意大利政情——伊斯特家族势力抬头——圭尔夫派和吉贝林派——皇帝弗里德利希二世去世——曼弗雷德占有那不勒斯王国——圭尔夫派和吉贝林派在伦巴第的斗争——教皇把那不勒斯和西西里王国赠给昂儒的查理——教皇使意大利不安定的政策——教皇尼古拉三世的野心——教皇的侄子们——西西里的晚祷——罗多尔夫皇帝允许大批城市赎买独立——百年庆典制度的创立——教皇迁至阿维尼翁。
这时，支配意大利各邦的有以下各种方式：罗马人不再选举执政官，改为任命一位或数位掌握同样权力的元老院议员。伦巴第一些城市原先为反对红胡子弗里德利希而成立的同盟仍然存在，其中包括米兰、布雷西亚、曼图亚、罗马尼阿境内多数城市以及维罗纳、维琴察、帕多瓦和特雷维萨。站在皇帝一边的有克雷莫纳、贝加莫、帕尔马、勒佐和特兰托。伦巴第、罗马尼阿以及特雷维萨边区的其他城市和要塞则根据他们的需要时而支持这一方，时而支持另一方。
在奥托三世时期，有一位名叫埃泽林的人来到意大利，住在乡间，生了一个儿子，这个儿子又生了一个儿子，也叫埃泽林。这个人有钱有势，站在弗里德利希一边，前面我们已提到，弗里德利希和教皇敌对。在埃泽林的怂恿和支持下，弗里德利希夺取了维罗纳和曼图亚，摧毀了维琴察，占领帕多瓦，击溃各城联合的军队，然后进军托斯卡纳。与此同时，埃泽林已征服整个特雷维萨边区；但未能战胜费拉拉，驻守在这个地方的是阿佐内·达·伊斯特的和教皇派驻伦巴第的军队。后来，因为敌人已被迫退走，教皇就把费拉拉作为封地赐给这位阿佐内。现在统治该城的就是阿佐内的后代。弗里德利希进军比萨后即停下来，企图统治托斯卡纳。但是，他在那个地区到处寻找朋友搜索敌人的过程中，播下了无数不和的种子，后来竟招致意大利的毁灭。因为互相敌对的圭尔夫派和吉贝林派斗争日烈——支持教会的自称圭尔夫派，效忠皇帝的自称吉贝林派。这两派的名称最早出现在皮斯托亚。弗里德利希率军队由比萨出发，用各种办法攻击教会辖地并大肆破坏；以致教皇无计可施，只好打起十字大旗号召人们反对他，就像他的前任教皇用以对付萨拉森人的办法一样。弗里德利希为了不致像过去红胡子弗里德利希及其他人那样突然被自己的臣民拋弃，于是就雇用一些萨拉森人。为了紧紧地把这些萨拉森人笼络在自己周围、在意大利建立巩固的反对教会的堡垒，不再害怕教皇的诅咒，他就把属于那不勒斯王国的诺切拉地区划归他们所有。这样，萨拉森人既有了自己的退身之地，就会感到更安全有保障。这时的教皇是英诺森四世，他因为害怕弗里德利希，先去热那亚，后来又到法国去了。他指令在里昂召开宗教会议。弗里德利希本想前往出席，但帕尔马的叛乱把他拖住。受阻后，他进入托斯卡纳，从那里又去西西里岛，后来就死在岛上；留下一个儿子孔拉德在施瓦本，还有妾生的一个叫曼弗雷德的儿子留在普利亚，已被封为本内文托公爵。孔拉德前往接管王国，但到达那不勒斯时就死了，留下一个名叫科拉迪诺的婴儿，当时在德意志。因此，曼弗雷德就掌握大权，起初是作为科拉迪诺的监护人。后来他听人散发一份通告说科拉迪诺已死，于是自立为王。他这样做虽说违反教皇和那不勒斯人的意愿，但他们还是无可奈何地迁就了他。
和那不勒斯王国出现这些情况的同时，伦巴第境内发生圭尔夫派和吉贝林派之间多次大规模斗争。圭尔夫派的领袖是教皇的一位使者；吉贝林派为首的是占据波河彼岸几乎整个伦巴第地区的埃泽林。在战争过程中因为帕多瓦城反叛，他就把该城一万两千名市民都处死。但在战争尚未结束时，他本人也被杀死，那时他已八十岁；于是所有他原先占领的地区就纷纷独立。那不勒斯王曼弗雷德继他祖先之后仍与教会为敌，使教皇乌尔班四世经常处于恐惧不安之中。乌尔班为了降服他，就召集十字军，并亲自到佩鲁贾迎接他们。但因为看到十字军人数太少而且行动迟缓，他感到为了征服曼弗雷德，还必须寻找更得力的支援，于是他就求助于法兰西，把国王的弟弟昂儒的路易封为那不勒斯和西西里之王，并鼓动法王查理到意大利来占领那个王国。但查理还未抵达罗马，教皇就死了，由克莱门特四世继位。这时查理才率领三十艘战船到达奥斯蒂阿并下令其余军队由陆路赶来。他在罗马逗留时，罗马市民为了使他亲近他们，便推举他为元老院议员；教皇把王国赐给他，条件是他每年向教会交纳五万金币；而且还规定，从那时起，不论查理还是别人当那不勒斯国王，都不能同时当皇帝。查理进军攻打曼弗雷德，打垮他的部队并在本内文托附近把他本人杀死，然后就当了那不勒斯和西西里之王。科拉迪诺的父亲曾在遗嘱里规定那个王国属于他，所以他就在德国集中很大兵力开入意大利攻打查理，在塔利阿科佐打了一仗，科拉迪诺逃跑时被俘，因为当时不知道是他，就把他杀了。
教皇阿德里安五世以前那段时间，意大利一直还算安定；但他继任教皇以后，情况就变了。查理在罗马以元老院议员资格统治这个城市。教皇忍受不了他的权势，就退到维特尔博，恳求罗多尔夫皇帝到意大利来帮助他。历届教皇就是这样，有时是出于宗教热忱，有时是受个人野心驱使，不断从外部招来新势力，造成意大利境内新的动乱。他们一旦把一位帝王扶持起来，势力大了，就又嫉视他，想方设法要把他消灭。教皇们从来都不允许别人治理这个地区；而由于他们本身低能，又无法治理这个地区。帝王怕他们，因为，不论是打是逃，教皇总是得到好处；除非是上当受骗。例如博尼法斯八世和其他几位教皇，就是在皇帝伪装友好的情况下被诱捕的。罗多尔夫因为正在和波希米亚国王打仗，未能应教皇阿德里安之邀进入意大利。这时教皇死了，奥尔西尼家族的尼古拉三世继位。这位教皇胆大有野心，下定决心无论如何也要削弱查理的势力，于是就劝使罗多尔夫皇帝抱怨说他在托斯卡纳境内有一个总督亲近圭尔夫派，曼弗雷德死后，他的位置被查理派人顶替了。
查理向皇帝让步，把他派去的总督撤走。于是教皇就派他的侄子、一位枢机主教，到那里任皇帝的总督。皇帝为了报答对他的尊敬，就把罗马尼阿归还教会，这个地区是他的前任从教会手中夺走的；于是教皇就封贝尔托尔多·奥尔西诺为罗马尼阿公爵。这时，尼古拉认为自己的势力已足够对付查理，就免去他的元老院议员的职位，并宣布一条规定：今后任何皇族都不得充当罗马元老院议员。他还打算剥夺查理在西西里的统治权。为了达到这个目的，他暗中和阿拉贡王彼得商议，但这件事到下届教皇才实现。他还想从自己的家族中产生两位国王，一位在伦巴第，一位在托斯卡纳，保卫教会免遭德意志人侵入意大利，也防备已占有那不勒斯和西西里王国的法国人。但他虽有这些想法却去世了。他是公开暴露自己野心的第一位教皇。他还借口壮大教会，把高官厚禄赏给他自己的家族成员。在他当教皇以前，任何教皇的侄子或其他家族成员都从未被提及；但此后的历史就屡见不鲜了。现在，他们除了还未竭力把教皇职位变成世袭之外，在其他方面，简直已经是无孔不入了。不错，经教皇亲立的王公都未能长期保住权位，这是因为教皇在位的时间一般都很短暂、来不及把他们的计谋搞得很妥善的缘故。
继尼古拉之后当教皇的是马丁四世。因为他是法国人，当然就站在查理一边。罗马尼阿反叛时，查理还曾派兵帮他镇压。军队在富尔利扎营时，有一位名叫圭多·博纳托的星相家谋划在特定时刻，使富尔利人攻打国王的部队。这个诡计竟然成功，所有的法国人都被抓住杀死。大约就在同一时期，由尼古拉教皇和阿拉贡国王彼得合商的阴谋也实现了：西西里人把岛上所有的法国人都杀光，彼得自封为岛上之王，声称由于他的妻子科斯妲扎系曼弗雷德之女，本来就对该岛拥有主权，因此该岛是属于他的。查理在进行以武力收复西西里岛的各种准备时死去，留下一个儿子查理二世，在西西里被俘。为了恢复自由，他答应如果在三年以内他不能取得教皇同意把西西里王国授予阿拉贡王的话，他情愿回到狱中。
罗多尔夫皇帝本人并未进入意大利，而是派一名全权大使前往，使所有愿意出钱自赎的城市取得自主权，这样就和皇帝亲临同样有利于帝国。许多城市赎回自主权；取得自由后，他们的生活方式也改变了。后来萨克森的阿多尔夫继承皇位；继任教皇的是皮埃特罗·德尔·穆洪。他就位时改名切莱斯蒂内五世。但由于他是一位隐士，清高圣洁；即位六个月后就弃位而去。博尼法斯八世被选为教皇。
过了一段时间之后，法国人和德意志人都离开意大利；于是全境就都留给意大利人自己治理。但天命注定教皇在这些敌人撤走之后，既不能建立又不能享有自己的权威；反而把罗马的科隆纳和奥尔西诺这两个势力雄厚的家族扶持起来。他们既有武装又住在附近，致使教皇软弱无力。后来博尼法斯下定决心消灭科隆纳家族，除了开除他们的教籍之外，还调动教会武装力量打击他们。这一步骤虽然也使他们受到一些损害，但后来证明对教皇为害更大。因为，这些武装力量都是忠于宗教信仰的，对教敌作战时还很英勇；但当他们一旦为私人野心而把矛头指向基督教徒时，对那些想利用他们的人来说，就不再那么听使唤了。由于教皇热衷于个人私利，致使他们逐步丧失军权。除了刚才说的这些情形之外，教皇还撤销科隆纳家族两位枢机主教的职务。这个家族的首领斯奇亚拉偷偷逃脱，被卡塔洛尼亚的海盗船抓去当了橹工，后来在马赛有人认出是他，就把他送到被开除教籍并剥夺了王位的法王菲利普那里。菲利普考虑如果用战争反对教皇，很可能要失败或冒很大风险；于是就采用欺诈手法：假装想和教皇讲和，偷偷把斯奇亚拉送到意大利境内。他到达教皇陛下所在地阿纳尼阿之后，就聚集几个朋友，趁黑夜把教皇监禁起来。虽然不久之后阿纳尼阿人就把他释放，但由于他受折磨太大，气疯而死。博尼法斯发起在1300年举行庆典大赦年，规定每百年举行大庆一次。在这一段时期内，圭尔夫和吉贝林两派曾发生各式各样的冲突；皇帝们已放弃意大利，因而许多地方不是独立就是被暴君强占。教皇本尼迪特重新给科隆纳家族那两位枢机主教戴上红帽子，并重新为法王菲利普祈福。他的后继者是克莱门特五世，因为他是法国人，于1305年把教皇宫廷迁至阿维尼翁。
