上海市在两个月内，计接管统计、人事、秘书、会计、新闻、外事、总务、交际等10个处，共有旧人员职工计4.9万余人。除调查处、人事处旧职员大部逃跑或转入潜伏外，其余各局、处95%以上留在原职位照常工作，听候处理和录用。西安市军管会共接收国民党旧政权的军事、行政、公安、财政、金融、交通、电讯、农林、文教机构和其他企业等240个单位，人员达2.56万余人。绝大部分人员留职工作。所以，西安市在整个接管过程中，邮电通畅，电力和公交迅速恢复，全市社会秩序、生产建设迅速恢复发展。北平市军管会主任叶剑英直接组织并参加对旧政权机构的接管。首先接管旧北平市政府机构。1949年2月3日，叶剑英和徐冰副市长召集旧北平市政府人员，宣布对市政府进行接管，并交代了中共的方针政策。2月4日下午3时半，在原国民党市政府会议厅举行隆重的接管仪式。此后，叶剑英又有步骤地领导接管了各区政权，并先后建立起了各区人民政府。北平市军管会共处理了原国民党党政机关人员3.9万余人，其中留用数占80%以上，开除数仅占2.2%。诸如警察、中小职员等一般人员，70%以上都留用。由于政策对头，使北平的社会秩序和社会局面很快走上轨道。对一般反动党团、教会、道教会门的处理，因涉及较多的群众，所以采取了极其稳重和分别对待的政策，防止了草率简单的做法。
第六，对旧文化事业的接管和改造。文化方面的接管政策性很强，成功地接管和改造旧有文化事业，是建立新民主主义文化的重要条件。人民解放军在解放大中城市的过程中，就注意保护一切文化设施。对学校与文化教育机关（如大学、中学、小学、图书馆、博物馆、科学试验室、体育场所等等），采取严格的保护政策。迅速派人到各学校宣布方针，并与他们开会具体商定维持的办法。对原有学校（除国民党党校、军事学校外）一概采取维持原状逐渐改良的方针。例如开始在课程方面，除取消其反动的政治课程、公民读本外，其余暂时照旧。又如在教职员方面，除去掉极少数的反动分子外，其余应一概争取继续工作。
解放军进入上海、南京等大城市时即迅速出报纸及开始播音，广泛宣传我党政策及政府法令、布告等。对国民党三青团及其他反动派的报纸、刊物和通讯社，一律没收接管。对各个以私人名义经营而有确实反动政治背景的反共反人民的报纸、刊物、通讯社等，没收接管。对其反动政策背景一时无法弄清者，经过调查及法庭判决处理。对进步的和中间性的民营报纸、刊物、通讯社依法登记，在民主政府指导下进行营业。对敌方政府军队及党部管理之电台，全部接收。上海市军管会命令驻上海的美国、英国的新闻处停止一切宣传活动，北平、天津、武汉、南京等地军管会也分别命令各该地美国新闻处停止活动。上海市军管会还公布了《国际电讯检查暂行办法》，规定凡经上海市国际电台发出的电讯、口语广播稿本，均须经军管会电讯检查组的检查。
如上海文化接管工作：在两个月中计高等教育方面接管大专校院19个单位，包括教授、讲师、助教、研究员及职员、工人共2836人，学生共8109人。市政教育方面接管公立学校及教育机关共521个单位，教职员工共8884人，学生17.6万余人。新闻出版方面接管和实行军管的共47个单位，其中报馆、通讯社20个单位，书店、印刷厂等24个单位，广播台及器材厂3个单位。文艺方面共接管18个单位，其中电影9个单位，戏院4个，交响乐队1个，俱乐部1个，美术馆1个，剧校1个，演剧队1个，共计员工907人，技术人员165人。
北平市军管会入城之后，一般设文化接管委员会或文教部。以钱俊瑞为主任的北平市军管会文化接管委员会，还下设教育、文艺、文物、新闻出版四部。根据党的政策，军管会对旧有文化机关区别不同对象，谨慎地展开了接管工作。叶剑英对文化接管工作很重视，他定期邀集北平一些有名望的知识分子开座谈会，向他们讲解党的知识分子政策，回答他们提出的各种问题，并诚恳地征求他们对建设新北平的建议。被邀集的著名知识分子中，有陆志韦（燕京大学校长）、叶企荪（清华大学校长）、张奚若、钱伟长等人。由于正确贯彻执行了党的知识分子政策，北平市的知识界绝大多数都拥护共产党的领导，并对接管工作给予了有力的支持和配合。经过一段时间的紧张工作，不仅完成了对清华、北大、戏剧学校、电影制片厂、北平图书馆、故宫博物院以及新闻出版等30多个重要文化部门的接管，其他文化单位的接管也顺利进行。对凡属于国民党各级反动政府的报纸、刊物及通讯社，一律予以没收；对帝国主义在中国设立的新闻出版机构，一律取缔；对民主党派及人民团体所办之报纸刊物，则予以保护，并令其依法向人民政府登记；对大、中、小学及一般文化教育机关，则采取严格保护的政策。
各城市这类接管工作进行得比较顺利，也很成功。董必武曾对原国民党中央政府所在地南京的接管工作做过这样的评价：像伪总统府、伪国民大会堂以及中山陵、各学术研究机关、学校等都相当完整，无重大破坏，这是南京市军管会、市人民政府执行政策正确的结果。各地军管会还开展了封闭妓院、禁烟禁毒的斗争，荡涤旧社会的污泥浊水，净化了社会风气，使新中国的城市面貌焕然一新。
各军管会在接收后，即开展改造和发展人民的文化教育事业，进一步改造文化教育事业。加强群众的社会教育，特别是教师职工教育。加强在职干部的政治理论学习，对于各部门愿意为人民服务的旧的教职人员加以教育改造，使他们更好地为人民服务，为新民主主义的建设服务。各城市军管会贯彻中共中央关于争取知识分子及对新区学校教育的指示，普遍重视文化教育工作。军管会的主要领导人亲自同教授、专家、学者交朋友，勉励他们为人民效力，多为国家培养人才。重庆市军管会协助政府加强对教育工作的领导，对全市大、中、小学采取维持现状、逐步改进的方针，首先复课，同时废除反动的训导制度和反动的政治课本。军管会和市政府利用寒假组织教师研究会，请各校教授、教员参加，根据新的教育方针，共同研究安排解放后第一个新学年的教学计划。通过一系列工作，学校工作逐步走上了正确的轨道。在军管会的领导下，多数城市的报纸、广播电台，都在军管会成立三五天后即出版和广播。文化馆迅速以新的内容对市民开放，剧院、电影院、游艺场、体育场等，也很快组织新的演出和比赛。医院、幼儿园、福利院等数日后即展开正常工作。公园真正成为劳动人民游乐的场所。
第七，打击奸商投机活动，保护民族工商业。打击奸商投机活动，稳定市场物价。由于国民党反动政府长期滥发纸币，造成恶性通货膨胀，物价飞涨，金融投机活动猖獗。各城市军管会加强对金融市场的管理，公布人民币比价和兑换办法，取缔各种证券交易所，打击银元贩子和各种金融投机分子。上海市解放不久，一批奸商大搞银元投机，囤积居奇，百物涨价，人心惶惶。上海市军管会决定由警备部队配合公安人员，以迅雷不及掩耳之势，搜查了奸商和投机分子活动的大本营———证券大楼，将少数主犯一网打尽，封闭了证券大楼。消息霎时传遍了上海，震动了江苏、浙江乃至整个华东，影响波及全国。从第二天起，上海市的银元、大米、食油纷纷跌价，使市民安居乐业有了保障。在广州，警备部队、公安总队、工人纠察队一起出动，搜查大搞金融投机活动的地下钱庄和钱档，震慑了奸商。成都市的一些暗藏特务勾结奸商，哄抬粮价，制造混乱。军管会将征集到的粮食交由政府大量出售，很快稳定了粮价，安定了社会秩序。贺龙在总结西安市军管会3个月工作时说：在稳定金融、平抑物价、解决群众吃穿等方面作了很多工作，取得了很好的效果，这是一件大事情。
保护民族工商业，重要的问题是正确处理好劳资关系。由于民族资产阶级在中国民主革命中具有革命性的一面，中国经济又处于落后的状态，因此在革命胜利后一个相当长的时期内，就需要尽可能地利用私人资本主义的积极性，以利于国民经济的发展。但是，在当时却存在着一些矛盾，既有企业内部工人阶级和民族资产阶级的矛盾，又有国营企业和私人企业的矛盾。为了正确处理这些矛盾，中共中央确立了“发展生产、繁荣经济、公私兼顾、劳资两利”的方针。各地军管会认真贯彻这一方针，注意纠正“左”、“右”两种倾向，尤其是当时存在的“左”的倾向，既注意维护工人的正当利益，又积极解决私人工商业存在的问题，扶持民族资本的发展。贺龙在西安明确阐述了中国共产党对待私营企业的方针政策，他说：对于国民经济有益的私营企业，我们允许它恢复发展，保护其合法经营。他对工人们说：在劳动态度上，虽然也是在资本家工厂做工人，但同时又是国家的主人，因此，有责任督促和帮助有益的私营企业恢复发展起来。这符合工人阶级目前以及长远利益。
各地军管会还根据具体情况制定了解决劳资纠纷的具体政策和措施，如上海市军管会颁布了《劳资争议处理程序》、《复业复工纠纷处理办法》两个草案。在上海市军管会和陈毅的倡导下，各私营企业都成立了“劳资协商会”，市成立了“劳资协商委员会”，贯彻执行“公私兼顾、劳资两利”的原则，协调劳资关系，调动各方面恢复生产的积极性。荣毅仁的申新纱厂资金困难，上海市人民银行给予低息贷款，帮助他度过难关。这对于推动上海市工商业恢复生产和营业，起了重要作用。北京市成立了劳动局，制定了处理劳资纠纷办法，明文规定劳动局有权调解、仲裁一切劳资纠纷；天津市军管会拟定了《关于劳资关系暂行处理办法》等等。经过各地军管会和市政府卓有成效的工作，民族资本主义工商业得到了保护和发展，其不利于国计民生的一面受到了限制。北平解放一年后，有30种经营生产工具和日用必需品贸易的行业，都或多或少地增加了户数。天津私营工业在解放后很快全部复工，并且由原来的9837户增加到12311户，职工人数增加了18.92%。南京从解放到1949年9月，人民生活必需品行业增加了100余家。
各地军管会和市人民政府还根据中共中央确定的方针，取消帝国主义的经济特权，统制对外贸易，改革海关制度，实行了外汇管理，从而使我国的经济迅速摆脱了帝国主义控制，走上了独立自主的道路。
第八，迅速恢复生产，安定群众生活。城市刚解放时，许多工厂停工减产，学校停课，大批工人失业，学生失学，交通不畅，物资奇缺，群众生活困难。恢复生产是管好城市、稳定局面的关键。军管会在城市中开展共产党的组织工作、政权机关工作、工会和其他民众团体工作、文化教育工作、宣传工作、肃清反动残余势力和维护社会治安工作，都是为恢复和发展生产这个中心服务。各城市的军管会工作人员，以极大的努力学习生产技术和管理生产的方法，学习同生产有密切联系的商业工作、银行工作和其他工作。积极动员广大工人、人民团体和各阶层群众团结起来，战胜困难，恢复生产。
人民解放军进驻上海后，当时上海的1.2万家工厂，有70%停止了生产。有的资本家将资金带到香港、美国。留在上海的民族资本家，有些人资金短缺，甚至发不出工资，劳资矛盾较大。上海市军管会派出大批干部战士，进驻147家工厂，调查和协助解决困难，直接参加生产劳动，增强了军民团结，有力地促进了生产的恢复和发展。重庆市的几十家大工厂，都遭到了国民党军队的严重破坏。军管会接管后，在工人和各界人士的帮助下，根据人力、物力、财力情况，首先使与国防建设、经济建设关系密切的大厂逐步复工，对有利于国计民生的私营工厂从资金、原料等方面给予扶持。通过这些措施，大部分工厂逐渐恢复了生产。西安市军管会对不少私营企业，采取坚决保护的政策，组织他们迅速恢复生产。如西安有座大华纱厂，拥有3万纱锭，但由于资金问题，生产停顿，贺龙主持军管会讨论决定，资金由人民政府筹集，支持恢复生产。同时，对一时搞不清所有制性质的企业，分别采取了军管、监理和代管等办法，但不管采用哪种办法，便组织他们迅速恢复生产。
为了发展工农业生产，沟通城乡联系，促进经济建设，巩固新生的人民政权，各城市军管会和各地驻军抽调施工力量，努力恢复交通，保障了运输。广州是华南门户，国民党军队溃逃时，将横跨珠江的广州海珠大铁桥炸毁。广州解放后，广州市军管会和广东军区，在财政困难、技术力量不足的情况下，决心修复这座铁桥。1950年4月，抽调铁道工程部队第三支队和铁路员工担负修复任务，经过6个半月的奋战，使大桥在当年11月8日正式通车。贵阳市军管会抽调工兵部队，带领铁路、公路员工，大力抢修铁路、公路桥梁，到1950年5月，修复公路桥73座、铁路桥13座。
安定人民生活是城市稳定的关键。衣食住行关系到千家万户的切身利益。这方面问题解决得好坏，直接影响到人心的向背和新生人民政权的威望。所以在摧毁国民党旧政权的同时，各地军管会十分注意恢复城市功能，关心衣食住行，安定人民生活。沈阳是中国共产党最早接管的工业城市。以陈云为主任的沈阳军管会确定了“各按系统，自上而下，原封不动，先接后分”的接收方法，紧紧抓住与广大群众日常生活密切相关的六大问题，即首先恢复电力供应；迅速解决金融物价问题；旧有警察必须收缴其枪支，又必须用其徒手服务，协助维持秩序；利用报纸，传布政策，稳定人心；妥善解决工人工资问题；迅速处理俘虏与疏散弹药，对散俘首先是收容好，有饭吃，有房住，次一步是分散处理。这些方法与措施，使接管工作进行得快而完整，也使城市正常的生活秩序得以迅速恢复，做到“比较稳定而无多大波动”。中央适时转发了这一经验，收到了很好的效果。
叶剑英带领军管会和市政府的干部，一开始就抓紧了安定全市200多万人民生活这一基本问题，其中最突出的是解决粮、煤、水、电的供应和统一货币。军管会和市政府在进城前，叶剑英和彭真就指示军管会有关部门，从华北其他地区调运和储备了大批粮食、煤炭及油盐等物资，进城后，采取各种方式将必需的生活资料供应给市民，保证他们的生活需要，并认真贯彻执行中央制定的金融货币政策。市政府按照中央规定，以中国人民银行发行的人民币为北平市本位币，以冀南银行发行的钞票（简称冀钞）和东北银行发行的流通券（简称东北券）为辅币，对伪金元券实行收兑办法，并在市民中进行宣传动员，让工人、学生及其他劳动人民享受优待兑换。不久，又对银元实行了禁止流通、买卖的政策。通过这一系列措施，逐步稳定了北平市场物价，人民生活得到稳定并有所改善，从而安定了民心。
对城市居民的生活必需品，如粮食、燃料、肉类、蔬菜、原料等的供应，军管会作了极大努力。为保证各城市的粮食供应，各部队普遍派出工作队到农村征粮。广东是缺粮缺煤的省份，人民解放军进入城市后，便立即输送足够的粮食、燃料到城市去，以安定人民的生活，这是军管会进城后重要的工作之一。部队的征粮队经常遭到土匪的袭扰，一些干部战士为了给城市人民征粮，献出了宝贵的生命。贵阳市解放时，全市的粮仓只剩下25万公斤粮食，仅够全市23万人吃两天，盐仓存盐也所剩无几。贵阳市军管会和第五兵团派出大批征粮队，还派3个连队护送100辆车，到四川重庆运盐。路上，运盐队打退了土匪一次又一次的袭击，为贵阳人民运回了宝贵的食盐。第138团第2营连长杨殿元在运盐途中，与土匪遭遇，英勇护盐，壮烈牺牲。第178师政治部主任朱向离带领一个班在成都市郊区征粮时，遭土匪伏击，全部牺牲。许多参加征粮队的地方干部、教师、学生，也同部队指战员一样，不避艰险，忘我工作。刘胡兰式的英雄丁佑君，1950年9月18日在四川西昌盐中区协同部队征粮时，不幸落入土匪手中。土匪用极其残忍的手段百般摧残折磨丁佑君，她坚贞不屈，拒绝向土匪吐露区里存粮和解放军的任何情况，惨遭枪杀，时年仅19岁。根据她生前要求，中共西昌县委追认她为中国共产党党员。在她牺牲的地方，军民一起修建了纪念碑。在她的家乡四川五通桥建起了烈士纪念馆，为她立了半身铜像。
二、全国大剿匪
剿匪部署
人民解放军向全国举行大进军过程中，国民党残余军队在纷纷被歼的同时，国民党却有计划地留置下大量的土匪、特务武装，他们在美蒋反动派支持下，负隅顽抗，进行各种破坏活动，妄图东山再起，卷土重来。国民党当局在大陆垮台之前夕，在成都陆军军官学校和贵阳市创办“游击干部研究班”，专门培训土匪、特务武装的领导骨干，共达4700余人。后来，这些人秘密潜往各地，积极网罗骨干，建立土匪、特务武装组织，企图扼杀和颠覆人民民主政权。他们趁新解放区社会秩序尚未安定之际，勾结恶霸地主，搜罗散兵游勇、地痞流氓，利用反动会道门，发展反动组织，“采取了土匪游击战争的方式，煽动了一部分落后分子，和人民政府作斗争”。这批反动残余数量较大，活动猖獗。据1950年初的不完全统计，全国的股匪、特务武装曾发展到上千股，总数百万计，广布全国各省。尤以浙江、福建、湖南、广西、广东、云南、贵州、四川、甘肃、青海等新解放区最为严重。
这批特务武装的基本特点和主要成分是：以国民党中统、军统特务、反动军官为领导，以惯匪、国民党残余部队和散兵游勇为骨干，以地主恶霸、封建势力、帮会团体为靠山，并以一部分被胁迫、受蒙蔽的落后群众作掩护的一种武装反革命集团。土匪的组织成分大体可分为四种：（一）政治土匪，政治上最为反动。这类土匪中，一部分是国民党的溃散部队和有计划留置下来，进行破坏的特务组织；另一部分是国民党的地方武装，其中包括伪专员、县长和乡、保、甲长掌握的武装。他们在国民党反动派的直接或间接操纵、指挥下，专以破坏人民民主专政和各项建设事业为目的股匪。（二）惯匪，即所谓职业土匪，也称经济性土匪。这类往往是为生计铤而走险、落草为匪者。他们或以抢劫为生，或为报私仇，多无政治目的，而容易被特务所诱惑利用，活动比较狡猾，有较长期的东抢西劫的经验。（三）游杂武装。这种武装成分复杂，多为国民党的散兵游勇、兵痞、流氓、惯匪之类，态度游移不定，多为生活所迫被特务收罗。（四）封建土匪。特务利用封建迷信团体，胁迫、欺骗来的贫民，独霸一方或“占山为王”者，这类土匪的特点，是思想顽固，具有浓厚的地域性，有很深的社会基础。
这些武装匪特无恶不作，对社会的危害性极大，破坏的重点和采取的较普遍的活动方式及斗争手段是：
（一）破坏新生的人民基层政权，杀害基层革命干部和积极分子，封锁或占领一些小城镇，控制农村。仅在1950年头3个月内，广东、广西地区的基层人民政权机关遭受土匪袭击就有170余次，有68个乡政权被摧毁。福建省的东山、明溪、泰宁、光泽、建宁、永安、清流、屏南、安徽省的立煌（今金寨），云南省新平、易门、牟定，贵州省的正安、道真、沿河、雷山等37个县城曾一度被土匪占领。安徽大别山区的14个县，基本上被土匪武装控制。
（二）破坏城乡交通，抢劫运输物资。仅在1950年初的一个月内，蓉雅、川湘两公路的桥梁全部被土匪破坏，成渝、渝筑两路的运输车辆也时遭土匪袭击，人民物资财富受到严重损失，并造成交通中断，致使成都、重庆等城市的粮食供应一度出现困难。华东地区解放初期，上海至南京、浙江至江西的铁路也时常遭受土匪的破坏。
（三）杀害群众和地方党政干部，绑架勒索，奸淫妇女，扰乱社会秩序。1950年1月，华东苏南地区被匪袭击乡、区、县人民政府时，有120多名干部被杀害。云南、贵州地区先后有数千名干部被土匪杀害。广东地区，1950年春，人民政府机关遭土匪袭击近百次，有2个县城、6个区政府被围攻，86个乡政权被摧毁。四川内江县，1950年2月，土匪袭击了5个区政府，打死干部10多人，抓走工作人员38人，轮奸了10名女干部。土匪还抢劫群众财物，致使无数群众倾家荡产，仅四川遂宁、资中两县，就有上万名群众流离失所。匪特还放火投毒，四川仪陇县一次土匪投毒，竟使3800人中毒。湖南邵阳的陈光中匪首，亲手杀过200多人，奸淫妇女400多人，使“丁男不敢耕于野，妇女不敢织于室，老弱死于沟壑，壮者散于四方”。张平及其股匪，曾杀害过3000多名无辜百姓；杀人魔王龙云飞更是凶恶残暴，手段毒辣：挖眼睛，破肚子，活剥人皮，无所不用其极。
（四）骚扰与阻止人民解放军的作战行动，袭击、抓捕或杀戮解放军零星外出人员。湖南石门大匪首侯宗汉，在解放军解放石门时，曾立下“见解放军不跑者杀，为解放军送信送粮者杀”等“十杀”禁条。1950年初，仅宁夏军区部队遭匪特袭击即达26次，人员伤亡170余名。一个司务长途经四川灌县竹瓦时，被匪徒抓去活活煮死。
（五）制造谣言，欺骗群众，发展武装，组织暴乱。广西解放后，土匪活动非常猖狂，在许多地区曾一度煽起全面性的暴乱。甘肃、青海、陕西、宁夏、新疆等西北少数民族地区，土匪利用民族隔阂及反动会道门，煽动和组织了大规模地区性暴乱。四川、西康地区的土匪，也曾煽起反革命暴乱。同时，华东地区的海上匪情也十分严重。据统计，1950年5月，浙江、福建海域和长江口外，有海匪1万多人，盘踞在靠近大陆的40多个岛屿上，抢渔船，抓渔民，不断进行破坏活动。
新中国成立之初，剿匪斗争是肃清反动势力任务的核心，是解放战争同国民党正规军战斗胜利之后的特殊武装斗争形式，是中国人民解放军为捍卫新中国执行对内职能的首次重大行动。过去解放军长期是以游击战争来反对占统治地位的国民党军，这时却要居于统治地位来对付进行游击活动的国民党残匪，在作战中遇到了许多新的问题。中共中央、中央军委对于剿匪斗争高度重视，指示解放军在与这些恶匪的作战中，要继续运用人民战争和游击战的战略战术，并根据匪特的新情况新特点，对剿匪的基本方针和战略战术作了明确指示。制定了军事打击、政治争取、发动群众三者紧密结合的方针：在匪情严重的地区，以军事打击为主，政治争取为辅，军事政治双管齐下；在一般情况下，则以政治争取为主，军事打击为辅。同时充分发动群众、建立政权、加强地方武装、进行民主改革等项工作结合进行，以求从根本上消除匪特生存活动的条件。规定了对匪特斗争的政策：首恶者必办、胁从者不问、立功者受奖等一系列政策，以此达到争取多数，打击少数，利用矛盾，各个击破，彻底消除匪特之目的。
遵照上述指示，人民解放军先后抽调了约150万人的兵力。在新解放区（华北、华东、中南、西南、西北地区），从1949年5月至1953年执行剿匪肃特等任务。在华北、华东、中南、西南、西北地区，从1949年下半年开始至1953年，中国人民解放军先后抽调了共大约10个兵团部、41个军部、144个师、2个旅另20个团和海军一部等主力部队，约150万人的兵力，执行剿匪和工作队的任务。在地方党委一元化领导下，在地方武装、民兵（民兵参加剿匪斗争185万余人，参加战斗10.7万余次）和广大人民群众的密切协助下，结合建立人民政权、土地改革、减租退押、镇反清霸、抗美援朝等中心工作，展开了轰轰烈烈的大规模的剿匪肃特斗争。整个剿匪过程，大体分为3个阶段：第一，军事进剿。主要是集中优势兵力，选择匪情严重的地区，采取奔袭、合围、追击等军事行动，给匪以歼灭性打击，使其失去集中活动的能力。第二，分兵驻剿。大股土匪被歼灭和击溃后，小股土匪因慑于解放军强大的军事压力，不敢公开对抗，乃缩小目标，分散活动，避开解放军的锋芒，保存实力。有的窜入各省边远的山区；有的流入少数民族地区，利用深山密林、云崖隧洞等条件，与解放军继续顽抗；也有的重整旗鼓组织暴乱。针对上述匪情，解放军采取分区驻剿、分片包干的办法，加强对面的控制，使其分散的土匪无法集中，发动群众，依靠群众，深入开展强大的政治攻势，进一步消灭分散活动的匪特。第三，清除潜散匪特。结合农村的土地改革、减租减息、建立革命政权等项中心工作，深入发动群众，清除潜入深山密林，藏入地沟，逃往邻省、邻县隐伏、隐蔽的匪特分子。
剿匪部队在这场极其艰苦复杂而又特殊的战斗中，发扬英勇顽强的战斗作风和灵活机动的战略战术，展开了空前规模的剿匪斗争，创造性地采取灵活机动的战略战术：对大股土匪实施军事进剿，集中优势兵力，采取奔袭、全围、追击等战术，给股匪以歼灭性打击，使其失去集中活动的能力。在大股土匪被歼和击溃后，对小股或分散活动的土匪，采取分兵驻剿、分片包干的办法，军事打击、政治攻势、发动群众三者密切协同，加强对面的控制，加强交通要道的控制，加强重点地区的控制；以集中对集中、分散对分散的灵活战术，打击土匪。同时发动群众，开展强大的政治攻势，对匪属、匪众和匪首，进行争取和分化瓦解工作。对潜散匪特，深入发动群众和组织捕捉小分队或小组，清除潜入深山密林、藏入地洞、逃往边沿山区隐伏隐散的匪特分子。由于解放军采用了多种多样新的战略战术，在很短的时间里取得了巨大的剿匪战绩，全国大规模的剿匪肃特斗争，到1953年下半年基本结束，先后共歼灭匪特270万余人，缴获了一大批武器和物资。
华北剿匪
解放前后，国民党有组织、有计划地在华北地区潜伏了大批匪特，组织所谓“地下军”、“敌后游击军”。解放之初，已发现的匪特达3万人，分为股匪（数千数百数十人不等）和伙群（三五成群）等组织形式，活动十分猖獗。以绥远地区为最多，且多为骑匪，危害极大。他们时而集中、时而分散、时而隐蔽、时而出现，跳跃式地远距离流窜，袭击小部队及地方党、政机关，拦路抢劫，破坏交通运输及各种建设，危害社会治安。其大股土匪，多活动于绥远、察哈尔、平原等省一些解放较晚的地区；其小股土匪活动在天津、北京、太原附近，平原省之新乡和安阳地区较多。
华北军区司令员聂荣臻等首长对剿灭土匪斗争十分重视，于1949年5月，即召开了全区剿匪工作会议。会后，广泛发动群众，于当年下半年开始，则全面开展了剿匪斗争。采取军事清剿与政治瓦解相结合的方针，组织武装工作队与各级人民武装密切结合，根据剿匪斗争需要，采取时集、时分的方式，广泛发动群众，城乡统一行动，对河北、察哈尔、山西、平原等诸省之股匪展开进剿。由于华北地区党政军民的一致努力，至1951年9月，将土匪、特务基本肃清，共歼匪特5.3万余人，缴获火炮10余门、各种枪8800余支。
华东剿匪
1950年初，华东地区发现大小土匪850余股（大股千人以上，小股数百或数十不等），分布于苏、鲁、皖、浙、闽各省。其中以浙江、福建为最严重。华东军区和第三野战军按照中央军委的部署，先后抽调5个军部、19个师、1个旅又15个团以及海军一部参加剿匪作战。
渡江战役结束前后，华东军区和第三野战军即开始抽调部队在新解放地区展开了剿匪作战，取得了一定的成效。1949年7月，苏南、浙江大陆全部解放后，华东局于29日发出剿匪指示。指示要求，凡是有大股国民党匪帮和土匪活动的地区，各军区和军分区应迅速定出全盘清剿计划部署，指定坚强的军政干部并结合有关部门组成统一剿匪指挥机构，以便协同动作统一步骤，达到彻底消灭一切反革命武装的目的，特别是要注意对各地区结合部之山区和湖沼地带的清剿；野战军应以团、营、连为单位，分散到农村进行清剿。指示强调，各地区要广泛发动群众，深入宣传中国共产党的方针、政策，揭露敌人的欺骗、谣言，每个干部要正确执行党的政策，取得广大群众的支持，是肃清匪患取得剿匪胜利的关键。8月9日，华东军区下达了秋季剿匪命令。决定在进军福建和浙江沿海岛屿的同时，抽调第25、第24、第35、第23军和第20军各一部，在各地地方武装配合下，以浙皖边区和皖北、大别山之立煌（今金寨）地区为重点，尔后视情向浙赣边、闽浙赣边地区清剿。其具体部署是：第25军2个师共7个团，在浙江建德、临安军分区和皖南宣城、徽州（今屯溪）军分区的协同下，以杭（州）徽（州）公路两侧地区为重点，负责剿灭浙皖边之宣城、广德、安吉、余杭、桐庐、建德、淳安、歙县、宁国间股匪，尔后视机转向浙赣边清剿；第24军第71师和野战军骑兵团统归皖北军区指挥，协同鄂豫皖边区剿匪指挥部，重点清剿立煌地区股匪；苏南军区附华东海军炮艇队，以剿灭太湖匪特为重点；第20军抽调部分兵力协助苏州军分区清剿苏州至上海铁路沿线股匪；第23军抽调部分兵力，协助浙江第1军分区重点清剿嘉兴、吴兴、海宁、海盐、平湖和嘉善地区匪特，并派出1个团控制吴兴、长兴地区，防匪南窜；钱塘江以南、浙闽赣边及浙江沿海地区的剿匪，以第35军为主，由浙江军区统一部署；其他各地土匪由各地方武装负责清剿。
根据上述部署，从8月27日开始，各剿匪部队按预定计划，在各自责任地区对大股匪特展开重点清剿。担负进剿大别山股匪任务的第24军部队，在湖北军区的统一指挥下，与中南军区各剿匪部队密切配合，从9月5日开始到10月，集中兵力对立煌地区进行重点清剿，先后歼灭股匪6724人，其中击毙128人，俘获臭名昭著的“鄂豫皖人民自卫军总司令”王宪，副司令樊迅、袁雁英以下1565人，投降5031人。
担负浙皖边地区进剿任务的第25军部队，在浙江军区第4、第9军分区和皖南军区宣城、徽州军分区的协同下，采取以部分兵力控制要点，主力部队对股匪老巢，采取“拉网合击”战术，全歼主要股匪“皖浙边区游击纵队”，击毙“纵队”司令徐振东，生俘副司令徐建中，并于钱塘江以北地区剿灭股匪洪国顺部。据统计，在9、10月的进剿作战中，浙江地区剿灭股匪1.58万余人，苏南地区剿灭股匪1000余人，皖南地区歼灭2800余人，苏北和山东地区歼灭近400人。缴获各种小炮53门、掷弹筒和枪榴弹筒47具、重机枪31挺、轻机枪287挺，其他长短枪1.24余万支、炮弹5793发、子弹61万余发。到1950年1月，华东地区共歼灭匪特5.4万余人，除山东、苏北因解放较早已无大股土匪外，苏南、皖南、皖北和浙江境内主要大股匪特基本被剿灭或击散，社会秩序已趋稳定。
1950年初，在大股匪特被剿灭以后，华东解放军主力转入解放闽浙沿海岛屿。由于地方政权及武装初建不久，特别是在刚解放地区，地方工作更是比较薄弱，台湾国民党当局趁机向大陆及沿海回派武装特务155股，3700余人。在国民党特务煽动、操纵下，各地土匪利用春旱灾荒，乘势又起，华东股匪迅速发展到700余股，5.7万余人，尤以福建地区最为严重，发展到200多股，3.5万余人。这些股匪组织爆破队深入主要交通干线两侧地区，破坏铁路、公路、桥梁、工厂、仓库、机场、码头和军事设施。在宁沪杭地区，交通遭股匪破坏，仓库被抢劫，地方政府和武装被袭击事件增多。这些股匪还利用大刀会等封建迷信组织进行反革命暴乱。仅1至3月间，华东各地被抢走公粮1000万公斤，发生反革命暴乱210余起。
针对股匪势力重新回升和活动猖獗的情况，华东军区和第三野战军于3月决定，除加强沿海地区的警备，阻绝股匪陆、海联系外，以闽浙边和闽浙赣边地区为清剿重点，对匪情一般的地区，以地方部队为主开展清剿。同时决定，从主力部队中抽调一批干部，加强地方武装的领导，并抽调一部分连队作为地方武装的骨干；在各省边界地区成立剿匪治安委员会，统一指挥边界地区的剿匪作战。在3至6月间，华东地区又剿灭了福建的“反共救国军第6纵队”、“中华民族自救国闽北总指挥部”、“漳厦游击司令部”，浙江的“国防部第3纵队”，苏南的“苏皖军区第3纵队”，皖北的“青年反共救国军”等股匪2.7万余人。
朝鲜战争爆发后，台湾国民党当局又叫嚣反攻大陆，加紧派遣特务武装窜入大陆，使华东匪特活动又呈猖獗之势，土匪人数又有回升。根据这种情况，华东军区于1950年8月召开剿匪作战会议，会议总结和交流了一年来剿匪作战的经验教训，进一步重申了剿匪的方针、政策，要求各剿匪部队切实做到军事清剿与政治攻势、剿匪与反霸紧密结合起来；首先打掉主要股匪，然后再消灭边沿地区的土匪，华东军区决定再抽调第22军第65、第66师分别进驻浙江穿山半岛清剿，第23军第67师进驻天台地区清剿，将福建剿匪兵力由8个团增加到12个团。各清剿部队灵活运用奔袭、合围、伏击、搜捕等战术，积极开展剿匪斗争。1950年10、11月间，第32军第95、第96师部队，在福建闽北地区歼灭“突击司令部特务团”和“闽北自救军第2支队”等重要股匪10余股。第29军第85师第253团在地方武装的配合下，在连城地区连续进行19天清剿，歼灭“中国人民自由军闽粤赣边区总司令部”，歼匪400余人，活捉匪首中将总司令唐宗。
为保证抗美援朝和土地改革工作的顺利进行，不使东南地区的剿匪牵扯太多的精力，尽早完成剿匪任务，11月17日毛泽东指示陈毅、饶漱石：闽浙两省剿匪工作极为重要，特别是福建匪患必须使用四五个主力师用全力穷追猛打，限期肃清，该省剿匪成绩较他省为差，必须检讨原因。并说：我提议从现在起，和广泛展开土地改革工作相配合（福建必须迅速实行土改），限六个月内剿灭一切成股土匪，责成叶飞、鼎丞全力以赴，做出成绩。只要福建的土匪消灭，土改完成，即令蒋介石登陆进犯，也是容易对付的。华东局和华东军区根据毛泽东的指示，将福建剿匪兵力增加到5个师，并从各部队抽调了1.2万余名干部组成工作队，深入乡村宣传发动群众，加强地方武装，扩大民兵队伍，使剿匪和土地改革以及镇压反革命、镇压恶霸斗争紧密地结合起来。在党中央和毛泽东的直接关怀下，华东地区剿灭大股土匪的斗争，于1951年6月基本结束，共剿灭大股土匪16.85万人。华东地区，全区结合土地改革和镇压反革命运动，对区内残匪进行了有力的清剿，到1951年5月底，又歼灭土匪3.5万余人，其中匪首1570余人。
从1951年下半年，华东地区整个剿匪工作已由集中兵力剿灭股匪，进入肃清散匪、潜匪时期。6月，华东军区确定清匪工作主要由地方武装、公安部队和民兵承担，主力部队转入整训，并下达了《深入贯彻肃清散匪工作的指示》，指示要求各清剿部队必须坚持长期作战思想，克服松劲情绪；各地党组织应加强对清匪工作的统一领导，加强地方武装与公安部队、民兵的密切协同，实施有效地搜捕挖根；认真发动群众，坚决贯彻镇压与宽大相结合的方针，做好匪属工作，订立清匪公约，组织好清匪联防，杜绝匪特赖以寄生之点。指示还要求各地党组织，要加强对地方武装和民兵组织的整训，纯洁内部，不断提高战斗力。
在清剿散匪的斗争中，各地区清剿部队采取分区包干和区间联防的办法，普遍建立了群众性的情报网，组成“飞行组”和武工队，配合公安部门对残匪进行追踪缉捕。并从各部队抽调大批干部组成工作队，深入农村开展群众工作。在福建地区，部队先后抽调1万余名干部参加地方工作；驻浙江部队则帮助地方加强基层政权建设，建立了316个武工队。由于组织严密，打击有力，无论土匪流窜到哪里，都逃脱不了被歼的命运。到1953年底，华东地区的陆匪被全部肃清。
与此同时，华东地区还进行了清剿海匪的作战。海上剿匪较陆上难度大。由于该地区海岸线长，岛屿众多，很多岛屿历史上就是海匪盘踞的地方。这些海匪，专以在海上及沿海地区抢掠为生，大陆解放后由于受条件限制，解放军未能立即进驻，许多大陆逃亡的地主、恶霸、漏网的土匪和国民党军散兵游勇趁虚进入，勾结岛上的海匪继续作恶。台湾国民党当局为了将这些岛屿和海匪作为反攻大陆的跳板和武装力量，对他们加紧进行编组和训练，不断进行海上袭扰和登陆破坏。据1951年统计，浙闽沿海尚有海匪1万多人，占据大小31个岛屿，抢走渔船110艘，抓走渔民800余人，给渔业生产、海上运输和群众的生命财产造成严重威胁。针对海匪活动的情况，华东军区指示沿海各地区部队，把清剿陆匪与消灭海匪结合起来，采取分区包歼登陆窜扰之匪。在各自防区内，以海防警备部队为骨干，地方武装和公安部门与民兵相配合，仅在1951年1月间，全区就歼灭登陆海匪120股，数千人。在歼灭登陆海匪的同时，海军舰艇部队和海防巡逻部队还积极开展海上斗争。在1951年上半年，先后在海上与海匪作战33次，歼灭海匪近千人，缴获匪船26艘、步机枪170余（挺）支。海军舰艇部队进行海战56次，歼灭海匪数百人，击沉、击伤和缴获海匪船只52艘。到1953年底，剿匪部队共解放沿海大小岛屿50多个，歼灭海匪近万人，为巩固海防、发展渔业生产和海上运输做出了贡献。
到1953年，华东地区共剿灭土匪（包括海匪）24.6万余人，缴获各种炮400余门、各种枪1.2万余支。
中南剿匪
1949年底中南六省全部解放。但该区内，在国民党有计划的“展开大陆游击战争”的策划下，全境普遍发生了匪患。1949年6月，华中军区统计在已经解放的河南省有土匪424股，约3万人；湖北省有110股，约2万人；江西省有100余股，3.5万人；陕南地区有30股，1.2万人。解放较晚的湖南、广东、广西等省，匪情更为严重。据1949年底的不完全统计，共有土匪20余万人。
华中局和第四野战军兼华中军区（1949年12月分别改称中南局和中南军区兼第四野战军），从1949年6、7月开始，先后抽调4个兵团部、12个军部、1个纵队（两广纵队）、46个师，以划区包干的办法，对中南地区的土匪展开大规模的清剿。
7月中旬，第四野战军以第42军第125、第155师和第58军第173、第174师1个团，在地方武装的配合下，首先对豫西股匪展开清剿，经2个月的多次合围追剿，第42军部队于卢氏、朱阳镇及崤山以南地区歼灭土匪新1个师、保6旅及“黄河”、“绥远”2个特务支队。第58军进剿部队给予土匪新2师和新3师以歼灭性的打击。接着，进剿部队东移伏牛山区开展清剿。至10月，大股土匪被基本歼灭，共歼匪3万余人。
