在帖木儿之后，一个从血缘上是帖木儿（父系）和成吉思汗（母系）双重后代的人——巴布尔——终于挥兵印度，将这颗璀璨的明珠收入囊中，建立了莫卧儿帝国。莫卧儿帝国对印度影响深远，直到英国人进入印度才逐渐消亡。
察合台的东部汗国存续到明穆宗隆庆四年（公元1570年），被同属于察合台世系的叶尔羌汗国所灭。蒙古人仍然是新疆的主宰，直到他们被清朝的军队击败。
金帐汗国存在了两百多年。俄罗斯的王公们先是服从于蒙古人，再逐渐积攒力量，到了伊凡雷帝时代击败蒙古人。金帐汗国分裂成为喀山、阿斯特拉罕、克里米亚几个小汗国，这些汗国有的直到18世纪晚期才被俄罗斯人并吞。
蒙古人建立的王朝之所以解体和消失，缘于蒙古人口稀少，社会和制度落后。这样的民族占领了更加先进的地区后，只有两条路可以走：第一，保持传统，却无法保持对占领地的控制力，最后由于占领地百姓的反抗而退走；第二，被同化，从而丧失原来的进攻性。
蒙古人在汉族聚集区域内的统治可谓是在两种选择之间的摇摆，一会儿希望保持传统，一会儿又不得不汉化，最终内斗和外部反抗同时摧毁了王朝政权。
所以，元朝不是突然间灭亡的，而是如同一个病人一样，身体逐渐溃烂、脱落、解体。
由于对南方的统治始终薄弱，最先脱落的地方就是南部。随着元末统治力的削弱，在山东、河南一带出现了反抗蒙古人的运动。最大的反抗则出现在原南宋统治的地域内。
从这里分裂出了许多不服从蒙古人的“小碎片”，他们拥有军队武装，驱赶蒙古人。他们分分合合，互相竞争，试图取代蒙古人。由于无力派军南下，蒙古人只能眼睁睁地看着这些碎片互相并吞直至壮大。
其中最强大的几个碎片都位于长江流域。在上游的四川、重庆地区，明玉珍定都重庆，建立大夏。中游的江州（现江西九江）和武昌，是陈友谅的天下，他建立了大汉。明玉珍和陈友谅原本都隶属于红巾军徐寿辉的部队。
在陈友谅的下游，是朱元璋的地盘。朱元璋在集庆（后来的应天府，现江苏南京）建立大吴（朱吴）。朱元璋曾经隶属于郭子兴，于郭子兴死后独立。他眼光独到，认准了南京这个古都，并以此为基地开始向外扩张。
但在朱元璋刚刚定都南京时，因其地理位置并不是特别有利，遭受了来自长江中游和下游两个方面的压力，中游就是陈友谅的大汉，在下游占据现苏州、杭州、上海一带的是另一个与朱吴同名的政权——张士诚建立的大吴（张吴）。
在张士诚南面的浙江南部，还有一个军阀叫方国珍。
在方国珍的南面（现福建一带）是军阀陈友定，在现在的广东地区则是军阀何真控制的地方。这两个军阀忠于元朝，却无法左右政局。
真正的竞争出现在长江中下游的陈友谅、朱元璋、张士诚和方国珍之间。特别是陈友谅和朱元璋，二人都胸怀大志，任何一个击败了另一个都会北伐中原，取代元朝。而次级军阀张士诚、方国珍、明玉珍，更多地采取了割据的做法，无力统一全国，却又不想被统一。
这是中国古代历史上唯一一次由南到北完成统一的战争。朱元璋之所以能够做到逆规律而行，其原因更多是元朝势力的薄弱。如果北方政权足够强大，朱元璋并没有机会完成统一大业。
朱元璋统一的战略有以下五步。
第一，统一长江中下游地区，首先要解决的是盘踞在江西和两湖的陈友谅，之后则是盘踞苏杭一带的张士诚。得到这两个地方，就拥有了粮仓。
第二，完成第一步之后，朱元璋再通过地理优势压迫浙江南部的方国珍、福建的陈友定和广东的何真，将南方掌握在手中。到这时，整个南方只有四川的明玉珍和云南的元朝残余势力仍然在控制之外，不过，这两处并不影响统一的大局。
第三，掌握南方后，再进行北伐。北伐从与江苏接壤的山东开始，由山东进入河南。占领这两个地区，也就获得了进攻元朝国都以及河北的基地。
第四，北上进攻元朝国都，将河北收入囊中。一旦完成了将蒙古人赶出大都的任务，把守住燕山关口，元朝就象征性地落幕了。这时，再派军队扫荡其他地区。
第五，扫荡其他省份的步骤是：从河北进入山西，从山西进攻陕西，从陕西和湖北两个方向进入四川，再从湖南和四川（重庆）两个方向进入云南，完成最后的统一。
如果不是蒙古人的分崩离析，朱元璋要想反攻北方，会在华北平原遭到来自山西的压迫。从南方进攻北方，暂时性获得平原并不难，但北方只要不放弃山西、豫西和北京以北的高地，就可以利用暂时性的撤退加大南方进攻的臂长，当他们疲惫时就是反攻的时机。
但蒙古人早已不似当年，既缺乏战斗力，又得不到统治区的拥护，这才让朱元璋完成了近代之前唯一一次从南到北的统一。
土木堡：蒙古人旁支的逆袭
在现河北怀来县城东面十公里的地方，有一个不起眼的小村子叫土木堡。这里曾经耸立着一座城堡建筑，如今所有的防御设施都已荡然无存。
经过仔细打听，我们可以找到一个电信发射塔下的小院，是个卫生所。小院的角上有一座小庙，庙门紧锁，水泥的门楣上写着“显忠祠”。整个建筑小到让人无法相信它曾是一个重要历史事件的发生地。
由于有了公路，从北京到土木堡只需要坐两个小时的汽车。向北出北京城，经过居庸关，一过官厅水库就到达了土木堡，公路距离不到一百公里。但这在明朝却是一位皇帝无法走完的行程。
明正统十四年（公元1449年），在大太监王振的怂恿之下，明英宗御驾亲征，与属于蒙古人远支的瓦剌人作战。二十万明军在太原附近与瓦剌人一接触，就连忙向北京撤退。
在北京的西方和北方，自古以来有两条路沟通了北京与北方草原，其中最著名的一条从北京向北经过居庸关到达河北的怀来、张家口；另一条属于太行八陉之一，从北京西面的易县翻越紫荆关前往蔚县（也就是战国时期的代地）和大同。
明英宗从居庸关出兵去往大同，却在回师时犹豫不决。当皇帝最终选择了居庸关一线时，已经晚了。大军撤退到土木堡，被瓦剌人团团围住。此时，明军距离居庸关只有百里之遥。
土木堡处于高地之上，水资源缺乏，掘地两丈都找不到水，明军饥渴难忍。瓦剌人的首领也先佯装撤退，明英宗中计，以为是逃跑的机会。当明军放弃防守，拔营向南撤退时，也先杀了个回马枪，二十万明军在瞬间消失。大太监王振、英国公张辅等死难。
明英宗在太监喜宁的陪同下向也先投降。这就是历史上令人震惊的土木堡之变，也是蒙古人对中原王朝的又一次打击。
自从朱元璋赶走蒙古人，明朝的历代皇帝都很重视如何防止蒙古人卷土重来。明太祖和明成祖进行了多次得不偿失的北伐，以消灭蒙古人的残余势力为目标。
真正让元朝衰落的，不是明朝的进攻，而是其内部的纷争。由于成吉思汗的后代们（即所谓“黄金家族”）不断内斗，沉浸在光荣的过去中无法跳出，因此蒙古人的一个旁支瓦剌人得以壮大。
瓦剌人最早生活在贝加尔湖一带，在成吉思汗统一蒙古之前，他们就是广义蒙古的一支重要力量，那时候他们被称为斡亦剌。蒙古人居住在草原，而瓦剌人住的地方属于森林，瓦剌就是“林木中人”的意思。
草原上的居民已经进入畜牧业时期，森林中的人们仍然以打猎为生，生活方式落后。成吉思汗统一蒙古的过程中，瓦剌人并非主角，却先后参与了札木合的大联盟以及乃蛮人塔阳汗的联盟对抗成吉思汗，都遭败绩。
当成吉思汗将塔塔儿、克烈部、乃蛮人一一击破，瓦剌人终于顺应潮流，承认成吉思汗的领袖地位，瓦剌人因此成了蒙古人的一支。由于他们很配合，成吉思汗及其子孙们对瓦剌人也格外优待。在蒙古人的各个汗国中，瓦剌人出了不少皇后和妃子，也出了不少驸马。比如，早期瓦剌的首领就娶了成吉思汗的一个女儿和术赤的一个女儿，他的女儿也嫁给了成吉思汗的孙子贵由。当贵由成为第三任大汗时，这个女人就成为地位显赫的皇后。
由于扩大领地的需要，瓦剌人从贝加尔湖湖岸的森林中走了出来，向西迁移到蒙古高原的西北以及邻近的俄罗斯，居住在萨彦岭和唐努乌梁海一带，那儿有条大河叫叶尼塞河。这里也是重要的交通枢纽，各大汗国扩张时，瓦剌人成为各个汗国拉拢的对象。瓦剌人也在各个汗国之中服务着，不时地帮助这个攻打那个，又帮助那个对抗这个。
元朝灭亡时，位于中亚和现中国新疆境内的察合台汗国也处于衰落之中。明朝的军队不够强大，无法占据关外的广大地域，只能用长城锁链死守中原。瓦剌人乘机扩张，占据新疆北部和俄罗斯、哈萨克的一部分，变得愈加强盛。
为了应对蒙古人，明廷采取了合纵连横的方式。东蒙古强大的时候就支持瓦剌，瓦剌强大的时候就支持东蒙古。由于东蒙古从地理位置上夹在瓦剌和明朝之间，在三者的博弈中逐渐处于下风，地域广大的瓦剌越战越勇，大有统一蒙古之势。
明永乐十六年（公元1418年），脱欢统一瓦剌各部。明宣德九年（公元1434年），脱欢又战胜并杀死东蒙古的首领阿鲁台，统一东、西蒙古。这是北元衰亡后蒙古本部第一次统一。只是权力已经不掌握在成吉思汗的黄金家族手上。
为了遵从黄金家族成员才能称大汗的传统，脱欢并没有称大汗，他把黄金家族成员脱脱不花扶上汗位，自己则满足于太师之位。
脱欢死后，其子也先继承太师之位。也先南征北战，瓦剌人的势力从朝鲜半岛起，联合东北的女真人，横跨整个蒙古，包含中国新疆北部地区、甘肃的北半部、内蒙古的长城以北，直达中亚的楚河、塔拉斯河一带。
从地域上看，瓦剌人建立的大汗国足以和匈奴、突厥、柔然以及蒙古汗国早期相媲美，一个新的游牧民族政权正在崛起。
最不愿看到这一幕的是明朝皇帝，他们惴惴不安地望着北方日益狰狞的邻居。但在如何对抗瓦剌的策略上，明朝政府采取了自伤和掩耳盗铃的做法。
一方面，明朝知道瓦剌的强大，为了遏制他们，朝廷关闭了与瓦剌的边贸，采取闭关锁国的方法。在明朝，各个边境城镇出于税收和繁荣经济的目的是乐于设立集市的，但朝廷认为，如果贸易过于繁荣，瓦剌人从中原得到更多的物资，会变得更加强大，从而威胁明朝的安全。于是下令限制与瓦剌人做生意，除了武器、金属等战略物资之外，甚至茶叶等生活物资也不准买卖。
明朝没有意识到，贸易永远是对双方都有利的，限制对方的同时也限制了己方的发展。正因如此，明朝的边关永远只是不发达的边关，以军事目的为主，军人们生活艰苦，谁也不愿意长久待下去。
明朝的做法逼迫瓦剌转向西方和南方，从西方获得金属和武器，从南方直接获得茶叶，将贸易链条绕开明朝控制的区域。
瓦剌绕开明朝的做法，又让明朝感到不安。他们不得不在禁止贸易的同时，开辟新的口子采取怀柔政策，这就是所谓的进贡制度。
在明朝，进贡对于外藩来说是一件有利可图的买卖。每次对方进贡时，朝廷给他们的赏赐总是要超过其进贡的价值。外藩进贡越多，获得的回报也就越丰厚。由于明朝禁止中外贸易，进贡就成了外国人和明朝做买卖的唯一机会，而且是有利可图的大机会。所以，外藩都抢着进贡，而朝廷则要限制外藩进贡的规模和次数。
比如，资源贫乏的日本为了获得明朝的奢侈品，就接二连三地向明朝皇帝进贡工艺品、木材、刀具等并不需要的东西。由于进贡太频繁，来人太多，皇帝只好对日本做出限制：一方面对日本的贡品大幅度压价，甚至只给到日本人希望价格的六分之一；另一方面规定日本人不得频繁地进贡，每十年进贡一次，每次只允许两艘船带两百人。
见《明史·食货志》：“嘉靖二年，日本使宗设、宋素卿分道入贡，互争真伪，市舶中官赖恩纳素卿贿，右素卿，宗设遂大掠宁波。给事中夏言言倭患起于市舶。遂罢之。市舶既罢，日本海贾往来自如。海上奸豪与之交通，法禁无所施，转为寇贼。” 结果，上述限制令日本人的贸易需求无法被满足，于是他们开始了海盗行动，这就是倭寇。 倭寇，在某种程度上是明朝政府限制贸易的结果，这导致明朝许多沿海居民与日本人勾结起来，以对抗朝廷的贸易政策。
与日本人一样，瓦剌人也发现进贡可以赚钱。瓦剌的进贡队伍也越来越庞大，最初一次前去进贡的只有几十人，后来达到几百人，最后有数千人之众。蒙古人还在进贡次数上做文章，以前是一年一次，后来则一年两次、多次。每次来人，一路上各个地方衙门就要出人出力提供马匹车辆、楼堂馆所，令地方政府叫苦不迭。朝廷在赏赐上的花费也越来越高，即便富甲天下的皇帝也承受不了，只得变相地允许蒙古人在边境做少量贸易，不用把所有的贡品都带往北京。即便如此，还是有大量的人涌入。而且随着瓦剌的强大，局面越来越失控。
明正统十三年（公元1448年），当也先又派了一个号称三千五百人的大型朝贡团前往进贡时，明英宗终于忍无可忍。他一面叫人严格核对人数，发现朝贡团实际上只有两千人；一面叫人按照实际人数以及瓦剌人希望价格的五分之一付账。
明英宗的做法激怒了也先，第二年他派出大规模的骑兵队伍攻打明朝。明英宗在宦官王振的怂恿下决定亲征，这才有了土木堡之变。
土木堡之变后，也先乘机进攻北京，被于谦挫败。
这时，瓦剌人的势力达到了高峰，甚至人们担心它会开启另一个朝代。就在这时，情况却发生逆转。黄金家族的汗王脱脱不花不再甘心受人摆布，他开始反抗也先，也先杀死他，自己登上汗位。
根据蒙古人的规矩，只有黄金家族的人能担任大汗，于是也先遭到部下的反对，被杀死。
也先离世后的瓦剌保持了一段时间的威慑力，但没有人能够再统一蒙古。黄金家族的人再次被拥立为汗王，却并不掌握实权。直到属于黄金家族的达延汗继位后，形势才有了改观。
达延汗统一了漠南蒙古和漠北蒙古，将瓦剌人赶出蒙古的东部和中部。从此，瓦剌人定居在现在的新疆北部。只是，达延汗可以统一大漠南北，却无力再向中原扩张。蒙古人的时代过去了。
