鉴于美国在核武器方面的优势和肯尼迪的强硬态度，赫鲁晓夫决定作出退让。1961年10月10日，赫鲁晓夫在苏共二十二大的讲话中说："西方国家对局势表现了某种理解，并倾向于谋求德国和西柏林争端的解决"，如果情况真是这样，"我们将不坚持一定要在1961年12月31日前缔结对德和约"。
11月7日，赫鲁晓夫又取消了要美、英、法三国撤出西柏林的期限，宣布愿意推迟解决西柏林问题的时间。西方国家认为，柏林墙并未触及西柏林的"安全"，从而接受了既成的事实。
第二次柏林危机似乎要告结束了，但在1962年头几个月里，苏联对从西德到西柏林的空中走廊进行了军事"试探"。但由于西方增加了战斗机作为反应，并警告东欧国家阻碍空运将使它们的飞机不能进入北约组织国家，因此苏联的干扰终于结束了，危机的势头再次低落下去。
1962年以后，东、西柏林之间签署了一些协议。1971年9月，美、英、法、苏就西柏林等问题签订了"四方协定"，主要内容有：(1)四方"互相尊重各自的共同的权利和责任"，"不得单方面改变"本地区业已形成的局面；(2)苏联政府声明，西柏林和联邦德国之间穿过民主德国境内的公路、铁路和水路"平民与货物过境交通将畅通无阻"，并享受"优惠待遇"；(3)西柏林不是联邦德国的一个组成部分，也不属其管辖，但可"维持和发展柏林西区与联邦德国的联系"，联邦德国有权对在国外的西柏林人"提供领事服务"，可在国际组织和国际会议中代表西柏林的利益，联邦德国签署的国际协定可扩大应用于柏林西区；(4)西柏林居民可因人道、家庭、宗教、文化或商业理由，或以旅行者身份去民主德国和东柏林旅行；(5)西方三国允许苏联向西柏林派驻总领事馆。协定签订以后，有关各方对协定条文均作出有利于自己的解释。因此，直到冷战结束以前，围绕柏林地位问题仍不时发生争吵。
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7.古巴导弹危机(1)
1962年，加勒比海地区发生了一场震惊世界的古巴导弹危机。这场危机，差一点引发一场核战争，使世界处于千钧一发之际。在人类进入核时代以来，在美苏军备竞赛和争夺世界霸权的激烈斗争中，没有任何一次危机达到如此惊心动起的程度。古巴导弹危机，不仅使研究战争和国际关系的人们感兴趣，而且值得生活在和平时期的人们去回顾、思考。
7.1 逼上梁山
众所周知，古巴是个小国，所处的地理位置，离美国只有几海里，而且地形又有利于进攻而不利于防守。处于美国后院而离苏联有11000公里之遥的古巴，怎么会与威名赫赫的核大国美国作对呢？
其中缘由，真可以用四个字来概括：逼上梁山。
1955年1月1日，古巴取得了人民革命的胜利，推翻了巴蒂斯塔独裁政权。1月13日成立了古巴共和国。宣告这一胜利的是领导人民革命的菲德尔·卡斯特罗，当时这位领袖人物年仅32岁。
新政权成立初期，美国同古巴的关系还比较好。2月，卡斯特罗出任总理，4月访问美国，还受到艾森豪威尔政府的热烈欢迎。巴蒂斯塔是美国一手扶植起来的傀儡，美国政府欢迎卡斯特罗，并不是赞赏反对独裁统治，而是企图把古巴纳入美国的势力范围，巩固它在拉美的统治基础。
无论是卡斯特罗还是他的战友，本来不仅同苏联和其他社会主义国家没有任何联系，而且甚至对马列主义、对共产主义学说尚无基本的认识。1959年6月，古巴新政府的领导成员发生很大变动，即主张实行较为稳健政策的领导人纷纷离开政府，政府重要部门绝大多数被主张实行急进政策的人所掌握。美国政府担心控制不了古巴，后院起火，动摇美国在拉美的统治基础，于是就对古巴新政权产生了怨恨和不满，并且以傲慢的态度对待古巴，企图逼新政府就范。但是古巴新政府的领导人很有骨气，并不屈服于美国的压力。这就导致了美国与古巴关系的日益恶化。
1961年1月5日，美国竟然宣布同古巴断绝外交关系。同时，从经济上开始对古巴进行制裁，把一个完全依靠生产和销售糖类来维持国计民生的国家严密地封锁起来，使它的食糖卖不出去，企图通过卡断经济命脉来扼杀年轻的古巴共和国。
同年4月，在美国的策划下，1000多名雇佣军登上古巴吉隆滩，妄图以暴力颠覆卡斯特罗新政府。但是，美国政府没有预料到，72小时之内，入侵者即被古巴人民一网打尽。这便是现代史上著名的猪湾事件。然而，美国政府并未就此罢休，反而继续对古巴施加压力，继续采取敌视古巴的政策。
当时，古巴主要依靠苏联提供武器以反对美国的威胁。在受到美国的强大压力时，卡斯特罗不得不向苏联寻求援助。苏联当时对古巴的处境表现出异乎寻常的关切，正是出于同美国争夺霸权的需要，想在拉丁美洲找一个立足点。古巴的求援，正是赫鲁晓夫求之不得的事情。他认为，古巴局势的发展，直接关系到苏联在拉丁美洲的影响，关系到苏联的威信及其在拉美的立脚点。古巴和苏联于1960年就恢复了外交关系。在美国同古巴绝交后，苏联就抓住机会，增加了对古巴的经济、军事援助。苏古关系的发展，也就隐伏着美苏关系的紧张和日后的导弹危机。
被逼上梁山的卡斯特罗，1960年秋天在联合国大会上发表了一番慷慨激昂的讲话。他面对坐在大厅里的美国人说，是你们促使我们寻求新的市场和新的朋友，它们就是苏联和社会主义世界。在这之后，我们就开始对这种社会主义产生了兴趣并开始研究它。我们得出了结论：离开社会主义我们就无法改造古巴。这是你们美国人教会我们这样做的。
7.2 赫鲁晓夫使人目瞪口呆
1962年5月的一天，赫鲁晓夫召集了一个重要会议，参加者有科兹洛夫、米高扬、马利诺夫斯基元帅、外交部长葛罗米柯、火箭部队司令比留佐夫元帅、苏联驻古巴共和国大使阿列克谢耶夫、苏共中央主席团候补委员拉希多夫。会议讨论古巴问题。
在会上，赫鲁晓夫突然提出一个人们意想不到的问题，使与会者一时目瞪口呆。
他突然问阿列克谢耶夫："依你看，菲德尔对在古巴布置我们导弹的建议将作何反应？"
大使好不容易克制住慌乱情绪，终于说出了自己的疑虑：卡斯特罗未必同意这项建议，因为古巴领导人的战略是立足于全体人民的战斗准备，立足于世界舆论的声援、拉丁美洲人民和古巴革命的团结一致之上的。
马利诺夫斯基元帅不同意大使的看法，认为古巴可能会像西班牙共和国政府那样，公开接受苏联的军事援助。
赫鲁晓夫的逻辑是：如果卡斯特罗认为苏联的建议难以接受，那么苏联给予古巴的其他任何形式的援助，其实都未必能让侵略者就此止步。他坚决主张把导弹运进古巴，理由是：第一，肯尼迪上台之后，吉隆滩登陆失败，使他在外交上输了一个回合，美国没有充分理由反对卡斯特罗采取一切可能的预防措施来对付另一次入侵，其中包括接受苏联的核武器援助在内。第二，对抗美国的包围。鉴于当时美国已经用轰炸机基地和导弹包围了苏联，美国在土耳其、意大利和西德的导弹都对准了苏联，苏联重要的工业中心都处于核弹、战略轰炸机的直接威胁之下，因此应尽快秘密地把导弹运进古巴，而且要在美国发现之前装好，可供发射。第三，最重要的一个动因，是为了在全球恢复美苏平衡。50年代后期，在军备竞赛中，肯尼迪政府在50年代后期拚命扩充其核武库，使美国在苏美核竞赛中处于领先地位。在1962年，美国所拥有的核运载工具大约比苏联多5倍。苏联拥有约350枚至700枚短程导弹，这些导弹不能从苏联发射到美国，只能发射到欧洲。苏联只有200架洲际轰炸机，而美国却有600架。美国还有大约130枚至150枚导弹装置在"北极星"潜艇上。美国核武库中的新成员和美国制定的"打击军事力量战略"又给苏联的核力量带来了巨大的威慑。此外，美军用新式的情报收集技术确定了苏联核基地的准确位置，使苏联更进一步处于被动地位。最后，赫鲁晓夫也许还意识到要让苏联在核军备竞赛中赶上美国尚需很长时间，并要耗空苏联的财力。
因此，在赫鲁晓夫看来，向古巴部署导弹显然是恢复苏美平衡的一个快捷、便宜的千载难逢的机会。从军事角度来说，在古巴安置大约60枚导弹，有的射程1000英里，少数射程1500英里到2000英里，而且可以避开美国的预警系统，因而事实上就会使苏联打击美国的能力增加一倍。不管怎么说，它至少也是一个政治和宣传上的胜利，可以巩固古巴领导人卡斯特罗的地位，从政治、经济和军事上控制古巴，从而把古巴作为同美国进行政治交易的筹码，以增强苏联的威慑能力。赫鲁晓夫或许也知道可能会面临严重的军事冲突，但思前想后，觉得这场大赌博还是值得一试的。赫鲁晓夫当时的想法，在他后来的回忆录中体现得淋漓尽致：
……每个人都同意，除非我们采取行动，否则美国是不会对古巴善罢甘休的。我们有责任尽力保卫古巴作为一个社会主义国家、作为对其他拉美国家的一个活生生范例的存在。我很清楚，如果我们不对古巴的防御采取一些决定性措施的话，我们将很可能失去它。
即使我在莫斯科忙于国内事务或去其他兄弟国家访问时，古巴的命运和苏联在世界那一部分的影响力这一问题也一直萦回在我的脑际。例如，在我对保加利亚进行官方访问时，一个念头闯进我的脑海：如果我们失去了古巴将会发生什么呢？我知道那将是对马列主义的一个可怕的打击，将严重削弱我们在全世界、尤其是拉丁美洲的影响力。如果古巴失陷，其他拉丁美洲国家就将摈起我们，说苏联除了在联合国作空洞的抗议外，再也不能对古巴做什么。我们不得不想一些办法用实际行动来与美国对抗，我们必须对美国在加勒比海地区的干涉进行明确而有效的威慑。可到底做些什么呢？导弹显然是合乎逻辑的答案。美国已经用它自己的轰炸机基地和导弹将苏联包围起来了。我们知道部署在土耳其和意大利的美国导弹正在瞄准我们，我们重要的工业中心直接受到装有原子弹的飞机和带有核弹头的导弹的威胁。作为苏联部长会议主席，我发现自己处于一个困难的境地，即不得不制定出既能回答美国威胁又能避免战争的行动方针来。只有傻瓜才会发动一场战争，而一旦他这样做了，即使最聪明的人也无法制止它——尤其是一场核战争。
就是在我访问保加利亚时，我产生了这样一个想法，即在古巴安置带有核弹头的导弹但又不让美国过早地知道，而一旦他们发觉，又已为时过晚。我知道首先得与卡斯特罗谈，得向他解释我们的策略，以便取得古巴政府的同意。我的思路是这样的：如果我们秘密安装导弹，而在安装完毕、准备发射时美国发现了它们，则美国在试图用武力消灭它们之前就不得不三思而后行了。我知道美国人可能会干掉我们的一部分导弹设施，但不可能是全部。只要1/4甚至是1/10的导弹生存下来——甚至是只剩下来一两枚大家伙——我们仍然可以击中纽约，使之所剩无几。我并不是说每一个在纽约的人都会被杀死——当然不是每一个人，但是仍有为数可怕的一大部分人会被干掉。我不知道到底有多少：那是一件由我们的科学家和军事技术人员去计算的事，他们精通核战争，知道怎样计算用导弹袭击像纽约这么大的城市的后果。但那都无关紧要。我想，主要的问题是在古巴安装我们的导弹可以阻止美国贸然对卡斯特罗政府采取军事行动。除了保卫古巴外，我们的导弹还将使西方人所说的"力量均势"取得平衡。美国人已经用军事基地包围了我们的国家，并用核武器威胁我们，现在他们将尝到敌人的导弹瞄准自己是什么滋味了。我们只不过是想以仆人之道，还治仆人之身。现在到了美国体会体会让它自己的土地和人民受威胁的感觉的时候了。在过去的半个世纪中，我们俄国人遭受了三次战争的创伤：第一次世界大战、内战和第二次世界大战。至少在过去的58年间，美国还从来没有在自己的土地上进行过一次战争。它派遣军队到国外参加了世界大战——并且都获得了幸运的结果。美国人自己只流了几滴血，却让世界其他地方的几十亿人的血流干……
我想彻底澄清一点：当我们将导弹安放在古巴时，我们并无意发动一场战争。相反，我们的主要目的只是要威胁美国，不让它去发动一场战争。我们充分意识到，一场在古巴爆发的战争必然将很快扩展成一场世界大战。只有白痴才会在古巴和美国之间发动一场战争。古巴离我们有11000公里之遥，只有笨蛋才会想到我们会从古巴入侵美洲大陆。我们的目标正好相反：我们是要让美国人面对我们的导弹三思而后行，从而达到防止他们入侵古巴的目的。
这次会议作出决定，派遣一个由拉希多夫、比留佐夫和阿列克谢耶夫组成的代表团，赴哈瓦那和古巴人讨论赫鲁晓夫的想法。卡斯特罗比较谨慎。他得知赫鲁晓夫的想法后，只是"觉得这个想法很有意思"，没有立即同意。不过他和他的亲密战友商量以后，作出了明确的答复：同意。
1962年6月，古巴武装部队部部长劳尔·卡斯特罗受权到莫斯科进行具体谈判并签订关于在古巴领土上布置苏联导弹的协定。劳尔与赫鲁晓夫、马利诺夫斯基元帅、比留佐夫元帅举行了谈判，阿列克谢耶夫大使充当翻译。被吸收参加协定起草工作的仅有两三位将军。文件草案翻译成西班牙语的翻译工作不得不由大使和劳尔两人来干。本应由赫鲁晓夫和卡斯特罗签署的协定，却是由马利诺夫斯基和劳尔草签的。协定称：苏联在古巴秘密部署核导弹，导弹本身及其操纵，完全处于苏联军事指挥人员的管辖之下。
经过伪装的第一批武器是在7月下旬用商船运抵古巴的。美国中央情报局的情报人员，从古巴难民口中获悉了古巴港口比往常显得繁忙的情报，进行了观察研究。三个星期后，中央情报局给肯尼迪总统送去了一份紧急报告。这份报告说，苏联大概在古巴已建立了地对空萨姆导弹发射阵地网。
8月29日，美国派能躲避雷达的U-2高空侦察飞机在古巴上空作侦察飞行，发现了苏联在古巴建立了萨姆地对空导弹发射场，同时还发现在古巴圣克里斯托克瓦尔附近的一块空地上，有正在构筑地对地导弹基地的迹象。9月4日，肯尼迪总统发表声明说，美国不会容忍对其进攻性武器的引入。肯尼迪无视古巴的领空主权，命令增加U-2飞机在古巴上空的飞行次数。
9月8日和15日，分别有两条苏联大货轮"奥姆斯克号"和"波尔塔瓦号"到达哈瓦那。这原是专运木材的船，舱口大，浮水高，顶层甲板上放着货车，下面是一批中程弹道导弹。
在此期间，苏联在公开场合一直否认在古巴拥有任何进攻武器。赫鲁晓夫在给肯尼迪的信中表示：苏联不需要为了击败侵略，为了进行报复性的打击而将自己的武器转移到其他任何国家，例如古巴。赫鲁晓夫并且保证，在11月美国国会选举前，他不会挑起任何事件。一周以后，苏联政府授权塔斯社发表了一个声明，特别提到征召后备役军人以及美国对苏联向古巴进行海运而引起的惊恐问题。声明说，苏联的船只是装运"给古巴人民日用品和食物"，但是，接着又承认："由于侵略成性的帝国主义集团的威胁，应古巴政府的请求，还装载着一定数量的武器，以及训练古巴人使用现代化武器的军事技术专家和技术人员。"声明继续说："苏联政府还授权塔斯社声明，苏联不需要为了击退侵略，为了进行报复性的打击而将自己的武器转移到其他任何国家，例如古巴。我们的核武器爆炸力如此强大，而苏联又拥有如此强大的火箭来运载这些核弹头，以致没有必要在苏联疆土之外寻找发射核武器的场所。……苏联有可能从它自己的国土上支援任何爱好和平的国家，不仅是古巴。"
到9月18日至21日的时候，美中央情报局开始接到秘密报告，说是在古巴圣克里斯托克瓦尔地区有诡秘的活动，并有情报说60英尺长的导弹已在古巴境内。但中央情报局对这些情报的可靠性仍表示怀疑。而事实上，第四个古巴中远程导弹基地工程似乎已在9月25日到9月30日之间在古巴萨瓜拉格兰德开始。同时，在9月28日，流亡的古巴大学生指导委员会透露说，已有15处导弹基地在建造中。不过，这些迹象都未引起白宫的高度重视。
然而，美国人并不放心。10月1日，国防部长麦克纳马拉会见参谋长联席会议成员，讨论一旦发现苏联进攻性武器之后的紧急作战计划，并讨论了在必要时如何推翻卡斯特罗政权。大西洋军区总司令罗伯特·李·邓尼森海军上将受命对可能进行的封锁古巴行动作准备。10月6日，邓尼森的部队处于高度戒备状态。10月8日，一支F-4H战斗机中队进驻位于美国佛罗里达州南端佛罗里达群岛最西端的基伟斯特岛，以加强美国在那里的空军力量。这样做的目的，是为美国可能采取的行动作好准备，而又暂时不惊动苏联。对外，美军则宣称这是每年在这一区域例行的代号为"两栖演习′62"的两栖进攻性军事演习的一部分。
10月14日是星期天。在这个万里无云的星期日凌晨，两架美国U-2飞机从南向北飞过了古巴西部上空。其中一架由小鲁道夫·安德森少校驾驶，他们拍摄了大量照片。执行任务归来后，底片迅速送到洗印室，再送到判读中心，由专家们仔细地研究放大照片上的每一个画面。10月15日，星期一傍晚，在判读模糊不清和错综复杂的记号时，他们认出了一座发射台、许多发射弹道导弹的建筑物，甚至在圣克里斯托瓦尔地区还发现了一枚中程弹道导弹。根据其他的挖掘工程来看，似乎还在修建射程为2000英里的中远程弹道导弹使用的坚固的永久基地。而且，美国鉴定专家确信，发射装置上安装的是导弹核武器。
10月16日，肯尼迪总统才得到上述情况的汇报。他对赫鲁晓夫欺骗他的行为非常恼怒，并立刻意识到这件事关系重大。他没有料到苏联人在古巴这样一个地方会采取如此轻率和冒险的行动，没有料到转眼之间古巴戏剧性地拥有了在西半球仅次于美国的最大的、装备最好的军事力量。肯尼迪感到，苏联导弹造成了一种严重的威胁，要是不猛烈回击，那就会有损他的政府在国内外的形象，激起公众对他的不信任，并使美国如芒在背。肯尼迪决定，要使苏联明白美国不惜一战的决心。
7.3 封锁还是空袭？
1962年10月16日晨，肯尼迪总统听过国家安全事务助理乔治·邦迪的汇报之后，立即指示邦迪召集政府主要成员在上午11点45分开会，讨论对苏联把导弹运进古巴的对策。
参加会议的人员，除了总统和副总统，还有国务卿迪安·腊斯克、副国务卿乔治·鲍尔、副国务卿帮办亚历克西斯·约翰逊、拉丁美洲事务助理国务卿爱德华·马丁和卢埃林·汤普森、国防部长罗伯特·麦克纳马拉，国防部副部长罗斯韦尔·吉尔帕特里克、助理国防部长保罗·尼采、司法部长罗伯特·肯尼迪、中央情报局局长约翰·麦康、财政部长道格拉斯·迪隆、总统的国家安全事务特别助理乔治·邦迪、总统顾问特德·索伦森和参谋长联席会议主席马克斯韦尔·泰勒等人。这些人组成了国家安全委员会执行委员会。会议从这天上午11时45分开始，一直开到周末，除休息外都是讨论。
在会上，不仅详尽讨论了美国应作出什么反应，还讨论了苏联人为什么采取这样激烈和危险的一反常态的做法，下一步又打算干什么。
对于后一个问题，在会上提出了几种不同看法，各种看法之间，有些部分是相同的，有些内容则是相互矛盾的。
第一种看法是冷战策略。持这种意见的人认为，赫鲁晓夫可能断定美国人太胆小，不敢冒核战争的风险，美国人一旦实际面对着这些导弹，除了抗议之外，不会做什么别的，这样美国人就会在全世界面前显得软弱无力和优柔寡断，从而使盟国不相信美国的话而谋求同苏联人和解，特别是听任共产党在拉丁美洲增加影响。认为赫鲁晓夫在核武器上花了大量的金钱和力气之后，虽然希望永远不会在战争中使用它，但至少他想再试上一试，用它来达到讹诈的目的。所以，这是对美国抵抗意志的一次试探和考验。
第二种看法是一个转移注意力的圈套。有人说，依照赫鲁晓夫的估计，如果美国真的作出反应——假定说，进攻"小小的"古巴——那么盟国就会出现分裂，联合国就会感到震惊，拉丁美洲国家的反美情绪将会比过去更为激烈。当美国的部队和精力转移到这里时，赫鲁晓夫就会乘机迅速进入西柏林。还有人推测，赫鲁晓夫还估计到，美国方面的任何强烈反应，都有助于他向斯大林分子和中国人证明，西方并不是"纸老虎"。
第三种看法是为了保卫古巴。认为赫鲁晓夫之所以要大力扶植古巴，不能听任古巴垮掉，就在于他意识到：苏联在西半球有一个卫星国是极有价值的，这对苏联推行对外扩张政策和与赤色中国对抗，都非常有利。
第四种看法是讨价还价的交易。认为赫鲁晓夫企图利用这些导弹基地作为筹码，在一次最高级会议上或在联合国中与肯尼迪讨价还价——以这些基地换取他所需要的那种柏林协定，或换取美国撤退其海外基地。
第五种看法是为了显示导弹实力。有人认为，苏联急于弥补美苏在导弹方面存在的差距。如果发展洲际弹道导弹和从潜艇上发射的导弹，费用太高；如果在古巴设置基地，部署他们现有的中近程弹道导弹和中远程弹道导弹，那么他们就能迅速而相当廉价地大大增加以美国为目标的导弹总数。这些导弹能够越过美国大多数导弹警报系统，在发射和到达目标这段时间里，实际上使对方不可能发出战术警报。美核轰炸机在跑道上保持的15分钟地面待命，就嫌时间太长了。
苏联在古巴的导弹，实际上对双方的战略均势并不能造成多大改变。但战略均势在外表上是会发生重大变化的。这种表面的变化，对国民意志和世界领导地位都会起作用。
肯尼迪认为，第三、第五种看法，可能是苏联方面的动机，但第一种看法所指出的可能性，或许最切合实际。
由于对苏联动机的分析各持己见，无法很有把握地肯定其中一种意见，因此在讨论对策或可能采取的行动时，依然是见解纷呈，莫衷一是。
10月17日，国家安全委员会执行委员会在继续讨论对策时，至少提出过七种可供选择的方案：(1)目前什么行动也不采取；(2)采取外交行动，把苏联人拉到联合国安理会去解决问题；(3)派使者去见赫鲁晓夫，对苏联人施加压力并提出警告，悄悄解决此事；(4)离间苏古关系，即同卡斯特罗秘密接触，使他同苏联人分开，并向他提出警告，倘若不接受美国的建议，他的岛国将遭到毁灭，况且，苏联人也正在出卖他；(5)进行封锁；(6)实行空袭；(7)入侵古巴，军队开进去，把古巴从卡斯特罗手里夺过来。
10月18、19日，国家安全委员会执行委员会成员仍然夜以继日地进行讨论，最后形成了两种带倾向性的意见。
以参谋长联席会议主席马克斯韦尔·泰勒上将为一方，包括肯尼迪总统顾问中的多数人，主张全面空袭古巴，是属于"强硬派"。他们认为，封锁解决不了问题，应力求以空中袭击，摧毁那些导弹，这一办法不仅可以显示美国的决心，而且会使赫鲁晓夫恢复理智。持这一主张的人也认识到，要在军事上万无一失，就需要进行更大规模的打击，以消灭一切可能产生的危险。他们指出，空袭之后，几乎可以肯定需要继之以陆上进攻，在进攻中可能会有25000美国人和相应数量的古巴人伤亡。他们确信，由于美国在西半球的军事优势，上述空袭和陆上入侵定然成功，苏联人的反应，很可能是在侧翼地区，或者甚至是对北大西洋公约组织的心脏地区采取军事行动。
以国防部长麦克纳马拉为代表的"温和派"，则提出了对古巴实行海上封锁的主张。他们认为，封锁"目的在于阻止把进攻性武器运进古巴，并且可望强迫撤走已经设置在那里的导弹"。他们还指出，封锁是一条介乎无所作为和战争之间的中间道路，这条道路利用了美国在当地常规力量方面的优势，同时使美国在以后的行动上处于既可战又可和的有利地位。
那些主张采取军事打击、反对封锁的人指出，封锁实际上搞不掉导弹，甚至也无法使导弹基地停止继续工作。导弹已经运进了古巴，用封锁的办法，充其量只能做到"亡羊补牢"而已。此外，他们还争辩说，当应该集中注意力对付古巴和卡斯特罗的时候，我们将会因为迫使苏联船舶停航而引起同苏联发生一场对抗。
他们最有力的论点是，美国在古巴周围设置封锁线，等于引诱俄国人对柏林采取同样的行动。如果美国提出以撤除在古巴的导弹作为美国解除封锁的条件，那么，苏联就会提出撤除包围苏联的导弹作为相应的行动。
委员们在审查一张拍摄于10月17日(星期三)的侦察照片时，发现了其他一些设施，至少有16枚、也可能是32枚射程超过1000英里的导弹。美国的军事专家说，这些导弹可以在一周内使用。第二天，星期四，根据美国情报部门的估计，在古巴的导弹的原子弹头的威力，大约相当于整个苏联现有的洲际导弹总能量的一半。照片表明，那些导弹都对准了一些美国城市，估计在它们发射后的几分钟之内，将要死掉8000万美国人。于是，强硬派要求立即采取军事行动。空军参谋长柯蒂斯·李梅将军甚至同总统展开了激烈的辩论，他认为必须进行军事袭击。总统问到俄国人将会作出什么反应时，李梅将军向他保证说，不会有什么反应。肯尼迪总统对此表示怀疑："他们同我们一样决不会听其自然而什么事也不干。他们在发表了那么多声明之后，决不会让我们搞掉他们的导弹，杀死大量俄国人，然后什么事也不干。如果他们不在古巴采取行动，当然会在柏林采取行动。"
前国务卿迪安·艾奇逊也开始来出席会议，他强烈赞成空袭方针。他说，美国总统对美国人民以及整个自由世界人民的安全负有责任，总统的义务就是采取能够保护这一安全的唯一的行动，这就意味着要把导弹摧毁。
然而，肯尼迪总统倾向于进行封锁。
10月19日，封锁的方案获得了更多的支持者，"封锁派"已占了绝对优势。
封锁是比空袭更为有限、更为低调的军事行动。它给赫鲁晓夫提供了一种选择，只要他的船只避开，就可避免一切直接的军事冲突，至少，它可以在不打一枪或不杀伤一名苏联公民和古巴公民的情况下就实行起来。因此，似乎不大可能突然出现直接的军事报复。况且，在离美国不远的加勒比海上交锋，即使不可避免，也是对美国最有力的军事对抗。封锁也有弊病。与空袭相比，封锁的一个最大缺点是时间问题。因为它不能给赫鲁晓夫和全世界一个既成事实，它是一种旷日持久、使人痛苦的解决办法，它的影响无法预料，持续多长时间也无法肯定。它将给苏联在古巴的导弹投入使用以足够的时间。
在美国方面看来，封锁是有吸引力的。它的好处是使美国可以更有节制地升级，根据形势发展的需要逐步升级或迅速升级。它可以作为向赫鲁晓夫发出的一种明白无误的，而又不是突然的或屈辱性的警告，让他们了解美国人期待他采取什么行动。由于封锁是慎重的，可以避免重大伤亡，可以避免进攻古巴领土，所以它比空袭更容易为其他国家所接受，使美洲国家和盟国支持美国初步采取的立场，并使以后需要采取的行动，不论是空袭还是其他行动，都更有可能得到他们的支持。
因此，总统选择了封锁，并成立了封锁领导小组委员会，进一步讨论采取哪种封锁方式的问题。
小组委员会建议，封锁应从最低一级行动着手，即避免激怒与古巴有贸易关系的盟国，只对进攻性武其实行封锁。肯尼迪表示，防御性武岂不是不可以容许的，他还把全部粮食和供应品都排除在禁运之外，这对无辜的古巴人的影响不可低估。这样区别对待，还可避免拦截潜艇和飞机的困难(即使把导弹和轰炸机拆成部件，要用飞机和潜艇运进古巴也是难以办到的)。
小组委员会所考虑的下一个问题，是封锁是否包括军方所谓的"POL"(即石油、原油和润滑油)在内。如果对"POL"实行禁运，就必然会使全部油船折回，并直接导致古巴经济的崩溃。这些商品虽然同进攻性战争机器相关，但作为初步行动的一个措施，似乎太严厉了，很可能迫使对方作出更为敌对的反应。这样做，很可能使卡斯特罗认为，美国的矛头是针对古巴生存的，而不是针对赫鲁晓夫的导弹的。讨论后提出的建议是："POL"的禁运暂不施行，而是留待以后需要升级时作为收紧封锁的一种手段。
对古巴实行海上封锁的决定，是10月19日(星期五)由肯尼迪总统作出的。在作出决定之前，肯尼迪的国家安全事务特别助理邦迪认为："明显的是一定要让整个美国知道这一消息，而且越快越好。同样明显的是，如果可能的话，总统应该在他能够讲他将采取什么行动时亲自宣布这一消息。而在同赫鲁晓夫竞争的情况下，又迫切需要短时间的保密也是显而易见的。显然，赫鲁晓夫正试图以有意的欺骗性保证偷偷地完成他的部署。他不知道我们已经发现了他们的行动，也不知道我们正在考虑如何作出反应。"
因此，为了对苏联进行反欺骗，邦迪故意对美国广播公司说："我认为古巴人、古巴政府和苏联政府目前不可能联合起来，试图部署具有大规模进攻性能力的武器。"
10月18日，星期四下午，为了表示一切处于正常，肯尼迪接见了苏联外长葛罗米柯。葛罗米柯无疑也知道苏联有核导弹在古巴，但他不知道肯尼迪已经知道了这件事，因此他矢口否认在古巴布置有导弹一事。葛罗米柯说，苏联对古巴的援助，"目的完全在于对古巴的防御能力提供帮助。如果情况不是这样，那么苏联政府是不会给予这种援助的"。为了不让苏联察觉到美国已知此事，从而有更多的掩盖和准备时间，肯尼迪在葛罗米柯面前装糊涂，没有多说关于古巴的事情。
7.4 海上封锁
肯尼迪10月19日作出海上封锁的决定之后，美国政府就迅速行动起来。当天下午6点，召开了自古巴导弹危机发生以来美国第一次国家安全委员会会议。国务院的官员开始对美洲国家组织开展拉拢工作，艾奇逊被委以重任，派到欧洲去向戴高乐和北约组织通报美国即将采取的行动。美国新闻署给了各家私营电台一项重要的专题转播任务，把肯尼迪将要发表的演说，用西班牙语对古巴和拉丁美洲播放。
美国在军事上加紧为封锁作准备。海军在加勒比海部署了180艘舰艇；B-52轰炸机部队奉命满载核武器在空中作昼夜飞行；第一装甲师深夜从得克萨斯州出发，开往佐治亚州的港口，准备上船；另外还有5个师处于戒备状态。
10月20日是星期六。这天一大早，肯尼迪决定缩短他的竞选旅行，提前返回白宫，为下一步行动作准备。但给新闻界透露的消息是，总统缩短旅行是由于患感冒。
10月21日下午，肯尼迪请海军参谋长小安德森详谈封锁的计划和程序。这个海军上将说，首先向每条驶来的船只发出停止前进的信号，以便上船检查；然后，如果没有得到满意的反应，就朝船头正前方开炮以示警告；最后，如果仍然得不到满意的答复，就射击船板，使岂不能行驶，但并不将它击沉。
"你肯定这能办到吗？"总统苦笑着问道。
"能办到，总统！"海军上将回答。
10月22日(星期一)下午6点，美国国务卿腊斯克会晤了苏联驻美国大使多勃雷宁。大使从屋子里走出来时，铁青着脸，显得惊慌失措。
同一天晚上7点，肯尼迪在白宫他的书房里，向美国和全世界发表广播讲话，通告了苏联在古巴部署核导弹的事实。肯尼迪认为这一"秘密、迅速和异乎寻常的导弹设施"是"蓄意的挑衅和对现状作出的毫无道理的改变，是美国不能接受的"。他说，苏联的行动是对国际协议和宪章的公然蔑视，也是对它自己的多次公开警告的公然蔑视。在特别提到那些导弹将能够打击西半球的大部分城市后，肯尼迪总统又以强调的语气列举了美国即将采取的"初步措施"：
(1)对一切正在驶往古巴的进攻性军事装备实行海上"隔离"；
(2)增加对古巴及其领土上军事集结的监视，如果苏联继续作进攻性准备，美国就有正当理由准备采取进一步的行动；
(3)从古巴发射的任何导弹将被认为是苏联对美国的攻击，因而，需要对苏联作出全面的报复性反应；
(4)加强美国在关塔纳摩基地的力量，疏散军事人员的家属；
(5)立刻召开美洲国家组织会议，讨论对西半球安全的威胁；
(6)召开联合国安理会紧急会议，审议对世界和平的威胁；
(7)呼吁赫鲁晓夫放弃"统治世界的方针"，共同作出历史性的努力。
肯尼迪在广播讲话中说，20世纪的30年代使我们吸取了一个明确的教训：如果允许侵略行动不受遏止和不遭反对地继续下去，最终必将导致战争。他向苏联领导人发出呼吁说：
"我呼吁赫鲁晓夫主席停止和取消这种对世界和平和我们两国稳定关系的秘密、鲁莽并富有挑衅性的威胁行动。我进一步要求他放弃统治世界的方针，与我们共同作出历史性的努力，以结束危险的军事竞赛，改变人类的历史。使世界免坠毁灭深渊的良机现在正摆在他们的面前。他应该恪守其政府声明，即没有必要在其领土以外部署导弹。他应该把这些武器从古巴撤走。他应该克制，防止做出任何将会扩大或加深目前这场危机的举动。他还应该参与寻求和平和永久解决方案的努力。"
在演说中，肯尼迪告诫道："我们已开始的努力是困难和危险的"，而"最大的危险将是我们不采取任何行动"。他威胁说："我们不会过早地或不必要地冒全球性核战争的风险。在核战争中，甚至胜利的果实也是到嘴的灰烬，然而到了必须面对这种风险的时候，我们也决不畏缩。"
演说由美国新闻署用38种语言，播往世界各地，并立即用更多种语言书面印发出去。演说发表之前，只有少数几名西方领导人事先得到关于此事的通知，其中包括英国首相麦克米伦和法国总统戴高乐，他们是分别于10月21日和22日早上得到通知的。
肯尼迪的讲话，使美国和全世界都感到震惊。他后来回忆说，当时据他估计，苏联人径直走向战争的可能性，"约在2∶1和1∶1之间"。
肯尼迪极欣赏西奥多·罗斯福的名言："说话温和但手执大棒"，认为它是美国应"奉行的一条很好的准则"。因此，他在演说中用"隔离"一词代替了"封锁"，认为这个词比"封锁"火药味较少，比较适用于和平、自卫的行动。
然而，婉转的言词并没有减弱行动的火药味。封锁命令一下达，美国地面、空中和两栖作战部队即开始集中。此外，还调集出兵古巴所需要的军需物资，开始采取保护美国免遭核袭击的种种预防措施。
根据肯尼迪的命令，美国海军派遣第一批40艘军舰和2万名海军士兵实行封锁古巴的行动。事实上，在肯尼迪发表电视演说之前，隔离行动司令阿尔福雷德·G·华德海军中将已经命令他部队的一部分处于戒备状态并秘密派遣一些舰艇出海。例如，10月22日早上，驱逐舰舰长们被告知要作好立即行动的准备，但又被告知既不要通过当地广播电视召船员们回舰，也不要往该地以外的区域发电报。如果某舰缺员，可以从已进入船坞的舰艇上"借用"。
同样，尽管战略空军司令部司令托马斯·S·鲍威尔将军在肯尼迪发表电视演说之前就命令他的部队静悄悄地处于战斗准备状态，他还是等到肯尼迪演说之后才命令直升飞机升空待战。不过，鲍威尔并不担心他的战斗准备行动会被苏联人知道。相反，他相信，"最重要的是要让苏联人知道战略空军司令部的戒备状态"。正是出于这一考虑，鲍威尔将军命令用明码向五角大楼发报，强调指出战略空军司令部已经"严阵以待"。无疑，他这一个"破绽"，是故意给苏联情报机构看的。
肯尼迪演说刚一结束，美"北极星"导弹潜艇便从军港蜂拥而出，向预定位置进发。包括北美防空司令部在内的美驻世界各地常规部队和战略核力量部队被命令进入3级国防戒备状态(国防戒备状态共分五级)。战略空军司令部首次进入2级国防戒备状态。星期三上午6时，就在"隔离"正式生效前几个小时，战略空军司令部进入了高度戒备的状态：
(1)作战人员24小时昼夜警戒值班。
(2)取消所有休假，召回全部人员。
(3)183架B-47型轰炸机飞往33个预先选定的民用和军用机场。
(4)B-52空中警戒训练计划被扩充，以保证全部B-52飞机的1/8在24小时内不停地轮班作警戒飞行。一架飞机着陆后，另一架马上升空。这样，在空中一直有57架轰炸机和61架加油机在飞行。载有182件核武器的49架B-52轰炸机保持战位，随时准备执行命令。
