众人也都如此请求，张佩纶与何如璋商议决定，给陈英降两级记录在案，前去管带福星号。
他接受何如璋的提议，上奏请朝廷请派南北洋及浙江、两广的军舰支援福建。可他盼了六七天，总理衙门回电说，南洋兵轮不敷守口，实难分拨；北洋以现有兵轮较法人铁甲大船相去远甚，尾蹑无济，且津门要地，防守更不敢稍疏；浙省亦以船少尚难自顾电复，唯粤省同意拨去两船。
张佩纶看到这样的结果，大骂南洋浙江是混蛋，只顾自己，不顾大局。但他没有骂李鸿章，他与李鸿章的交情已非同一般，宁愿相信他有难处。随后李鸿章就来电报，解释说：“此前在烟台，曾上法铁舰看操，其船坚炮巨，实非南北各船所能敌。今法两铁甲驻闽港口以堵外援，我船铁板厚仅五分，易被轰沉。若开衅，彼必在海面寻战，倘挫失，徒自损威，于事何济？”而且建议张佩纶，与其将舰集中在马尾与强敌对峙，不如立即将各舰调走，将船政局的机器掩没地下，留给法国人一个空厂，那时他们无从要挟，便只好撤走。
李鸿章竟然也说军舰不宜汇集一处，张佩纶不得不重新思考自己的对策，但想了一夜，他觉得如果把军舰撤走，未免太向法人示弱，而且也说明处分陈英错了，到那时清流同僚会怎么看自己？张佩纶自负得很，他认为李鸿章毕竟没见过福建的实情，现在说胜负还为时尚早。而自己倘若一战胜之，从此中外刮目，开府封疆便指日可望。他又找张成悄悄商议，他也是如此意见。
于是张佩纶再次给张之洞发报，请他快派军舰前来。两人都是清流干将，私谊极深，张之洞复电两舰已自广州起程，不日可到。何如璋也发报命令到上海去公干的两舰立即返回马尾。七八天后，四舰陆续赶来，马尾山下福建水师舰船达到十一艘。
张佩纶认为现在己方舰船已明显多于法方，孤拔肯定被吓住，就是不被吓跑，也不敢轻举妄动，待时机到来，他亲自面见孤拔，劝他撤出闽江，那时候是何等的荣耀？但孤拔并没有害怕，也没有撤走，反而陆续增加舰船。原来十几天前，法国远东舰队副司令利士比率舰三艘前去攻打基隆，没想到刘铭传防守严密，又善于扬长避短，结果登陆的法军中了埋伏，死伤数十人。眼看基隆一时拿不下来，利士比便奉命率舰来支援了。
现在，福建水师战船共十一艘，它们是木质兵轮“扬武”“福星”“伏波”“振威”“飞云”“济安”“艺新”，木质商轮“永保”“琛航”“建胜”“福胜”，总吨位约一万吨，装备大小各种炮五十尊。
法舰也是十一艘，其中“凯旋”号为装甲战列舰，“野猫”号为铁甲炮舰，“德斯丹”号、“杜居土路因”号、“费勒斯”号为一级巡洋舰，“窝尔达”号为轻巡洋舰，“益士弼”号、“蝮蛇”号为炮舰，“南台”号为运输舰，还有四十五号和四十六号鱼雷艇以及四艘小汽艇。法舰总排水量将近一万五千吨，除“南台”号和两艘鱼雷艇不计外，其他八舰的总炮数为七十二门，各舰艇还配备了每分钟可发射六十发子弹的机关枪。
停泊于法舰巨炮之下，福建水师的管带们都发现情况不妙，他们先是找到张成，希望他能改变部署，疏散诸舰，但张成不肯答应。于是这些管带们一起到福星号与陈英商量，大家一齐去见张佩纶，请他改变敌我连舰的作战部署。见到张佩纶后，由陈英代表众管带劝说张佩纶，理由很简单——现在十一艘舰船集中泊在一起，船多江窄，难以转动，一旦开战，肯定要吃亏。军舰应该与艇船、木哨船相间，首尾分列，胜则可截可追，败则相援相救；尤其是朝廷一再指示不能衅自我开，必须法舰先开炮我才能还击，这就更不应该集中在一起当人家的活靶子。
张佩纶不但不听他们的意见，反而指责他们道：“你们为什么没有广东水师将士勇敢？人家也是在法舰的炮口下，他们都镇定自若，毫无惧色。”
陈英解释说：“张大人，广东水师的舰船才到不久，尽管心里不安，他们怎么好指手画脚？人家不说，未必就没有想法。”
“如果谁胆怯了，要做临阵逃跑的胆小鬼，不妨说出来，我立即换上敢战的管带！”张佩纶厉声呵斥。
话说到此，大家无话可说，叹息着各自回舰。
第二天，孤拔的副官送来一份照会，说如今两国军舰近距离驻泊，为防误会，请中国舰船不要随意离开，否则法方便以开战论，届时一切后果由中国自负。张佩纶这才警觉起来，发觉敌我连舰正中法国人下怀，但他依然不想让别人看出他的胆怯。他怕到时候被法国人俘虏，便命令把行辕设到马尾山上，说这样是为了居高临下，便于指挥。
这时左宗棠从京中发来一个电报，让张佩纶转交给闽海关的法国人德克碑。德克碑当年帮助左宗棠创办船政局，后来又干起老本行，到闽海关当差。闽海关在马尾东南方向的闽江南岸，德克碑的家就在船政局后院，每天都是坐船过来，所以张佩纶派人送到他家里。左宗棠的电报是让德克碑去找孤拔，劝他撤离马尾，不要损毁船政局，否则左宗棠“将白头临边，誓与法国死战到底，到时候法国想罢战亦不可能”。
德克碑被一只小驳船送上远征军旗舰“窝尔达”号。他与孤拔早就认识，两人私交不错。孤拔看了左宗棠的电报便扔到桌子上道：“真是可笑，中国人都喜欢拿大话吓人。他要白头临边，难道白发能抵御大炮吗？”
“将军，这位左大人是很善于打仗的，当初收复新疆，没人相信他会胜利，但是他胜了。就我私人感情来说，我也很尊重左大人。”
“法国不是阿古柏，中国能抵抗远征军的将领还没有出生。”孤拔很自负，“而且私人感情也不能代替国家利益。”
“将军，福州船政局是法兰西帮他们创建起来的，我希望万一不幸两国开战，将军不要去破坏船政局。”德克碑觉得自己的理由太过牵强，所以又补充道，“我的妻子儿女在船政局生活了十几年，他们对那里很有感情。”
“你的要求我不能答应。正因为是法国帮他们创建的船政局，所以更应该毁掉。我们就是要以这样的方式警告中国，我们能帮他们建，也能轻易地给毁掉，弱者的命运必须掌握在强者手中。”
晚上八点钟，孤拔在“窝尔达”号上召开军事会议，并邀请德克碑参加。
“这将是一个激动人心的会议，将会永远载入史册。”各舰舰长汇集到“窝尔达”号后，孤拔十分兴奋地宣布道，“中法谈判已经破裂，三天前驻华公使福满禄已下旗回国，议会已批准了新的法案，拨款三千八百万法郎支持远征军，不论采取何种办法，必须迫使中国人屈服。”
大家听到这个消息都非常兴奋。
“我已接到命令，可以向马尾的清军发动进攻了！”孤拔的大手掌向空中一劈，他的舰长们顿时发出雷鸣般的掌声。
“我知道你们已等得不耐烦了，明天就请你们进行一场实弹演习，打光你们的炮弹！”孤拔没有把福建水师放在眼里，他认为一切都将像预料的那样，就像是进行了一场没有悬念的演习。
他的部署是，在明天下午约两点的时候，闽江就开始退潮。军舰因为头重尾轻——因为火炮集中在舰首，在水流的推动下，福建水师的舰尾会自然地摆动到下游方向，而位于下游的法舰则正好舰首对着福建水师的舰尾，这正是发动进攻的好时机。
“你们都要牢记，当福建水师的舰尾移过来的时候，我会升起第一面旗，那时鱼雷艇便立即进攻敌旗舰扬武号。第二面旗升起的时候，所有军舰一起开火，击毁你们面前的靶子。”说这话时，孤拔的双目炯炯地望着前方，仿佛那里有待打的靶子。
“这么说我们要不宣而战，发动突袭了？”一个舰长问道，他用的是突袭，而不是偷袭，对这样一个不堪一击的对手发动偷袭实在不是件光彩的事。
“当然不是。”孤拔的安排是，明天九点将向福建水师送一份宣战书，但不是就近送给张佩纶、何如璋，而是送到福州去，给闽浙总督何璟。
“大家请想，福州接到我们的战书，翻译需要时间，再将命令发回又需要时间，那时他们就没有多少时间准备了，也许我们的大炮打响之时，他们身边还没有炮弹呢！”孤拔又自以为是地补充了一句。
“将军，“另一位舰长又问道，“如果福建水师在退潮前突然向我们发动进攻呢？”
“不会的。”孤拔十分肯定地摇头，“中国人没有那样的胆量。而且据我所知，他们得到的命令是不准首先开炮，只有我们开炮后他们才能还击。”
法国人约期开战的电报，先送到福州，再由福州送回马尾，所以，当张佩纶收到电报已一点多了，他有些不信，如果法国人要开战，何不直接向他下战书，反而递到福州去了？朝廷早有电谕，要海疆加紧备战，但是否可以主动向法舰进攻，朝廷并无明确指示。他也曾就马尾局势请教李鸿章，李鸿章回电认为，此事终究要归于和，和议离不开万国公法，因此不可衅自我开，彼若不动，我亦不发。
此时事到临头，张佩纶才知道战和两字实在重若千钧，能不能向洋人开炮，远不是他当初写奏折洋洋千言那样简单。他着人请何如璋过来商议，他想趁现在主动进攻，打法国人一个措手不及，福建水师还能占点优势，不然等法国人进攻，水师肯定要吃大亏。
“问题是朝廷让不让我们先开炮，如果先开炮，到时法国人把开衅的责任推到我们头上，我们可就是千夫所指了。”
“朝廷已下旨备战。”
“备战是一回事，能不能打是另一回事，大人不妨把旨意拿出来再推敲一番。”
上谕就在手边，他拿出来再次逐字逐句细看——
电寄各省将军督抚等：此次法人肆行不顾，恣意要求，业将其无理各节，照会各国。旋因美国出为评论，而该国又复不允。现已婉谢美国，并令曾国荃等，回省筹办防务。法使似此逞强，势不能不以兵戎相见。着沿江沿海将军督抚，统兵大员，极力筹防，严以戒备。不日即当明降谕旨，声罪致讨。目前法人如有蠢动，即行攻击，毋稍顾忌。法兵登岸，应如何出奇设伏，以期必胜，如何悬赏激励，俾军士奋勇之处，均着便宜行事，不为遥制。
“均着便宜行事，不为遥制。”张佩纶指着最后一句话道，“便宜行事就是允许我们自己决定。”
“我不这么看。”何如璋指着“法人如有蠢动，即行攻击”一句，“这是说法人先动了，我们才能动，还是衅不自我开。还有，怎么算‘蠢动’？是法国人开炮才能算蠢动，还是他们备战就算蠢动？大人请想，到时候朝廷会说让我们便宜行事，不是让我们开衅，那时我们就百口莫辩。”
说得也有道理，但人家战书已下了，怎么办呢？为了慎重起见，两人决定打发船政局总工程师魏翰——他在法国留过洋，法语说得好——乘一艘水雷艇去见孤拔，询问是否真要开战。
闽江退潮已经开始，孤拔突然发现一艘水雷艇向他的旗舰驶来，以为清军要先开战了，所以立即下达了炮击的信号。按照事先的部署，所有法舰集中火力攻击旗舰“扬武”号，因为“扬武”既是福建水师营务处所在，也是最为坚固先进的舰船。击毁了“扬武”号，福建水师就失去了统一指挥，其他舰船便无法战斗。
法舰开炮的时候福建水师正是舰尾向敌，根本来不及调头。“扬武”号用尾炮向“窝尔达”号开炮，一炮击中舰桥，孤拔的副官被当场炸死，数人受伤。但法舰的两轮炮火打过来，“扬武”号多处受伤，又中了一颗鱼雷，船身因大量进水而开始下沉。管带张成早已慌成一团，见舰体下沉，便乘小艇逃跑了。
“福星”号尾部也中鱼雷起火，见“扬武”号危险，在陈英的督带下冲过来救援。孤拔在“窝尔达”号上看到“福星”不退反进，命令三艘军舰围攻，陈英被密集的机关炮击中，牺牲在指挥台上。“福胜”号、“建胜”号也随“福星”号冲进敌阵，但根本不能接近敌舰，就全被炸沉了。
马尾山上的张佩纶看到法舰炮火所及，福建水师舰船纷纷起火，后来更是敌开一炮，我沉一舰，早就惊讶得闭不上嘴巴了。随身护卫都劝他快走，不然被法军俘虏，就有辱国体了。
下笔千言、倚马可待的张佩纶于是仓皇逃跑，他一口气跑出了二十里，在一个叫彭田的村子停下来，那时他已听不到炮声了，心才稍稍安定下来。
跑了二十几里地，张佩纶感到饿了，吩咐勇丁到村里弄点吃的。一会儿勇丁回来了，说船政局卫生队住在这里，饭菜都有，请他今晚就住在这里。张佩纶没有同意，心想海疆会办大臣临阵而逃，这话要传出去，他的脸还往哪里搁？另一个勇丁心眼活，见状便道：“大人，您把红顶子收起来，穿小的衣服，没人认得您。”
张佩纶连连称赞这个勇丁：“对，对，还是微服的好，不要打搅大家。”
那时马尾之战已基本结束，福建水师十一艘舰船全部沉没，死难官兵七百余人，而法舰未沉一舰，仅死五人伤二十余人。之后，法舰从容地对付拱卫马尾的岸上炮台，在强大的火炮攻击下，三座炮台相继被毁。下午四点多的时候，闽江中已没有了炮声。
当夜幕降临的时候，闽江上游漂来一艘艘火船，把江面映得一片通红。小小的火船对巨大的军舰几乎构不成威胁，所以法国水兵们都轻松地站在甲板上看热闹。
“这是中国人为我们庆祝的焰火。”一个水兵道。
“他们真是生活在另一个世界，竟然用这样的方式来攻击我们。”另一个水兵感到惊奇。
可孤拔却不这样乐观，他指着满江的火船道：“这些火船对我们的军舰不起任何作用，但它却告诉我们，中国的百姓比他们的朝廷更难对付。四万万人的大国，如果他们的百姓觉醒了，实在是一件可怕的事情。”
“将军多虑了，现在已不是冷兵器时代，人多也没有多大意义，有时候不过是多具尸体。”他刚刚选拔的副官不以为然。
孤拔说：“不可轻敌。明天我们炮轰船政局后立即离开马尾，若被堵在闽江中，我们就是死路一条。据福州城和船政局为质的计划根本不可能实现，我们改变计划，集中兵力去攻打台湾。”
