最后说明，这些办法最终是为了国家和商人的长远之利益。“如此分别秉公调剂，冀得上不亏国，下不病商，根基既固，久远可期，华商应闻风而踊跃，洋商或诚以议和。臣等仍随时严饬该局员商总等，恪遵圣训，和衷办事，勿骛虚名，而鲜实济，勿图小利而误大局，勿畏人言而缩手，铁执己见勿昧机宜，唯以救济时艰毋负委任为念。”这段话最有意思，表面上全是对招商局的要求，其实完全是为招商局撑腰，而且指暗指弹劾之人不以救济时艰为己任。
对盛宣怀，则极力为他辩诬，“在臣处当差有年，廉勤干练，平日讲求吏治，熟谙洋务商情，遂委以会办之衔，往来查察。盛宣怀与臣订明不经手银钱，亦不领局中薪水，遇有要务，则与唐廷枢等筹商会禀。”谈到旗昌一案，说是“即盛宣怀首发其议，亦于大局有功无过。况当日唐廷枢等于洋商已有成议，始邀盛宣怀由湖北前赴金陵，谒见沈葆桢。其事前之关说，事后之付价，实皆唐廷枢等主之也”。
并且还让唐廷枢对购并旗昌一事的经过作一说明，帮盛宣怀辩诬——
职道经手之事，固不便使盛道遭受不白之冤。盛道于收购旗昌一事，仅与职道等主其议，而领款付款，盛道皆未经手，其因公而未因私，不言可知。且其在局从未领过分文薪水；凡遇疑难事件，顾公商酌，无不踊跃，向为各商所钦服。今以清白之身，忽遭污蔑，亦不得不代为声明。
唐廷枢的这个说明，李鸿章作为附片一同上奏。
这一折一片，把对招商局和盛宣怀的弹劾全部顶了回去。奏折一上，无论军机还是总理衙门，无不感叹李鸿章办事的圆滑、强梁和机智。跌倒了，不但不受伤，而且还要捡个便宜。朝廷不但未再追究，而且对李鸿章的奏请完全批准。
李鸿章对这个结果颇为满意，接到上谕当天，邀请署内心腹幕僚及起草奏折的文案喝酒以示庆贺：“我们办实事之人，就应当宠辱不惊，而且要善于在不利中寻找有利。所谓危机，既是危险中也有机会耳！”
一波未平，一波又起，这时候，太古、怡和托人找到赫德，鼓动他上了一个《整顿招商局》条陈，直陈招商局总办唐廷枢才能有限，不足以管理如此巨大的企业，导致百弊丛生。他提出按照欧洲的制度组建新式公司，把招商局按三折左右折价给新公司，由洋人出任经理。他认为，如果这样运作，必能使招商局获得新生，所交税厘必定比现在多若干，将成为一个稳定的利源。
赫德认为自己是为大清打算，因为如果不改组，招商局必然要破产亏尽。可他这个建议，无论是洋务派还是清流，都异口同声地指责，认为赫德是明目张胆的侵夺。总理衙门让南北洋大臣妥议，李鸿章则授意盛宣怀对此事发表意见。
刚刚被弹劾的盛宣怀受此重任，明白李鸿章的倚重和向清流示威的意义，因此进行了非常认真的准备，呈上了《对赫德〈整顿招商局条陈〉之意见》，坚决反对赫德成立新局的意见，“该总税务司所称将现在局中各产折实估价，转与新局一法，于新局大有裨益，盖成本既轻，获利自易。而新局成本之轻，即旧局亏本之大。”而面对赫德指责的问题，盛宣怀则毫不回避，提出整顿办法。
首先，他建议购买先进新式轮船。招商局历年购进的轮船，价昂、船旧、耗煤多、行驶慢，装货却少。这就使修理之费极重难支，营运中难以获利。他认为：“欲筹补救之法，莫如将本重而不能获利之船酌量减价陆续出售，将售得之款存放起来，以备随时购买耗煤少、行驶速、装货多的新船。即以三十余号之旧船，换成十余号之新船，亦尚合算。盖修理省而费用少，目前虽似吃亏，久后终能获益。此贵精不贵多之说也。”
其次，是任用洋人管事的问题。赫德的意思，新成立的公司要全部用洋人来主持。盛宣怀不但反对新公司成立，而且坚决反对招商局聘用洋人。购并旗昌后原公司的洋人全部留用到招商局，这些洋人一直未去，他认为对这些洋人“急宜及早斥退，以符定章而免后悔”。
对赫德所提招商局任用私人问题，因为盛宣怀并没有多少亲戚入局，因此毫不遮掩，“局中同事，半属局员本家亲戚，虽其中非无有用之才，而始而滥竽，继而舞弊，终且专擅者不乏其人，留之则有尾大不掉之虑。凡局员之亲戚本家，无论如何出众，均宜引嫌辞去，不得以某人得力为词，出局后如有与局为患者，即唯某局员是问。”
盛宣怀对自己作为挂名会办非常不满，在购并旗昌中又发挥了重要作用，而地位仍然没有改变，对此他一直耿耿于怀，因此借改善管理，对此大发牢骚，并提出轮流主事的建议。“凡人之情，类多喜功畏过。当局务岌岌之时，甚望用人之来，以分其责；及似有转机之际，又深愿用人之去，以固其权。”他建议：“自本年六月为始，在局五人分年轮驻沪局坐办，一切悉归调度，仍以四人副之，和衷商榷，力破积习。坚忍不渝，功过亦五人与共。”
盛宣怀的这个意见，对唐廷枢主政的轮船招商局攻击颇多，他急于谋求实权的心思也暴露无遗，唐廷枢因此非常不高兴，在给李鸿章的信中抱怨局中人不能和衷共济。而此时朱其昂病故，盛宣怀在招商局又少了一个援手，他决定借此机会奋力一搏，上书李鸿章要求在招商局设立督办一职。
然而李鸿章对招商局的形势洞若观火，知道当前关键仍然是召集商股，而此事盛宣怀并不具优势。他未答应盛宣怀的请求，而且去信相劝，人贵自知之明，扬长避短方能成就大业。而对唐廷枢更加重用，奏调他到直隶，专门办理开平煤矿。盛宣怀大为恐慌，只怕要在李鸿章面前失宠。连忙去信解释坚请督办是想为中堂分忧，绝非一己之私。
出乎盛宣怀的意料，当年大计——也就是考核，盛宣怀被判为优等，而且李鸿章奏请送部引见，他评价说：“该员心地忠实，才识宏通，于中外交涉机宜，能见其大，其所办各事皆国家富强要政，心精力果，措置裕如，加以历练，必能干济时艰，为国大用。”几个月后，盛宣怀出任天津河间兵备道。
