在这次演说中，章太炎提出了近日要办的两件事：“第一，是用宗教发起信心，增进国民的道德；第二，是用国粹激动种性，增进爱国的热肠。”（同上，272页）他这里所说的宗教类似于今天我们所说的信仰，他说：“要有这种信仰，才得勇猛无畏，众志成城，方可干得事来。”（同上，274页）只是对于中国人来说，选择哪一种宗教信仰更好呢？他认为孔教不讲神秘难知的话，是很好的，还算干净，但孔子鼓励学生做官，不敢做“反对党”，不敢说“彼可取而代也”的话，这不好，所以他说：“孔教最大的污点，是使人不脱富贵利禄的思想。”（同上，272页）对革命者来说，这是断不可用的。此后他指责梁启超热衷君主立宪，也是中了孔夫子富贵利禄的毒。那么基督教呢？他认为用于中国，也不相宜。他以罗马为例，“试看罗马当年，政治学术，何等灿烂，及用基督教后，一切哲学，都不许讲，使人人自由思想，一概堵塞不行，以致学问日衰，政治日敝，罗马也就亡了。”（同上，273页）在他看来，中国罗马，可以并称伯仲，所以，基督教对于中国也是有损无益。他主张用佛教，“佛教的理论，使上智人不能不信；佛教的戒律，使下愚人不能不信。通彻上下，这是最可用的”。（同上）但是，现在通行的佛教他觉得不行，有许多杂质，需要设法改良。他的办法是“用华严、法相二宗改良旧法”，以为“在道德上最为有益”。（同上，274页）
他要办的第二件事，就是提倡国粹。“为甚提倡国粹？不是要人尊信孔教，只是要人爱惜我们汉种的历史。这个历史，就是广义说的，其中可以分为三项：一是语言文字，二是典章制度，三是人物事迹”。（同上，276页）他这里所说的，其实就是民族文化。在这一点上，他与梁启超不仅没有矛盾，反而像是殊途同归。所不同的，梁启超强调的是生活在这块土地上的所有民族，而他所强调的只是汉族，但就以文化养成国民精神而言，他们的看法是一致的。还在光绪二十八年（1902年），他们便通信讨论过撰写《中国通史》的计划，当时，梁启超发表了《论中国学术思想变迁之大势》和《新史学》两篇学术论文，倡言“史学界革命”，主张以西学新说整理中国旧史。即使是在《民报》与《新民丛报》论战最激烈的时候，梁启超在写给蒋观云的一封信中，还希望章太炎能对他的新著《国文语原解》给予批评指正，甚至想求他写一篇叙言。他说：“东中士夫其粹于此者，惟章太炎，然以政见歧殊，久不闻问，先生能居间以就正于彼，（若太炎肯为叙，亦学问上一美谈）尤所愿望。政见与学问固绝不相蒙，太炎若有见于是，必能匡我不逮，而无吝也。”（《梁启超年谱长编》，378页）
可惜，章太炎没有对此作出回应，否则，真是学术界一佳话也。不过，对于梁启超停止相互攻击，和平发言的请求，却表示“欲为调停”。（《章太炎年谱长编》，208页）先是光绪三十二年（1906年）春天，梁启超赞成徐佛苏的建议，以第三者的名义在《新民丛报》上发表一封读者来信，呼吁双方停战，并责成他赶快交稿：“公所谓作一来函登报，以停止论战者，此甚妥，望早成之。”（《梁启超年谱长编》，363页）这封题为《劝告停止驳论意见书》的读者来信，是徐佛苏以“佛公”为笔名撰写的，刊登在光绪三十二年（1906年）《新民丛报》第十一期上。但《民报》方面一直不予理睬，于是，梁启超又托徐佛苏找宋教仁帮忙，他们同为湖南老乡。宋教仁日记《我之历史》十一月二十六日（1907年1月10日）记载：四时，至徐应奎（佛苏）寓，坐良久。谈及梁卓如。应奎言：“梁卓如于《民报》上见君文，欲一见君，且向与《民报》辩驳之事，亦出于不得已。苟可以调和，则愿不如是也。《民报》动则斥其保皇，实则卓如已改变方针，其保皇会已改为国民宪政会矣。君可与民报社相商，以后和平发言，不互相攻击可也。”余答以将与民报社诸人商之，改日将有复也。（同上，363～364页）
宋教仁很重视这件事，他马上去找章太炎商议，转达了徐佛苏的一番话，章太炎说“可以许其调和”。他们又一同来到孙中山的寓所，见到了孙中山与胡汉民，但他们“皆不以为然”。（同上，234页）这件事也就不了了之了。不过，十二月十九日（2月1日），宋教仁又记：“接徐应奎（佛苏）来信言，将邀蒋观云同往梁卓如处，劝其不加恶口于《民报》事云。”（同上）这说明，大家还在作最后的努力，但无济于事，《新民丛报》最终于1907年7月停刊。多有论者认为，《新民丛报》停刊意味着改良派与革命派的论战以改良派失败而告终。但是他们忽略了当时的具体情形。自光绪三十二年（1906年）清政府宣布预备立宪以来，梁启超的关注点已经转移，他兴奋地表示，政治革命已告一段落，现在要做的，是研究过渡时代的一些具体问题。比如民法和经济学，就是他最感兴趣的，还有宪法、行政法、教育等诸多问题，都需要切实地研究，而陷入论战之中的《新民丛报》，已无力承担这个任务，他准备办一份新的刊物，来承载大家的研究成果。既如此，也就不能再兼顾《新民丛报》了。与其让它变成鸡肋，不如使其寿终正寝。何况他还担负着更加重要的组建新党的任务，无论如何没有精力再与革命党人周旋了。
至于说到这场论战的胜败，严格说来，不是论战本身的问题，而是中国社会矛盾发展使然。梁启超在《现政府与革命党》一文中对这个问题有过极为精彩的论述，他说：“革命党者，以扑灭现政府为目的者也。而现政府者，制造革命党之一大工场也。”最初看到这句话，很容易想起马克思所说，资产阶级培育了它的掘墓人—无产阶级。梁启超说：“革命党何以生？生于政治腐败。政治腐败者，实制造革命党原料之主品也。”这就等于说，政治腐败是制造革命党的温床。这个道理很简单，没有政治腐败，也就没有了革命的理由，革命党也就失去了煽动民众的依据。人民不信任政府甚至怨恨政府，是因为政府没有尽到自己的责任和义务。作为政府，它本来有责任、有义务保护人民的权利不受到损害；但它不仅没有这样做，反而损害人民的权利，剥夺人民的权利，成了人人得而诛之的独夫民贼。为了捍卫自己的权利，人民只能奋起反抗，“故革命思想不期而隐涌于多数人之脑际，有导之者，则横决而出焉”。这是革命党的宣传很容易被越来越多的人所接受的原因。
再有一点，就是种族问题。满汉是客观存在，华夷是悠久的遗传，现实是满洲以少数族群统治中国，而中国固有之传统，则视君主与政府为一体。所以，政府的政治腐败一定会影响到民族之间的感情，如果仅仅从政治角度动员民众，能够响应的人其实很少，一旦从民族感情入手，其煽动性则是所向披靡的。所以，革命党内部无论有什么分歧，在推翻清朝统治这一点上却是高度一致的。这也是章太炎能和孙中山走到一起的根本原因。为这个国家的安全和稳定着想，所谓刷新政治，治理腐败，第一件事就要打破满汉界限，消除满洲特权，然而政府偏偏不这样做，他们所做的，就是让所有的人都失望，把所有的人都赶到革命党一边去。比如当时，清政府做了什么呢？虽然“号称预备立宪，改革官制，一若发愤以刷新前此之腐败，夷考其实，无一如其所言，而徒为权位之争夺，势力之倾轧，藉权限之说以为排挤异己之具，借新缺位之立以为位置私人之途，贿赂公行，朋党各树，而庶政不举，对外之不竞，视前此且更甚焉……满籍官吏中之一二人，稍得权力，则援引姻亲，布满朝列，致使新官制改革之结果，满人尽据要津，致社会上有排汉政策之新名词出现……则相排之结果，满亦何能终与汉敌？惟有满族先毙，而满汉同栖之国家，随之而亡耳”。为什么很多人仇恨政府，仇恨满洲，“则政府有逼之使不得不相仇者耳”。梁启超认定，一两个煽动家的作用是非常有限的，“惟政府所供给之革命的原料，日冲积于人人之脑际，而煽动家乃得以投机而利用焉”。他把政府与革命党的关系，比作不洁之人与虮虱的关系，“天下惟不洁之人，斯生虮虱，亦惟不洁之人，日杀虮虱，方生方杀，方杀方生，早暮扰扰，而虱无尽时，不若沐浴更衣，不授以能发生之余地”。（《饮冰室合集？文集》之十九，45～52页）然而，清政府不会听从梁启超的劝告，他们一意孤行，最终将自己拖进坟墓，也让梁启超的政治实践归于失败，更使中国错失了一百年的良机，至今还跋涉在追求宪政的路上。
晚年的章太炎以讲学为业，退守书斋，与革命党及梁启超都渐行渐远。
尽管取得了对于改良派的胜利，但事实上，章太炎主持《民报》期间的表现，并不令孙中山等人特别满意。其原因首先在于他们的革命诉求与章太炎并不完全一致，孙中山的三民主义纲领并不被章太炎完全认同。就章太炎而言，他的政治主张，其出发点只是反对民族压迫，实行所谓“民族复仇”，恢复汉族的统治地位，也就是他一再宣称的光复而非革命。此后他与孙中山分道扬镳，联合陶成章等人组成光复会，也基于这种思想。章太炎在《定复仇之是非》这篇文章中说：“今之种族革命，若人人期于颠复（覆）清廷而止，其利害存亡悉所不论，吾则顶礼膜拜于斯人矣。”（《辛亥革命前十年间时论选集》序言，6页）他在《民报》期间撰写的许多文章，都体现了他的这种思想。《民报》被封禁之后，他则以讲学为业，退守书斋，“其授人以国学也，以谓国不幸衰亡，学术不绝，民犹有所观感，庶几收硕果之效，有复阳之望，故勤勤恳恳，不惮其劳，弟子至数百人”。（《章太炎年谱长编》，295页）然而，对国事及革命党人的失望，也使得他一度想到要去印度出家。至此，他和梁启超也就渐行渐远了。
