佛罗伦萨人为迎击教皇作准备——他们将向今后召开的宗教会议提出控诉——教皇和那不勒斯国王进攻佛罗伦萨——威尼斯拒不支援佛罗伦萨——米兰的动乱——热那亚叛离米兰公爵——向教皇求和未果——佛罗伦萨军队在比萨境内击退敌军——他们攻打教会辖地——教皇军队在佩鲁贸湖边被击败。
这时，佛罗伦萨人筹款招兵，召集尽可能大的一支军队准备迎战。由于跟公爵和威尼斯人之间都订有盟约，就向他们求援。佛罗伦萨人看到，既然教皇已表明他并非牧人而是一只豺狼，为了避免在捏造的罪名下被他吞掉，就利用一切论证来证明他们是正确的，他们在意大利到处介绍阴谋分子反叛他们的政府的经过情况，揭露教皇如何不敬神、不公正；他们使全世界确信：教皇既然以卑劣的伎俩窃取了教皇宝座，就要利用这一圣职做恶；他曾派遣被他提拔到最高职位的高级教士伙同一帮叛逆之徒到教堂里、在做礼拜恭行圣礼之际，干出了最骇人听闻的叛逆罪行；由于未能按照他的旨意杀害许多公民，改换政府，劫掠全城，他就禁止人民进行一切宗教礼拜祈祷；以教皇的名义诅咒共和国，进行恐吓和中伤。但是，如果上帝是公正的，是厌恶暴力的，那他对这位代理人就会很不满意，而允许这些不准向他祷告的受到伤害的人民直接向他祈祷。因此佛罗伦萨人不但不接受不服从驱逐出教会的命令，而且还强令神父们举行礼拜式，还把在他们辖区以内的所有托斯卡纳高级教士都召集到佛罗伦萨，举行宗教会议，向以后召开的普世宗教会议控诉教皇使他们遭受的伤害。
教皇也并未忽视找理由为自己辩护。他坚持说：制止暴政，抑恶扬善正是一位教皇的职责，应当运用一切可以运用的手段来执行这一职责。可是世俗君主无权扣留枢机主教、吊死大主教，杀害教士、砍杀他们并拖着他们的尸体游街，不分青红皂白、把无辜的人和罪犯一起屠杀。
佛罗伦萨人尽管作了这些控诉和指责，还是把他们扣留的枢机主教放回教皇那里。可是教皇却报以立即发动自己的和国王的军队进攻佛罗伦萨。这两支军队分别在费兰多的长子阿尔方索和卡拉布里亚公爵指挥下（后者有乌尔比诺伯爵费德里戈作为他的将领）开入基安蒂（这是在锡耶纳人同意下实现的，锡耶纳已站在敌人那边），攻占拉达和许多其他要塞；在抢劫那一带农村之后，又包围卡斯泰利纳。这些攻势使佛罗伦萨人大为震惊，因为他们当时几乎还没有什么兵力，而且各盟国又迟迟不来支援。公爵虽然派人前来援助，但威尼斯人却拒绝给佛罗伦萨任何支持，说他们是个人之间的争吵，而这种私人纠纷本来是不应当用国家开支来保卫的。佛罗伦萨人为了使威尼斯人对事情有较正确的看法，就派托马索·索德里尼作为使节去到他们的元老院；与此同时，还雇佣军队，委任费拉拉侯爵埃尔科莱来指挥全军。正当这些准备工作进行之际，卡斯泰利纳要塞因为受到敌军紧紧围困、居民感到救援又无指望，于是在坚持了四十二天之后，终于投降。敌人随即移兵阿雷佐并在圣萨维诺城外扎营围困。佛罗伦萨的武装力量这时业已准备就绪，于是就开赴前线迎击敌人。走到距敌军三英里时，使敌军惶恐不安，乌尔比诺的费德里戈因此要求停战数日，佛罗伦萨人同意了；这件事证明对佛罗伦萨军队是十分不利的，以至提出停战要求的敌方如愿以偿时反而大吃一惊。因为如果他们的要求遭到拒绝，他们就得被迫不体面地撤退。敌方取得这几天恢复元气后，等到停战限期一到，立即在佛罗伦萨部队眼皮子底下夺取了要塞。这时已入冬季。教皇和国王的部队退入锡耶纳境内方便的地方的兵营里；佛罗伦萨部队也撤到比较合宜的地点。费拉拉侯爵既未能为自己干点什么，为别人出力则更少，就撤回本国去了。
这时，热那亚叛离米兰，其情况如下：加利佐死时留下一个儿子，名乔万·加利佐。由于他年纪太小不能理政，于是在他的几位叔叔斯福查、洛多维科、奥塔维阿诺、阿斯卡尼奥等人和他母亲博娜夫人之间就发生冲突，各人都争着要充当幼年公爵的监护人。后来由于佛罗伦萨驻米兰宫廷大使托马索·索德里尼和前曾担任加利佐的秘书的切科·西莫内塔二人的规劝和调停，最后博娜夫人取得胜利。那几位叔叔都逃了。奥塔维阿诺在渡过阿达河时淹死了；其他几位被放逐到不同的地点。罗贝尔托·达·圣塞韦里诺也和他们一起被放逐，因为他在这场冲突中曾背弃公爵夫人、站到小公爵那几位叔叔那边。这件事刚发生不久，托斯卡纳境内就出现上述动乱。于是这几位叔叔就产生希望，认为新出现的局势可能为他们提供有利的机会。于是他们就擅自离开划定给他们的放逐地区，一个个都想方设法回到国内。国王费兰多发现佛罗伦萨人除了从米兰人那里取得援助之外，别无外援，于是就趁机给公爵夫人制造麻烦、使她忙于本国政府事务，无暇顾及援助佛罗伦萨。他串通普罗斯佩罗·阿多尔诺、执政官罗贝尔托和幼年公爵的那几位叔父，使热那亚摆脱了米兰的统治枷锁。只有卡斯泰莱托一地未叛离。公爵夫人信赖这个地方，派大批军队前往收复热那亚城，但被敌军击败。她看到战争如继续下去，她儿子和她本人都可能遭遇危险，因为托斯卡纳境内正处于混乱中，她唯一能指望的佛罗伦萨正陷于困境。于是她就决定：既然她不能仍使热那亚臣服，就争取它作个盟邦。因而和普罗斯佩罗·阿多尔诺的敌人巴蒂斯蒂诺·弗雷戈索达成一项协议：把卡斯泰莱托送给他，叫他当热那亚的君主；条件是他必须把普罗斯佩罗放逐，而且不能做任何支持她儿子的那几个叔父的事情。根据这一协议，巴蒂斯蒂诺就在卡斯泰莱托要塞和他自己的朋友们的支援下，当上热那亚的君主，并按照这个城市的惯例，获得“督治”的头衔。斯福查弟兄和执政官罗贝尔托被热那亚政府放逐之后，就带着自己的人马到达卢尼贾纳地区。教皇和国王看到伦巴第境内的动乱已平，就乘机利用他们这些人在比萨境内骚扰托斯卡纳，使佛罗伦萨分散兵力，从而被削弱。冬天刚过，他们就命令罗贝尔托·达·圣塞韦里诺离开卢尼贾纳向比萨进军。罗贝尔托照着办了，造成很大的骚动，劫掠很多要塞，蹂躏比萨附近乡间。
这时，皇帝、法国国王和匈牙利国王派往教皇处的使节一起来到佛罗伦萨。他们劝佛罗伦萨也派使节到教皇那里，并答应竭尽全力为佛罗伦萨争取到有利的和平条件。佛罗伦萨人并不拒绝试探和平，这既为了利用公共舆论为自己辩护，而且也因为他们真的想讲和了。于是就派使节前往，但未能解决任何分歧就回来了。佛罗伦萨人因为受到一部分意大利人的进攻，又遭到另一部分意大利人的背弃，就想取得法国国王势力的帮助，派多纳托·阿奇阿尤利为大使前往法国。这位大使是一位学者，精通拉丁文和希腊文，他的祖先在佛罗伦萨城内一直都是居于高位。但他中途死在米兰。为了抚慰他的家人并向他本人表示应有的悼念，就由公家开支隆重安葬，发给他的儿子们抚恤金，还给他的女儿们适当的嫁妆。后来又选派熟悉教皇和帝王事务的一位名叫圭德·安托尼奥·韦斯普奇的接替出使法国。
执政官罗贝尔托对比萨的袭击完全出乎佛罗伦萨意料，使他们十分狼狈。他们正在抵挡由锡耶纳方向攻来的敌人，不知道对比萨地区该怎么办。为了使卢卡人继续效忠、防止他们向敌人提供金钱或粮食，佛罗伦萨派皮埃罗·迪·吉诺·卡波尼出使。卢卡人接待他的时候，戒备心很重；因为他们过去曾受到佛罗伦萨人的伤害，并一直心存畏惧，因而总是怀恨在心。所以，这位大使有好几次差点被群众打死，这样他这次出使并未能使双方更和好一致，反而造成互相仇视的新因由。佛罗伦萨人召回费拉拉侯爵，并聘请了曼图亚侯爵；还急切要求威尼斯人把布拉乔的儿子卡尔洛伯爵和亚科波伯爵的儿子德伊福博派来；拖了很久之后，威尼斯人才答应照办，因为他们已和土耳其人达成停战协议，再也没有理由拒绝了；要是撕毁盟约，则极不体面。卡尔洛和德伊福博两位伯爵带来的兵力相当可观；又从正在牵制卡拉布里阿公爵的费拉拉侯爵所率部队中尽可能抽出一些多余兵力和他们会合起来，向比萨推进，迎击正率军队抵达塞尔基奥河附近的执政官罗贝尔托。这位执政官虽曾宣称要等待他们前来交战，但敌军真来时，他却撤到他开进比萨地区以前曾驻扎过的卢尼贾纳营房里去了。于是卡尔洛伯爵就把这一带曾被敌人占领的土地全部收复。
佛罗伦萨人从而解除了从比萨方向受敌攻击的威胁，于是就把从科莱到圣杰米尼阿诺一线全部兵力集结起来。但是，自从卡尔洛伯爵到达后，这支部队内部就既有斯福查派又有布拉乔派的人，他们之间的世仇宿怨很快就爆发了。人们考虑，如果让双方长期在一起，一定会互相打起来；于是就决定把他们分开。这样祸害小些。于是就派卡尔洛伯爵率领的一部分兵力进入佩鲁贾地区；而派另一部分驻扎在波吉本齐，在那里修造坚固的营房，以阻挡敌军侵入佛罗伦萨领土。他们也打算用这个办法强迫敌人分散兵力。这是因为，谁都知道卡尔洛伯爵在佩鲁贾城内有许多党羽；人们料想，若不是他去占领了佩鲁贾，就是教皇被迫派出大批兵力去防守。为了使教皇处于更加困难的地位，他们又命令原先从卡斯泰洛城被放逐出来的尼科洛·维泰利率领一支军队去攻打现在正在他的敌人洛伦佐·维泰利统治之下的这个城市，打算把他这个敌人赶出去，使这个城市不再服从教皇。战役开始时，幸运似乎是支持佛罗伦萨人这一方：卡尔洛在佩鲁贾地区进展迅速；尼科洛·维泰利虽然未能进入卡斯泰洛，但在战场上还是占了上风，他在附近乡村到处劫掠未遇任何抵抗。在波吉本齐地区，军队也不断扫荡直至锡耶纳城下的广大地区。不过，他们这些希望也并未实现。因为第一，卡尔洛正在节节胜利的高潮中死了。他的死本来也不至于给佛罗伦萨带来多大危害，但他死前所取得的胜利却因为别人举措失当而完全被抵消了。
伯爵的死信传开之后，原已集中在佩鲁贾境内的教会军队就认为有希望战胜佛罗伦萨了，因而推进到距佛罗伦萨部队不到三英里的湖边扎营。在佛罗伦萨部队这边，军事委员亚科波·圭奇阿尔迪尼根据罗贝尔托·达·里米诺（卡尔洛伯爵死后，这个人就当了总指挥官，他知道敌军期望血战一场）的意见，决定前往迎击敌军。在湖边一带，就在当年迦太基将军汉尼拔大败罗马军的那个著名的古战场上，把教皇的军队打败。这次胜利给指挥官们带来很大荣誉；消息传来，佛罗伦萨全城欢欣不已。要不是驻在波吉本齐的队伍内部发生骚乱，使得全军慌张，整个战役就要顺利结束。一个人的英勇取得的好局势却被别人的可耻的行径抵消而有余。因为在锡耶纳境内获得了大量战利品，曼图亚和费拉拉两位侯爵之间为分这些东西发生争吵，双方人马极其猛烈地火并起来。佛罗伦萨官员看到已不能利用这两支部队为自己服务，就允许费拉拉侯爵带着他的人马回国去了。
