《序卦》是对《周易》六十四卦推衍关系的总括，其依据卦名的含义，把《周易》六十四卦看作一个或相因、或相反的因果联系序列，进行了全面的诠释。一般认为是秦汉时期的学者所作。
《序卦》首先讲述了六十四卦的顺承关系：
有天地，然后万物生焉。盈天地之间者唯万物，故受之以《屯》；《屯》者，盈也，《屯》者，物之始生也。物生必蒙，故受之以《蒙》；《蒙》者，蒙也，物之稚也。物稚不可不养也，故受之以《需》；需者，饮食之道也。 [49]
《序卦》将天地的形成作为万物的缘起，将《乾》《坤》两卦放在《周易》之首，万物产生为阴阳交合的结果，将《屯》卦排列在《坤》卦之后；万物生成，就需要启蒙，序以《蒙》卦；教育之外，还要抚养，《蒙》卦之后为《需》卦。这种排列顺序是按照个人成长、社会发展的基本规律进行观察，并以此列出其顺序，形成了从始到终、有条不紊的发展线索。这是按照发展的观念编排六十四卦，对卦名、卦德进行了解释，从而将六十四卦视为人类社会发展过程的总结。
其次，《序卦》还介绍了六十四卦的逆承关系：
有天地，然后有万物；有万物，然后有男女；有男女，然后有夫妇；有夫妇，然后有父子；有父子，然后有君臣；有君臣，然后有上下；有上下，然后礼仪有所错。夫妇之道，不可以不久也，故受之以《恒》；恒者，久也。物不可以久居其所，故受之以《遁》；遁者，退也。物不可终遁，故受之以《大壮》。物不可以终壮，故受之以《晋》…… [50]
然后天地万物的生成、人类社会的形成、社会秩序的建构、事物变化的因果作为参照，形成了对某些事物的解释。用物极必反、相反相生的运动规律等解释其他各卦的相互关系，说明六十四卦排列的次序，以“物不可穷，故受之以《未济》终焉”来解释最后一卦《未济》卦。
六十四卦的排列顺序，是按照两个原则形成，一是“覆”，一是“变”，即孔颖达所谓的“非覆即变”。 [51] 其中的“覆”，是将一个卦倒置过来而形成一个新的卦，也称为综。如将《屯》倒过来便是《蒙》，《需》倒过来便是《讼》。而“变”呢？指的是六爻全变，也就是把一个卦的阳爻全部变为阴爻，阴爻全部变为阳爻，也称为“错”。例如《乾》卦六爻全部由阳变为阴，则为《坤》卦，同样《坤》卦阴爻全部变为阳则为《乾》卦，此外《颐》与《大过》，《坎》与《离》，《中孚》与《小过》之间都是“错”的关系。由此，可以看出六十四卦的排列，先是将互覆的两卦排在一起；如果不能互覆的，比如《乾》卦无论如何颠倒还是《乾》，那就将互变或者互错的两卦排列在一起，从而形成了六十四卦的卦序。
下图是六十四卦的排列顺序表：
以错综变化来排列卦序，是一个比较古老而又非常重要的观念。《易纬·乾凿度》中的“古文八卦”有一个卦序排列：《乾》《坤》《巽》《艮》《坎》《离》《震》《兑》，便是遵循了非覆即变的规律，《乾》错为《坤》，《乾》《坤》互为错卦；《巽》之错为《震》，《震》之综为《艮》，《震》《巽》《艮》错综。《坎》《离》和《震》《兑》也分别互为错综卦。 [52] 这种有规则的排序方法体现了时人对阴阳秩序的一个基本理解：阴阳之间质变和量变是事物转化的枢纽。阳爻与阴爻的互变、阳爻与阴爻的错综，用以象征事物的根本转化。
