黄遵宪是《时务报》的创办人之一，他倾注于《时务报》的心血，并不比梁启超和汪康年少。我们从他写给汪康年的几十封信中可以看到，只要是对《时务报》的生存、发展有好处，事无巨细，他都要不厌其烦地叮咛嘱咐一番。他最看重的，还是想给《时务报》馆建立一套现代企业管理制度。他从报纸创刊之日起就不断强调，《时务报》是大家的事业，不是一家一户的买卖，“既为公众所鸠之资，既为公众所设之馆，非有画一定章，不足以垂久远昭耳目。故馆中章程为最要矣。此馆章程即是法律，西人所谓立宪政体，谓上下同受治于法律中也。章程不善，可以酌改，断不可视章程为若有若无之物”。他对汪康年说：“公今日在馆恪守章程，公他日苟离馆，在公而任此事者，亦必须守此章程，而后能相维相系自立于不败之地。宪纵观东西各国谓政体之善，在乎立法、行政歧分为二。窃意此馆当师其意。馆中仍聘铁乔（樵）总司一切，多言龙积之（泽厚）堪任此事，铁乔不来，即访求此人何如？而以公与弟辈为董事，公仍住沪照支薪水，其任在联络馆外之友，伺察馆中之事，每遇更定章程，公详言其利弊发其端，而弟熟商参议而决之，似乎较善。”（《黄遵宪集》下册，463～464页）他的这一套想法，有两个要点，一个是设董事会，由董事会统领全局，再一个是立法、行政分开，有制定规矩、政策的，有实际操作的。这种制度设计在当时是很超前的，事实上，即使在今天，也仍有很多私人企业做不到这一点。而且，他的这种想法，并非心血来潮，报纸创刊时所定《公启》之第九款，就有这样的规定，在他不过是想落实这个规定而已。
但是，黄遵宪这些可能给中国报业制度建设带来巨大进步的设想，还是被汪氏兄弟深深地误解了，以为是人事替换的一种借口，因此对黄遵宪大为不满，并牵扯到梁启超，长期以来潜藏在《时务报》内部的各种矛盾，也随之公开化了，关于当时的情形，梁启超在《创办〈时务报〉源委》一文有详细的描述：以此两事之故，穰卿深衔公度，在沪日日向同人诋排之。且徧（遍）腾书各省同志，攻击无所不至，以致各同志中，有生平极敬公度，转而为极恶公度者。至去年（1897年）八月，公度赴湘任，道经上海，因力持董事之议，几于翻脸，始勉强依议举数人。然此后遇事，未尝一公商如故也。总董虽有虚名，岂能干预汪家产业哉！穰卿常语启超云：“公度欲以其官稍大，捐钱稍多，而扰我权利，我故抗之，度彼如我何。公度一抗，则莫有毒予者矣。”此言启超之所熟闻也。自兹以往，正名之论大起，日日自语云：“总理之名不可不正，总理之权利不可不定。”于是东家之架子益出矣。去年一年中，馆中凡添请十余人，时启超在沪同事也，而所添请之人，未有一次与启超言及者。虽总办之尊，东家之阔，亦何至如是乎？（《饮冰室合集 ？集外文》上册，47页）
梁启超的这篇文章，写在梁、汪二人撕破脸皮之后，固然有感情用事，不及深思熟虑之处，但所言却是可信的。严复曾在《国闻报》发表《〈时务报〉各告白书后》一文，他也认为：“梁君节概士，其言当无不可信者。”但他同时认为，梁启超的这篇文章，除了对《汪康年启事》中“康年创办《时务报》”一言有所辩驳，指斥他把众人集资的事业视若自家产业之外，并没有触及问题的实质，他说，问题不在于总理是否可以“独居创办名”，而在于总理能否以自己的工作证明可以胜任这个职务，“夫总理之名既正矣，总理之权既专矣，则宜视其事之何若”。那么，汪氏这个总理当得如何呢？严复认为，“自梁卓如解馆以来，而《时务报》之文劣事懈，书丑纸粗，大不餍于海内之望，如是则总理不胜任也。不胜任则宜自去，丈夫何妨溺死，乃拘游哉！任事以来，未尝照章清厘账目，以塞群责，设有谣诼，其将何以自明”？（《严复年谱》，124页）
《时务报》“党争”
如果说严复因为与黄、梁过从甚密而有先入为主之嫌的话，那么，来自陈庆年的记述是不是更能说明汪康年当时的想法和做法呢？陈庆年与汪康年一样，都是张之洞的幕宾，与梁鼎芬等一班朋友都走得很近，他的戊戌年（1898年）日记有几条与此事有关：三月十三日过访纪香骢（钜维），适汪穰卿在座上，少谈《时务报》，知今年销数较上年为少。旧主笔梁卓如（启超）久在湘中时务学堂为教习之事，不甚作文，近以穰卿添延郑苏庵（孝胥）为总主笔，卓如遂与寻衅，恐自此殆将决裂。彼等日言合群，而乃至此，可为发喟也。
三月十四日汪穰卿见过，言梁卓如欲借《时务报》以行康教（康长素〔有为〕为梁师，其学专言孔子改制，极浅陋），积不相能，留书痛诋，势将告绝。殊非意料所及，可叹也。
闰三月二十日闻康长素弟子欲攘夺《时务报》馆，以倡康学。黄公度（遵宪）廉访复约多人，电逐汪穰卿，悍狠已极。梁节庵（梁鼎芬）独出为鲁仲连，电达湘中，词气壮厉，其肝胆不可及也。
四月初一日闻节庵说，黄公度复电，以路远不及商量为词，且诬汪入孙文叛党，其实公度欲匈挟湘人以行康学，汪始附终离，故群起攘臂。爰发其隐情以复公度。公度嘱陈伯严（三立）电复，谓其徇人言逐汪太急是实，并无欲行康学之事云。（陈庆年：《戊戌己亥见闻录》，见《清廷戊戌朝变记》〔外三种〕，87～93页）
到了这个时候，《时务报》的内部之争，就明显地带有“党争”的性质了，至少汪康年周围的一些人是这样看的。双方都有些意气用事，光绪二十四年（1898年）二月十一日，梁启超由长沙回到上海治病，马上给正在湖南的汪康年写了一封信，提出辞职。该信写得很像是最后通牒：“一言以蔽之，非兄辞则弟辞，非弟辞则兄辞耳。”他此时有些沉不住气，话说得就很决绝：“请兄即与诸君子商定下一断语，或愿辞，或不愿辞，于二十五前后与弟一电（梅福里梁云云便得），俾弟得自定主意。如兄愿辞，弟即接办。（并非弟用私人阻挠，此间已千辛万苦求人往接办，必不用康馆人也。）如兄不愿辞，弟即告辞，再行设法另办。此事弟开诚布公，言尽于斯，兄万不可作违心之言（但不愿辞，即不必辞），在此将就答应，到沪再行翻案。”但他还是希望《时务报》能够坚持下去，“《时务报》既为天下想望，不能听其倒败，故不得不勉强支持”。（《梁启超年谱长编》，103～104页）
然而，五月二十九日，御史宋伯鲁（芝栋）上《奏改〈时务报〉为官报折》，据说此折是康有为代拟的，折中对《时务报》的工作大加赞赏，“两年以来，民间风气大开，通达时务之才渐渐间出，惟《时务报》之功为最多”。但是，由于梁启超“应陈宝箴之聘为湖南学堂总教习，未遑兼顾，局中办事人办理不善，致经费不继，主笔告退，将就废歇，良可惋惜”。因此他建议：“将上海《时务报》改为时务官报，责成该举人（梁启超）督同向来主笔人等实力办理。”他还建议：“其官报则移设京都，以上海为分局，皆归并译书局中相辅而行。梁启超仍饬往来京沪，总持其事。”（《戊戌百日志》，197～200页）
按照康有为的解释，因为看到汪康年主持《时务报》工作期间，“尽亏巨款，报日零落，恐其败也，乃草折交宋芝栋（伯鲁）上之，请饬卓如专办报”。（《康南海自编年谱》〔外二种〕，49页）其实是想借朝廷的威力，将汪康年挤出《时务报》。此事见出康梁的局限和落后。没想到，皇上当天即明发上谕，请管理大学堂大臣孙家鼐处理此事，“酌核妥议，奏明办理”。（《戊戌百日志》，200页）孙家鼐与翁同龢同为光绪皇帝的老师，他受到中枢大臣们的影响，正想将康有为排挤出京，便利用了这件事。六月初八日，孙家鼐入奏上了《奏遵议上海〈时务报〉改为官报折》，他不仅请求批准宋伯鲁所奏，将《时务报》改为官报，而且拟请康有为赴上海接管《时务报》，督办此事。为此他找到一个很好的理由：“查梁启超奉旨办理译书事务，现在学堂既开，急待译书，以供士子讲习，若兼办官报，恐分译书功课，可否以康有为督办官报之处，恭请圣裁。”（《戊戌变法》二，432页）
针对宋伯鲁将《时务报》进呈皇帝御览的建议，孙家鼐借题发挥，他在奏折中写道：“仅一处官报得以进呈，尚恐见闻不广，现在天津、上海、湖北、广东等处，皆有报馆，拟请饬各省督抚，饬下各处报馆，凡有报单均呈送都察院一分，大学堂一分，择其有关时事、无甚背谬者，均一律录呈御览，庶几收兼听之明，无偏听之弊。”都是冠冕堂皇的理由，他还乘机告了《时务报》的恶状：“《时务报》虽有可取，而庞杂猥琐之谈，夸诞虚诬之语，实所不免。今既改为官报，宜令主笔者，慎加选择，如有颠倒是非，混淆黑白，挟嫌妄议，渎乱宸聪者，一经查出，主笔者不得辞其咎。”（《戊戌百日志》，230～231页）
光绪皇帝当天即颁发上谕，同意了孙家鼐所奏。六月二十二日，孙家鼐再上《遵议筹办官报事宜折》，光绪皇帝又于当日颁发谕旨，请派康有为督办其事。但康有为并不情愿做这件事，他一直滞留于京城，不肯出京南下。汪康年则认为事关重大，光绪第二次颁发上谕的第三天，即六月二十四日，汪康年便在《国闻报》发表了《启事》，不仅声称《时务报》为他所创办，梁启超只是他聘请的主笔，还决定从七月初一日起将《时务报》改为《昌言报》，并请梁鼎芬为该报总董。七月初一日，黄遵宪五人连署在《国闻报》刊登启事，声明《时务报》为黄遵宪、吴德。、邹殿书、汪康年、梁启超同创于上海，推“汪君驻馆办事，梁君为主笔”。（《梁启超年谱长编》，132页）七月初六日，梁启超在《国闻报》刊载《创办〈时务报〉源委》一文，讲述了《时务报》的来龙去脉，以及两年来报社内部所发生的一系列矛盾纠葛。
其后，围绕《时务报》的归属所发生的各种争执，事实上已不重要。六月二十一日，《时务报》出了最后一期，第 69期；七月一日，《昌言报》第 1期出版，据汪康年所言，该报名称“谨遵六月初八日据实昌言之谕”，他也承认，除了总董改聘梁鼎芬，《昌言报》“一切体例，均与从前《时务报》一律，翻译诸人，亦仍其旧”。（《汪康年启事》，见《中国报学史》，111页）所以，过了一个多月，即戊戌政变后的第五天，慈禧便下令关闭了这家报馆。在她眼里，《昌言报》、《时务报》都是一回事，没什么区别。然而，严复在《〈时务报〉各告白书后》中讲了一段话，今天看来，却仍然值得人们深思。他指出，梁启超在斥责汪康年的时候，有一个道德制高点，即《时务报》本为公事，却被汪康年办成了私事。但是，“奏改公立民报为官报”，是不是为公呢？他说：“然则梁之所谓私者，正吾之所谓公；梁之所谓公者，正吾之所谓私。假使汪氏而私，是亦二私互争而已。公之名，断断非黄、梁二子所得居也。”严复的这一番话，不仅独到、深刻，而且非常公允，他揭示了被康梁所忽略的一个问题，即公众与公家的区别，按照《时务报》的民办性质，它是一份公众的报纸，而绝非一份公家的报纸。康有为所鼓动的改《时务报》为官报，其实是混淆了公众与公家的概念，搬起石头砸了自己的脚。这件事对维新人士的伤害是很大的，自从“争主维新以来，未有若此事之伤心气短者也”。（《严复年谱》，123页）
第二年，流亡海外的梁启超在日本与章太炎相遇，在章的撮合下，梁启超与汪康年恢复了交往，并时有书信往来。据章太炎记述，梁启超曾经问他，汪康年这个人到底怎么样？章回答：“洛、蜀交讧而终不倾入，章、蔡视木居士何如耶？”据说，梁启超听了章太炎的这番话，也很思念汪康年。但毕竟是不比从前了。
