3月10日星期五，基辛格列席国家安全委员会会议；第二周的周一、周二他一连两天旁听国务院专家乔治·麦吉、亨利·摩根、查尔斯·波伦、马丁·希勒布兰德以及中情局、国防部的有关人员介绍柏林情况。根据邦迪的建议，他们请来前国务卿迪安·艾奇逊指导评审小组。艾奇逊的结论（基辛格在各部门协调小组就柏林应急计划召开的一次会议上听过他初步的想法）是形势很严峻。柏林问题是一场“意志的冲突”，无法通过谈判来解决。苏联已经不再相信“美国情愿为柏林发动核战争”。我们必须让他们明白华盛顿“的确准备好使用核武器保卫柏林，美国的信誉已经全部压上去了”。艾奇逊建议核力量和常规军都要建设，做好苏联一旦阻止难民从柏林西移就最后摊牌的准备。同时，他还敦促美国计划针对整个苏联集团的制裁项目和秘密行动。但他明确指出：“在还没有同意打核战争而拒绝赫鲁晓夫现在的要求的情况下，采取这份文件所列的那种行动方案是最危险的。”基辛格的看法大致相同。4月4日他对罗斯托说：“我们可以……再大胆一点儿，说双方都不应该强行提出只有通过战争才能满足的要求。当然，另一种可能性是，如果苏联在柏林问题上苦苦相逼，我们就采取极端行动。”他主张：“最佳办法是态度强硬，制定军事计划要强硬，明确表达我们维护柏林地位的决心时也要强硬。”
对联邦德国政府而言，决定采取何种立场是件很痛苦的事。这不仅是因为前首都的命运危在旦夕，而且还因为当时德国处于分裂的状态。然而，做关键决定的不是波恩，而是华盛顿、伦敦和巴黎，莫斯科就更没有话语权了。在柏林这个具体问题上，联邦德国总理康拉德·阿登纳其实非常矛盾。阿登纳在住民主要信仰罗马天主教的莱茵区长大，耄耋之年的他（当年84岁）还记得俾斯麦政权是如何歧视非新教教徒的。实际上，他半开玩笑地说，开往柏林的火车跨越易北河时，他喜欢拉上车厢的窗帘，这样就不会看到普鲁士的“亚洲大草原”了。从个人感情来看，他也不是强烈反对德国分裂，因为这比德国统一后有可能不是共产党掌权就是社会主义者掌权要强多了。他其实很愿意考虑一次慎重的交换，用整个柏林和民主德国来换萨克森和梅克伦堡的部分地区。不过，阿登纳的主要目标在于保证西方（尤其是美国）保卫联邦德国的承诺不动摇。
在阿登纳总理访美之前，基辛格力图分析他的复杂动机。他认为：“跟阿登纳抽象地谈论灵活性智慧，就像跟一个嗜酒者互诫协会的人说饭前来一杯马天尼没什么坏处一样。阿登纳宁可因对盟国保持忠诚而犯错，也不愿利用德国的重要位置挑拨邻国关系。”这位联邦德国领导人最担心的是新一届美国政府强调建设常规军“会预示美国要放弃欧洲”，接下来“美国会撤回核武器，致使德军任由苏联战术核武器摆布”。他的重要洞见是遏制的核心假设（美国愿意为了联邦德国的自由铤而走险，跟苏联打全面战争）不大可信。因此，一旦美国在欧军事姿态稍有变化，阿登纳必然认为那是脱离和撤退的序曲。（毕竟，20世纪20年代他做过科隆市市长，西方列强就那样最终离开了德国。）
不要以为基辛格在德国问题上的建议是他依然眷恋故乡的结果。当然，从宪法上来看，联邦德国是真正的民主国家，起主导作用的基督教民主党和社会民主党反对希特勒的记录可谓完美无瑕。但是这种情况不适用于相当一部分掌管联邦德国政府和工业界的第二梯队成员。私底下，基辛格不会抨击实业家库尔特·比伦巴赫[9]这种“德国好人”。再有，他在正式场合说德语也不像原来那么自如了。他对邦迪坦言：“也许有点儿奇怪，我现在的德语词汇量不够大，无法即兴讲述复杂话题。我上中学、上大学都用的是英语，所以我思考国际问题、军事问题全也都是用英语。（谈到足球，我的德语词汇量特别大，也许有的观众对这一点感兴趣。）[10]”联邦德国必定对基辛格有疑心。他有那么多亲人死在这些人手上，内心能不反感吗？阿登纳的一名助手交代“老头子”最担心的两个美国人就是亨利·基辛格和阿德莱·史蒂文森。他和同事无法决定基辛格头脑里为德国秘密设计的命运：是用有限核战争将它夷为平地，还是取消全面核战争威胁，让它任由苏联摆布。
实际上，基辛格5月5日就此事所做的备忘录里说得很清楚，他主要考虑的是美国外交政策的信誉。他重复艾奇逊的观点说：“柏林命运是北大西洋共同体将来的试金石。美国如果在柏林问题上失败，即侵蚀柏林获得自由的可能性，无疑将导致联邦德国意志消沉……如果西方表现出无能，那么所有其他北约国家必定会从中得出应有的结论。对世界其他国家而言，这将强调共产主义运动势不可当。”
但是，如果苏联试图改变柏林现状，无论是破坏盟军卫戍部队的供给线，还是阻断民用交通，结果都将意味着“摊牌”。而摊牌必须包括有可能打核战争：
（1）苏联几乎可以阻止我们用北约现有军事力量对柏林方向发动的任何规模的常规进攻，也许还能打败我们。
（2）发动全面核战争可能无法摧毁苏联的报复性力量。
（3）如果苏联准备紧逼，我们将有必要在局部或某场控制性报复战中使用核武器。
因此，如果我们要采取任何局部行动，必须首先决定如何回答这个问题：我们是准备接受常规战失败还是在必要时使用核武器？
基辛格非常清楚，这种思路不合国家安全委员会专职成员的胃口。与此同时，麦克纳马拉主张“先使用大量常规军事力量再考虑用核武器”，包括采取秘密行动引发民主德国起义。基辛格同时发觉邦迪摇摆不定，因为邦迪不愿确定如果有三个选择，自己指望基辛格选择哪一个：选择包括“从政治影响来分析美国现有的作战计划”和就“北约方面的几乎任何话题”提出建议。然而，1961年4月底，哈佛春季学期即将结束时基辛格有两个优势。首先，邦迪及其团队还在为猪湾事件心烦意乱。除了打字机打的备忘录，基辛格还给邦迪写了封亲笔信，谴责《纽约时报》对他的批评“不公”。邦迪很受用。他回信时说：“当一个人感到自己做了错事，要保持正直并不容易。这时单纯的友谊能给你安慰。”
其次，基辛格已经答应访问波恩，这时他已因其在核战略等方面的表现颇具名气，并且已经约好与阿登纳和他好战的国防部部长弗朗茨·约瑟夫·施特劳斯会面。基辛格和这位国防部部长的会面有点儿戏剧性：在三位将军的陪同下，施特劳斯痛斥美国来宾，他认为美国加强常规军建设对德国安全有害。基辛格知道德国地面部队实际上比美国的强吗？他知道像赫尔穆特·施密特这样的社民党人不过是“断章取义地引用基辛格的书以证明肯尼迪总统的顾问支持社民党的国防路线吗”（即反对用大规模报复威胁来保护西欧）？在当天，美国驻德使馆的晚宴上，“施特劳斯更是高门大嗓，也不像下午那么反应机敏。也许部分是因为他多喝了几杯吧”。
他说在柏林问题上，美苏关系就像是他与自家狗的关系。如果他要狗到厨灶下面去，狗却钻到了桌子底下，他就马上补一句：“你钻桌子底下也行。”这样就能保持一种事态在掌控中的幻觉……最后，他失控了，暗示无论谁说什么，尤其是无论德国方面的人说什么，柏林都会丢失……不知怎么的，后来谈到民主德国会起义这个话题。施特劳斯说只要他当国防部部长，德国军队就按兵不动，哪怕眼看界线那边的德国人在大街上被打死。这时德国外交部的理查德·巴尔肯说，他如果是师长，不管施特劳斯怎么说他都会行动。施特劳斯叫道：“那我就逮捕你。事实上，也许我现在就应该逮捕你。”虽然他是在开玩笑，但他这个人可能说到做到。
一周后，基辛格再次会晤阿登纳，对德国人的想法有了进一步了解。尽管基辛格一再安慰（“我说，柏林不仅是德国城市，而且是世界各地对自由的一次检验……大家不会再把德国看成外国”），德国总理还是满腹狐疑。美国领导北约出台集体核计划的努力最终“失败了”。现在，不仅美苏之间存在导弹差距，而且阿登纳还以为由于苏联在所有核武器方面都领先，面对这种局势，艾森豪威尔不得不秘密承诺“将柏林交给”赫鲁晓夫。麦克米伦准备在这种“极其软弱”的情况下默许。唯一可以依赖的是戴高乐，就因为法国具有独立的核能力。
阿登纳说美国必须设法理解欧洲的恐惧。他们担心美国总统在战斗中牺牲，没有人领导美国去报复。而且，他问我能不能老实告诉他美国竞选年会出现什么情况，艾森豪威尔会不会在竞选前一个月用氢弹报复。我说：“说实话，会。”他问：“欧洲真的能完全依赖一个人的决定吗？”
这里提到法国最近获得了核地位[11]，个中深意基辛格并非没有察觉。法国外交官弗朗索瓦·德罗斯刚刚跟他原原本本地介绍过情况，明确表示只要美国提供技术支持，法国将考虑把核打击力量交由北约指挥。美国决策者开始领会核时代的新挑战：防止核武器扩散，核武器即便掌握在盟国手里，也必定会提高爆发一场谁也不愿见到的末日大战的可能性——除非美国可以通过某种形式的否决权制止它们使用。基辛格在会晤施特劳斯、阿登纳和德罗斯之后，无比深切地感到美国迫切需要加强北约的凝聚力，哪怕只是为了制止戴高乐（或许还有施特劳斯）一时冲动而擅自行动。如果法德真的认为“我们强调常规部队是虚，而想从欧洲脱身是实”，那么，它们想要有自己的核遏制力量又何罪之有？还有一点欧洲人很少明说，那就是从政治上看，走这条路比扩大常规部队规模更容易。
基辛格的德国之行大大提高了他在华盛顿内外的声誉。他和施特劳斯都公开发表了自己的不同看法，不仅德国媒体做了报道，《纽约时报》和伦敦的《观察家报》也予以报道。“总统最近在国会演讲，要求迅速加强‘常规’军备，那演讲稿就像是基辛格写的，”《纽约时报》6月初热情洋溢地报道，“而且美国承诺在必要时为柏林开战也主要是基辛格的观点。”基辛格情不自禁地给《华盛顿邮报》写了一句俏皮话：“约翰·福斯特·杜勒斯政策的问题，不在于错误地看待共产党，而在于在其他事情上难得正确。”基辛格的谈话记录也许很有趣，但很难相信邦迪读到这些会莞尔一笑。更重要的是，邦迪的看法已经开始跟自己这位心直口快的门生出现分歧。
基辛格跟艾奇逊一样，认为事态一清二楚。6月初赫鲁晓夫和肯尼迪在维也纳会晤时，赫鲁晓夫咄咄逼人，基辛格丝毫不感到惊讶。基辛格（跟总统不一样，总统比较乐观）早就料到了。基辛格认为，为柏林问题摊牌在所难免，只要苏联想这么做。关键是要决定美国在不同阶段的反应——特别是要保证总统始终要控制升级过程。另一条策略是悄悄向苏联让步：具体的做法是放弃坚持平民可在柏林自由流动的立场，容忍关闭东西柏林之间的边境通道以及西柏林与周围德意志民主共和国边境的通道。这就是卢埃林·汤普森在莫斯科正确预测的一步棋，也是苏联和民主德国7月初就已经决定的一步棋。然而，华盛顿没有一个人明确讨论过这种结局。不过强硬派和温和派的分歧已经很清晰了。在7月19日国家安全委员会的重要会议召开之前，邦迪就明确区分了以艾奇逊和尼采为代表的科勒小组强硬派和暗含他本人在内的温和派；温和派赞成“现在明确表示，无论是和平协议还是用民主德国人替代高速公路沿线的苏联人都不值得开战”，并“谨慎地试探苏联以了解最终解决危机需要哪些因素”。
阿瑟·施莱辛格着重规劝总统“应该把基辛格放在柏林规划的中心位置”。但并未如愿。一开始，基辛格不大明白邦迪的想法为什么捉摸不定，不愿跟他说明情况。他写道：“我相信为了真正做出贡献，我必须在一段时间内跟踪某个问题或一系列问题。”实际上，邦迪只把他当作“一个出主意的人”，今天给他这份文件，明天给他那份文件，只给一个下午时间就要求他发表意见：“我为美国外交政策的某些特点感到不安，这种心理必定表现在我的评论中，那些一直参与撰写政策文件的人看了一定会感到无足轻重、心生厌倦。就像是一盘棋下到一半，你也没对棋局的发展做过研究，就要你支招下一步该怎么走。”
尽管基辛格非常了解德国，但柏林问题的主要工作却被交给了亨利·欧文和卡尔·凯森。基辛格很失望，打消了整个夏天为邦迪做全职工作的想法，提出还是回去做他的“临时顾问”。邦迪初步接受了，还假模假样地表现出一脸茫然。他还东扯西拉地说“北约文官控制的专门研究……会是一个临时问题”，并说将来还有机会对政府在裁军方面的初步立场予以强烈抨击。（用基辛格的话说：“最好是全都废除，从头开始。”）两人又是写信，又是打电话，又是开会，却都没有明确结果，过了几周才真相大白：“他说我对柏林问题的看法太固执，说我认同‘强硬’路线会令总统和沃尔特·李普曼、参议员威廉·富布赖特等人难堪。”为了避免难堪，邦迪就建议基辛格“在柏林问题上做总统的个人顾问，并另外找人，也许是一个年轻的工作人员来承担正式责任”。基辛格无奈之下只好同意，但他心里一直感到疑惑，就跟罗斯托说了实话。
邦迪同意我出席所有跟柏林问题有关的会议。以什么身份？毫无疑问我要联系各个部门。以什么角色？坦白说，如果我对国际局势不是那么上心，我就退出了……我做普通民众的时候，对军事政策和北约战略所做的贡献比现在当白宫顾问不知多到哪里去了。如果柏林问题的处理流程可以重新开始，我情愿回去做我的教授。
基辛格教授接受了一堂白宫政治课，一生难忘，而这堂课远远没有结束。
时至今日，最优秀的、最聪明的人不再光鲜。《时代周刊》杂志大肆讽刺肯尼迪的“白宫教授神童小组”，其中就包括“特别总统顾问亨利·基辛格”。杂志宣称，“现实的严峻考验”表明，“约翰·肯尼迪系统无法发挥作用。在外交政策领域，记录乏善可陈。一旦碰到问题，肯尼迪的解决办法似乎只是活动，没有行动。”这么说未免过于苛刻。柏林问题是个非同寻常的复杂问题。再说，肯尼迪眼下得到的大量情报和分析通常都是互相矛盾的。基辛格并未意识到，或许最令人困惑的是总统意识到的问题：如果从“日冕计划”提供的情报来看，实际上美苏之间是不存在导弹差距的，即便有差距也是美国领先。这样看来，赫鲁晓夫表面上决心在柏林问题上和美国对峙（其信号是7月宣布增加1/3的国防开支）就更令人摸不着头脑。与此同时，肯尼迪从托马斯·谢林那里得知有一份新文件，内容是说似乎要全面拒绝使用“战术”导弹的有限核战观。肯尼迪正确意识到艾奇逊的办法可能过于狭隘，要求施莱辛格“就柏林问题中一些未曾探讨的事宜”准备“一份不签名的备忘录”。施莱辛格于是找来基辛格和阿贝·蔡斯。结果，他们在短短两小时之内匆匆起草了一份文件，提出了一系列令人担忧的问题，试图扩大政府讨论柏林战略问题的范围，然后肯尼迪就带上直升机飞往了海厄尼斯港科德角的总统静养所。
“为了目前柏林的移民进出问题我们准备焚毁全世界，除了这个目的”，还有“其他政治目的吗”？肯尼迪期望德国统一的“真实意图”何在？如果苏联不像艾奇逊强调的那样拦截北约部队进入柏林怎么办？核战争“具体”是指什么？如果出现对峙，美国的盟国将扮演何种角色？在核武器问题上逼迫最紧的是基辛格。他一直很害怕军队会在危机中逼总统下手，而总统实际上连“核战争是什么”都不知道。突然，基辛格似乎一下子明白了几个月来一直想让邦迪给的是什么职位：类似于罗恩和凯森的那种角色，设计一个进阶式的军事反应计划以应对苏联挑衅——不排除威胁使用核武器，但要慎重校准目标，避免发生第三次世界大战。不错，能接触总统的依然是邦迪，但至少他传递的信息带有基辛格的烙印。实际上，邦迪又给总统送了一份基辛格5月写的那份“极具感染力的”柏林问题备忘录。基辛格终于发现自己在行政办公大楼自己的办公室（399房）里做了一件有意义的事，哪怕现在还是每周只在华盛顿待两三天。
在柏林危机期间，基辛格不止一次说过：“我不喜欢用‘强硬’、‘温和’或‘坚硬’等形容词来形容政策。”就柏林问题而言，这些区别尤其没有意义。在7月13日的国家安全委员会会议上，艾奇逊在副总统林登·约翰逊的支持下，极力要求宣布国家进入紧急状态、组建预备军、增加国防开支和采取其他经济措施。基辛格则恰恰相反，建议在外交上采取主动措施，哪怕只是为了避免造成美国不妥协的印象。他反对宣布进入紧急状态。实际上，他准备考虑在事实上认可民主德国政权，如果另一种选择是打核战争的话。他相信军方还没有给出界定明确的选择让总统来选，所以他一直在琢磨“谈判失败后的军事后果”。这些观点也不是说了等于白说。7月25日晚，肯尼迪在电视上发表全国讲话，称柏林是“对西方勇气和意志进行考验的伟大场所”，罗斯托则提到电影《正午》。但是当总统阐述美国立场时，艾奇逊很沮丧，因为总统就是没有宣布进入紧急状态，而是跟赫鲁晓夫最近提高国防开支的措施针锋相对，宣布给陆军增加6个师，同时暗示美国现在的兴趣只是想保留驻守西柏林的权利。
赫鲁晓夫得到了信息。他和约翰·J.麦克洛伊在索契附近的别墅谈话时，咚咚地敲着军刀，说他将“签署和平协议，无论是什么协议；占领权就此收回，不让进出，需要的时候再恢复和德意志民主共和国谈判；如果你们以武力相逼，我们也以武力反抗；战争必定是热核战争，美国和苏联也许能幸存，但美国所有的欧洲盟国都将完蛋”。但是他还“重新声明愿意保证西柏林的自由和独立……还口出狂言，说西方提出任何这样的保证都可以接受。”
肯尼迪一方面加强常规部队建设，一方面还是为谈判留了一道门，这么做是因为在某些方面听从了基辛格的建议。但是他接受建议的方式是间接的，需通过邦迪。基辛格对施莱辛格发泄了他“被邦迪排除在外的极大愤慨之情”。以下是施莱辛格的记录。
尽管总统要他来做全职工作，邦迪却强烈要求他不要做全职；邦迪从来不征求他对任何问题的建议，对亨利就西柏林问题写的一系列高明的备忘录的任何反馈也从不告知；当总统表示想见他时，邦迪却从来不说清楚总统为什么要见他，因此基辛格准备得很不好，很紧张，没有发挥出真实水平；整个经历真是太丢人了。
基辛格被排斥在总统核心集团之外，无法知晓美国已经做出的关键（最为实用的）决定：如果苏联决定封锁柏林边境（这一点参议员威廉·富布赖特曾公开预测），美国会默许。肯尼迪亲口告诉罗斯托，赫鲁晓夫“必须采取某种行动阻止难民流动。也许是建一道墙。而我们将无法阻止”。在莫斯科，卢埃林·汤普森几乎是细致入微地向赫鲁晓夫阐明，如果苏联采取某种形式限制难民从民主德国外流，美国是可以接受的。到8月，华沙条约组织的其他成员国也同意了该计划。民主德国政权也秘密备好混凝土支柱、带刺的铁丝网、木材和隔离西柏林所需的其他材料。两天后路透社报道民主德国议会通过了“‘一项神秘决议’，决议说议员们同意采取民主德国政府希望采取的措施来处理柏林呈现的‘复仇主义的’局面”。1961年8月13日凌晨1点，民主德国领导人沃尔特·乌布利希的农奴开始修建柏林墙。美国驻柏林指挥官看在眼里，但毫无反应。肯尼迪得知这一消息，冷静地让腊斯克去看垒球比赛，而自己则回到科德角的游艇上。他已做好准备，大不了派卢修斯·克莱和约翰逊副总统一道去趟柏林，命令西柏林的美军加强守备。
从一个角度看，事态一步步发展，最后走到修筑柏林墙这一步，这是一种灾难，是“行动不连贯、决策不果断、政策矛盾”的结果。然而，从约翰·F.肯尼迪偏爱的实用主义角度看，这种结局是最佳的。第一，核战争没打起来。（肯尼迪曾在柏林危机中怒斥国防部副部长罗斯韦尔·吉尔帕特里克：“他妈的……动动脑子，我们讨论的是7 000万美国人的性命问题。”）第二，也避免了一次常规冲突，否则，不是爆发核战争，就是西方颜面丧尽。正如肯尼迪所说：“一堵墙比该死的一场战争好一万倍。”第三，苏联及民主德国原形毕露：他们都是铁了心对抗自由的。不过，肯尼迪有一点错了：他以为“柏林危机到此结束”。
或许我们会感到惊奇，基辛格总是考虑采取什么样的行动，根本没想过让民主德国听天由命。的确，修了柏林墙只不过是堵上了铁幕的最后一道裂口。严格说来，这堵墙包围的是西柏林，不是东柏林。但是，当民主德国边防军枪杀企图从墙东翻到墙西的平民时（第一位受害者冈特·利特芬于8月24日被枪杀），人们才惊讶地发现究竟谁被监禁了。在基辛格心里，这种愤慨之情是双倍的。首先，柏林墙的建立暗示德国可能在不久之后就统一的假象彻底破灭。其次，看起来美国再一次向苏联让步了。在这一点上，又可以看出基辛格是理想主义者，肯尼迪是现实主义者。
基辛格希望的是美国能够声明40年前伍德罗·威尔逊总统阐述的民族“自决”的普遍原则应该用于解决德国问题，尤其是整个柏林问题。美国政策应该明确规定苏联必须“履行保持德国分裂的职责”。这就意味着从字面意义上看，联邦德国政府拒不承认德意志民主共和国的合法性（即便阿登纳私下一直对德国实际上的分裂感到满意）。1961年夏，基辛格就该问题起草了大量文件，他在一份文件中写道：“我知道有人会说阿登纳不会反对美国政策。然而，我不明白为什么盟国就不能在影响自己国家未来的决定上发出最强音。”在另一份文件中，他明确拒绝这样的观点：“现实主义应该迫使我们接受无法改变的现状”，因而美国应该“接受德国分裂这一既成事实”。相反，他认为西方“必须支持德国统一，尽管曾经出现过两次世界大战”。说实话，基辛格主张德国统一的观点并不天真。他相信如果西方同意德国分裂，那么联邦德国就可能采取“拉巴洛政策”[12]，采取不同的方法对付民主德国。正如他所言，“如果西方正确理解自己的利益所在”，那么西方将继续主张德国统一，前提是首先实行联邦制，然后进行自由选举，同时有两点永远不变，一是去军事化，二是认可德国与波兰的奥得河–尼斯河边界。这么做不是因为莫斯科会接受，而恰恰是因为莫斯科会拒绝。
基辛格是对的，华盛顿低估了联邦德国公众对修筑柏林墙的深恶痛绝之感，这种心理柏林市市长维利·勃兰特曾非常激昂地表述过。但是，如果他认为“邦迪先生”（基辛格已开始这样称呼邦迪）会听取他的意见，在德国问题上采取原则性立场，那他就错了。基辛格私下里给马克斯韦尔·泰勒写过一封信，明确表达了自己的厌恶。
戴高乐是对的。
苏联对我们就像逗弄猴子似的，好像我们已是不中用的猴子，迫不及待地要展示我们是受虐狂，爬回去乞求他们行行好，谈判吧！这样我们好把其他东西拱手相送。
我们不应抱怨柏林分裂多么不合法，我们应该宣布谈判的前提条件是拆除水泥墙，结束分裂。
如果苏联没有反应（他们很可能不会有反应），谈判就会无限期地拖延下去。那时我们就告诉他们，我们将兵戎相见，以后再放弃驻军柏林以及出入柏林的权力，冷静地继续进行我们的军事建设，让他们忐忑不安地等候变化。
法国会百分之百支持我们，我认为我们让阿登纳加入这个阵营也是轻而易举的。这样一来自然将孤立英国，但是科勒和欧文之流对目前法国孤立似乎不是很苦恼。至于印度、达荷美、上沃尔塔及其他中立地区，到时候我们再去操心吧；这次1961年的柏林问题是美国的问题，我们不要再当它是一场争夺人心的竞赛了。
这封信充满了火药味，可以看出基辛格与对方现在到了剑拔弩张的程度了。对他而言，柏林危机远未结束；毕竟，柏林墙修好之后，苏联又会采取其他行动侵犯美国在柏林市内的权利。基辛格气愤地警告泰勒说，“国务院那些人”很快就会“对某种胆怯的谈判立场守口如瓶，那将是四方会谈中的美方立场，也许最初会是在大使论坛上……那时总统还来不及表明他对我们的谈判应确立何种总路线所做出的决定”。重要的是，肯尼迪将在美国对柏林墙的外交反应及可能采取的军事反击措施上面临更为艰难的选择：“他必须站在恼人的历史障碍前，从那些被审慎而明确地展示出的选择中进行选择。”如果苏联有任何限制进入滕珀尔霍夫机场的空中走廊的企图，美国绝不答应。实际上，“从很多方面看，最好是共产党被迫击落一架飞机”。到9月初，基辛格预计“会有一场持久危机”。显然他不知道导弹差距的新情报，于是他警告说苏联恢复核试验恰恰是因为“他们和我们实力相当，说不定还比我们强”；如果他们预计这种优势是暂时的，那么“我们必须预计到年内要摊牌”。
基辛格已经在考虑摊牌的事了。9月8日，他给施莱辛格写了一封长达11页的信，表示了对邦迪的不满。他写道：“我看事态很明显，我无法再做什么有益的贡献了。起初我打算提交一份正式辞呈，但后来决定最好不要公开断绝关系，因为此时此刻辞职可能被外国人视为‘强硬’路线失败。”因此，他决定“只是不再去华盛顿。如果刚过去的一个月代表着某种标准的话，他们将不会要求我做什么……如果我认为能办成事情的机会很小，我对事态发展的顾虑就应该促使我加油，而不是成为离开的理由。但是，我的贡献实在是微不足道，甚至是误导，我别无选择，只能后退”。我们说过，基辛格的兼职顾问角色从未被好好地明确过职责。也许是因为邦迪认为他的哈佛同事是威胁，也许是因为他的观点太“教条主义”，所以邦迪一直和基辛格保持着一段距离，不请他参加白宫真正重要的会议。
对基辛格来说，那段时间就像是过着卡夫卡式的生活，深感压抑。邦迪推三阻四，最后还是请基辛格处理柏林问题，尽管其身份不是正式的“白宫‘柏林专家’”。据说，邦迪在给柏林问题领导小组做报告时还引用过基辛格的话；但是自春季以来基辛格就没参加过一次国家安全委员会的会议；柏林问题工作组中有10个小组，他却从来没有受邀参加过任何小组；他的各种备忘录从未有人过问；一些重要职务“分配时都把我排除在外——有时让人感到特别屈辱”；他想方设法（罗斯托建议他这么做）为解决“民主德国情报活动问题”出谋划策，结果又是自讨没趣。柏林墙建好以后的那个星期，他“大部分时间都在看从世界各地发来的电报”，因为邦迪没有给他安排任何工作。（“到现在为止，我一定是消息比较灵通的白宫工作人员之一，”他苦笑道，“尽管我的英语恐怕是彻底给毁了。”）邦迪不让他参加战情室的活动，几乎根本就不联系他，他感觉自己就像是“看球的人在边线上大喊大叫、说三道四”。不过，这还不是基辛格头脑中最突出的意象。谈到美国政策的实质，尤其是美国处理柏林危机的方式时，他把自己比作“汽车正驶向悬崖，却被要求检查油箱是否加满、油压是否正常的靠司机坐着的乘客”。
我们很容易把这封信看作一个华盛顿新人出师不利的痛苦心声，如此而已。施莱辛格为人仗义，把信的部分内容给肯尼迪总统看了，肯尼迪于是劝说邦迪安抚基辛格那颗受伤的心。后来两人见了面，都不大自在，邦迪劝基辛格放心，说他们“采取的很多行动都是基于”基辛格夏天起草的那些文件。邦迪说了一大堆恭维话，说基辛格“有能力，做事尽心尽力，笔头能力强，等等”。邦迪还举了个例子：“嗯，你知道吧，我们刚刚谈到选调预备军人的问题（基辛格对此持反对意见），知道吧，亨利，你负责不让5万人上前线……我们也许没有说什么，当然是因为太忙了，不过你放心，所有你强烈反对的问题我们都会慎重考虑。”
邦迪希望将来在需要的时候还能得到基辛格在专业上的帮助。事后基辛格挖苦道：“邦迪极尽卑躬屈膝之能事，他讲的内容几乎跟给施莱辛格的信一模一样，一点儿不差，显然事先有人教过他。”但是，他只能对邦迪说他“都可以参加竞选了，竞选的口号是不让5万士兵上前线”。邦迪宽宏大量，没把基辛格的讽刺当回事。他把基辛格送出门时说：“而且很多当兵的也是马萨诸塞州的人。”根本不清楚基辛格究竟是否辞职。
据施莱辛格的儿子斯蒂芬说，基辛格曾经回忆“邦迪……总在肯尼迪政府中排挤我，尽管肯尼迪总统多次向我承诺会重用我”。施莱辛格问为什么。基辛格回答：“显然他感到我给他造成了威胁。我本来可以在肯尼迪政府中得到一个职位，他从中阻拦，把我推给了尼克松。而一旦我成为肯尼迪政府的一员，尼克松绝不会聘我。”不过，基辛格的哀叹既道出了实情，也说明他的自尊心受到了伤害。正如他当时对小施莱辛格的父亲所说：
我担心的不是那些“温和的”与“强硬的”口号。我担心的是缺乏全面战略，到头来处处被动。我苦恼的是官僚机构的态度以及我们对待官僚机构的态度，结果出台的很多政策都是前一届政府的政策，换汤不换药。因此，我们的政府总是过于担心战术问题，缺乏一个指导性观念，我们碰到的大部分问题都是因此而产生的……我们所做的规划似乎大都不能用于化解我们将要遭遇的危险。我们将要面临一场重大危机，或许会是一次灾难，但官僚机构依然按部就班，以为这就是管理的主要目标，他们呈报给总统的计划也不能恰当说明他应该做出什么样的选择，因此那计划终将变成一纸空文。
基辛格既是在批评过程，也是在批评结果。艾森豪威尔时代的官僚习气悄悄地死灰复燃，因此总统“再次遭遇官僚机构造成的既成事实，他可以批准，也可以调整，但就是不能真正考虑做出什么选择”。结果，军事政策“缺乏总统所需的那种灵活性”。这届政府的裁军计划基本上就是对艾森豪威尔政府政策的翻新。美国对德国问题的谈判立场“尚有待阐明”。最重要的是，柏林问题一直没有得到准确界定。
问题不仅仅是通常人们认为的自由进出柏林，而是事关柏林人民、德意志联邦共和国人民和西欧人民的希望与期盼。如果他们对我们失去信心，即便我们能为柏林争取到某种出入权利上的保证，当前的危机也会变成一场重大失败。如果目前趋势持续下去，其结果将会是出现一个衰落的、意志消沉的、出入有某种保证的城市，一个建立在中立主义立场上的德国，一个实力遭到重大削弱的北约。与此同时……苏联的不妥协一直被纵容，最终总统很可能面临他一直想避免的局面：要么忍气吞声，要么发动全面核战争。
到底基辛格的理想主义发展到了何种程度，后来他跟施莱辛格的一次交流明白地展示了出来。施莱辛格是美国历史学家，说道：“我对盲目崇拜民族自决感到些许不安，今年正好是我国决定制止该原则100周年。”他是指1861年在萨姆特堡爆发的美国内战。基辛格是欧洲历史学家，他迅速质疑对方暗中（很不恰当地）把美国南部联盟和德意志民主共和国做类比。如他所言：“如果法国违背南方各州意愿，在里士满建立政府，如果北方在英国压迫下接受这一事实，那么情况还可以比较。你认为这对未来30年的英美关系会有何影响？”而且他重复先前的观点：他的“梦魇”是“德国民族主义的复活和苏德在国家层面上的交易，因为它们将使15年的欧洲一体化成就毁于一旦”。虽然他“愿意在安全问题、柏林出入程序问题及类似问题上采取灵活的处理方式”，但是他坚信“解决德国问题时放弃民族自决原则将产生灾难性后果”。
基辛格与邦迪的争执不仅仅是吃不到葡萄说葡萄酸的问题，因为柏林危机并未结束。实际上，两人的争执也没有明确结果，此后不到几周，柏林问题加剧，各方矛盾达到顶点，而原因差不多就是基辛格所担心的那些事情。
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冷战期间美苏公民之间的接触很少。绝大多数美国人从没有见过一个活生生的苏联人，而苏联人也一样不怎么见得到美国人。例外是两国科学家之间还有交流。上文说过，1955年以后，研究核裁军的学者每年都在帕格沃什开会。1961年的大会地点是佛蒙特州绿山的斯托村。毫无疑问，基辛格为了逃避潮湿的天气以及在华盛顿所受的屈辱，也参加了这次大会。会议期间他从苏联代表那里得知一些情况，证实了他的想法：德国问题距离解决时日尚久。
全体会议期间，一位美国代表、曾经参加“曼哈顿计划”的专家、《原子科学家公报》创始人、俄裔物理学家尤金·拉比诺维奇抱怨：“美国政府在用19世纪的政治思维解决柏林问题，这个时候采取这种措施完全是疯狂之举。结果……政府说‘如果他们在柏林问题上欺人太甚，我们就开战’，这样的话不过是虚张声势，不会有一个美国人当真的。”基辛格赶紧发言，他的哈佛同事兼敌人罗伯特·鲍伊也随声附和。基辛格向苏联代表保证：“我见识过我国政府的一些运作情况，我可以向你们保证美国在柏林问题上提出的威胁绝对是认真的。如果苏联以为美国是虚张声势，且据此制定自己的政策，只会导致灾难。”苏联历史学家弗拉基米尔·赫沃斯托夫回答，这“证明苏联恢复核试验的政策是正确的”。基辛格反驳道：“如果苏联单方面阻断美国进入柏林的通道，那么他们恢复核试验是正确的，因为任何人阻拦我们进入都将导致战争。”在苏联代表提议下，这次会谈后的第二天晚上双方举行了一次时间更长的会谈，与会代表有基辛格、赫沃斯托夫、生化学家诺赖尔·斯萨克雅安和红军总参谋部的尼古拉·塔伦斯基将军。会上双方先就柏林问题交流了各自现已非常熟悉的立场，基辛格惯用的讽刺和幽默为谈话增色不少，后来话题转到德国东部边界这个更宽泛的问题上。在基辛格的提示下，塔伦斯基问道：“我想是否有这种可能，即美国和苏联达成协议，美国承认德国东部边界（奥得河–尼斯河边界线仍被许多联邦德国保守派反对），为此苏联保证美国可进入柏林，以及美国进入柏林可以纳入苏联单独与德意志民主共和国签订的和平条约呢？”基辛格强调他只是代表个人发言（苏联代表无疑不相信这种免责声明），他认为有这种可能性，随后又补充了一点，民主德国将代理苏联接手美国进入西柏林的问题，但又坚持必须由莫斯科主动提出这种协议，而华盛顿方面不会主动。
第二天美苏代表没有再交流，但是会议最后一天，当苏联代表即将登上开往机场的大巴时，又有人来找基辛格，这一次是赫沃斯托夫和物理学家伊戈尔·塔姆，两人接二连三地问了一些新问题。这些问题包括他是否坚决主张西柏林不能有任何苏联军队以及是否可以接受由联合国保证美国在西柏林的权利。基辛格回答美国“不会同意其地位每年都要由联合国大会的大多数人来改变”。于是“塔姆问保证期5年怎么样。我说5年太短。他又问10年怎么样。我回答如果我们一点点往上加，我建议干脆150年，也许我们中间可以开一次会。他笑着说我们相互理解了。我说‘我没把握我们做到了相互理解’”。最后，塔姆谈到正题：苏联以何种形式就德国问题主动表态美国可以接受？让一位科学家致信《真理报》行吗？基辛格表示异议，说必须是政府发言人表态。这时“此前一直沉默不语的赫沃斯托夫，突然说作为研究历史的学者，他想告诉我，我的历史学得很好”。
这是基辛格首次通过“侧面渠道”与苏联代表进行交流，以后这样的交流还有很多。这种会谈在冷战期间很重要，恰恰因为双方可以声称不代表官方立场，即便各方假定对方所代表的正是官方立场。（这种非官方性也为基辛格式机智提供了用武之地；基辛格钟爱黑色幽默，“苏维埃人”亦乐在其中。）由于苏联代表无法自由发言，因此塔姆像他的弟子安德烈·萨哈罗夫一样对帕格沃什会议的价值半信半疑。不过，他刚才通过基辛格传递给华盛顿的信号很重要。9月25日，肯尼迪在联合国大会发言，谈到柏林问题时表现出一种十分愿意接受调解的姿态，连民主德国官方报纸《新德国》也赞扬他“特别……愿意和谈”。相反，苏联外交部部长安德烈·葛罗米柯丝毫不肯让步。基辛格重复艾奇逊的观点，心情烦躁地表示苏联依然怀疑美国的决心。显然，只有采取某种军事行动才能让苏联相信自己不会再在柏林问题上取得进展这种焦虑不无道理。毕竟，谁也无法保证柏林墙建好之后，苏联下一步不会对进入西柏林设置限制。问题在于，一旦在柏林采取军事行动，很可能会迅速升级为全面核战争。实际上，诺斯塔德将军认为任何常规战争都“几乎完全可能引发核武器的使用”，对此基辛格表示怀疑。
整个柏林危机期间，基辛格频频被人指责立场太过强硬。《哈佛深红报》刊登了一篇报道《基辛格警示裁军可能引致苏联胜利》，基辛格不禁怒火中烧。其实，他一直都坚持认为，他在柏林问题上的立场极其微妙，很难简单归结为“强硬”或“顽固”。上文说过，他赞成在德国自决问题上采取不妥协态度。他坚信美国必须向莫斯科表示一种决心，不会在出入西柏林的问题上再做让步，为此可能有必要采取军事措施，包括恢复在大气层进行核试验。但是，基辛格在斯托会议期间与苏联代表的交流表明，他愿意同苏联在广泛问题上谈判，包括西柏林地位和民主德国边境等问题。而且，他内心非常害怕诺斯塔德的军事计划会“带来过多的危险，要么引发全面战争，要么带来某种形式的屈辱”。10月16日，基辛格起草了一份措辞激烈的备忘录，戳穿诺斯塔德最近提交给总统、参谋长联席会议、腊斯克和麦克纳马拉的一份声明，该备忘录指责诺斯塔德“越权做出本该由总统做的决定”，即“要求总统授予他在危急时刻采取他认为合适的行动的权力，而不用说明突发事件是什么，或者下一步采取什么行动”。“活橡树计划”的主要内容是在通往西柏林的高速公路沿线进行“一些探测”，一旦遭遇苏联或民主德国抵制，行动马上升级，大概（尽管具体时间还不是很清楚）涉及核武器。有趣的是，一想到有朝一日要就柏林问题在军事层面摊牌，基辛格现在又回到原来《核武器与对外政策》中的主张：可以用战术导弹打一场有限核战争。不过，在他看来，如果“活橡树计划”暗示的那种选择是冲突不可阻挡地升级为涉及两个超级大国战略武力的全面战争，那么并不能算作“强硬”政策。这一切都是白费心思。基辛格的备忘录无人问津。他无事可做，只能看看报纸，读读常规部队建设的新闻。
基辛格以前试过辞去顾问职务，但没辞掉。10月19日，他再次辞职。施莱辛格还是一如既往地表示同情。（“我看这件事是奇耻大辱、可怕的失败。”）邦迪还像往常一样劝他坚持做下去。基辛格也像往常一样表示，如果将来“需要他的建议”，可以找他。然而，这次他决心提出正式辞呈，直接致信肯尼迪总统，请施莱辛格转交，生怕邦迪再次“展示其卓越技巧，花言巧语让我上当”。即便在这个时候，邦迪还是有最终发言权。他写道：“白宫方面希望能从你的建议中受益，这种想法不会有丝毫变化，所以你宣布辞职似乎没有任何特殊意义。”
这局棋输了。基辛格气得发疯。他十分恼火地对施莱辛格表示，邦迪的唯一动机就是“让总统以为我在参与，但实际上即便是鸡毛蒜皮的小事也不让我沾边”。基辛格“满腔愤怒”，因为他未料到“在这种关键时期，个人竞争居然采取这种残酷的形式”。不过他已经提出“不会……公开或私下讨论我被隔离的事实和原因”。当《新闻周刊》要求他证实“和白宫在柏林问题上存在尖锐分歧”，而这种分歧“会导致我辞职并与政府公开决裂”时，基辛格只好转弯抹角地否认：
