《后汉书·儒林列传》：“自安帝览政，薄于艺文，博士倚席不讲，朋徒相视怠散，学舍颓敝，鞠为园蔬，牧儿荛竖，至于薪刈其下。” 但东汉又是一个分层的社会，读书人虽然多，进阶的机会却大都被世家大族把持，许多读书的青年并没有明确的出路，皇帝也没有这么多官位留给他们。结果是，一方面读书人数众多，但另一方面，真正乐于去读书的却是少数，特别是在官方举办的学校之中，混日子的人很多。汉安帝时期，由于皇帝突然间松懈下来，结果，博士们占据了职位却不讲课，学生们也懒散惯了，学校荒芜成了菜园。 汉顺帝虽然增加了人数，却无法让他们更加重视学业，反而成了朝廷的财政负担。
今文经学走到这一步，与它成为当官的工具有着必然的联系，看上去这可以鼓励人们学习今文经学，但实际上，随着求学目的的庸俗化，反而产生了大量的学阀，他们的教科书充满了错误，又不允许学生自由发挥，致使学术僵化。与人们的理解相反，任何与官运挂钩的学术机构到最后都会走到这一步，从汉代的太学到明清的科举，莫不如此。
今文经学走向僵化的同时，古文经学获得了官方的认可，因没有参与官位的分配，反而产生了一大批立志于学的大家。东汉时期，古文经学人才辈出，杜林、郑兴、卫宏、贾逵、许慎、马融、服虔、卢植、郑玄等人相继主导了经学的发展。
最初，这些大家还以与今文经学辩论为己任，到后来他们已经不再满足于简单的争吵，而是遍读书籍，开创自己的体系去了。
今文经学由于壁垒森严，一个学者往往只学一本书或者几本书，而古文经学家到了后期几乎要把所有的经典都读一遍，再统统进行注释。
以古文经学大儒马融为例，在他漫长的一生（他活到八十八岁）中，仅仅他注释过的书籍就有《孝经》《论语》《诗经》《易经》《三礼》《尚书》《列女传》《老子》《淮南子》《离骚》，他曾经还想注《左传》，但看到贾逵和郑众的注释后，最终放弃了，只写了一部《三传异同说》。
由于他的学问扎实，受到世间称赞，他的学生常常有数千人，其影响力已经远超那些官方的博士。
对于整个经学界影响最大的，是一位叫郑玄的经学家。在流传中，由于古文经学和今文经学对于经典的解读并不相同，甚至意思上都会出现巨大的差别，大部分古文经学家在注疏时，会严格地按照古文学派内部流传的解释来注释。但郑玄是一个例外，他不仅精通古文经学，还对今文经学有着透彻的学习，这使得他成了统一古文经学和今文经学的不二人选。
郑玄年轻时曾经进入太学，学习《京氏易传》《公羊传》等今文经学著作，以及《三统历》《九章算术》的历数方法。后来，又师从东郡的张恭祖学习《周礼》《礼记》《左传》《韩诗》《古文尚书》等古文经学著作。
他把在洛阳所能学到的学问都掌握后，感慨整个中原地区已经没有什么可学的了，又过函谷关前往陕西地区，投在马融门下学习。学成后继续游学，共花了十几年时间在游学上。这与太学生们只守在京师等待升官发财是完全不同的两条路。由于郑玄的学问好，其弟子有了“数百千人”之多。北海相孔融由于尊敬他，专门在高密县（今山东高密）设立一个乡，叫“郑公乡”。郑玄的名声甚至传到了反叛者的耳中，黄巾贼乱时，郑玄从徐州去往高密县，路上遇到数万黄巾军，这些叛乱者不仅不敢动他，还对他下拜，主动避开他所在的高密县。
《后汉书·张曹郑列传》：“休见而叹曰：‘（郑玄）康成入吾室，操吾矛，以伐我乎！’” 郑玄曾与今文经学唯一还拿得出手的学者何休展开过论战。其原因是何休写了三本反对古文经学的书，分别是《公羊墨守》《左氏膏肓》《穀梁废疾》。郑玄利用何休的章句进行回击，破掉了何休的说法。何休感慨地说：这是进我的房间，拿我的矛来打我。
这也是今文经学与古文经学的最后一次斗争。之后，经学将进入另一个时期。
虽然与今文经学论战，但郑玄并没有马融等人的门派之见，他的目标是超越今文经学和古文经学的对立，为现存的所有经典都寻找一个权威的解读。在今文经学和古文经学中，对于同一本书的解读大部分是相同的，不同的部分中，有的是今文经学说得对，有的是古文经学说得对。但在双方长期的争吵中，由于门派之见，即便知道对方说对了，也不能采纳，只能全盘性地接受某一方的理论。
《后汉书·张曹郑列传》：“自秦焚六经，圣文埃灭。汉兴，诸儒颇修艺文；及东京，学者亦各名家。而守文之徒，滞固所禀，异端纷纭，互相诡激。遂令经有数家，家有数说，章句多者或乃百余万言，学徒劳而少功，后生疑而莫正。郑玄括囊大典，网罗众家，删裁繁诬，刊改漏失，自是学者略知所归。” 郑玄正是在将各家的观点拿在一起进行比较之后，择善而从，形成一个新的版本。 汉朝的大儒并不以著述出名，而是以注释经文为傲，郑玄用一生的时间将儒家经典的大部分都重新进行了注释，包括《周易》《尚书》《毛诗》《仪礼》《礼记》《论语》《孝经》《尚书大传》《中候》《乾象历》。除了这些注释之外，还写了《天文七政论》《鲁礼祶祫义》《六艺论》《毛诗谱》《驳许慎五经异义》《答临孝存周礼难》等书，加起来一共百余万言。另外，他的学生根据他解读五经时的问答，又依照《论语》的格式整理了八篇《郑志》。
在对于经典的注释中，郑玄大部分选用古文经学版本为底本，又加入了大量今文经学的研究成果，甚至有的进行对校，或者将双方的说法并行排列。比如，对《诗经》的评注，采用了古文经学版的《毛诗》为底本，但也用了今文经学的齐、鲁、韩三家的评注来进行校正。注《仪礼》则并存今文经学、古文经学，按照今文说法记录的，就在注里写出古文经学，按照古文经学的说法，则在注里标出今文经学。注释《论语》，则以鲁论为底本，用齐论和古文经学进行考证。
包括《周易》《尚书》《毛诗》《周礼》《仪礼》《礼记》《左传》《公羊传》《穀梁传》《论语》《孝经》《尔雅》《孟子》。 在所有这些著作中，整本流传到今天的一共四部，分别是“三礼”（《周礼》《仪礼》《礼记》）的注释，以及《毛诗》的注释。后人总结的儒家经典“十三经” 中，有四部用的就是郑玄的注本。
郑玄的著作一出，不管是今文经学派还是古文经学派都被边缘化了。在他之前，每一个博士都有自己的课本。郑玄之后，博士们的书没人看了，不管谁家的弟子只要拥有一套“郑玄全集”，就可以了解整个儒教系统了。可以说，郑玄的课本成了孔子之后又一次统一的教科书。
参见皮锡瑞《经学历史·经学中衰时代》：“于是郑易注行而施、孟、梁丘、京之易不行矣；郑书注行而欧阳、大小夏侯之书不行矣；郑诗笺行而鲁、齐、韩之诗不行矣；郑礼注行而大小戴之礼不行矣；郑论语注行，而齐、鲁论语不行矣。” 东汉末年和曹魏初年，郑玄的弟子们在政府中逐渐升任高官，“郑学”也成了一门显学，正式取代两汉的今文经学。当年横行一时的各大学派逐渐衰亡，被人遗忘，最终失传了。
郑玄统一经学本来应该是学界的一件大事，但实际上，他的统一又是微不足道的。今文经学与古文经学斗争，为的是进入朝廷，掌握政权，影响社会。在东汉的整个繁荣期内，文人之间的斗争愈演愈烈，不仅没有成为政权的好帮手，还不停地制造麻烦。由于政权机器运行不畅，皇帝不能靠文人治理，逐渐倒向宦官和外戚，引起东汉政治的腐败和崩塌。
直到东汉已经不行了，汉朝的经学才归于统一。时局的动荡已经把对社会的控制权从文人转到武夫手中，依靠学问控制社会的时代结束了。
众多儒家弟子不仅没有为经学统一而欣慰，反而体会到了社会的幻灭。于是，他们不仅把今文经学抛弃，甚至连儒家的理想也都抛弃了。董仲舒创建的今文经学和谶纬两大系统，躲过了文人的攻击，最终在武夫的冲击下崩溃了。
两汉经学刚刚统一，就被抛弃，埋入了坟墓。取而代之的，是一个叛逆和玩世不恭的哲学嬉皮士时代。
第二部
哲学嬉皮士：以自然的名义反叛教权（公元166—316年）
