晋升为内阁大学士之首——文华殿大学士，成为首席阁揆。在李鸿章之前，该职位一直是由满人担任的，李鸿章是第一个得到这一职衔的汉人。因此，他稳坐封疆大吏的头把交椅，是名副其实的封疆大吏的领袖，一干就是25年。
常胜军的终结者
李鸿章和洋人打交道是从他到达上海之后便开始的。1862年9月，“常胜军”的第一任头目华尔被太平军打死，引发了由谁来继任的问题。英侵华海军司令何伯向李鸿章推荐了华尔的副手美国人白齐文。李鸿章多方周旋提出条件，“常胜军”属于中国的军队，要由他统一调遣。不久，李鸿章派白齐文去援助南京的湘军，可是白齐文却不听命。
白齐文不敢和李鸿章直接作对，便拿在松江的道台杨坊出气。他跑到杨坊家里，将他毒打一顿，同时将杨府中搜到的四万块洋银抢劫一空。白齐文干了坏事自觉理亏，逃到英国军队中隐匿起来。曾国藩对李鸿章援军未至一事倒不怎么在意，因为他要求增援只是想招回程学启部。至于“常胜军”，曾国藩说过这么一段话：“‘常胜军’不来南京没什么不好，来了倒没有什么好处！”李鸿章却对白齐文不听调遣、殴打朝廷命官且入室抢劫之事不能容忍。当然，这种棘手之事老奸巨猾的李鸿章不会亲自处理，他令吴煦限期将白氏捉拿归案，要求“常胜军”转由中国官员接管，外人不得干涉。英国军队见李鸿章真动了怒，觉得不便为一个白齐文破坏中英两国关系，决定交出白齐文。然而，英国驻华水师司令迪佛立与白齐文私交甚笃，强硬坚持不肯交出白齐文。李鸿章决心以此为突破口，改组“常胜军”。李鸿章改组“常胜军”主要有两个目的，一是削减“常胜军”的经费，将钱省下来发展淮军；二是收回“常胜军”兵权。无理也硬三分的英国人当然不会同意李鸿章的改组方案。英国政府任命戈登为新任“常胜军”统领以取代白齐文。
戈登的到来使李鸿章心中着实“咯噔”了一下。他意识到英国绝不会轻易放弃“常胜军”领导权的险恶用心，不能与其硬碰硬。李鸿章遂托人调查戈登的底细，得知戈登出身于军官世家，对军事地形学和步炮联合作战有精深的研究，性格弱点是爱慕虚荣、贪财。戈登一到中国，便受到李鸿章的热烈欢迎。
戈登来中国之前听说李鸿章是一个铁腕人物，将前任吓得躲在军舰里不敢出来，早已做好应对的心理准备。但见到李鸿章后，戈登改变了看法，他在给英国政府发去的公函中极力称赞李鸿章，称其是中国最杰出的军事家和政治家，为人正直、思想先进，热心发展西方军工业，我们英国政府不但不应与之作对，而且应全力帮助支持。
戈登和李鸿章最初的合作还不错。可是，由于“苏州杀降”一事，导致戈登对李鸿章极为不满。事情经过是这样的：
在戈登和郜永宽等人私下交易之后，戈登自认有功，要求李鸿章给常胜军发两个月的恩饷，并威胁李鸿章说如果不给，就要辞职。李鸿章回答说他会考虑。然后，戈登去看望苏州城中的郜永宽等人，郜永宽表示对戈登的安排很满意。后来，戈登听说李鸿章只答应给一个月的恩饷时，他就真的开船准备走了。戈登刚刚走出城门，就听到有枪声，他感觉很奇怪。有人告诉他说，李鸿章不允许郜永宽他们保留旧部，在派人鸣枪示威。戈登感觉事情不妙，于是派人去抓李鸿章。可是他没抓到李鸿章，自己反而被淮军扣留。第二天早晨，戈登得知郜永宽等人已被李鸿章杀掉！戈登怒不可遏，他觉得李鸿章不但不给恩饷，还在郜永宽等人的事情上把自己给玩弄了，大英帝国军官的颜面往哪里放？他气急败坏地拿着一只手枪到处寻找李鸿章，说要杀了他。之后，戈登提出要李鸿章辞职，把李鸿章交由北京政府审判，否则，就要率领“常胜军”把淮军已经收回的地方再夺回来，交给太平军。
李鸿章派出“常胜军”的军医即后来帮助李鸿章兴办洋务的马格里出面调解。英国也派人做李鸿章的工作，要求李鸿章给戈登写道歉书，被李鸿章拒绝。后来李鸿章拨给“常胜军”7万两军饷，又派出朝廷新任命的海关总税务司英国人赫德前去调停。赫德的前任、英国人李泰国因为和李鸿章作对，没有落得好下场。戈登听了赫德的话，想想自己离开“常胜军”之后也是没有更好的着落。于是，他又回到了“常胜军”。
此后，戈登和李鸿章的关系一直不错。戈登还多次对人夸赞李鸿章，说他是个有头脑的军事家。1863年，淮军攻打常州。常州将领吸取苏州的教训，拼死守城，不肯投降。李鸿章请来戈登协助，戈登用大炮轰开了城门，协助淮军收复常州。由于戈登事先没有征求英国官方的同意，英国感到难以控制“常胜军”，英国驻军司令伯郎向英国政府提出解散“常胜军”。上海防务由驻沪英军承担。
李鸿章虽有思想准备，却万万没料到英国会同意解散“常胜军”。机不可失，李鸿章当即宣布解散“常胜军”。李鸿章一宣布此消息，英国人倒不满起来。驻华领事巴夏礼发出照会，称解散“常胜军”一事只有英国公使方可办理，李鸿章无权作出决定。李鸿章深知英国人的脾性，如果错过这次机会，想彻底摆脱“常胜军”就困难了。戈登又犹豫不决。李鸿章知道戈登一向好名，便以躲在军舰中的白齐文为例，晓以利害，告诫戈登，人生在世名声最为重要，不要为别人的利益把自己给毁了。李鸿章派出丁日昌劝告戈登要吸取白齐文被解职的教训，说“常胜军”现在名声不好，你留在这里对你的名誉也有影响，你要为自己考虑。李鸿章迅速筹集遣散费19万两（超出3万两），全部交给戈登。只留下炮兵600人和洋枪队300人，外国教官11人，其余全部解散。戈登拿着钱，还得了清政府颁发的提督荣誉军衔，风风光光地回英国去了。事后，曾国藩赞叹李鸿章居然能够驾驭外国人。
立约制法护华工（1）
从19世纪中叶起，随着西方资本主义的侵入，中国沦为半殖民地半封建社会的深渊，很多西方国家从中国沿海口岸掠卖华工到南美洲、大洋洲和太平洋各岛充当奴隶。华工在国外受着非人的待遇，饱受了种种苦役和刑罚。
秘鲁就是当时极力进行这种活动的主力。1854年，由于秘鲁颁布了解放黑奴法令，造成了本国劳动力的极度缺乏，因此秘鲁开始实行“中国人法令”，采取鼓励掠夺中国劳动力的活动以补充劳动力的不足。
这样一来秘鲁大大地加强了掠夺华工的力度，1864年有6000多人，到1875年已达11万人。华工在异国他乡遭到了非人的残酷待遇，这引起了李鸿章的深切同情和高度关注，他说，在秘鲁，华工“十人有九人死于非命”，要是还不制止这种非法的活动，那么“荼毒人民，将何以了期”。
1869年和1871年，总理衙门分别接到秘鲁华工联名写的求救信和控诉信。李鸿章得知此事后，十分同情在外华工的遭遇。他认为朝廷应该为他们做主，应该保护华工的合法权益。
1873年8月，秘鲁与日本签订了友好条约，其全权大使葛尔西耶随后来华。他想在北京与中国签订条约，结果未能如愿。
10月中旬，葛尔西耶到了天津，与李鸿章谈判长达8个月之久。李鸿章想借此机会“严定招工章程”。而葛尔西耶却想着使拐运华工合法化。两国的想法截然对立。
10月24日，在第一次谈判中葛尔西耶拒不承认秘鲁迫害华工，反倒狡辩说秘鲁有保护华工的法律。李鸿章又举出历年来的案例为据，其中包括1869年和1871年华工先后联名所写《诉苦公禀》，叙述了华工在秘的悲惨遭遇：他们不分昼夜地工作，有时甚至在工作时还戴着枷锁，他们吃不饱，穿不暖，工作环境十分恶劣；雇主也不把华工当人看，任意刑杀，很多人无辜死去。这一切都“叠经控发有案”，中国人是不会视而不见的。只有秘鲁首先无条件送回被拐的10万华工，而且不再进行这种非法活动，中国才同意签约。李鸿章态度强硬得很。
