1937年11月底，蔡元培在丁西林等人的陪同下离开上海，到达香港，化名周子余隐居港九。直至去世前，除了仍挂怀中央研究院的事务之外，他大部分时间都是深居简出，专心于养病和《自写年谱》的写作。据王云五回忆，1940年旧历新年时，蔡元培偕夫人公子等来访，午膳后顺游浅水湾等处，“游兴甚浓，精神亦健”。但3月3日，他在寓所不慎失足跌倒，本以为并无大碍，不久竟口吐鲜血。入院后，精神尚佳，并无异状，不料两日之后病情急转直下，大量排血，陷入昏迷。经医生诊治，认为系胃瘤出血，虽经输血施救，却已无力回天，终于3月5日上午九时三刻逝世。[49]
3月6日，蔡元培逝世的消息便出现在各大报纸的重要位置。相关的报道均详细描述了蔡元培最后的救治情况及临终遗言。吴铁城、王云五、许地山、叶恭绰等人组成了治丧委员会，负责主持丧礼，并初步确定7日下午入殓的各项事宜。自6日起，林森、孔祥熙、孙科、于右任、戴季陶、居正、张群、陈立夫、朱家骅、王世杰、白崇禧、潘公展、马超俊、程天放、洪兰友、邵力子、黄炎培、徐崇清等国民政府及国民党高层人士，中国共产党中央委员会以及国际反侵略运动大会中国分会，中国国联同志会等社团，各地北大同学会纷纷来电致唁。[50]《大公报》当日即发表短评《悼蔡孑民先生》，概括蔡元培的一生“奔走革命，开拓文化，手造中国的新教育”，同时刊出了时任国民党总裁、军事委员会委员长蒋介石发来的唁电。同日，《中央日报》的长篇社论特别强调的则是蔡元培“思想革命，学术救国之信念”对近代中国的巨大影响。
3月7日下午，蔡元培遗体在香港摩理臣山道福禄寿殡仪馆入殓。由蒋介石代表吴铁城及临时治丧委员会代表俞鸿钧主祭。前往致祭者三百余人。10日，蔡元培灵柩出殡。灵柩停放妥当之后，即设奠致祭。除家属行礼之外，由吴铁城代表中央主祭，治丧委员会则由俞鸿钧代表，先后行礼。港都亦请罗旭龢代表到场致祭。当日执绋者五千余人，与祭者则逾万。全港学校商店均悬半旗志哀。
更为隆重的祭奠相继在全国各地展开。3月15日，《中央日报》头版位置刊出《蔡委员孑民先生追悼大会筹备处启事》，公布了筹办公祭的若干事宜。[51]16日，国民政府颁布褒扬令，称：
国民政府委员蔡元培，道德文章，夙孚时望。早岁志存匡复，远历重瀛，研贯中西学术。回国后，锐意以作育人才、促进民治为己任。先后任教育总长、北京大学校长及大学院院长，推行主义，启导新规，士气昌明，万流景仰。近长中央研究院，提倡文化事业，绩效弥彰。方期辅翊中枢，裁成后进，高年硕学，永为党国仪型；乃以旧疾未痊，滞居岭表。遽闻溘逝，震悼良深！着给治丧费五千元，派许委员崇智前往致祭。生平事迹，存备宣付史馆，用示崇重勋耆之至意。[52]
国民党中央常务委员会也议决全国各地于3月24日同时开会追悼，并将于当日全国邮局收发信件之时刻制“追悼蔡孑民先生纪念”邮戳，以志哀思。[53]
3月24日，浙江、重庆、贵州、云南、广西、广东、湖南、湖北、江西等地同时举行公祭和追悼蔡元培大会。战时行都重庆举行的各界公祭和追悼可谓规模宏大。大会的时间、地点都经过精心选择：24日电码为“敬”字，示崇敬元老之意；地点选择在美专，是出于纪念蔡先生提倡美学。会场经由特别布置，美专大门外搭彩牌两座，以鲜花缀成“蔡孑民追悼大会”字样。进门为重庆北大同学会横额“山颓木坏”，内为国民参政会额“教泽长存”，灵台上悬中央执行监察委员会横额“群伦师表”，次为国府主席林森额“勋宏作音”，两侧悬蒋介石挽联“教化宏敷，于古应尊大乐正；艰难多助，匡时赖造出群才”。上午八时半，公祭开始。公祭仪式首先由国民党总裁、军事委员会委员长蒋介石率领留渝中央执行监察委员吴稚晖、叶楚伧、何应钦、邓家彦、王宠惠、张群、孔祥熙、戴传贤、张继、陈立夫、刘峙、陈济棠、陈诚、于右任、萧同兹等，向遗像致祭，上香进献花圈，并宣读祭文。接着由张继代表国民政府致祭。再次由国民党中央各部、监察院、考试院、行政院各部，中央研究院，重庆市党部，中央大学，重庆北大同学会等公祭。午后三时，继续举行各界追悼大会。到会者有各机关团体代表于右任、张继、居正、叶楚伧、吴稚晖、陈立夫、邵力子、章士钊、左舜生、张君劢、褚辅成等五百人。先由张继报告悼词。继由吴稚晖发表演说。他除了追述蔡元培生平事迹，还特别发挥了邵力子诔词中“无所不容，有所不为”之主旨以概括蔡元培的一生，认为“天下无不死之人，未死者追悼死者，应该继承死者的遗志，‘无所不容’，虽不是每人都能做到，然而‘有所不为’却是每一个人都可以做到的”，借此号召大家继承延续蔡先生的“临大节而不可夺”，以促成抗战的最终胜利。[54]
在香港举行的各界追悼蔡元培大会，因其特殊的地点而得到国民政府官方的更多关注。3月24日下午二时，香港各界在香港大学大礼堂开会追悼。追悼会场经过精心的布置，素洁又不失庄重。主席台上悬国民党党旗、中华民国国旗及蔡公遗像，下悬国民政府褒扬令。另有蔡氏家属挽联悬于遗像两侧。四壁满悬挽联祭幛。全港各社团学校代表、社会名流千余人参加。国民政府代表许崇智、蒋介石代表陈策、香港各界代表罗旭龢、北大旅港教职员同学代表叶恭绰、同乡代表宋汉章、亲友代表张一麐、治丧会代表王云五等皆有祭文发表。主席团代表罗旭龢在大会上特别表示：“今日国难当中，蔡公遽然逝世，在国家失去一柱石，在国人失去一导师，凡我同胞，莫不深为痛惜。虽然，蔡公虽死，其伟大之精神犹在，故嘉言懿行，是吾人应注重之事。”旅港北大同学会的祭文也特意提及蔡元培的逝世“非仅一所大学之损失”，而是“系于世运及国家民族者至大”，并表示要秉承蔡元培遗教，“隐为国家社会培其元气与桢干”，以待他日重建北大。[55]
1940年3月6日，《中央日报》在蔡元培逝世第二天发表的社论中回顾了蔡元培的简要生平，历数了他在沟通中西学术、倡导普及美育、主持中央研究院等方面的贡献。通篇社论提及最多的词语是“青年”。社论有言：
辛亥革命之前，先生领导青年，推翻帝政。辛亥革命之后，先生复领导青年，进攻军阀。洪宪之变，复辟之役，苟非先生在思想界已确立坚牢不拔之根基，则事势所趋，或有不堪设想者矣。当北洋军阀猖獗之时，先生孤军深入，以北京大学为思想革命根据地，不畏威武，不辞劳瘁，指导青年，训练青年，组织青年，卒能发挥最大效用，而收获五四运动灿烂之成果。
再加上蔡元培本人“求知之切，洵为当今所仅见。毕生光阴，皆消耗于书卷中，个性极强，同流合污誓不屑为”。所以，他“所怀抱思想革命，学术救国之信念，更必为代代青年所服膺”，“能永为青年之导师”。[56]蔡元培临终曾留有遗言“学术救国”和“道德救国”，是针对处于僵持阶段的抗战时局而发。之所以不断重复提及蔡元培与抗战建国事业的关系，不断追述蔡元培晚年为抗日救国事业积极奔走的事迹，也正是看到了蔡元培在学界及青年学生中的声望和影响。[57]时任北大旅港同学会负责人的北大毕业生陈良猷的追忆可谓颇有代表性。他说：“在这个国难严重的时期来追悼先生，必须要彻底了解他对于救国的主张，作一深刻反省的检讨，把他遗留给我们的一切宝贵教训，用行动来接受我们这位民族导师所留给我们的遗产。”[58]在抗日救国的时代背景主题之下，蔡元培作为凝聚民族精神、唤起爱国热情的青年导师的形象被有意凸显出来。
与此同时，在其他官方政治力量介入较少的地区，政治色彩则要淡化许多。悼念仪式的主要参与者以分散在各地的北大毕业生或是曾在北大任教的教师为主，悼念的主题更多关注的是蔡元培与教育学术发展以及与北大发展的关系。比如，3月24日重庆各界公祭和追悼大会午间休整之时，北大参与祭奠的在渝师生曾有短暂聚餐。席间负责西南联大校务的蒋梦麟就曾表示，西南联大虽是联合大学，却是“内容简单，绝无人事问题”，这都是蔡元培生前遗留下来的包容精神发挥的作用。他进而表示：“蔡先生办学的精神，影响不仅及于北大，全国学校都受影响，在办学的立场言，北大师生应该继续这一种精神，发扬这一种精神。”[59]
同日，在昆明举行云南各界追悼大会，参加者有龙云、梅贻琦、熊庆来、赵世卿、袭自知等人。由云南省主席龙云主祭，恭读祭文，继由梅贻琦报告蔡元培生平事略，次由袭自知讲述蔡氏生前努力思想解放及提倡学术研究自由之精神，再次由北大校友常宗会演说，末由林文铮代表蔡先生家属致答词。
贵州各界的追悼大会则在省府贵阳举行。到会者有各机关团体学校民众两千余人。由党政军各界组主席团，教育厅长张志韩主席，报告蔡先生“温、良、恭、俭、让”之美德和“德、智、体、群、美”之主张。继由大夏大学理学院院长夏元瑮报告蔡先生言行，全场情绪极为肃穆。会后各界民众前往致祭者，自晨至暮，络绎不绝。
广西各界也于当日齐集桂林省府大礼堂举行追悼大会。到会者有各机关团体代表、各校学生、北大同学等千余人。大会由省主席黄旭初主祭，并致哀悼词。北大同学会则由省民政厅长邱昌渭代表致追悼词。仪式庄严肃穆。是日《广西日报》《扫荡报》《力报》《救亡日报》等均出特刊，刊登了各界纪念文字。会后集结各类追忆纪念文章为《广西各界追悼蔡孑民先生纪念册》出版。[60]
纪念仪式呈现了对过去的仪式性记忆，也使参与者更加集中地达成集体认同。[61]不难发现，各地的蔡元培纪念仪式都包含了大致统一的时间和相似的祭奠顺序。国家行政命令统一规定的祭奠时间，强化了这一纪念仪式可能带来的影响力。在由国民政府及国民党中央执行监察委员会出面组织的纪念仪式中，参与者的身份、级别可谓高矣，绝大多数政界、学界的重量级人物均参与其中。因蔡元培生前交游广泛，且对后辈或是提携相助，或是施以援手，其身后哀荣备至。参与者缅怀贤者多出于真心实意而非外力强制，按照既定规则的操演，又为纪念仪式注入了更多理性化的成分。纪念仪式通过不断重复叙说蔡元培的生平事迹，使得参与者的理性与感性情绪得以抒发。国家力量的直接介入，肯定了蔡元培的特殊贡献与功绩，确认了其作为青年榜样，是无可替代之导师。
1940年3月，即蔡元培逝世当月，是各界公祭与追悼最为集中的时间。如果以此时间为限，尽管各地的公祭过程中均不乏当权者的身影，但用力最勤者仍属教育文化界。比如，以报纸、杂志为代表的舆论媒介就是其中颇为活跃的代表。它们凭借快速更新的消息和广泛的传播，突出和强化的是蔡元培自晚清以来执掌文化教育界的一面，特别是其出长北大与创办中央研究院的经历，以及由此映衬出的蔡元培品格德行与人格魅力等精神层面，而较少关注其国民党元老的政治身份与其现实中的政治立场。
蔡元培逝世的消息一经披露，各大报纸、杂志皆适时开辟纪念特辑或专号，以资纪念。香港《大公报》利用在港出版发行的便利，第一时间对蔡元培在港救治及临终情况进行了及时报道。有关蔡元培遗体入殓、灵柩出殡以及香港各界送葬、祭奠等一系列后续事件，该报也都有详细的介绍。作为中国国民党机关报的《中央日报》，除了在第一时间报道蔡元培逝世的消息之外，也于3月24日各界公祭当日特辟“蔡委员孑民先生追悼纪念特刊”，以五个版面的篇幅分别刊载了蔡元培生前的代表性忆旧文章《我在教育界的经验》《我在北京大学的经历》，以及吴稚晖、朱家骅、王世杰、蒋梦麟、陈独秀、罗家伦、翁文灏、陈西滢等人的悼念和追忆文章二十余篇。
3月24日，在重庆发行的《新蜀报》也出版了“追悼蔡孑民先生纪念特刊”。张申府在特刊上发表了《蔡先生的一生与我们应当怎样悼念他》一文。他特意署名为北大就读时的学名“张崧年”，以示对蔡校长的崇敬。张申府以三点来概括蔡元培的一生：一是宽宏博大，兼容并包；二是好学不厌；三是有骨气，有志气。所以，他提出：“我们不但不可以因他非一派一系之人而不大悼念他，我们实在更应该因他非一派一系之人，而以为他为国家的人，民族的人，来悼念他。”同时，张申府表示，纪念和追悼蔡元培不仅是应该继续他的精神，传衍他的事业，“更应发扬光大他的精神与事业”，甚至是“宣付国史立传，优给治丧费；更进一步予以国葬，都是应该的”，都还做得不够。所以，他还建议“编刊其全集；以至为之办纪念学校，设纪念图书馆”，“无一不是应该而必要的”。[62]
中央大学哲学系教授宗白华则通过他主编的《时事新报》（渝版）《学灯》版传递了另一种方式的哀悼。3月24日各界公祭蔡元培当日，《学灯》便刊载了蔡元培生前为《教育大辞书》撰写的《美育》一文。此后三期《学灯》接连发表了李长之的《中国美育之今昔及其未来——为纪念蔡孑民先生逝世作》、朱宝昌的《平心物》、潘菽的《美育管见——纪念蔡元培先生》等文章。宗白华在每篇文章之后都附以编辑按语，不仅重温了蔡元培的美育思想与见解，也借纪念蔡元培之际引申展开了关于美育问题的讨论。[63]
1940年4月16日发行的《东方杂志》第37卷第8号，开设“追念蔡孑民先生特辑”。除特载王云五《蔡孑民先生的贡献》之外，另收录《大公报》《国民日报》开会追悼蔡元培当日吴铁城、许地山、顾孟余、叶恭绰等人的纪念文字。由林语堂等人编辑的《宇宙风·乙刊》，也在1940年5月1日出版的第24期开辟“蔡孑民先生纪念特辑”，收录周成、吕思勉、蒋维乔等人的追忆文章。商务印书馆另一颇有影响力的刊物《学生杂志》，也在4月出版的第20卷第4号开辟专栏，追思蔡元培生前事迹。
总体而言，各地追悼祭奠的参与者，以及各纪念专刊撰写追思文章的作者，绝大多数都有多重身份。特别是自1927年以后，南京国民政府在技术性层面的外交、经济和教育领域引入部分非国民党籍的技术专家型知识分子，像翁文灏、丁文江等不少知识界的一流学者都开始参与到实际政治中，由“议政”而至“参政”，行走于政学两界。[64]传统士人政学本是合而为一，只是民国之后才渐有分途，但在心态上却往往纠结于传统士人与现代知识分子之间。蔡元培曾力倡政学分开，更倾向于做一个纯粹的学人。所以，当年他一入北大便费尽心力地向学生灌输求学不是为了做官的观念。不过，蔡元培后来的现实境遇却并未能完全如其设想，而是时时处处陷入为学为政的冲突之中。
若从另一角度看，蔡元培纪念仪式的参与者呈现出的这种多重身份，正好与蔡元培生前亦学亦政的经历相对应。由于他丰富的人生经历和思想资源，不同身份的参与者分别凸显出其生前不同的面相：一个是参与创建民国与积极为抗战事业奔走的国民党元老蔡元培；另一个则是作为北大校长与中央研究院院长的蔡元培。纪念的主题也根据参与者而呈现出不同的选择：有的是在抗战建国主题之下强调蔡元培作为凝聚民众精神导师的政治意义，有的是追述蔡元培在近代教育学术发展中承前启后的特殊贡献。蔡元培在港去世，消息突然，纪念仪式参与者此时的叙述，大多带有亲炙者个人的情绪情感体验，通过回忆与蔡元培交往的各种细节，构建起一个以学术与道德救国的长者形象。在各大报纸杂志集体追忆的作用之下，蔡元培丰富多彩的人生经历与兼容中外的思想气度得到最为集中的再现与梳理。蔡元培的生命也以基于交往记忆的形式延续下来。
扬·阿斯曼指出，仪式的作用就是“要使集体的认同体系保持活跃而不至于陷入停滞状态”。通过仪式，那些“与认同相关的知识传达给了每个参与者”。[65]综观包括蔡元培公祭追悼仪式以及报纸杂志的集体追忆在内的纪念仪式，无论是更多出于现实情势考虑的政治权威力量，还是相对单纯的教育学术界，都以各自的现实需要强调蔡元培某一面的特有品质。得益于这些参与者的多重身份，有关纪念主题的政治与学术的不同取向得以以调和的方式共存。不过，这种并存只是围绕着纪念活动而暂时存在，随着社会政治环境的变化，这种短暂的平衡被打破了。
