湖北军区于7月27日至8月5日召开第一次党的代表会议，决定在全省开展大规模的剿匪作战，并做出了具体部署。7月30日，湖北军区奉华中局和华中军区的指示，在黄岗地区组成鄂豫皖边区工作委员会和剿匪指挥部，由湖北军区副司令员王树声任书记兼剿匪指挥部总指挥，皖北军区政治部何柱成任政治委员，统一指挥第42军第126师、第24军第71师、湖北军区独立第3师、安徽警备第1、第2旅3个团，以及各有关军分区地方武装，对大别山股匪展开围剿。9月上旬，进剿部队由商城、罗田、滕家堡地区，以分进合击战术向匪巢金家寨压缩，股匪力避与剿匪部队作战，因此大部逃脱。9月下旬，剿匪部队认真总结经验教训后，采取内线控制要点，外线严密封锁，以营、连为单位分散驻剿；在进行军事打击的同时，积极开展强有力的政治攻势。经反复追歼、搜剿，至1950年3月，全歼大别山地区股匪1.5万余人。与此同时，湖北军区独立第1、第2、第4师等部队分别在兴山、秭归、宜昌以西、通山等地开展剿匪，9、10月间歼灭“湘鄂赣反共救国军”第2军直属纵队等股匪。
江西军区于7月7日召开高干会议，具体部署了剿匪工作，确定进剿的重点是：赣东北地区的鄱阳湖和南浔铁路两侧地区，兼顾赣西北地区等。7月15日，各剿匪部队采取湖内进剿与陆地截击相结合的战术，先后对盘踞各地的股匪发起进剿。至月底，各剿匪部队先后于幕阜山、棋坪山区和永新、永丰、泰和等县，歼灭“湘鄂赣边反共自卫军第6纵队”、“赣西绥靖司令部”、“青年救国军”第18、第20支队等股匪1100余人。9月，担负赣南剿匪任务的第48军第144师，经周密侦察，严密部署，对长期盘踞翠徽峰地区的“豫章山区绥靖司令部”股匪展开进剿，全歼土匪1800人。到1949年底，共歼灭股匪7500余人，活捉主要匪首黄镇中、萧家璧，受到中南军区的通令嘉奖。
湖南剿匪作战开始于1949年8月，湖南军区以收编的方式解决了4.3万余人的游杂武装。10、11月间，第46、第47军部队分赴股匪猖獗的湘西、湘南地区开展重点进剿。经过近1个月的积极进剿，先后歼灭国民党交警东南办事处主任王春晖部“湘南纵队”、保1师谢声隘部和匪首陈光中所率的“湘赣反共救国军”等，共2.1万余人。到1949年底，湖南军区部队共歼灭股匪12.6万余人，其中收编8万余人，歼灭4.6万余人。初步稳定了湘南和湘东北地区的社会秩序，为下一步开展湘西剿匪打下了基础。
中南大陆基本解放后，第四野战军兼中南军区于12月29日发出《关于1950年上半年剿匪指示》，决定从1950年1月起，所属各部队开展剿匪斗争。要求各军区根据当地匪情及本军区的兵力，制定剿匪的任务、计划和步骤。1950年3月上旬，中南军区又召开了高级干部工作会议，会议全面总结了全区剿灭股匪的经验教训，纠正了党政军工作配合不力和松劲情绪。会议强调指出，剿匪斗争是完成中国新民主主义革命不可逾越的一步，必须把剿匪当作一项战略任务去完成。会议决定，各剿匪部队划地区包干剿和打破省、地界限，组织边沿区会剿。中南军区高级干部会议的召开，对端正剿匪指导思想，开展剿匪新局面，起了重要的推动作用。4月29日，中央军委向各大军区转发了中南军区清匪工作会议的总结报告，并告诫各地区“要防止大股土匪剿灭之后，轻视散匪、潜匪并满足于一时平静现象的麻痹思想生长”。
根据中南军区指示，中南各省在1950年展开了大规模的剿匪斗争。1至3月，湖北军区剿匪部队在川陕鄂边、兴山、房县、巴东地区及鄂西长江以北大巴以东地区歼灭“川陕鄂游击纵队”、湖北绥靖第1师、第18旅等股匪近万人。基本肃清了湖北境内的大股土匪。
1950年1月，湖南军区召开了第一次党代表大会，会议确定，放手发动群众，大力开展灭股匪的斗争，在半年内歼灭全部匪特武装。会议以后，湖南军区集中第46、第47军和第38军第114师等部队及各地方武装，共20万余人，先后对八面山、长田湾、芷（江）怀（化）黔（阳）边区、麻阳、古丈、兴隆场、大（庸）永（顺）桑（植）边区、江垭、武岗之股匪展开多次大合围作战。经过3个月的进剿，歼灭股匪2.2万余人，解放湘西8座县城及广大农村。4月上旬，根据中南军区高级干部会议精神，湖南军区又召开了剿匪工作会议，总结了前一段剿匪工作，决定暂时放弃湘西边缘地区的进剿，以湘西的大庸、永顺、保靖以南，会同、黔阳以北，凤凰、麻阳以东等为下一阶段的剿匪重点地区。会后，第47军等部再次对湘西地区的股匪进行了大规模会剿，至6月底，相继剿灭暂编第2、第4师等股匪1.5万余人，活捉暂编第1军军长陈子贤等匪。从展开会剿，到1950年底，先后歼灭了“湘鄂川反共救国军”和“华南反共救国军”等股匪2.3万余人，捣毁“湘鄂川黔反共游击根据地”。与此同时，在湘南剿匪指挥部的统一指挥下，第46军等部对湘南地区的股匪展开了重点清剿，歼灭“交警东南办事处”、“湘赣边区反共救国军”、新编第8军等股匪1.2万余人，俘中将办事处主任王春晖、中将司令陈光中等匪首。至此，湖南地区的大股土匪基本被剿灭。
1949年11月8日至11日，中共华南分局在广州召开党代表会议，叶剑英在报告中提出要把剿匪肃特、巩固治安作为广东当前军事工作的重要任务。12月12日，华南分局和广东军区联合发出《剿匪指示》，明确规定了剿匪第一阶段，以军事进剿为主，配合政治争取，对土匪开展分化瓦解工作的方针。1950年1月20日，广东军区又下发了《1950年剿匪计划》。遵照华南分局、广东军区的部署，第41、第43、第44军和第48军剿匪部队，在10万民兵的配合下，从1949年12月份开始，集中兵力，先后对西江、北江、东江及潮汕等匪情严重地区，展开重点会剿。到1950年5月，相继剿灭“交警教导第2纵队”、“西江反共救国军”、“粤中师管区第1纵队”、“粤南工作站”、“粤西忠义救国军第7支队”等股匪共5万余人，基本平息了广东地区的匪患。
广西是中南地区解放最晚、匪情最为严重的地区之一。1949年12月3日，中共广西省委和省军区下发《关于肃清匪特的指示》，明确规定“搜剿匪特，迅速安定社会秩序为全省工作的重点”。29日，中南军区和第四野战军决定抽调第45、第49军和第38、第39军各一部担负广西境内剿匪任务。广西军区随即做出了剿匪的部署，从1950年1月起，各部队对盘踞各地的股匪展开全面进剿，并积极开展政治攻势，至4月，共歼灭国民党军残余武装1.5万人，收降国民党残余武装20余股1.4万余人。5至7月，广西军区又集中第45军及5个军分区部队对桂东南的大容山、十万大山、六万大山、天堂山等地的股匪进行重点清剿。但由于没有正确运用“奔袭合围”、“匪变我变”、进剿与驻剿相结合的战术，结果未能给股匪以歼灭性的打击。广西军区在这一阶段的剿匪中，虽然取得了一定的成绩，但由于广西军区和剿匪部队对中南军区1950年3月高级干部会议精神理解不够深透，贯彻不力，以致在有些地方出现了对土匪过于宽大，甚至出现了五擒五纵的情况。同时由于对匪情掌握和研究不够，过早地将主力用于守备城市周围及交通线两侧地区，形成分兵把口，分散守备之势。使得一些匪首得以喘息，重聚匪众，助长凶焰，组织暴乱，进行全面反扑。在桂北地区，不到1个月的时间，土匪就疯狂地杀害区村干部和群众数百人，烧毁民房1000余间。
毛泽东得知这一情况后，于11月14日致电叶剑英和中共广西省委，严肃指出：广西剿匪工作为全国各省剿匪工作中成绩最差者，其原因必是领导方法上有严重缺点，要求广西省委抓住工作重点限期肃清土匪，发动土改，端正政策，改善干部工作作风，并希望广西全省主要匪患六个月内能够肃清。根据毛泽东的指示，中南局和中南军区要求广西省委和广西军区：应以剿匪为压倒一切的首要任务，一切工作皆应服从剿匪的利益要求。为加强广西地区剿匪与发动群众工作，11月中旬，中南军区政治部主任陶铸到达广西帮助工作，随后，华南分局第一书记叶剑英也到达广西指导工作。广西省委和广西军区为落实毛泽东和中南军区的指示精神，召开了第3次剿匪工作会议，叶剑英参加了这次会议。会议深刻总结了广西剿匪工作中的失误，决定调整部署，集中兵力，全力以赴，首先消灭十万大山、大容山、大瑶山地区股匪。为加强广西地区剿匪力量，11月27日，中南军区决定抽调第21兵团由湖南前往广西剿匪，使广西剿匪兵力达到15个师、12个独立团，共约20万人。1950年12月至次年5月，广西军区剿匪部队经过艰苦努力，先后在大瑶山、六万大山、十万大山和灵山、永淳、钦州等重点进剿地区，歼灭“粤桂边反共救国军”、“两广反共救国军”、“广西游击联军”等股匪33万余人，胜利完成了剿灭股匪的任务，得到了毛泽东的嘉恪
在此期间，广东、湖南、湖北地区的剿匪部队，在歼灭股匪的作战中，也都取得了很大的成绩。从1950年3月至1951年5月，中南全区共歼灭股匪47.8万余人。
大股土匪剿灭后，中南军区于1951年5月1日发出《关于今后清匪肃特的指示》指出：大股土匪被消灭后，对潜伏残余匪特的斗争仍然是一件艰苦复杂的工作，全体指战员必须深刻认识匪特和反动封建会门的阶级性，在土改未完成前，应时刻警惕匪特再起，防止麻痹思想的产生。指示还要求清剿部队继续大力开展政治攻势，发动群众，瓦解匪众，保证土改工作的顺利进行，在组织上、思想上、行动上认真贯彻一元化的领导，对流窜边沿区的散匪，认真组织会剿，要主动配合公安部门深入了解与掌握匪特的活动情况，有准备地对阴谋暴乱之匪进行有力的打击。根据中南军区的指示，从6月份开始，中南各剿匪部队先后抽调了2.7万名干部和3000名老战士，组成若干精干工作队，深入各地区，进行发动群众，开展全面清匪反霸斗争。同时，组织若干“飞行”捕捉小组和便衣队，捕捉匪首、散匪。对潜入深山密林中的散匪，各清剿部队结合政治攻势进行有重点地搜山清剿，将他们歼灭在封锁圈内，并争取部分胁从分子缴械投降。一些通匪、知匪的落后群众，在共产党政策的感召下，主动协助捕捉潜匪，规劝土匪亲属向人民政府自首。通过群众性的清匪反霸斗争，歼灭和捕捉了大批的散匪和匪首。据不完全统计，到1952年3月底，在不到一年的时间内，歼灭土匪11万余人。在搜捕作战中，各省民兵发挥了重要作用，完成了很多重要的捕捉任务，独立作战2900余次，捉拿潜伏匪首2500余人。清剿潜散匪作战结束后，普遍成立了以地方武装和公安机关为骨干的“清匪治安委员会”，结合土改镇反开展清匪肃特运动，巩固剿匪成果。
在3年零1个月的剿匪斗争中，中南全区先后共战斗9.2万余次，共歼灭国民党土匪和反动武装115万余人，缴获火炮1278门、各种枪103万支的伟大胜利，为全区的土地改革运动和各项建设事业创造了有利条件。
西南剿匪
西南地区是全国解放较晚的地区。蒋介石在西南面临崩溃的前夕，一面组织正面抵抗，一面开设“游击干部”训练班，派遣大量特务，发展西南地区土特武装，匪情为全国最严重地区之一。云南境内有土匪148股，滇南匪特统一组织为“云南人民自救剿共建国军”，辖5个纵队。贵州省有股匪541股，瓮安、余庆、湄潭、金沙及石阡西南地区土匪气焰嚣张。西康省雅安和西昌地区、总岗山区及大渡河两岸亦有大量股匪活动。四川省是全国匪患最严重地区之一。四川是抗日战争时期国民党的避难地，又是解放战争末期蒋介石在大陆作垂死挣扎的基地之一，反动势力基础雄厚。1950年初即发现土匪300多股（大股数千人）。2月，匪特开始大规模暴乱，逐步发展至四五十万人。
为迅速平息匪患，西南军区遵照中央军委的统一部署，先后调集第3、第4、第5、第18兵团和西北军区第2兵团第7军，共13个军部、37个师另2个团的兵力，采取划地区包干办法，展开大规模剿匪作战。具体部署是：第18兵团负责进剿川西、川北和西康地区之匪；第3兵团负责清剿川东、川南地区股匪；第4兵团及桂滇黔边纵队负责进剿云南地区；第5兵团除第18军担负进军西藏任务外，其余部队进剿贵州股匪。各进剿部队从1950年1月下旬开始，在各自地区对股匪展开围剿，到2月初，歼灭股匪2.3万余人。
1950年2月6日至10日，中共中央西南局召开第一次会议，会上邓小平总结了部队进入西南地区以来的情况，提出了今后的中心任务和工作方针。会议认为，剿匪已成为西南地区的中心任务，不剿灭土匪，一切无从着手；农村工作的心中任务是“剿匪生产”；剿匪工作应坚决贯彻“军事打击，政治瓦解，发动群众三者相结合”的方针；正确执行镇压和宽大相结合，即“首恶者必办，胁从者不问，立功者受奖”的政策。在剿匪部署上，会议确定，加强对各主要交通干线的守备，采取分段包干办法，集中兵力首先歼灭平原富庶地区大股土匪，尔后逐步向边沿山区扩展；迅速净化四川腹地，以保春耕生产，不误农时。会议以后，西南军区根据会议精神，对各进剿部队进一步明确了清剿重点。3月15日，西南局和西南军区联合发出了《关于组织一元化剿匪斗争的指示》。根据指示要求，各军区和军分区部队，在地方党委的统一领导下，成立了各级剿匪委员会，并将一定数量的野战部队改为地方武装，大力开展地方工作。从1950年3月起，各进剿部队按部署对各地股匪展开重点进剿。
川东军区部队首先集中兵力围剿了涪陵、巴县、南川地区的股匪，在1个月的作战中，歼灭股匪2.3万余人。接着又对武隆、彭水以南地区和贵州桐梓山进行了重点清剿，对黔江、彭水、荣昌、永川、泸州等地组织了会剿。到7月底，川东清剿部队共歼灭股匪9.5万余人。9月以后，川东部队主力转向黔东北地区清剿，在各分区部队和人民武装的配合下，先后对川黔边区的道真、正安、务川、德江、沿河和印江、思南、江口、铜仁、松桃及梵净山进行了重点清剿和会剿，歼灭“黔东北人民自卫军”、“川黔湘鄂人民自卫军”和“西南剿共总指挥部”等股匪3.2万余人。在追剿作战中，由于粮食供应困难，部队经常吃不饱饭，没有鞋袜，就用草捆脚或干脆赤足爬山涉水，广大指战员发扬不怕苦、不怕死的精神，克服种种困难，在各族人民的帮助下，到1950年底，共歼灭匪特19.3万余人，基本肃清川东股匪。
川南军区部队，1950年3月集中兵力对兜子山、螺观山、古楼山和桐子林、马边股匪展开重点清剿，经过1个月的积极作战，歼灭匪特1.6万余人。接着，又经过半年的作战，共歼灭股匪14万人。从9月上旬开始，川南军区与调入泸州至宜宾线的第15军部队，联合对川康黔滇边的股匪展开清剿，歼匪2万余人，到12月底，川南地区共歼灭股匪29.3万余人。
川西军区剿匪部队，于1950年4月间，镇压了龙潭寺、西板滩地区的两起大规模的匪特暴乱，歼灭匪特1.9万余人。随后，又对邛崃、大邑、总岗山区和双流地区股匪组织多次围剿作战，至7月底，共歼灭股匪5万余人。8月以后，川西剿匪部队转向汶（川）灌（县）彭（县）边和川康边的羊儿岗、天台山以及懋功、抚边、绥靖（今丹巴）地区清剿，歼灭股匪2.6万余人。到12月底，川西军区全年共歼股匪8.3万余人。
川北军区剿匪部队，在三四月份歼灭股匪9305人，基本平息川北腹地的匪乱，但北部地区的匪情仍较严重。5月以后，川北军区采用分区包干清剿，经过3个月积极作战，歼灭股匪1万余人。到1950年底，川北大股土匪被基本剿灭，共歼灭匪特8万余人。
西昌战役后西康军区部队便集中兵力对雅安、西昌、康定地区之土匪，采用分区包干办法清剿。各清剿部队在少数民族地区执行任务，认真执行党的民族政策，严明纪律，赢得了各族人民的拥护和爱戴。在人民群众的支援帮助下，在1950年的剿匪作战中，西康军区部队共剿灭股匪1.5万余人。
贵州军区所辖范围宽广，兵力不足，开始时又未能集中兵力对大股土匪进行重点清剿，因而开始阶段剿匪成效不大。1950年3月，军区召开剿匪会议，调整了剿匪部署，并决定主动撤出27个县，集中兵力清剿交通线两侧及经济富庶地区的股匪。4月份即歼灭股匪1.08万余人，取得较好成绩，到5月底，共歼灭匪特3.9万余人。从7月开始，贵州军区剿匪部队对盘踞石阡、雷山和黔南长顺、紫云、惠水地区的股匪展开合围进剿，到1950年底，先后歼灭了“黔东北反共人民自救军”、“黔东南绥靖司令部”和“贵州人民反共救国军”、“川黔湘反共自救军”、“黔桂边区人民反共救国军”等主要股匪。在全年的剿匪作战中，共歼灭股匪19万余人。
云南是采取和平方式解放的，开始由于对土匪的严重程度估计不足，重视不够，加上起义部队不断发生叛乱，致使土匪数量迅速增加。楚雄地区的新平、易门、牟定、广通县城先后被股匪占领，玉溪地区的征粮工作被迫停止，蒙自、文山以及滇缅公路两侧地区的情况更为复杂，据1950年5月份统计，云南地区的股匪人数已达4.5万余人。针对这一严重情况，云南军区决定采取集中兵力、分片包干的办法，以第13军9个团、第15军第43师和第14军第42师等部，分别对楚雄、玉溪、新平、昭通、华坪、永胜等地股匪展开重点围剿。各进剿部队按照统一部署，在积极开展军事清剿的同时，大力进行发动群众，开展政治攻势，瓦解匪部。到1950年底，全省共剿灭股匪6.2万余人，收复被股匪占领的县城10余座。残存土匪大部转向省县边沿和国境线附近地区活动。
西南地区军民，经过1950年的积极进剿，共剿灭股匪85万余人，社会秩序和人民生产、生活趋于正常。毛泽东在收到西南军区1950年剿匪工作总结报告后，非常高兴，于1951年1月28日复电说：你们1月6日送来的1950年一年剿匪工作总结报告，收到阅悉，路线正确，方法适当，剿灭匪众85万人，缴枪40万余支，成绩极大，甚为欣慰，望即通令所属，予以嘉奖。
1950年，西南地区主要股匪被歼灭以后，大量残匪流窜在省县结合部山区和滇缅（甸）边境地区。在四川西北、大小凉山及云南边沿少数民族地区，溃散土匪利用边区地形险要交通不便以及原有的社会关系进行潜伏，以伺机建立新的反动组织。他们挑拨民族关系，拉拢少数民族上层反动分子，有的还混入人民政府基层组织和群众团体。据川东地区统计，在此期间，新发现反革命组织59个，破获反革命暴乱50余起，发生暗杀解放军人员及地方干部157次，投毒223起，纵火事件316次。各地土匪在扩充实力的同时，还极力与台湾国民党联系，争取空投补给，妄图在四川边沿山区建立所谓“陆上台湾”。在1952年内，他们就接受台湾空投10次，除补给物资以外，空投特务14人、电台13部。活动于黑水地区的傅秉勋和川甘青边之马良匪部，在此时期均发展到数千人。这些土匪四处骚扰破坏，严重影响到国家的重建和人民生活的安定。
党中央、毛泽东十分关心西南地区的匪情变化。1951年2月25日，毛泽东看了川西军区的剿匪报告后指示：西南的经验是县区乡均建立有党外民主人士参加的清匪委员会，保有清匪小组，区有捕捉队，此外尚有情报站与检查站的组织。再则清匪必须与反霸、减租、退押或土改相结合进去，必须杀掉匪首、惯匪与恶霸，并必须由党委统一领导，全力以赴，才能发动群众，根绝匪祸。根据毛泽东的指示，西南军区于3月15日发出剿匪命令，要求各剿匪部队认真学习川西军区的经验，普遍成立各级清匪组织和捕捉队，追捕匪特。并从主力部队中抽调一批干部加强地方武装，加强对重要点线和城市的守备，保证党在各地工作的顺利进行。
1951年上半年，贵州军区协同云南、广西部队，对黔桂滇边、黔桂边组织了会剿；西康军区围剿盐边、盐源地区的土匪；云南军区对滇西南之镇康、耿马、双江和滇南之红河地区进行了清剿。在清剿作战中，各地区部队在地方党委的一元化领导下，依靠各族人民群众，组织联防联剿，在1至4月份的清剿作战中，歼灭土匪7万余人。到1951年底，西南军区剿匪部队在四川、西康、云南、贵州地区共歼灭匪特20万余人。从1952年至1953年，剿匪部队在大力剿灭散匪的同时，还组织了几次较大规模的会剿股匪战斗。1952年7月至9月间，剿匪部队继在川西北歼灭懋功地区股匪后，又以9个多团的兵力发起黑水剿匪战役，剿灭直接受台湾特务机关指挥和接济的傅秉勋股匪3600余人，毙俘匪首傅秉勋和黑水地区反动大头人苏永和等人。6月20日至9月底，云南军区用3个多团，对滇越（南）边花龙地区股匪周光禄部展开清剿，全歼该匪2200余人。
1953年3月至5月间，西南军区除以4个多团兵力配合军区剿灭草地股匪马良部外，还争取阿坝大土官华尔功成烈交出窝藏流窜于川康甘青地区的“川康反共救国军”第3路中将总指挥、军统特务周迅予，中统特务何本初，“西南游击干部训练班”少将主任、“川南游击干部训练班”少将主任、“川南游击总指挥”、军统特务王旭夫等匪首。据不完全统计，经过1951年至1953年的清剿斗争，西南军区在四川、西康、云南、贵州地区共歼灭土匪24万余人，基本肃清了西南地区的土匪。
至1953年西南地区，先后共歼灭匪特116万余人，缴获各种火炮700余门、各种枪60万余支。
西北剿匪
西北地区解放后，国民党军胡宗南和马步芳、马鸿逵残部的骨干分子，伙同国民党特务勾结，纠集溃散官兵、惯匪、流氓、地主和反动会道门头目，组织土匪武装，进行反革命武装暴乱，袭击城镇，抢劫仓库，阻绝交通，捕杀干部，残害人民。为剿灭西北地区的土匪，1949年至1953年，第一野战军和西北军区根据中央军委的指示，多次召开会议和下发指示，部署剿匪事宜，规定了剿匪方针和政策，先后调集了2个兵团部、11个军部、38个师和1个旅、3个团共10万余人，开展大规模的剿匪作战。
陕西小剿匪。1949年5月，西北军区召开了关中6个分区领导干部参加的会议，部署剿匪，接着各分区部队对各地股匪开展清剿。至12月，共歼匪4000余人。1949年12月23日，第19军奉命对陕南川北股匪发起进剿。28日，第55师2个团以长途奔袭手段，突然包围通江、万源两城，守匪不战而降。1950年1月，第55师又兵分多路，先后对平溪坝、长坪、苦草坝、鸡背梁股匪展开搜剿，歼灭国民党残余及投匪8300余人，其中生俘“川陕鄂绥靖公署”主任王凌云以下6485人，新编第5军军长徐经济等1800余人被迫投降。21日，第55师又于南江官路口地区，歼灭国民党第127军第301师1700余人。与此同时，第19军第57师和汉中、安康军分区部队，先后在孙家坪、黄官岭、元木沟地区，歼灭股匪“西安绥靖公署第3纵队”、“川陕救国军”、“川陕边区人民自卫军”、保安第4旅等匪部共1.7万余人。陕南进剿部队在清剿作战取得初步胜利后，遵照第一野战军前委的指示，采取军政兼施、区别对待的方针，广泛发动群众，开展政治攻势，先后剿灭“忠义救国军”、“反共救国军”等股匪，并争取6000余名匪徒投降。到1950年8月，陕南股匪被基本肃清，先后歼灭匪特3.3万余人。
与此同时，陕北军区于1949年下半年调集3个团，在各地方武装的配合下，对主要股匪高怀雄、段宝珊、张世华部展开3次连续清剿，至1950年6月，终于将上述股匪歼灭于内蒙古东乌审地区。至此，陕西地区除川陕甘边尚有小部股匪活动外，主要股匪基本被肃清。
甘肃省剿匪。该省是以回汉为主的多民族居住地区，经济落后，封建势力强大，历史上多次发生回汉民族仇杀事件。解放后，国民党残余势力勾结惯匪武装，利用民族间的矛盾，大肆挑拨民族关系，以“保教、保枪、保命”为口号，组织“反共民团”，疯狂围攻县乡政权，杀害革命干部和无辜群众。遵照西北军区的指示，第4军第11、第12师及骑兵团于1949年12月中旬进入匪患严重的临夏地区，以分进合击和穷追堵击战术，在土墩、牛头墩地区歼灭马保、马八娃、马英贵股匪千余人。1950年5月，匪首马云山受胡宗南、马继援指使，由四川窜回平凉，在化平（今泾源）、固原、西吉、海原地区纠集地主恶霸和惯匪，拼凑起2个旅、19个团，加上被裹胁的群众，共1.3万余人，打着“忠义救国军”的旗号，于5月8日在平凉、西吉、海原同时举行暴动。为迅速平息匪徒暴乱，西北军区于5月23日发出剿匪指示，要求各进剿部队在实行坚决的军事打击的同时，应不放松政治瓦解工作，特别应注意争取广大少数民族群众。并指示各进剿部队抽调一批干部加强地方工作。遵照西北军区的指示，甘肃省委和甘肃军区组成平凉剿匪指挥部和工作委员会，统一指挥骑兵旅、回族骑兵团和警备第2团等部，进至平凉地区清剿。至7月底，将叛乱股匪歼灭，击毙匪首马云山，俘匪首李福林以下1200余人。在此期间，第4军平息了临夏股匪暴乱，歼灭股匪2000余人。进入河西走廊地区的第3军，对酒泉、玉门、张掖、敦煌等地股匪发起29次围剿，剿灭匪特2100余人。
宁夏剿匪。1950年初，宁夏军区独立第1师、骑兵第6师一部，在三边军区部队的配合下，对盘踞在同心县西南的武当、麻黄沟、惠安堡一带作恶的“贺兰剿共总部”、“仁义军”等股匪展开进剿。至3月下旬，将其全部歼灭，活捉匪首张廷芝。3月，宁夏军区又集中3个多团，采取分片包干的办法，深入贺兰山区对股匪郭栓子部展开围剿。经过艰苦奋战，于11月将宁夏地区危害最大的股匪全歼，生俘自称“贺兰王”的匪首郭栓子。
青海省剿匪。兰州战役后，马步芳残部逃往青海，在大通、门源、湟中、化隆、循化和西宁地区与地方反动势力勾结，形成几股较大土匪，共约6万人，成为西北地区匪患最为严重的地区之一。1949年12月，第1军平息了西宁周围地区股匪的暴乱，歼匪4000余人。1950年初，原马步芳新编军参谋长马忠义纠集20余名反动军官，在化隆成立“新编第82军”，马忠义自任军长，与民和县匪首马希统、马中福匪部遥相呼应组织暴乱。人民解放军第1军和第4军一部奉命对股匪展开围剿。从2月下旬开始至7月，各进剿部队先后进行大小战斗200余次，终将股匪剿灭，匪首马忠义、马全彪、韩进禄等在走投无路的情况下，率1000余人被迫投降。1951年5月，贵德昂拉地区藏民千户在国民党特务项谦操纵下，纠集匪特2000人，裹胁群众6700余人，公开与人民为敌。人民政府多次派出包括青海省人民政府副主席喜饶加错在内的代表前往谈判，但项谦执迷不悟，不断袭击解放军武装工作队，包围解放军驻地，并阴谋发动更大暴乱。1952年4月10日，西北军区在向中央军委的报告中说：“昂拉项谦匪部，自青海解放以来我即进行政治争取，迄今两年余毫无效果，近派喜饶副主席前去劝说，仍执迷如故，并且不断四出抢劫骚扰人民，袭击军队，更加猖狂。为防匪蔓延，巩固地方治安，同意1军1952年4月1日，以3个步兵团、两个骑兵团围剿项匪之方案，立即进行充分准备，争取于五月初完成全歼项匪之任务。”13日，中共中央复电西北局和西北军区：“昂拉匪部经十七次争取。仍怙恶不悛，应坚决予以歼灭。”根据中共中央的指示，西北军区抽调了5个团、8个营和1个大队的兵力，从5月开始，经17天的连续追剿，歼灭股匪1595人，解救了被裹胁的群众，将股匪剿灭。7月11日，匪首项谦在走投无路的情况下，向青海省人民政府投降。
新疆剿匪。新疆和平解放后，乌斯满、贾尼木汗、乐博斯等民族分裂主义分子，在美、英帝国主义分子的支持下，勾结反动军官和惯匪，纠集匪徒6000余人，裹胁哈萨克族群众4.5万余人，在新疆地区发动大规模的暴乱。这些股匪长于奔袭，善骑射，有一定战斗力。在股匪骚乱严重的迪化、哈密地区，有11个县的社会秩序极其混乱，人心惶惶。1950年3月叛匪攻伊吾县委机关，破坏道路、桥梁，阻击解放军支援部队，残杀干部战士27人，抢走长短枪28支，严重威胁着政权机关和执勤部队的安全。3月13日，中央军委指示西北军区，坚决消灭乌斯满匪徒。根据中央军委的指示，新疆军区成立了以王震为总指挥、赛福鼎为副总指挥的剿匪指挥部。在北疆成立了由罗元发任总指挥的前线指挥部。抽调人民解放军第2、第5、第6、第9军各一部与公安部队、地方武装，共计1.5万余人，从4月份开始发起剿匪作战。在向大小红柳峡和前山子进剿作战中，歼灭股匪1000余人。5月中旬，清剿部队发起第2次进剿，在2个多月的追歼作战中，歼灭乌斯满匪部主力，毙俘股匪2700余人，生俘贾尼木汗匪首30余人，投降1.7万余人，解救哈萨克群众8.6万余人，取得剿匪作战的初步胜利。
1950年7月中旬，北疆景化、绥来、迪化地区先后发生乌拉孜拜、司迪克股匪暴乱，土匪裹胁16个部落哈萨克群众2万余人，成立“保卫哈族人民革命军”。北疆剿匪前线指挥部，根据匪乱情况，立即抽调人民解放军第5、第6、第9军和骑兵第7师各一部，对股匪展开大规模清剿。至11月下旬，进剿部队转战8000余公里，歼股匪近7000人，解救全部被土匪裹胁的群众，在走投无路的情况下，匪首乌拉孜拜、司迪克等被迫投降。从1951年9月至1952年9月，新疆剿匪部队还在奇台、迪化、木垒、孚远地区追歼谢尔德曼、哈通拜克、季奎、哈依沙、刹尼牙孜等6股土匪。至此，新疆清剿大股土匪工作基本结束，共歼匪特4.8万余人，解救被裹胁557人和群众约11万人。
大部股匪基本被歼灭以后，为彻底肃清西北边沿地区残匪，西北军区于1952年12月召开了剿匪会议，决定对甘肃、青海、四川边界地区残存土匪马良、马元祥部发起清剿作战。1953年1月21日，西北军区成立了以彭绍辉任司令员、廖汉生任政治委员的甘青剿匪指挥部，并建立了青南剿匪指挥部和甘南藏区工作委员会，调集了骑兵第1师、骑兵第1、第2团、甘肃军区和青海军区独立团、工兵第2团以及西南军区空军第39团（伊尔-12型运输机5架），共计126个连，约1.9万人，在西南军区5个团1个营的配合下，对残匪发动围剿。
1953年3月20日，甘青剿匪指挥部下达进剿命令：以骑兵第1师并指挥第32团为中央纵队，以骑兵第1团和公安第11团为左纵队，以骑兵第2团、果洛支队为右纵队。3月23日，各进剿部队按计划向预定地区挺进，27日，各部到达预定位置后，马良匪部窜向唐昆地区与刘华初股匪会合，马元祥部逃至巧料地区。28日，中央军委指示西北军区：“根据过去剿匪经验：我剿匪部队应以驻剿、清剿与追剿相结合；加强各部之间通讯连络，驻剿部队（主要是步兵）应适当分布，占领城镇要点，构筑工事，防匪侵袭，并派出必要部队，向周围清剿散匪。追击部队（以骑兵组成），跟寻匪踪、猛追、奔袭，反复合围，不怕行军，不怕扑空，不使匪得到瞬息之喘息。在敌山穷水尽时方被我瓦解歼灭。”中央军委还特别指出：“望教育部队要作长期打算，不全歼匪部决不休兵，并特别注意搞好民族政策，团结各少数民族下层群众，争取中上层分子，并通过中、上层分子进行工作，这些都是取得剿匪胜利的重要关键。”据此，西北军区于29日调整了剿匪部署。从3月29日至4月19日，各进剿部队在追击中歼灭股匪348人，击毙匪首马虎山。5月7日，骑兵第2团、青海独立团在得苦乎沟地区歼灭马元祥股匪大部，击毙匪首马寿山以下43人，马元祥在逃窜中被击毙。5月18日，骑兵第1师追剿部队在郎木寺东南石穴中活捉匪首马良，击毙台湾空投特务高尚俭。至5月23日，清剿部队经过58天的积极追剿，歼灭股匪1300余人，基本肃清边沿地区的股匪。
到1953年7月，西北全境剿匪斗争基本结束。在整个剿匪斗争中，西北军区共剿灭匪特12.9万余人，缴药各种火炮80余门、各种枪3.5万余支。
从中国大陆即将全部解放的时候起，至1953年，历时4年剿匪斗争，取得了重大的胜利，共歼灭匪特武装273万余人，缴获各种火炮2468门、各种枪178万余支。至此，结束了中国人民长期以来深恶痛绝的匪患，粉碎了国民党在大陆建立“游击根据地”、以策应反攻大陆的迷梦。人民解放军在新的历史时期，为巩固和保卫新生的人民民主政权，保卫社会主义事业，保卫人民群众的生命财产，安定社会秩序，立下了新的卓著战功。剿匪作战的伟大胜利，是人民解放军坚持执行中共中央和中央军委的战略决策，正确地贯彻剿匪斗争的一系列方针、政策的结果，是在地方党委统一领导，和政府机关与广大人民群众的大力支持与积极配合下，英勇善战与艰苦奋斗的结果。
三、平息西藏叛乱
西藏武装叛乱
1959年3月，西藏上层反动集团全面发动武装叛乱绝非偶然，而是蓄谋已久的。1951年5月22日，《中央人民政府和西藏地方政府关于和平解放西藏办法的协议》规定：西藏人民团结起来，驱逐帝国主义势力出西藏，西藏人民回到中华人民共和国祖国大家庭中来；西藏地方政府积极协助人民解放军进入西藏，巩固国防；有关西藏的各项改革事宜，中央不加强迫，西藏地方政府应自动进行改革，人民提出改革要求时，得采取与西藏领导人员协商的办法解决之。“协议”得到了西藏广大僧俗人民和爱国进步上层人士的热烈支持和欢迎，西藏的两大宗教领袖达赖喇嘛和班禅额尔德尼都先后表示拥护协议。但是，一心想把西藏从中国分裂出去的西藏分裂主义分子和外国反华势力却极力仇视这一协议。协议签订不久，西藏上层反动集团就蓄意进行破坏，妄图加以撕毁。
1952年，鲁康娃、洛桑扎西等人，趁人民解放军进藏部队立足未稳，粮食供应严重困难之机大做反对协议的文章，暗中支持伪“人民会议”进行非法活动，叫嚷“解放军滚出西藏”，围攻中央人民政府驻西藏代表驻地，并准备发动武装骚乱，妄图把解放军赶出西藏，破坏和平解放西藏协议的实施。经中央驻西藏代表提出严正要求，并进行了有理有利有节的斗争，驻藏人民解放军在军事上也作了应变的准备，最后，达赖喇嘛撤销了鲁康娃、洛桑扎西两人的司曹职务，西藏人民政府宣布解散伪“人民会议”。这次流产的伪“人民会议”事件实际上是西藏上层反动派阴谋策划叛乱的一次预演。从此，伪“人民会议”的一些骨干分子从公开转入隐蔽，继续干非法活动。
1957年5月，他们在拉萨又建立了“四水六岗”反动组织。1958年，青海、甘肃藏区也发生武装叛乱。甘、青、川等省藏区的叛乱分子纷纷窜入西藏。这些叛乱分子在“四水六岗”的统一组织下，暗地酝酿在西藏进行武装叛乱。西藏上层反动分子与叛乱分子狼狈为奸。他们在支持和参与各种叛乱活动的同时，积极扩充藏军，使藏军的人数由1951年的1400多人，增加到1959年3月的3000多人，并不断从国外运进武器弹药，装备藏军，使藏军成了叛乱活动的骨干力量。
面对这样严重的局势，西藏军区根据中央的指示精神，从维护和平解放西藏协议、加强民族团结、巩固祖国统一的大局出发，将各处发生的武装叛乱情况及时向西藏地方政府（噶厦）通报，要他们负起责任，平息叛乱，并防止叛乱的再次发生。然而，西藏地方政府却把中央仁至义尽的做法视为软弱可欺，散布“汉人是可以吓跑的”，“他们不敢平叛，只是要我们平叛”，“他们不敢动一下我们最美妙最神圣的制度”等等。他们对中央的指示采取阳奉阴违的两面派手法，口头上表示要按中央的指示办，承认叛乱是错误的，其暗中给叛乱分子充实人员、武器，纵容、支持、鼓励叛乱。当叛乱武装进一步扩大，他们认为外国势力会给予有力支持，条件已经成熟时，便在1959年3月发动了全面的武装叛乱。
西藏上层反动集团，借达赖喇嘛准备到西藏军区看戏之机，挑起事端。2月7日，达赖喇嘛主动向西藏工委和西藏军区负责同志提出：要到西藏军区看文工团演出。尔后他又确定3月10日去军区看戏。这些西藏地方政府官员都是知道的。西藏工委和军区为此次演出作了认真的准备。然而，噶伦柳霞·土登塔巴、达赖喇嘛的副长官帕拉·土登维登等人，却利用此事阴谋发动叛乱，并挟持达赖喇嘛出逃。
柳霞等人的预谋是，先向达赖喇嘛灌输汉人要消灭宗教、杀活佛的“消息”，使达喇嘛产生恐惧心理而自动设法逃走。若此种办法不能奏效，则在拉萨搞起骚乱，利用骚乱活动使驻藏机关和人民解放军自卫的机会，采用强制的手段，把达赖喇嘛弄走。
3月9日晚上，朗子辖（拉萨市旧政府）的墨本（市长），根据噶厦的指示，向拉萨市民煽动说：达赖喇嘛明天要去军区赴宴、看戏，“汉人准备在会上毒死达赖喇嘛”，“军区准备了直升飞机，要把达赖劫往北京”，每家都要派人去罗布林卡向达赖喇嘛请愿，请求达赖喇嘛不要去军区看戏。
3月10日晨，有2000多人涌向罗布林卡，阻止达赖喇嘛去西藏军区。叛乱分子在罗布林卡门口打伤西藏军区副司令员桑颇·才旺仁增，打死爱国人士堪穷帕巴拉·索朗嘉措。上千人手持小白旗上街游行，呼喊“西藏独立”、“赶走汉人”等反动口号。这时，罗布林卡与拉萨市区之间的正常交通被叛乱分子阻断。他们违反达赖喇嘛的意图，使本来准备去军区看戏的达赖喇嘛没能如愿。当日下午，叛乱分子在罗布林卡召开所谓“人民代表会议”，公然撕毁十七条协议，提出同中央决裂，要为争取“西藏独立”搞到底。叛乱分子以“西藏僧俗人民”的名义，在拉萨街头张贴布告，声称西藏是“独立的国家”。当天晚上，在拉萨周围的叛乱分子小股向市区集结，同时驻拉萨的藏军进入临战状态。
对于西藏上层反动分子蓄谋已久的分裂行径和叛乱活动，党中央早有察觉，并进行了耐心的说服教育工作，力争使问题得到和平解决，规劝西藏地方政府改变错误态度，制止叛乱。但西藏地方政府把党中央的指示置于脑后，叛乱活动有增无减。
