黑心被困忙学习，巢穴混乱黑霸领。
全面恢复启秘基，黑暗军团忙碌齐。
黑心在光明使者号里不断地学习其高级功能，经过其一段时间后已经基本掌握了功能操作。他开始审视自己所处的空间，发现了其在包围圈中慌乱启动进入现在的时空中后黑暗军团所发生的一切情况，心里真不是滋味。
自黑心同光明使者号瞬间消失在光明战士的包围打击之中时，黑暗军团的战斗力随之降到极致。大部分的黑暗军团战机飞船被击落，坠落到被其打击后焦灼的土地上。也许他们根本就没有想到自己也会被光明战士所反击射落，早已失去了往日的猖狂和威风，只有较少一部分巡逻控锁在外围的黑暗军团没有被攻击，可这样的情景使得他们再也不敢在周围晃悠，纷纷狼狈地逃离回黑暗军团的老巢。没有黑心首领的时候，他们随即乱作一团进入一种慌乱的精神状态之中。
黑心看到这里也忍不住有些伤感起来，真替自己的部下感到羞耻，居然会被一次失败就打击得精神不振，而且还如此的难堪和颓废，黑心开始有些无能为力的气愤和悲伤，可接下来的情况更是让其抓狂和痛苦。
经过一段时间的颓废后，其中一名黑暗军团成员黑霸终于站到了黑心平时的发令台前，大声说：“我们的首领黑心已经被光明战士打消失了，现在处于群狼无首的状态，我看大家不如各自寻找出路吧！”这一话语说完后立即引起强大的反响和争议。黑暗军团成员纷纷表示离开了这里，他们能够生存得下去吗？这里的一切平时都是靠黑心首领带领他们在R星球上攻击抢夺的，现在却要各奔前路。平时黑暗军团只知道享受和取乐，离开了这里他们将会失去生存的本领和空间。更何况战备中心基地已经控制了R星球的大部分资源，他们黑暗军团的生存空间被压缩得非常狭小了，而且指不定什么时间光明战士还会卷土重来攻下由黑心首领所建造的巢穴。唉，黑暗军团被从未有过的恐惧所笼罩，情绪处于非常不稳定之中。
就这样黑暗军团开始七嘴八舌地纷纷发表看法，可是时间越长争议越多。最后变成相互之间都无法说服对方的情况，而且随着争议的升级相互之间开始发生摩擦的推掇状态，慢慢演变成内部没有目标的相互出手。黑心亲自创办的巢穴出现这样的情况还是头一朝，殊不知坐在光明使者号飞船中的黑心看着这一切更加痛苦和难受，开始狂笑怒骂。终于在经历一场对抗之后，黑暗军团成员们纷纷倒在地面上。他们都有不同程度的损伤，此时黑霸站在发令台前又开始说道：“黑暗军团成员们，黑心首领现在被光明战士所击不在了。为了避免发生眼前的情况本人建议再选出一位带领我们同光明战士战斗到底，为黑心首领报仇，为我们的快乐自由战斗。”一番话将大家的注意力集中到发令台前。顿时现场安静一会儿，然后异口同声地表示同意黑霸带领他们一起同光明战士斗争到底。如此这般后，黑霸很自然地坐到了黑心首领曾经拥有的发令台前，受到黑暗军团的普遍认可。正在大家高声欢呼的时候，黑心的弟弟黑云狼狈回到了自己的巢穴，却看见黑霸正站在其兄黑心首领的台前受大家拥护，随即走上台前制止到：“黑霸你算个什么玩艺，我哥黑心首领现在生死未明就想抢他的位置，得问问是否有人不答应，在下首先就不服你。这里的一切可都是大哥黑心首领创建的，你凭什么趁人之危呀！”这时黑暗军团被黑云的话语所镇住了，静得悄无声息。
黑霸也愣了一会儿，突然掏出手持激光武器射向了愤怒中的黑云。就在闪光过后，黑云的身躯直挺挺地躺下了。令其没有想到的居然黑霸会对其如此出手，怒目圆睁地永远失去了生机。然后黑霸大声说：“所有的黑暗军团成员们，你们现在已经看到了这就是黑云的下场，不知是否还会有不清楚规则的存在，而且这也是其兄黑心首领教给我们大家的，希望黑云见到其兄后可以叙叙旧。”随后开始不屑地笑了起来，顿时这里一片欢呼雀跃之声响彻，似乎重新有了往日的活跃气氛。
黑心在光明使者号中开始怒火中烧，亲眼看见自己的弟弟被黑霸所射击，而且是在其巢穴部下黑暗军团成员的面前，黑心决心一定要亲手处理黑霸，为弟弟躺下后那双怒目圆睁的不冥目而报仇，也为黑霸的残忍和背叛作出决断。曾经对R星球的催残和打击现在却被报应在黑云的身上，黑心开始陷入了深深地自责和忏悔之中，即使这样也无法弥补其内心的伤痛。十分悲痛的黑心恨不得马上返回老巢处理掉黑霸的狂妄和目中无人，才发现光明使者号的能源系统开始出现异常指示。黑心只好在这种悲痛的心境下开始搜索关于解决光明使者号的技术资料，内心火急地希望迅速解决技术问题后顺利返回。
黑霸处理完黑云后，立即对大家说：“黑暗军团的成员们，黑心首领的历史已成为过去。现在就让大家一起再燃希望共同打败战备中心基地和光明战士们吧！只有这样才能够回到过去快乐自在的生活。大家就可以随意地在R星球上为所欲为了。”大言不谗的黑霸一番话就激起了大家的热烈欢呼，全然不知其过去给R星球造成的打击和伤害是在短时间内无法弥补的，而且还以此为兴奋点来鼓动黑暗军团们全力支持自己。这真是走了一个黑心却又冒出来一名黑霸，怎叫战乱的R星球如何才能享受安宁呢？
G博士已经开始放下了对光明使者号可能被黑心开启高级功能的担心，决定全身心投入到现实的工作中来。G博士走到克瑞的近前说：“克瑞，我需要你去完成一项重要的工作。不知你是否愿意带领光明战士一同前往。”听完后的克瑞立即敬了个标准的军礼后回复说：“坚决完成任务，请指示。”G博士点头微笑着说：“克瑞，我需要你同光明战士一起去重新恢复秘密基地的使用，尽快与战备中心保持畅通的联络和布置人员留守，听明白了没有？”克瑞随即大声说道：“保证完成任务，顺利返回这里。”
公主星慧看见克瑞即将要外出进入自己曾经遇险的秘密基地，一种莫名的担心涌上心头。便走向一驾光明战机一同前往，被一旁的玛莉用力挽住劝说。最后还是G博士说：“星慧公主，克瑞是R星球的优秀战士就注定要为这里人民的安宁祥和和默默地付出，你要是不希望影响他的话就一同前往吧。”公主星慧听完明白了作为光明战士保卫人民和领土的重要性，几经掂量和权衡之后放弃了一同随往的举动，但她双目明亮地注视着克瑞走了过去。并与他进行了离别时的短暂拥抱，此时的公主星彗多么希望时间在此刻定格，能够让其与克瑞静静地享受这一时刻，就在克瑞推开公主星慧登上光明战机的那一刻，星慧公主的双眸中闪出晶莹的透明液体，这一刻她的心中充满无限的牵挂与向往。她深情地看着飞出战备中心基地的光明战机。
G博士转身回到了自己的休息间，他现在要决心认真研究失去光芒的多彩宝石，决心一切从头开始破解其隐藏的秘密所在。只有这样才能够好好使用多彩宝石的强大能量，为战备中心基地打败黑暗军团增加助力，早日完成恢复R星球平静天空的愿望。
克瑞驾驶光明战机经过一段时间的飞行就降落到秘密基地，他立即带领光明战士对秘密基地进行了全面地搜索整理。要换掉已经损坏的电子设备，并且对秘密基地的出入口的布局进行重新设计和更改。最后还在秘密基地中同战备中心基地的玛莉进行了通信测试。经双方确认一切完好具备投入使用的条件后就将附近的难民和少量光明战士留在了这里，然后自己同随行的光明战士驾机返回战备中心基地。玛莉和星慧公主一起高兴地迎接克瑞他们完成任务顺利返航，场面十分温馨。
黑霸自从站上了指令台后就开始正式管理黑暗军团了，而且下令黑暗军团全面清点剩下的战斗飞船，并组织黑暗军团成员开始新一轮的研制和建造黑暗军团战机，准备开展一次规模庞大的攻击行动。既是想向战备中心基地发出示威信号，又是扩大地建造着一驾又一驾战斗飞船，而且很快就建造了一部分新式战斗能力增强的黑暗战机，黑霸非常开心地看着面前发生的一切，得意洋洋地憧憬着可以大干一场，全力进行一场声势浩大的打击行动给光明战士们看看。
殊不知这一切被黑心在光明使者号中皆已侦测观察，因为光明使者号的能源系统技术故障并未解除，所以黑心也只能干着急生气，全然没有往日的威风神气。无法平静的黑心依旧查阅光明使者号档案库的技术资料，巴不得可以快速排除故障回到自己的老巢，好亲自处理掉黑霸这个猖狂无知的家伙，夺回本属于自己创建的老巢。也许这一刻黑心已经体会到老巢被占的痛苦，可他并不醒悟反悔自己的所作所为。一心只想回到自己的老巢处理掉黑霸，夺回属于自己的一切。只是黑心却无法换回其弟弟黑云的生命。
